由于英雄出现在世界各国，战争迎来终结。 肩负日本和平的英雄「Shy」，是个超级腼腆的女孩子。 某天，Shy被找去游乐园的英雄秀当嘉宾，

那里的云霄飞车却发生了意外……！？

惟子因为游乐园的意外受了重伤，因此转学到辉就读的学校成为她的同学。 辉因为没能毫发无伤救下她感到愧疚。 而在故作坚强忍耐疼痛的惟子身边，突然出现了一名神秘少年……

事件发生的几天后，惟子跟辉两个人一起出门游玩。 惟子卯足干劲想对辉道谢，辉则是起初不太习惯而感到不知所措。 就在两人之间的气氛变得越来越融洽时，Spirit来电要两人一同前往英雄们的总部，而英国的英雄「Stardust」也同样被叫来总部。

面对能力是操纵热、空气、力量「流向」的Stardust，Shy根本束手无策只能挨打。Stardust看穿Shy由于性格天真不适合当英雄，不过随着场边惟子的加油声传来，Shy自身拥有的能力也跟着觉醒。

辉结束跟Stardust的一战回到日常生活中，久违地拜访了附近的文具店。面对腰痛无法登山的老闆娘，辉把治好自己伤口的瑞士英雄“Lady Black”介绍给她。之后不知为何却变成三个人一起去登山……？

收到北极发生意外的消息，Shy和Spirit一同前往现场。与中国的英雄“眠龙”会合之后，三人奔赴当地，但他们乘坐的直升机却坠毁了。袭击他们的正是Stigma的组织“亚马拉里克”的成员之一，操纵寒冰的少女“斯维塔”。

Shy一行人击退了斯维塔，不过Spirit身受重伤。回到基地的英雄们，为了找出Stigma的目标，听惟子讲述先前透过戒指连结Stigma内心世界的经历。另一方面，斯维塔跟自己小时候长得很像这件事令Spirit始终耿耿于怀。

为了调查斯维塔的相关情报，Spirit与Shy一同前往Spirit的故乡。Spirit的母亲在她儿时便已不在人世，她久违地造访了自己成长的孤儿院，调查过往的纪录。然而她们却在那裡发现Spirit的母亲丽娅少女时代的照片，竟与斯维塔长得一模一样。

Shy和Spirit与来袭的斯维塔、唔呼呼开战，但斯维塔却将整个孤儿院关进了她的“内心世界(亚马拉里克)”。在这个与外界隔绝的空间之中，一般人甚至无法保有意识。Shy她们只好一边与敌人交战，一边试图把遭到牵连的孤儿院众人救出去，然而……

Spirit因为Shy的关係找回自己的心，再次进行转心，并将幼年时期没能传达的想法告诉妈妈斯维塔。眼看两人就要心意相通，唔呼呼却出手妨碍。为了阻止力量开始失控的斯维塔，Shy和Spirit使出浑身解数一战。

辉结束在俄罗斯的战斗回归日常生活，却因为累积疲劳感冒了。尽管辉嘴上说自己没问题，担心她的惟子却坚持要照顾生病的她……

英雄们在经历与斯维塔、唔呼呼的一战之后回归日常生活，于各自的国家继续大显身手。此时，Shy不知为何居然要接受记者专访……

放假期间辉与惟子两人一起出去玩，遇见了一位名叫天王寺暧的少女，她表示今天是第一次造访这个城镇，无法坐视不管的两人决定当起导游。暧起初告诉两人自己是来旅行的，但后来却坦言其实是离家出走。

辉和惟子从突然出现于眼前的忍者朱鹭丸口中得知，暧是忍者村的公主。两人进而得知暧是受自己的随身佩刀「心刀・无垢」指引，来到这个城镇。暧看穿辉其实就是英雄Shy，然后不知为何便决定要住到辉的家中……

Shy和暧有了共同的目标，那就是「亚马拉里克」。她们为了更加了解彼此，一起出门修行。Shy得到暧的启蒙，感受到刀刃、石头这些物品的内心。另一方面，在突然出现的黑球笼罩之下，东京消失了。各国英雄接获通知后集结到天帝身边，开始讨论作战方针。

以队长 Shy 为首，加上Spirit、Lady Black、眠龙、以及暧五人为了拯救东京市民，冲入了黑球之中。在那里面，人们象是丧失心灵一样站在街上。在感到震惊的五人面前，亚马拉里克的“愤怒之龙”怒气突然现身，并袭击了过来。

在怒气之后，唔呼呼出现了。Spirit表示由她来与唔呼呼战斗，要Shy、暧和Lady Black先走一步。另一方面，暧在见过亚马拉里克的成员后便开始感到迷惘。她告诉大家身处黑球中心的空虚，其实是她的双胞胎妹妹昧，自己本来打算击败她。随后，暧开始说起以前发生的某起事件。

在Shy、暧以及Lady Black面前，出现了来自亚马拉里克的新敌人祈愿。Lady Black因为祈愿的「爱之箭」一时被迫觉醒了对Shy的爱意，清醒后气到发抖的她决定负责跟祈愿打到底。与此同时，正在对战的怒气与眠龙，双方都已经筋疲力尽了……

当黑球内部的众人战得如火如荼之际，Stigma与Stardust在黑球外展开对峙。亚马拉里克的成员之一夸巴拉奉Stigma命令与Stardust开打。看似一下就倒地的她，却透过附身Stardust，发挥了自己的真本事。

Shy和暧终于抵达空虚面前，但空虚却吸收了暧，两人合为一体。变身后的空虚使出强力的攻击，使Shy失去战意一时昏了过去。在逐渐模糊的意识中，Shy遇见了心刀无垢的内心。拿起无垢觉醒崭新力量的Shy，再一次站了起来。

Shy借助无垢的力量，顺利解除空虚的变身救出了暧。尽管Shy也尝试拯救空虚的心灵，被逼到绝境的空虚却试图打破黑球，将恐惧散播到全世界。然而随后赶到的Spirit、Lady Black与眠龙挡下了空虚的攻击。

唔呼呼、怒气和祈愿三人破坏了黑球上半部。空虚对此感到愧疚，于是决定赌上性命，试图独自压下从黑球中泄出的恐惧，此时Shy、暧和朱鹭丸三人伸出援手。

黑球在Shy、暧、朱鹭丸与空虚四人合力之下彻底消失，于是亚马拉里克的成员选择撤退，此时Spirit成功抓住唔呼呼。另一方面，失去了心灵容器的空虚，想把某样东西托付给Shy。