日本征服を企む血車党は化身忍者毒うつぼを使い江戸の町を襲撃した。血車党の在り方に疑問を抱いた青年忍者・ハヤテは、父・鬼十の手によって正義の変身忍者嵐となり、日本の平和を守るため魔神斎率いる血車党に戦いを挑む

体中が鉄になり刀をも跳ね返してしまう猿の怪人・マシラ。神隠しと称して村人を誘拐するマシラにタツマキ親子も捕えられてしまう。カスミはハヤテから預かった横笛スズカゼで嵐に助けを求めるがハヤテも捕えられる。嵐の秘剣が勝つか？マシラの忍法が勝つか？

血車忍法・蛇抜け殻を使い、ハヤテ・タツマキ親子を襲う化身忍者オニビマムシ。小田原城主・能登守を幻覚で脅迫し、武器弾薬の強奪を狙う血車党。呪いの毒をまき散らすオニビマムシと嵐との壮絶な格闘が始まった

愛馬にまたがり、武田家の隠し金山の在りかを記した地図が隠された金の狛犬を狙う血車党。骸骨丸の企みを偶然知った少年・太郎は卍カマイタチに命を狙われる。卍カマイタチが繰り出す毒煙攻め。秘剣・影うつしでこれを阻止する嵐。騎馬戦が繰り広げられる。

古寺の墓から掘り出される死人の群れ。次々に謎の病に倒れる人々。事件を追うハヤテたちの前に血車党を裏切ったかつての幼なじみ・小次郎が現れる。だが、その正体は化身忍者死人ふくろうだった。血車党は何を狙っているのか？

村に君臨する呪いの神・血車様。その正体は化身忍者トゲナマズだった。全身から油を出し、電気ムチをふるって地震を起こすトゲナマズ。捕えられたタツマキ親子の救出に向うハヤテ。駆けろ！ハヤブサオー。

血車党にさらわれ、閉じ込められる人々を襲う化身忍者狂い毒蛾。狂い粉の魔力によって狂人のように殺しあう村人たち。弟の身代わりに自らの魂を血車党に売りドクガクノイチとなった村娘・千恵は嵐の命を狙う。千恵を救うため、嵐は立ち上がった。

旅の巡礼を狙う化身忍者カマキリガラン。さらわれるカスミ。川の流れに毒薬を流し、村人たちを殺そうとたくらむ血車党。嵐は捕われていた人々を救出し、毒薬工場となった髑髏館を爆破する。

血に呪われた血車党のたくらみによって、死の町と化しつつある宿場町。その危機を告げる横笛スズカゼの音とともに現れるハヤテ。行く手を阻む恐怖の化身忍者吸血ムカデ。行け！嵐。正義と平和のために。

頻発する子供誘拐事件。それは、巨大な毒モリをふりかざすギョロ目の化身忍者ドクモリバチによる下忍調達の作戦だった。ドクモリバチの毒牙がツムジを狙う。ハヤテよ、嵐に変身だ！

血車党の強制労働から村人を救うハヤテ。だが、地の底から現れた化身忍者ゲジゲジ魔によって、タツマキとカスミはドクロ館の地下に閉じ込められてしまう。女の子に変装して救出しようとするツムジ。血車党に敢然と立ち向かう嵐。飛べ！ハヤブサオー

遠い南の島、クック島に現れた化身忍者オバケクラゲが、新型爆弾を積んだ血車党の潜水艦で秘密裏に日本に上陸。オバケクラゲの毒で人間を次々と人形に変えてしまう。恐ろしい敵に敢然と立ち向かう嵐！

髑髏館の建設普請のために箱根にニセの関所を設けて次々と人々をさらう骸骨丸。逃げ出した楓と共に楓の父を助けようとするハヤテたちの前に化身忍者ヒトクイガラスと復活した化身忍者たちが立ちはだかった。

落人村に隠されたといわれる平家の宝を探す血車党の謎の修験者。その正体である化身忍者ザリガニ鬼は、水神の祟りを治めるために宝を出すか、人身御供を出すかと村人たちに選択を迫る。大鎌をふるい毒アブクを吐くザリガニ鬼。危うし！嵐。

忍法カイカイ攻めの実験のため村を襲う化身忍者ノミドクロ。だが、村の発明家・作兵衛が作った人造人間・鉄人大王とハヤテの前に退散させられる。これに目を付けた魔神斎は骸骨丸とノミドクロに鉄人大王の奪取を命じる・・・。

嵐に会えるとだまされて誘拐された子供たちが血車党の手で、次々少年忍者に引き立てられる。化身忍者ドクタヌキは血車少年忍者部隊の結成を企んでいるのだ。そしてツムジが江戸の町で少年忍者に襲われた。

隠し金山の在り処を示した山の絵図を狙う血車レンジャー部隊は、イノシシ大砲を使って山賊の砦の攻撃を開始した。嵐とタツマキ親子は、紀州山賊と血車党の抗争に巻き込まれてしまう。

日本国中をダルマ爆弾で破壊しようとする、血車党の化身忍者キバギツネ。カスミたちは爆弾を製造するアジトに潜入するが捕えられてしまう。分身の術で２体となった嵐を襲い、ダルマ爆弾で攻撃するキバギツネ。あやうし！嵐。

血車党が伊賀忍者全滅作戦の行動を開始した。嵐を狙い、伊賀忍者を襲う新しい化身忍者カワウソ、またの名・顔盗みのカワウソは、タツマキの顔を盗み偽タツマキに化ける。血で血を洗う忍者同士の対決は続く。我らの嵐の活躍はいかに！？

唇は真っ赤な血で彩られ、青白い顔は血を求めて江戸の町をさまよい歩く新怪人が現れた。吸血鬼ドラキュラ、妖怪ミイラ男、そして西洋怪人の首領・悪魔道人。ハヤテを狙い、カスミを襲う吸血鬼ドラキュラ。強力な西洋怪人に立ち向かうのは誰か。

霧の中から現れたエジプトのミイラ男。その姿を見た村の男たちは呪いをかけられ、血車党のためにピラミッドを作らされる。姿の見えない透明人間ミイラ男はタツマキたちを罠にかける。危うしタツマキ、嵐よ立て、ミイラ男を倒すのだ！

きこりの姉弟が住む山小屋に助けを求める伊賀忍者。それを追う西洋怪人・狼男。大魔人像の在りかを示した絵図面を持って江戸へ向かう姉弟を助けるために、カスミとツムジは身代わりとなって旅へ出る。果たして、きこりの姉弟を助けることができるか？

狼男を倒したハヤテたちの前に立ちふさがる新しい妖怪・フランケン。傷ついたタツマキをいたわるカスミ、ツムジたちの前に現れた不気味な寺男の正体は？次々とハヤテたちの行く手に姿を変えては出現する恐怖のフランケンに伊賀忍者は次々と倒される・・・。

その息を浴びたものはすべて氷となってしまうという西洋怪人・魔女ゴルゴン。花嫁に化け村人たちを氷漬けにしてしまう。そして、ツムジたちもゴルゴンによって氷の中に閉じ込められてしまった。急げ！ハヤテ。魔女ゴルゴンの呪いの城をぶち壊せ！

西洋怪人の住む大魔人像の在りかを探すハヤテたちは、伊賀の里に百地仙人を訪れる。だが、伊賀忍者に変身したスフィンクスが百地仙人に呪いをかけ、忍者大秘巻を盗もうとする。スフィンクスは嵐を呪いの箱に閉じ込め、滝つぼに落としてしまう。嵐の運命は！？

呪いの箱に閉じ込められた嵐。伊賀の里で、百地仙人を襲う西洋怪人タランチュラは、百地の息子・源太夫に化けて忍者大秘巻を手にする。悪魔道人があやつる西洋怪人スフィンクスと毒ぐもタランチュラ。巻物をめぐって伊賀忍者と西洋怪人の戦いは続く。

深夜の町に現れる魔女メドーサ。その液を浴びたものはたちどころに石となってしまう。妹ゴルゴンの仇・ハヤテの命と忍者大秘巻を狙う魔女メドーサによって南蛮寺に誘いこまれたツムジは、水晶玉の中に閉じ込められてしまう。危うし、ツムジ！

旅の行列を襲い、死の煙を吐く煙妖怪マーダラ。ハヤテたちはマーダラの手から家老の娘を助けるが、ハヤテたちの行く先々で煙の中から現れるマーダラは娘と乳母を使い、忍者大秘巻を奪おうとする。死の煙に襲われるツムジ、タツマキの運命やいかに！？

火の国イタリアからきた魔女ザルバー。金色の髪からのぞく第３の目。忍者大秘巻・地の巻を奪おうと悪魔道人は魔女ザルバーを使ってハヤテたちをおびき寄せる。不気味に光る第３の目。そして呪いのマントが投げられた！ハヤテを包むマントの炎が燃え盛る。

西洋怪人・ドーテムはその姿をアフリカの妖怪人形・ドーテムに変え、幼い子供をおとりにハヤテたちを襲った。子供を助けるか、地の巻を渡すか。不気味な太鼓の音が響き渡り、ハヤテに危機が迫る。アフリカからやってきた怪人にハヤテは負けてしまうのか？

忍者大秘巻を奪い日本征服をたくらむ悪魔道人は、ロンドンから呼び寄せた妖怪モズマを使い、ハヤテたちを襲う。船頭、侍、そして旅籠に泊まっていた老婆にと姿を変えて嵐を倒そうとする妖怪モズマ。嵐と月の輪、そして高見山関で力を合わせてモズマを倒せ！

忍者大秘巻、天地二巻。すでに天の巻は悪魔道人に奪われた。さらに地の巻を奪おうとヒマラヤの山中より呼び寄せられた死神妖怪ワーラス。髑髏が歌い、死の世界におびき寄せられたハヤテたち。謎の南蛮屋敷で嵐と月の輪に危機が迫る！

天下の名城・姫路城で「嵐見参！」の文字を残し、本多家の家臣に狼藉を働く奇怪な行動の嵐。その正体は果たして何者か？悪魔道人はドラキュラ、フランケン、狼男を甦らせ、新妖怪ゴーレムと共に執拗に忍者大秘巻・地の巻を狙う。

西洋妖怪・悪魔道人はドラキュラ、フランケン、狼男を甦らせ、新たに小悪魔・グレムリンをも姫路城下に送り込んだ。嵐、月の輪、タツマキたちの全滅を図り、忍者大秘巻・地の巻を狙う妖怪集団。嵐の危機はなおも続く。果たして嵐の運命やいかに！？

呪いの誘導音波によってハヤテたちを幻の塔へと誘い込む恐るべき西洋妖怪・サイレーン。悪の神々を祀る奇怪な魔の神殿に渦巻く呪い。悪魔道人が幻の塔に仕掛けた罠とは？キックボクシングの王者・沢村忠がゲスト出演。

悪魔道人がポルトガルから呼び寄せた西洋妖怪バラーラ。その体から首が、手足が、そして耳までもが分離して次々と攻撃を仕掛ける。戸澤白雲斎の娘・さくらが幽閉されたポルトガル船を舞台に忍者大秘巻をかけた嵐とバラーラの死闘が展開する！

骸骨丸を先頭とする血車党の最後の総攻撃が開始された。嵐を狙う血車党の謎の抜け忍・源十郎の娘・カゲリとツユハが魔神斎に捕えられてしまう。果たして源十郎はどうするのか？嵐と血車党の戦いが続く中、遂に月の輪の謎の正体が解けようとしていた。

謎の剣士・月の輪の正体が解け、襲いかかる魔神斎、骸骨丸、悪魔道人。嵐と月の輪の最後の戦い。煮えたぎる溶岩の中に落とされた嵐を救うべく、月の輪もまた溶岩に身をおどらせた。我らが嵐の運命はいかに？そして新たに大魔王サタンの影が忍び寄っていた。

秘密のベールに包まれた妖怪城。大魔王サタンの意のままに空を舞い、地球上を旋回して悪魔の手下どもをあやつる。カナダの吸血魔・インディゴを日本に上陸させた大魔王サタンは、甦った嵐の前に新たな罠を仕掛けた。

大魔王サタンの呪いですべての記憶を失ったハヤテの母・シノブは、ただ一筋、狂気のようにハヤテを探し求めてさすらい歩く。妖怪城の謎を解くことが、ハヤテにとって母に会えるただひとつの道なのだ。硫黄怪人ジャワラをめがけて正義の光線・ガンビームが鋭く走る。

３０００年もの永い眠りから目覚めた妖怪バックベアードが行動を開始した。その長く伸びた奇怪な目から発射される殺人光線を受けたものは目が見えなくなってしまうのだ。そして、ハヤテを追って伊賀の里から舞い戻ったツムジも視力を奪われてしまった！

１００万年もの永い眠りから甦り、砂漠の地アラビアから我らの嵐を襲うべくその行動を開始した妖怪グール。まだら山で行方不明になった人々はグールによって食べられてしまったのだ。全面が鏡で作られたグールの奇妙な武器とは何か？

イタリアの火山を爆発させて出現した奇怪な悪魔の妖怪・ゴーストファーザー。大魔王サタンは、このゴーストファーザーを使って人類のすべてを黒焦げに焼き尽くそうと計画。手始めに、母を慕うハヤテの心を利用して悪の牙を伸ばしていく。

村や町を荒らしまくり、旋風のように廃墟と化して去る馬上の三悪人。この凶悪な荒野の三悪人こそ、世紀の悪魔・白髪鬼によって不死身にされた悪魔の奴隷であった。白髪鬼はハヤテを狙い、日本全土を悪魔の支配下におく野心を燃やす。

大魔王サタンの送る次なる妖怪はクンバーナ。その妖怪が吐く毒液を浴びたものは、体が溶け、見るも無残な骸骨となるのだ。シノブに化けたクンバーナを使って大魔王サタンのあくなき挑戦は続く。妖怪城の謎を解く七つ目の鈴を集めて、我らのハヤテは行く。

謎の妖怪城の在り処を示す七つの鈴はそろった。大魔王サタンの魔の手から母・シノブを救うべく妖怪城に迫るハヤテの前に、復活した悪魔道人が立ちはだかる。名刀ハヤカゼを携えた嵐と大魔王サタンの最後の戦いが幕を開けた！行け！変身忍者・嵐。