龙骑团从遥远的太空带回了一株神奇的生命之树，在龙骑团战士们的辛勤培育下，生命之树开花结果。就当他们翘首期盼精灵诞生之际，歪歪带着土狼前来破坏。龙骑队员们舍命保护，虽然歪歪最终被赶走，但却让自然之子炫迪提前诞生。

由于炫迪是提前诞生，所以必须重新吸收三颗灵珠的自然灵气，否则将会有生命危险。然而，炫迪只有快乐成长才能定位到三颗灵珠的位置，但认生的炫迪根本不愿意和大家亲近，更别说快乐了。菲菲自告奋勇用蹩脚的魔术逗得炫迪开怀大笑，但在他的骄纵下，炫迪施展从菲菲那里学来的魔术，把龙骑中心弄得一片狼籍。

菲菲纵容炫迪肆意妄为而让其得到快乐的方式遭到蓝猫的反对。蓝猫为了让炫迪健康快乐地成长，想出了以劳动换取小红花的办法，希望炫迪能在劳动中找到快乐。只是，一心想多得小红花的炫迪却在劳动过程中闹得天翻天覆……

为了让炫迪“快乐成长”，菲菲决定教他功夫。菲菲用各种小手段糊弄得炫迪很开心，炫迪以为自己真的很厉害，到处显摆，菲菲为了圆谎，倒霉不断。这时土狼来到龙骑之家打探情况，炫迪不明真相，冲上前，被土狼拿走了自己的手镯。

土狼拿走了炫迪的手镯，龙骑团急忙追捕。眼看要抓住土狼时，炫迪总是窜出来，用他所谓的“绝世神功”来抓土狼，弄得众人狼狈不堪。无奈之下，菲菲想出一招，意外促使炫迪提前启动了升级程序，抢回了手镯。同时，炫迪定位到了雷灵珠的方位。

啦啦通过炫迪变身，探测出了雷灵珠所在的位置——云之谷。蓝猫等急欲带炫迪去云之谷寻找雷灵珠，但调皮的炫迪只想要玩游戏，不肯上路。蓝猫和菲菲只好用欲擒故纵的方法，诱使其主动要求去云之谷玩一个“超级游戏”。而另一边，歪歪派土狼带着他新升级的垃圾王前去阻挠。

云之谷的谷口，龙骑团遭到了土狼的伏击。土狼使用的垃圾王配备了电磁重力装置，能自由控制重力，能量有限的龙骑团不敌，节节败退。危急关头，蓝猫带着淘气、咖喱和巴豆引开土狼，由菲菲带炫迪进入云之谷。

菲菲和炫迪进入云之谷，雷灵珠在不远的山峰上清晰可见，两人只要互相配合，通过由两列浮石组成的浮石桥就能拿到雷灵珠。菲菲想尽方法过桥，炫迪却以为是一个游戏，制造了一系列麻烦，最后弄得整个大环境都发生剧烈变化，致使获取雷灵珠的过程更加艰难了。

在浮石桥消失后，菲菲和炫迪跌入了闪电阵。想要取得雷灵珠，必须先通过眼前的闪电阵。菲菲绞尽脑汁让炫迪配合自己闯阵，一番努力之后，眼看就要成功，意外却再次出现……

菲菲为了保护炫迪与土狼作战。炫迪认为这是一个很好玩的游戏，为了不让游戏太快结束，谁输就帮谁。土狼和菲菲受苦之后明白了炫迪的心理，于是，两人拼命装输，一场闹剧上演。

菲菲和土狼被炫迪玩得很惨。于是菲菲想出了一个办法，在可控制范围内，与土狼通力合作，将炫迪打倒，让炫迪明白被整的下场。不料却引发了炫迪在没有得到雷灵珠的情况下提前升级，还被土狼无意中打中了胸口的能量环，导致能量泄漏。

被土狼击中能量环的炫迪状况不断。为了不让炫迪受苦，内疚的菲菲把自己弄得狼狈不堪，却无奈地发现炫迪的症状加重了，浑身发冷。菲菲想尽办法为炫迪取暖，都以失败而告终。无奈之下，菲菲决定和炫迪共同承受寒冷。危急时刻，铃丰爆发出了更深层次的能量，拯救了两人。

炫迪的能量微弱，为了保护炫迪，菲菲不顾自身安危，决定独自一人去取雷灵珠。取珠过程中菲菲吃尽了苦头，眼看着就要成功，炫迪却依然搞不清状况，只顾玩耍，竟然把雷灵珠打散了，菲菲忍无可忍，愤怒地离开了。

菲菲被炫迪气走以后，蓝猫单独护送炫迪寻找雷灵珠，结果途中遭遇土狼的拦截。面对重重险境，蓝猫拼尽全力保护炫迪，却不敌土狼，掉下悬崖。而另一边，菲菲也明白了炫迪的不懂事是自己纵容的结果，想通之后决定去找炫迪。

土狼紧追炫迪不放。炫迪逃跑失败，想到用菲菲教过的绝世武功进行反击。谁知，非但无效，反倒招来土狼的一番戏弄。炫迪身心受挫，终于明白了菲菲对自己的良苦用心，然而，在一系列爆发后却能量耗尽，被土狼抓走。

炫迪被土狼掳去，菲菲假扮歪歪从土狼手中救出炫迪，最后还是被土狼发现。危急时刻，菲菲奋力保护炫迪，最终击退土狼，两人也于危难中冰释前嫌。

土狼再次追上来，菲菲为保护炫迪受伤，炫迪承担起了保护菲菲的重担。好不容易摆脱土狼，又被闪电翼兽拦住了去路。菲菲拖住闪电翼兽帮助炫迪脱困，就在菲菲独自被土狼和闪电翼兽帮夹攻之际，炫迪赶了回来。他设计挑起闪电翼兽和土狼的争斗，使得双方两败俱伤。

炫迪欲给闪电翼兽疗伤，但受伤的闪电翼兽压根就不让炫迪靠近，炫迪想尽各种办法，甚至冒着被闪电翼兽连续电击的危险靠近，终于为闪电翼兽拔去了毒箭。炫迪非常惊讶地发现，闪电翼兽就是雷灵珠的化身。

炫迪融合雷灵珠准备升级雷龙，土狼前来捣乱。菲菲和蓝猫力战土狼，但渐落下风，两人生命危在旦夕。关键时刻，炫迪迫切想保护大家的心情与雷灵珠发生共鸣，雷灵珠与炫迪融合，炫迪升级了。

炫迪变身欲定位水灵珠的位置，谁知变身到一半却受到一股巨大的污染能量的干扰。为了确定污染能量的来源，巴豆和菲菲想方设法帮炫迪突破障碍，最终成功定位到歪歪的垃圾基地。

龙骑团找到歪歪垃圾基地外围，炫迪充分展示了融合雷灵珠后的力量，歪歪的防线被突破。眼看就要找到基地所在位置了，歪歪想出一条毒计，让菲菲得意忘形而一举将其擒拿。

歪歪毒计连出，竟以菲菲做饵，将龙骑团引入炸弹陷阱，欲一举消灭龙骑团。被俘的菲菲焦急不已，想尽办法最终在千钧一发之际破坏了歪歪的计划。可谁料到歪歪还有后招，竟然把爆炸芯片安在了菲菲的身体里和菲菲的心脏连接在了一起！

菲菲体内被植入芯片，所以菲菲心跳越快，垃圾污染炉爆炸的速度就越快。龙骑团等人试图移除芯片未果。为了保护地球环境、为了龙骑团和炫迪，菲菲决定牺牲自己。关键时刻，炫迪爆发了强大的超能力把垃圾污染炉的污染物全部净化，歪歪的计划功亏一篑。

龙骑团带着炫迪走上寻找水灵珠的道路。土狼在歪歪的授意下装扮成狼外婆计划混入龙骑队伍，并伺机除掉炫迪。龙骑团虽然同情“可怜”的狼外婆，却坚持不带他上路。但狼外婆最终使出苦肉计成功获取龙骑团信任。

途中休息，土狼用计将炫迪引出大家的视线范围，想趁此除掉炫迪。不料，融合了雷灵珠的炫迪得到了上天的庇佑，关键时刻，屡屡有天雷劈下。为了拯救作茧自缚的狼外婆，炫迪身受重伤，幸而龙骑团及时赶到，淘气暂时压制了炫迪的伤情，并告诉众人不要让炫迪背包袱。水灵珠的融合也变得刻不容缓。

蓝猫等人来到水之源，在炫迪的感应下找到了水灵珠。但是土狼为阻止众人得到水灵珠，使出浑身解数，最终污染了水灵珠，让水之源变成一片冰封之地。

水灵珠被冰封于极寒之地，为了让炫迪能够在极度冰寒的环境中有足够的体力完成取珠，淘气开始对炫迪进行一系列的体能训练。炫迪先是努力坚持训练，可是由于淘气的严厉却让他有些别扭，两人慢慢产生矛盾。这一点被“狼外婆”注意到，他以此为突破口，挑拨二人关系，阻挠训练。

淘气加强了炫迪训练的难度。决定挑拨两人关系的狼外婆用了一哭二闹三拼命的招数想逼炫迪食言于淘气，均告失败，还倒尽了霉。最后终于想出一毒计，让炫迪被食言，自以为是的淘气相信了狼外婆的话。炫迪含冤爆发，将淘气打晕，大肆破坏后含恨出走。

炫迪遭到淘气的责骂，负气出走，路遇一个野果林。气恼的炫迪把气都发泄在野果身上。狼外婆见机，诱惑炫迪不断地破坏环境，也狠狠地把淘气打了一顿，造成炫迪的能量异化。就在炫迪危在旦夕之际，淘气用生命能量让炫迪暂时脱离危险。

淘气制造了一场水灵珠出现的假象来试探狼外婆的身份。狼外婆上当，可就在狐狸尾巴快要露出之时，骄傲的淘气使得计谋被土狼识破。自以为暴露的狼外婆仓惶逃走，却机缘巧合地救了炫迪，再次取得龙骑团的信任。

龙骑团想方设法让淘气与炫迪和解，却遭到狼外婆的一再阻拦。无奈，龙骑团众人只好分头行事；菲菲、咖喱和巴豆拖住狼外婆，淘气被蓝猫押去向炫迪道歉。最后，淘气和炫迪的关系终于缓和！

炫迪因为想送一个花环给淘气，训练迟到。冲动的淘气严厉地责备炫迪，并在训练时苛刻地要求炫迪。狼外婆乘机从中挑唆，导致炫迪和淘气的关系降到冰点。炫迪一气之下与狼外婆出走。

狼外婆带着炫迪出走，龙骑团火速追赶。歪歪接到土狼请求支援的信息，带着隐形垃圾机器人部队阻拦龙骑团。狼外婆趁机带着炫迪抵达自己的“住所”，为了引导炫迪的破坏欲，狼外婆不得不忍痛看着炫迪破坏自己的宝贵物品。最终，狼外婆的家在炫迪的破坏下变成废墟。

炫迪在狼外婆的“引导”下变得十分疯狂，对水之源大肆破坏。龙骑团赶到，想方设法阻止炫迪。淘气因为对炫迪心怀愧疚，一时心软，给了炫迪可乘之机，打得龙骑团节节败退。水之源在炫迪的破坏下渐渐“沙化”。同时，炫迪自身也陷入了危险。

炫迪的异化越来越严重。得知情况的啦啦欲将与炫迪密切相关的果实母体放入寒冰池冰封。为了配合啦啦，龙骑团成员想到各种办法安抚炫迪，却在土狼的破坏下失败，炫迪暴躁欲攻击众人，差点把淘气踩死。啦啦最后作出牺牲，将自己和母体一起冰封起来。

由于炫迪的破坏，水之源化为荒漠，环境急剧恶化，众人在龙卷风中失散。淘气昏了过去，醒来后四处寻找，终于发现炫迪，淘气为了保护炫迪而陷入绝境，与土龙决斗。关键时刻蓝猫等人赶到，众人齐心协力打败“土龙”。但炫迪清醒后不相信狼外婆就是土狼，认定淘气欺骗自己，认为淘气是个坏人，蓝猫忍不住出言训斥炫迪。

炫迪和龙骑队员踏上了寻找生命之水的艰难旅途。寻水过程中遇到困难，炫迪喷出变异能量引起环境恶化，独自一人掉进地下溶洞。炫迪在溶洞里处处碰壁，终于明白因为自己的浪费和破坏给自然带来很大伤害，并且深深地忏悔。

龙骑团五龙合一从地下溶洞中脱困，炫迪醒来后发现自己面前有一个苹果，经过一番推让，他将苹果分成六份，不愿主动给淘气。淘气将自己的那一份藏起来……危急时刻淘气将自己的那一份苹果给炫迪，并冒着危险拖住土狼。炫迪深受感动，才知道淘气是爱他的，激发了自己身体里的纯正的雷能量，救了龙骑团。

炫迪意识到自己的错误，想趁龙骑队员休息之时去找“生命之水”。此时土狼奉歪歪之命带着掺了污染物的假生命之水前来，计划让炫迪把水带回去。为了让炫迪重新认可“狼外婆”，土狼用尽各种办法。

炫迪用土狼做了手脚的假生命之水激活水灵珠，水灵珠和炫迪进入融珠程序。大家正高兴时，水灵珠突然爆发出一股强大的污染能量，将炫迪污染黑，并嵌入炫迪体内。炫迪狂乱地发射能量弹珠，不仅伤害了蓝猫等人，更破坏了环境。炫迪不愿意这样，于是独自一人快速离开……炫迪决定强行分离手镯，内疚的淘气吸出了炫迪体内的污染物，但因为体质太弱，昏迷不醒。

淘气吸出了炫迪体内的假“生命之水”，因身体素质不好而昏迷不醒，众人设计擒住土狼，并制造假象，使土狼误认为自己被污染，于是拿出了藏好的解药，被众人夺走。

解药是假的，淘气不想让龙骑团担心而假装精力充沛的状态。龙骑团找到了真正的生命之水，并且激活了水灵珠，炫迪顺利进入升级阶段。而在关键时刻，却遭到了土狼的破坏，生命之水被黄沙覆盖，水灵珠被毁。淘气不慎被沙化。最终，炫迪保护了新生的绿芽，地下的生命之水激活了水灵珠，炫迪和水灵珠成功融合，再次打败了土狼。母体冰封解除。

炫迪定位到海底垃圾污染源的位置，众人火速前往。途中遇到土狼的伏击，危机出现。在这关键时刻，菲菲看到炫迪和淘气心有灵犀，配合得十分默契，于是他的心里开始有些不平衡了……

炫迪为救菲菲被擒，菲菲和淘气深入歪歪的垃圾基地救人；而歪歪正以炫迪为基础，制造出高智能的虚拟小龙骑炫迪，同时，指使土狼前去对付菲菲和淘气。

虚拟小龙骑炫迪冒充炫迪“回到”龙骑团身边，龙骑团没有了后顾之忧，全力进攻污染基地，谁知被虚拟炫迪带入了陷阱之中。炫迪发现龙骑团真陷入险地，想尽办法破坏了能量罩，以及歪歪的一些设备，逃了出去。

炫迪摧毁了虚拟炫迪，成功控制了垃圾污染源，不料，在另外一个地方，歪歪还有一处垃圾基地。危机加剧，为了解除危机，炫迪将计就计，来个引蛇出洞，用“虚拟炫迪”的身份引土狼现身。果然，在淘气、菲菲的配合下，成功擒获土狼。

菲菲等人故意吓土狼，成了“惊弓之鸟”的土狼拼命想逃走，但菲菲自作聪明，虽然使土狼倒尽大霉，但好几次机会都被错过。最后炫迪假装被土狼扮演的狼外婆打动，将计就计，在土狼身上放了跟踪器，使土狼逃脱。众人趁机跟踪土狼，去寻找另一个垃圾基地的位置。

炫迪、淘气、菲菲跟随土狼找到垃圾基地，歪歪不得提前启动垃圾污染炉，两座垃圾污染炉同时爆发，龙骑团陷入危机。千钧一发之际，蓝猫、咖喱、巴豆竭力控制第一个污染源，炫迪、淘气、菲菲也尽力控制污染源爆发。关键时刻，歪歪用魔法智慧杖将炫迪困在污染源内，淘气去救炫迪。在虚弱的淘气快没力气时，土狼为报答炫迪的救命之恩，救了炫迪。然后和歪歪一起逃离。

影子武士派土狼投放瘴气蛋，龙骑团用含香草解除瘴气，并假装做游戏，把土狼引了过来，夺下一个瘴气蛋，这时土狼扔炸弹，淘气解除炸弹，骗过影子武士，用五龙合一的能量将他封住，影子武士用超级能量解开网罩，逃向赤焰山。

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为了唤醒九尾狐冰冷的心，龙骑团想出了三个计划：放视频，捏泥巴，授勋仪式，但是依然唤醒不了九尾狐，最后，九尾狐还借炫迪之手成功启动了能量激发器，菲菲、巴豆被封。

因为菲菲被封，触发了炫迪和龙骑团对九尾狐的怒火，双方展开激战。九尾狐不敌，欲自爆火灵珠与龙骑团同归于尽。蓝猫设法解除自爆，他不忍见九尾狐死于非命，抓人变成了救人。炫迪十分不解。

歪歪给土狼放假。蓝猫等人同九尾狐去雪山取寒香草，九尾狐连施手段，想毁掉寒香草，淘气为了保护炫迪和寒香草被封。

为了防止九尾狐再次作乱，咖喱主动承担看护任务。失去淘气的炫迪想要对九尾狐强行取珠，使计调开咖喱。因为火灵珠的紊乱，九尾狐无法抵挡炫迪的能量，痛苦万分，而这时被调开的咖喱赶了回来。

营地，歪歪暗中帮助九尾狐利用咖喱的善良解除了能量枷锁，咖喱被九尾狐用火灵珠的能量封住。而在风峡，蓝猫和炫迪携手取到火灵芝。

九尾狐以咖喱为诱饵诱发炫迪在没有火灵珠的情况下变身成为火龙，导致炫迪能量大量外泄，然而蓝猫又不愿意伤害九尾狐，炫迪岌岌可危。

和蓝猫分开的炫迪心中苦闷，不知如何是好。九尾狐突袭炫迪，炫迪节节败退，关键时刻土狼帮了炫迪一把，炫迪反败为胜。炫迪欲强行取珠，蓝猫突然出现救了九尾狐，炫迪十分愤怒，和土狼达成了统一战线。

蓝猫用能量阵暂时封住九尾狐，欲用明月之光帮助九尾狐，不料，歪歪袭来。蓝猫奋力抵抗，在一旁偷看的炫迪与土狼想趁蓝猫与歪歪不注意时杀了九尾狐。蓝猫假装被冰冻，引诱歪歪靠近，用烈焰吼打败了歪歪。这时蓝猫发现了炫迪和土狼的计谋用啸天的生命能量维护防护阵，并抵挡住炫迪的攻击，炫迪将绝招融合，打败了蓝猫，并破了防护阵。九尾狐用火灵珠力量攻击炫迪，蓝猫用身体抵挡。最终，蓝猫被九尾狐封印，在被封印之前，嘱咐了炫迪要用安全的方法取出火灵珠。

九尾狐与炫迪展开了一番激烈的追斗，炫迪用计谋困住了九尾狐，九尾狐射出的火龙弹被炫迪躲开，集中了炫迪后方的土狼，炫迪要强行取出火灵珠，九尾狐动用生命能量阻挡。炫迪想起之前答应蓝猫的话，停止了能量释放。九尾狐使诈击飞了炫迪，炫迪讲起了九尾狐与龙骑团的往事，九尾狐头痛欲绝，晕倒在地。炫迪用水的力量保护九尾狐，却被后方的土狼射出的导弹命中，与九尾狐一起掉下了悬崖。土狼也因为按错了按钮，也掉下悬崖。

炫迪和九尾狐坠入谷底寒潭，土狼依然穷追不舍。炫迪为救九尾狐，拼尽了全力封住冰洞，暂时抵挡住了土狼攻势。生命极其微弱的炫迪眼看就要沉沉睡去，九尾狐昏迷中对蓝猫的呼喊让炫迪从死亡的边境挣脱回来，他终于明白九尾狐是龙骑团的朋友。恰逢土狼破除冰壁，炫迪奋起一搏。

炫迪借月光之力欲逼出九尾狐体内的火龙珠。歪歪为防万一启动了火灵珠的爆炸程序。为了救九尾狐，炫迪牺牲了自己，而他的举动终于让九尾狐觉醒。

九尾狐和成功升级为火龙的炫迪闯入歪歪的垃圾基地解救龙骑团，没想到歪歪以龙骑团为人质要挟炫迪，炫迪陷入被动。

歪歪对突然回来的九尾狐自然有疑心。为了试探，歪歪派土狼监督九尾狐，土狼自作聪明试探失败。歪歪亲自出马，他命令九尾狐解决蓝猫，九尾狐眼角的一滴泪让歪歪确定九尾狐已经清醒。

炫迪按照九尾狐留下的密码潜入基地。歪歪派九尾狐和土狼执行任务，土狼为了抓住九尾狐叛变的证据，对九尾狐寸步不离。九尾狐甩掉土狼与炫迪汇合，启动控制器后发现这是一个陷阱，九尾狐和炫迪陷入困境。九尾狐深感内疚，不惜牺牲自己也要将炫迪送走，可是脱离危险的炫迪又跑了回来，两人双双被擒。

歪歪把炫迪投入垃圾污染炉，垃圾计划陡然加速。另一边，淘气和咖喱双双作出牺牲，换取了其他三人的自由。蓝猫等趁着基地混乱，带着九尾狐和受伤的炫迪逃离基地。

龙骑团护送受伤的炫迪回龙骑中心，但途中炫迪伤势加重，蓝猫决定停止赶路，治疗炫迪，但是土狼带领庞大的垃圾机器人部队紧追而至,炫迪的生命再一次危在旦夕，菲菲和巴豆被封，蓝猫，炫迪和九尾狐冲出包围。

龙骑中心内，果实母体融成晶体已到关键时刻，啦啦用自己本身的奥茨玛能量注入，哪知土狼突然来到想要毁掉晶体，啦啦要确保母体安全，又要对抗土狼，不久落于下风。最终，啦啦利用土狼彻底激发出本身的奥茨玛能量输给母体，使母体成功进化成晶体，自己却被土狼封住。

为了拿到晶体，蓝猫设计将土狼拖住，炫迪悄悄上山。上当后的土狼利用污染能源制造山崩，蓝猫设计再次抢先接近晶体。土狼加大污染力度，山体开裂，晶体掉入沟壑，情急中蓝猫奋勇跃入悬崖，将晶体抛出，自己却又一次被封存。

炫迪借助晶体激发三颗灵珠的力量，启动三态合一。土狼操纵三栖战车前来破坏三态合一，九尾狐为炫迪护法，力战土狼,九尾狐被封，炫迪成功完成三态合一。

歪歪的行星污染计划全面启动，地球环境被彻底破坏。为拯救地球，炫迪与歪歪展开了最终决战。炫迪选择与垃圾行星同归于尽，终于，地球恢复了生机。