ในปีที่ 11 ของยุคเมจิ ณ ใจกลางกรุงโตเกียว คามิยะ คาโอรุ ผู้สืบทอดสำนักดาบ “คามิยะคัตชินริว” กำลังตามล่า “มือพิฆาตบัตโตไซ” ผู้ทำร้ายคนในเมืองโดยแอบอ้างชื่อเพลงดาบในสำนักของตน คืนหนึ่งคาโอรุได้พบกับชายผู้ถือดาบ แต่เมื่อสอบถามกลับพบว่าเขาไม่มีเจตนาทำร้ายใคร “เขาเป็นมือพิฆาตบัตโตไซไหมนะ” ชายผู้นี้แนะนำตนกับคาโอรุที่ยังมองเขาด้วยความกังขาว่าชื่อ ฮิมุระ เคนชิน “คนพเนจร”

หลังคดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่อ้างชื่อคามิยะคัตชินริวคลี่คลาย ก็ผ่านมาหนึ่งสัปดาห์ แม้จะกู้ชื่อเสียงคามิยะคัตชินริวได้ แต่ลูกศิษย์ของคาโอรุก็ยังไม่กลับมา ระหว่างนั้นเอง กระเป๋าเงินของเคนชินก็ถูกเด็กชายที่ชื่อว่า เมียวจิน ยาฮิโกะ ชิงไป เคนชินสำนึกว่าตนผิด จึงยกกระเป๋าเงินให้ แต่ยาฮิโกะปฏิเสธการปฏิบัติราวกับเด็กของเคนชิน ดูเหมือนยาฮิโกะกำลังรวบรวมเงินด้วยเหตุผลบางอย่าง

ด้วยแรงบันดาลใจจากเคนชิน ยาฮิโกะจึงตัดสินใจเลิกเป็นหัวขโมย ปฏิเสธที่จะส่งเงินให้กับกลุ่มคันโตชูเอ ทำให้ถูกซ้อมอย่างหนัก ท่ามกลางสถานการณ์ที่สิ้นหวัง เคนชินบุกเข้ามาช่วยยาฮิโกะไว้อย่างหวุดหวิด ทำให้รอดพ้นจากสถานการณ์นั้นมาได้ แต่ยาฮิโกะรู้สึกเจ็บใจเป็นอย่างมากที่ไม่สามารถแก้ไขปัญหาด้วยตัวเอง และปรารถนาที่จะแข็งแกร่งขึ้น เมื่อเคนชินเห็นเช่นนั้น จึงรับตัวยาฮิโกะมาที่สำนักคามิยะ

เคนชิน คาโอรุ ยาฮิโกะ ไปกินหม้อไฟเนื้อด้วยกันที่ร้านอากาเบโกะ แต่แล้วเคนชินก็ถูกกลุ่มนักปฏิรูปที่ถกปัญหาอย่างตึงเครียดขว้างขวดเหล้าใส่ จนเกิดเรื่องวุ่นวาย ชายที่นั่งอยู่ในร้าน ชื่อ ซางาระ ซาโนสุเกะ ทนดูเรื่องที่เกิดขึ้นไม่ไหว จึงเข้ามาช่วยพวกเคนชิน เขาจัดการนักปฏิรูปจนกระเด็นโดยใช้แค่การดีดหน้าผาก ซาโนสุเกะมองฝีมือที่แท้จริงของเคนชินออกจึงสนใจขึ้นมา และพูดกับเคนชินว่า “มาลองสู้กับข้าดูไหม?”

เคนชินต้องเผชิญหน้ากับ ซางาระ ซาโนสุเกะ ชายผู้เหวี่ยงดาบยักษ์ “ดาบพิฆาตอาชา” ได้ราวกับเบาหวิวเหมือนขนนก เมื่อรู้ว่าการโจมตีดาบเดียวทำอะไรซาโนสุเกะไม่ได้ เคนชินจึงใช้วิธีระดมโจมตีใส่อย่างต่อเนื่อง ทำให้ซาโนสุเกะล้มลงไปกับพื้น จนดูเหมือนจะรู้ผลแพ้ชนะกันแล้ว ขณะที่ซาโนสุเกะกำลังจะหมดสติ เขาก็นึกถึงเรื่องของ “กลุ่มสาส์นแดง” ในอดีตเมื่อ 10 ปีก่อน ทำให้ไฟสู้ในตัวของซาโนสุเกะลุกโชนขึ้นอีกครั้ง

ผู้กองแห่งกรมตำรวจมาขอความช่วยเหลือจากเคนชิน ให้จัดการกับฆาตกรร้าย “คุโรงาสะ” ที่ไล่ฆ่าอดีตอิชินชิชิอย่างต่อเนื่อง เคนชิน กับซาโนสุเกะจึงไปคุ้มกัน ทานิ จูซันโร ผู้ได้รับสาส์นขู่ฆ่าจากคุโรงาสะ เมื่อคุโรงาสะปรากฏตัวออกมาตามเวลาที่นัดหมาย ก็ได้พบว่าตัวจริงของคุโรงาสะคือ มือพิฆาตผู้โดดเดี่ยว ที่มีชื่อเสียงในสมัยบากุฟุ “อุโด จินเอ” นั่นเอง

จินเอที่รู้จักความแข็งแกร่งของเคนชินสมัยเป็นมือพิฆาตบัตโตไซ ได้จับคาโอรุเอาไว้เป็นตัวประกัน เพื่อยั่วให้เคนชินโกรธทั้งสองคนเปิดฉากต่อสู้กันอย่างดุเดือด แต่เมื่อจินเอเห็นว่าฝีมือของเคนชินไม่ได้แข็งแกร่งเหมือนแต่ก่อน จึงสะกดคาโอรุด้วย “ด้านหนึ่งของจิต” นิไคโด เฮโฮ ทำให้คาโอรุหายใจไม่ออก มีเวลาแค่ 2 นาทีก่อนที่คาโอรุจะขาดอากาศตาย และแล้ว ความโกรธของเคนชินก็พุ่งถึงขีดสุด

สหายคนหนึ่งของซาโนสุเกะ เสียชีวิตเพราะเสพฝิ่นเกินขนาด ทั้งที่ฝิ่นเป็นยาเสพติดต้องห้ามราคาแพง ซึ่งคนธรรมดาไม่มีทางหาซื้อได้ ระหว่างที่ซาโนสุเกะกับเคนชินกำลังข้องใจกับเรื่องนั้น ก็มีหญิงสาวปริศนาคนหนึ่ง ชื่อว่า ทากานิ เมกุมิ ปรากฎตัวขึ้นต่อหน้าพวกเขา พวกเคนชินขับไล่พวกทหารของ ทาเคดะ คันริว ที่มาล่าตัวเมกุมิไปได้ แต่ก็ได้พบว่า เมกุมิมีฝิ่นติดตัวอยู่ด้วย

ฮตโตโก หนึ่งในกลุ่มโอนิวาบัง บุกเข้ามาโจมตีสำนักคามิยะคัตชินริว เพื่อชิงตัวเมกุมิ โดยใช้วิชา “สำลอกเพลิงสังหาร” วิชาที่โจมตีด้วยการพ่นไฟออกจากปาก กระหน่ำเข้าใส่เคนชิน และซาโนสุเกะ เมื่อเมกุมิเห็นว่าเคนชินคงจะชนะโอนิวาบังระดับกลางไม่ได้ จึงคิดจะแอบหนี แต่แล้วคาโอรุก็หยุดเมกุมิเอาไว้และพูดว่า “เคนชินกำลังต่อสู้เพื่อปกป้องเจ้าอยู่นะ” ทำให้เมกุมิเห็นถึงความเชื่อมั่นที่มีต่อความแข็งแกร่งของเคนชิน

หนึ่งสัปดาห์ผ่านไป กลุ่มโอนิวาบังยังไม่มีทีท่าว่าจะล่าตัวเมกุมิต่อ เมกุมิเริ่มคุ้นเคยกับการใช้ชีวิตที่โรงฝึกคามิยะคัตชินริวขึ้นเรื่อยๆ แต่ซาโนสุเกะกลับรู้สึกหงุดหงิดเพราะไม่อาจยอมรับที่เมกุมิเป็นคนสร้างฝิ่นซึ่งคร่าชีวิตสหายได้ จู่ๆ เมกุมิก็หายตัวไป โดยทิ้งจดหมายไว้ว่าเธอจากไปด้วยความตั้งใจของตน พวกเคนชินที่รู้สึกว่าเรื่องนี้มีบางอย่างแปลกๆ จึงมุ่งไปที่คฤหาสน์ของทาเคดะคันริวผู้หวังชิงตัวเมกุมิ

เคนชิน ซาโนสุเกะ ยาฮิโกะ บุกเข้าไปยังคฤหาสน์ของคันริวเพื่อช่วยเมกุมิ ผู้ที่ขวางทางพวกเขาอยู่คือ หน่วยสอดแนมแห่งกลุ่มโอนิวาบัง ฮันเนีย ผู้ใช้วิชาหมัด และมี “เคล็ดวิชาแขนยาว” เป็นไม้ตาย ทำให้เคนชินถึงกับตกที่นั่งลำบาก ระหว่างการต่อสู้ ในที่สุดเคนชินก็สามารถมองเคล็ดวิชาของฮันเนียออกได้ ขณะที่คิดว่าการต่อสู้รู้ผลแล้วนั่นเอง ฮันเนียก็ถอดหน้ากากออก และเผยใบหน้าที่แท้จริงของตนออกมา

ในที่สุดเคนชินก็พบชิโนโมริ อาโอชิ เสนาธิการโอนิวาบัง ช่วงปลายบากุฟุ ด้วยการยอมแพ้โดยไร้เงื่อนไขของโชกุน กลุ่มโอนิวาบังจึงหมดหน้าที่โดยยังไม่ได้สู้ สมาชิกที่รู้จักแต่การสู้จึงเสียเหตุผลในการมีตัวตนไป อาโอชิต้องการล้างความผิดหวังนั้นด้วยการชิงฉายา “สุดแกร่ง” จากเคนชิน เคนชินในฐานะอดีตอิชินก็ไม่อาจยกโทษให้ความไร้มนุษยธรรมของอาโอชิ และแล้ว สองมือสังหารแห่งยุคบากุฟุก็ปะทะกันโดยมีศักดิ์ศรีเป็นเดิมพัน

คันริวกระหน่ำยิงปืนแก็ตลิ่งอย่างบ้าคลั่งโดยไม่ไว้หน้าใคร แม้แต่กลุ่มโอนิวาบังที่เคยเป็นลูกน้องของตน เพื่อที่จะฆ่าเคนชินให้ได้ ต่อหน้าการกระทำอันอุกฉกรรจ์นั้น กลุ่มโอนิวาบังแต่ละคนก็แสดงความสามารถของตนออกมาต่อกรกับปืนแก็ตลิ่ง ในเวลานั้นเองที่กลุ่มโอนิวาบังกับเคนชินมีจุดมุ่งหมายเดียวกัน เคนชินกับกลุ่มโอนิวาบังจึงรวมพลังกันต่อสู้กับอาวุธยุคใหม่

ยาฮิโกะ ลูกศิษย์เพียงคนเดียวของสำนักดาบคามิยะคัตชินริว เริ่มจะโดดฝึกและออกไปที่ไหนสักแห่งบ่อย ๆ ถึงเจ้าตัวจะบอกว่าไปเดินเล่น แต่คนที่ตั้งใจร่ำเรียนวิชาดาบอย่างยาฮิโกะคงไม่มีทางอู้เพื่อออกไปเดินเล่นแน่ เคนชิน คาโอรุ ซาโนสุเกะ จึงเกิดสงสัยขึ้นมา และเริ่มสะกดรอยตามยาฮิโกะ แท้จริงแล้วเป้าหมายของยาฮิโกะคืออะไรกันแน่?

เคนชิน คาโอรุ และยาฮิโกะ ได้ออกมาฝึกวิชาที่โรงฝึกมาเอกาวะ ในตอนนั้นเองก็มีนักดาบที่ชื่อว่า อิสึรุงิ ไรจูตะ บุกเข้ามา และพูดถึงเพลงดาบในยุคปัจจุบันว่าไม่มีอนาคต เขาเชื่อมั่นในต่อสู้ด้วยดาบจริงเท่านั้น และดูถูกการต่อสู้ด้วยดาบไม้ว่าเป็นเรื่องอ่อนหัด อาจารย์ของโรงฝึกมาเอกาวะ ไม่ยอมให้โรงฝึกถูกถล่มได้ง่าย ๆ จึงได้ท้าประลองกับไรจูตะ แต่ทว่า...

เมื่อไรจูตะเห็นว่าเคนชินไม่เห็นด้วยกับการบูรณะวิชาดาบสังหาร จึงมองว่าเคนชินเป็นศัตรูและเริ่มต่อสู้กับเคนชินด้วยดาบจริง แต่แล้วเคนชินก็สามารถหักดาบของไรจูตะได้ ทำให้การต่อสู้ยุติลง วันต่อมา ยูทาโร่ เด็กชายที่เป็นลูกศิษย์ของไรจูตะมาที่โรงฝึกคามิยะ เพื่อท้าดวลกับยาฮิโกะที่เป็นคู่แข่ง แต่เมื่อจับดาบไม้ไผ่ ก็เห็นว่าวิธีจับดาบของยูทาโร่นั้นมั่วซั่วไปหมด..

ยูทาโร่โดนคมดาบของไรจูตะเข้าไปจนแขนขวาเป็นแผลฉกรรจ์ ทำให้เขาไม่สามารถเหวี่ยงดาบได้อีกตลอดชีวิต ยาฮิโกะที่ปกติทะเลาะกับยูทาโร่เป็นประจำ รู้ว่ายูทาโร่ทุ่มเทให้กับการฝึกดาบแค่ไหน จึงจับมือยูทาโร่ และพาออกจากสถานพยาบาลเพื่อไปดูการประลองของเคนชินกับไรจูตะ ในป่ายามค่ำคืนนี้ การดวลที่ลุกโชนไปด้วยไฟแห่งความโกรธของเคนชินกับไรจูตะกำลังจะเริ่มขึ้นแล้ว

ซาโนสุเกะถูกไหว้วานจากทาเอะ ที่ทำงานอยู่ร้านหม้อไฟ “อากาเบโกะ” ที่เขาชักดาบประจำ ให้ไปซื้อภาพเขียนพู่กัน เมื่อถึงร้านขายภาพ ปกติแล้วซาโนสุเกะไม่สนใจภาพวาดเท่าไหร่ แต่กลับสะดุดตากับภาพวาดภาพหนึ่งซึ่งเป็นภาพของหัวหน้าซางาระที่เขาเทิดทูนสมัยอยู่กลุ่มสาส์นแดง นั่นทำให้ซาโนสุเกะเปลี่ยนท่าทีในทันใด และมุ่งไปหาจิตรกรที่วาดภาพนั้น

ในขณะที่เคนชินและพรรคพวกต่างจิบน้ำชากันอย่างเพลิดเพลิน ก็ถูกรบเร้าให้เล่าเรื่องราวในช่วงที่เขาท่องเที่ยวพเนจร ทุกคนคาดหวังให้เป็นเรื่องของการปราบวายร้ายที่สนุกสนานและหาฟังได้ยาก เคนชินจึงเล่าถึงการผจญภัยในโยโกฮาม่า เมืองที่ชาวตะวันตกอยู่อย่างคับคั่ง เป็นเรื่องของแพทย์ชาวต่างชาตินามว่าเอลเดอร์ ผู้สวมหน้ากากปิดบังตัวตนตลอดเวลา

เคนชินผู้เคยเป็นอดีตมือพิฆาตที่หวังจะทำให้โลกเกิดสันติสุข เข้าใจความรู้สึกของหมอเอลเดอร์ผู้หวังจะทำให้โลกนี้เป็นโลกที่ผู้คนไม่เจ็บป่วย แม้ตนเองจะถูกมองว่าประหลาดก็ตาม ในขณะเดียวกันหมอจอมโลภ อิชิซึ เอดัน มองว่าการที่เอลเดอร์รักษาคนป่วยโดยไม่คิดเงินจะเป็นการทำให้ตนเองเสียผลประโยชน์ จึงจ้างนักดาบชาวตะวันตกที่ชื่อเอลปิรัลให้ไปกำจัดหมอเอลเดอร์ แต่ว่าเป้าหมายของเอสปิรัลกลับเป็นอีกเรื่องหนึ่ง...

ตำนาน "ฮิโตคิริ บัตโตไซ" ที่เคยน่าหวาดกลัวในช่วงปลายยุคสมัยเอโดะได้หายไป จนเวลาล่วงเลยมาถึงปีที่ 11 ของยุคสมัยเมจิ เรื่องราวโรแมนติกของนักดาบแห่งยุคสมัยเมจิ เคนชิน ฮิมูระ ผู้ปฏิญาณว่าจะไม่ฆ่าฟันใครและใช้ชีวิตในยุคสมัยใหม่ กำลังจะเริ่มขึ้น!

เคนชินเอาชนะอากามัตสึ อารุนโดมาได้ และเมื่อกลับไปที่โรงฝึกคามิยะ เขาก็ได้พบกับไซโต้ ฮาจิเมะอีกครั้ง เนื่องจากไซโต้มาในฐานะเจ้าหน้าที่ตำรวจที่ชื่อ ฟุจิตะ โกโร่ พวกคาโอรุจึงต้อนรับเขามาที่โรงฝึก ไซโต้ตำหนิความอ่อนหัดของเคนชินที่ไม่ฆ่าคน ระหว่างที่เคนชินวางมือจากการเป็นมือพิฆาตตลอด 10 ปี ไซโต้กลับลับฝีมือและจิตสังหารของนักฆ่าให้เฉียบคมมาตลอด และเริ่มแยกเขี้ยวใส่เคนชิน

ผู้ที่ปรากฎตัวขึ้นต่อหน้าเคนชินและไซโต้ คืออดีตนักปฏิวัติอิชินแคว้นซัตสึมะ เสนาบดีกระทรวงมหาดไทยคนปัจจุบัน โอคุโบะ โทชิมิจินั่นเอง โอคุโบอยากให้เคนชินไปหยุดแผนการร้ายที่เกียวโตของชายที่เป็นผู้สืบทอดตำแหน่งมือพิฆาตบัตโตไซ ซึ่งน่าจะตายไปแล้วเมื่อสิบปีก่อน ชายคนนั้นถูกรัฐบาลมองว่าเป็นตัวอันตราย จึงถูกสังหารโดยพวกเดียวกัน และแล้วเคนชินจะตอบรับงานลอบสังหารนี้หรือไม่....?

เคนชินตัดสินใจจะต่อสู้กับชิชิโอ และออกไปจากโรงฝึกคามิยะ เพื่อจะไม่ให้ใครเข้ามาพัวพันกับการต่อสู้ เขาจึงมุ่งสู่เกียวโตผ่านทางถนนโทไคเพียงลำพัง ส่วนคนอื่น ๆ ที่ยังอยู่ที่โรงฝึกคามิยะในโตเกียว โดยเฉพาะคาโอรุก็เสียใจกับการจากลาของเคนชินเป็นอย่างมาก อีกด้านหนึ่ง ซาโนสุเกะ กับยาฮิโกะ ตัดสินใจจะตามเคนชินไปที่เกียวโต แต่ฮาจิเมะมาขวางทั้งสองคนเอาไว้ พร้อมกับพูดว่า “นี่ไม่ใช่เวทีของพวกเจ้า”

เมงุมิที่อยู่เฝ้าโรงฝึกคามิยะที่โตเกียวคนเดียว ได้บังเอิญเจอกับอาโอชิที่หวังจะแก้มือกับเคนชิน อาโอชิถามหาที่อยู่ของเคนชิน แต่เมื่อเมงุมิไม่ยอมบอก อาโอชิจึงขู่ว่า “ถ้าไม่ตอบมาล่ะก็ ตาย” ทันใดนั้นเองก็มีชายคนหนึ่งปรากฎตัวขึ้น อีกด้านหนึ่ง เคนชินที่มู่งหน้าสู่เกียวโตผ่านป่าในภูเขาฮาโกเนะ ก็ได้พบกับเด็กสาวคนหนึ่ง

เคนชินได้พบกับสาวน้อยที่ชื่อ มากิมาจิ มิซาโอะ ซึ่งเดินทางมาจากเกียวโตเพื่อตามหากลุ่มโอนิวาบังของอาโอชิ มิซาโอะเห็นเคนชินแสดงท่าทีตกใจ เมื่อได้ยินชื่อของอาโอชิ เธอจึงตื้อถามเคนชินเกี่ยวกับเรื่องนั้น แต่เคนชินเลือกจะปิดปากเงียบ แต่เมื่อได้เห็นความรู้สึกของมิซาโอะที่มีต่ออาโอชิ เขาก็รู้สึกซาบซึ้งและตัดสินใจร่วมทางไปเกียวโตกับมิซาโอะ แต่แล้วทั้งสองก็ได้พบกับเหตุบางอย่าง...

พวกเคนชินเข้าไปยังหมู่บ้านชินเงสึที่พี่น้องมิชิมะหนีออกมา ที่นั่นถูกเซนคาคุที่เป็นลูกสมุนของชิชิโอปกครอง ซึ่งเต็มไปด้วยบรรยากาศที่น่าหดหู่ของเหล่าชาวบ้านที่ต้องหวาดกลัวและยอมจำนนต่อความรุนแรง เคนชินมุ่งหน้าไปยังตำหนักชิชิโอพักอยู่พร้อมกับฮาจิเมะ ซึ่งได้ยินข่าวเกี่ยวกับสภาพของหมู่บ้านและเดินทางมาตรวจสอบพอดี ในขณะเดียวกัน เอย์จิก็ลุกท่วมไปด้วยไฟแห่งความแค้นและมุ่งที่จะล้างแค้นเซนคาคุให้ได้...

หลังจากที่โค่นเซนคาคุลงได้ ในที่สุดเคนชินก็ได้เผชิญหน้ากับชิชิโอ ทว่าชิชิโอกลับผิดหวังในวิธีการต่อสู้ที่ไม่สังหารศัตรูของเคนชิน และจึงมอบหมายให้เซตะ โซจิโร่ ซึ่งเป็นมือขวาของตนรับมือกับเคนชินแทน และจากไปพร้อมกับโคมะกาตะ ยูมิ เพื่อจะไล่ตามชิชิโอให้ทัน เคนชินต้องประมือกับโซจิโร่ กลายเป็นการดวลที่ต้องประชันกันด้วยวิชาชักดาบของผู้ที่มีความเร็วระดับเทพทั้งสอง

ระหว่างที่ซาโนะสุเกะหลงทางอยู่ในป่า เขาได้พบกับอลัชชีรูปหนึ่งชื่อว่า ยูคิวซัน อันจิ เมื่อได้เห็นวิชาของอันจิ ซาโนะสุเกะจึงขอให้อันจิสอนวิชานั้นให้ นั่นคือเคล็ดแห่งการทำลาย “สองกระแทกสุดยอด” อันจิตั้งเงื่อนไขให้ซาโนะสุเกะฝึกฝนให้สำเร็จในหนึ่งเดือน ไม่อย่างนั้นจะต้องชดใช้ด้วยชีวิต แต่ซาโนะสุเกะกลับบอกว่าจะฝึกให้สำเร็จภายในหนึ่งสัปดาห์ การฝึกฝนที่เดิมพันด้วยชีวิตของซาโนะสุเกะจึงเริ่มต้นขึ้น...

เมื่อเคนชินกับมิซาโอะมาถึงเกียวโต โอคินะ หรือชื่อจริงว่า คาชิวาซากิ เนนจิ คุณปู่ผู้อุปถัมภ์มิซาโอะ ก็ต้อนรับเคนชินให้พักที่โรงเตี๊ยม “อาโอยยะ” เคนชินตกใจที่โอคินะมองออกทันทีว่าตนคือบัตโตไซ แท้จริงแล้ว โอคินะเคยเป็นหน่วยลับกลุ่มโอนิวาบังมาก่อนนั่นเอง เมื่อโอคินะเสนอตัวช่วยเคนชิน เคนชินจึงขอให้เขาช่วยตามหาคน อีกด้านหนึ่งคาโอรุกับยาฮิกะที่เพิ่งมาถึงเกียวโต ก็บังเอิญพบกับอาโอชิในเมืองเข้า

เพื่อจะหาดาบใหม่ เคนชินจึงไปหาเซคู ผู้เป็นลูกชายของชัคคู ช่างตีดาบชื่อดัง ทว่าเซคูกลับเลิกตีดาบไปแล้ว เคนชินเคารพความคิดของเซคู จึงไม่ฝืนขอให้เขาตีดาบให้ อีกด้านหนึ่ง ที่ฐานของชิชิโอ โฮจิ หนึ่งในจุปปงกาตานะ ได้รายงานเรื่องของเคนชินกับชิชิโอ ในระหว่างนั้นเอง นักล่าดาบโจ จุปปงกาตานะอีกคนหนึ่ง ได้รู้ว่าดาบเล่มสุดท้ายที่ชัคคูตีขึ้นยังไม่ได้ตกไปอยู่ในมือของเคนชิน จึงมุ่งหน้าไปยังบ้านของเซคู

ในการต่อสู้กับจุปปงกาตานะ โจ ผู้มีฉายาว่า "นักล่าดาบ" ที่ความสามารถในการใช้ดาบหลากหลายแบบ เคนชินซึ่งมีเพียงดาบสลับคมที่หัก ต้องต่อสู้อย่างยากลำบาก แต่เพื่อปกป้องอิโอริ ลูกชายของเซคู และเพื่อความสงบสุขในยุคใหม่ เคนชินจึงต่อสู้อย่างไม่ย่อท้อ คำพูดของเคนชินที่ว่า “สิ่งที่สร้างยุคสมัยหาใช่ ‘ดาบ’ แต่เป็น ‘มนุษย์’ ผู้ใช้ดาบ” กระตุ้นใจของเซคู ทำให้เขาตัดสินใจมอบดาบเล่มสุดท้ายของชัคคูให้กับเคนชิน

ย้อนกลับไปในปีเคโอที่ 4 เคนชินพักพิงอยู่ในศาลเจ้าร้างแห่งหนึ่งขณะที่มีไข้ขึ้นสูง และได้ยินบทสนทนาอันไม่ชอบมาพากลของเหล่าทหารรัฐบาลใหม่ที่ไล่ล่าซากทัพ หลังจากกลุ่มทหารจากไป เคนชินก็หลับไปและฝันถึงคำพูดของชัคคูซึ่งทำให้เขาลังเลใจอยู่ เมื่อตื่นขึ้นมา ก็พบว่าตัวเองได้รับการดูแลอยู่ในบ้านของกิอิจิและภรรยาของเขา นี่คือเหตุการณ์ที่เคนชินได้ใช้ดาบสลับคมครั้งแรก หลังจากที่เขาต้องแบกรับอดีตไว้อย่างหนักอึ้ง

หลังจากได้ดาบสลับคมเล่มใหม่ เคนชินตัดสินใจไปจากอาโอยยะ เนื่องจากเกรงว่าทุกคนที่อาโอยยะจะได้รับอันตราย ในขณะเดียวกัน มิซาโอะได้ไปเยือนร้านเนื้อย่าง "ชิโรเบโกะ" ซึ่งคาโอรุกับยาฮิโกะได้ทำงานอยู่ที่นั่น มิซาโอะได้พบกับคาโอรุที่กำลังตามหาเคนชินอยู่เช่นกัน ในขณะเดียวกัน โอคินะซึ่งได้รับคำขอจากเคนชินให้ตามหาคน ในที่สุดก็เจอตัวบุคคลนั้นและจุดพุลสัญญาณบอกให้เคนชินรู้...

ที่กระท่อมของฮิโกะ เซจูโร่ ปรมาจารย์เพลงดาบล่องนภา พวกคาโอรุได้พบกับเคนชินอีกครั้ง เมื่อเซจูโร่ได้ฟังเรื่องราวที่เคนชินเดินทางไปช่วยเหลือผู้คนในฐานะคนพเนจรจากคาโอรุ เขาจึงตัดสินใจถ่ายทอด "สุดยอดไม้ตาย" ของเพลงดาบล่องนภาให้แก่เคนชิน ขณะเดียวกัน โอคินะได้รับจดหมายฉบับหนึ่งจากบุคคลปริศนา ผู้ส่งจดหมายคืออาโอชิ สหายเก่าของเขา...

โฮจิส่งกลุ่มเคียวโซบุกโจมตีอาโอยยะ เพื่อหวังจับตัวโอคินะและเค้นหาที่อยู่ของเคนชิน แต่ก็กลับถูกคนของอาโอยยะเล่นงานกลับซะเอง จากนั้นโอคินะส่งกลุ่มเคียวโซคนหนึ่งกลับไปยังฐานของชิชิโอเพื่อส่งสารท้าดวลถึงอาโอชิ เมื่อมิซาโอะกลับมาที่อาโอยยะ เธอสัมผัสได้ถึงความผิดปกติ และซักถามโอมาสุเกี่ยวกับที่อยู่ของโอคินะ แต่แล้ว...

หลังจากเอาชนะโอคินะได้ อาโอชิเดินจากไปโดยทิ้งมิซาโอะไว้เบื้องหลัง และไปพบกับกลุ่มโอนิวาบังที่เหลืออยู่ที่อาโอยยะเพื่อถามที่อยู่ของเคนชิน แต่เพราะคำพูดของยาฮิโกะกับคาโอรุ อาโอชิจึงตัดสินใจไปรอเคนชินอยู่ที่ฐานลับของชิชิโอ ขณะเดียวกัน โอคินะซึ่งบาดเจ็บสาหัสได้รับการรักษาจากเมกุมิที่เดินทางมาถึงเกียวโตได้ทันเวลา ทำให้รอดชีวิตมาได้อย่างหวุดหวิด และแล้วมิซาโอะก็ตัดสินใจเรื่องสำคัญอย่างหนึ่ง...

เพื่อการเรียนสุดยอดไม้ตาย เคนชินได้ประดาบกับฮิโกะ เซจูโร่ และสามารถโจมตีโดนเซจูโร่อย่างหวุดหวิด เซจูโร่จึงสอนวิชาทรงพลังที่จู่โจมจุดตายเก้าจุด้วยความเร็วสูงสุดซึ่งเรียกว่า "นาคานพเศียร” เคนชินสามารถจับทุกการเคลื่อนไหวได้และใช้ "นาคานพเศียร" ได้สำเร็จในครั้งแรก อย่างไรก็ตาม "นาคานพเศียร" เป็นเพียงวิชาสำหรับฝึกฝนสุดตายไม้ตายสุดท้ายเท่านั้น นั่นคือ "นาคาอสุนีบาตทะยานฟ้า"

หลังจากเรียนสุดยอดไม้ตายสำเร็จ เคนชินพยายามรักษาชีวิตของเซจูโร่ที่บาดเจ็บสาหัสเอาไว้ ขณะเดียวกัน ที่ฐานของชิชิโอ สมาชิกของจุปปงกาตานะเริ่มทยอยมารวมตัวกัน ทั้ง อุซุย ผู้มีตาที่ใจ คามาทาริ ผู้ใช้เคียวที่แต่งตัวเป็นหญิง ไซสึจิ ชายชราร่างเล็ก และฟูจิ คู่หูร่างยักษ์ รวมถึงอาโอชิ เมื่อจุปปงกาตานะมารวมตัวกันครบ ชิชิโอประกาศต่อหน้าพวกเขาว่า ในคืนพรุ่งนี้ ปฏิบัติการ "เกียวโตทะเลเพลิง" จะเริ่มต้นขึ้น

โกอิจิ โทคุจิ ชูโซ และโทชิโระ ที่เป็นลูกสมุนของชิชิโอ ได้เริ่มเตรียมแผนการในช่วงก่อนรุ่งสาง แต่เมื่อพวกเขาเจอกับเจ้าหน้าที่ตรวจตรา ก็พลาดท่าจนต้องถอนตัวกลับไปโดยไม่ได้เตรียมการให้เสร็จ อุซุยจึงตัดสินลงโทษประหารพวกเขาเพื่อเป็นแบบอย่าง แต่แล้วก็เกิดเรื่องบางอย่างขึ้น... จากนั้น เหล่าลูกสมุนของชิชิโอที่ฮึกเฮิมขึ้นมาด้วยคำปราศรัยของชิชิโอ ก็กำลังจะเริ่มแผนเกียวโตทะเลเพลิงแล้ว

เคนชินและไซโต้เห็นว่าเป้าหมายที่แท้จริงของชิชิโออาจอยู่ที่โอซาก้า เพื่อหยุดยั้งแผนวางเพลิงเกียวโต เคนชินจึงส่งจดหมายขอความช่วยเหลือไปยังอาโอยยะ ขณะเดียวกัน ไซโต้ก็มอบหมายให้ อาราโตะ ผู้เป็นสารวัตรใหญ่รับหน้าที่บัญชาการสถานการณ์ที่เกียวโต และรีบมุ่งหน้าไปยังอ่าวโอซาก้าโดยใช้รถม้า ระหว่างนั้น โอมิ ตำรวจอาวุโสคนหนึ่ง ได้พาเด็กหนุ่มอายุ 11 ปีชื่อ จูโร่ ที่ต้องการพบกับอาราโตะมาหา...

ในเวลาเที่ยงคืน แผนวางเพลิงเกียวโตของพวกชิชิโอก็เริ่มขึ้น ในขณะที่โกอิจิและพรรคพวกกำลังจะออกปฏิบัติการ พวกเขาก็เห็นกลุ่มชิชิโอบางส่วนถูกตำรวจไล่ล่า อีกด้านหนึ่งเฮนยะก็รู้สึกหงุดหงิดมากที่ไม่เห็นไฟไหม้เสียที และแล้วก็มีคนส่งข่าวมาบอกจุปปงกาตานะที่เตรียมพร้อมอยู่ เมื่อรู้ข่าวนั้น จุปปงกาตานะแต่ละคนก็เริ่มเคลื่อนไหว ส่วนฝั่งเคนชินที่เดินทางถึงอ่าวโอซาก้า ก็ได้พบกับสิ่งที่ไม่คาดคิด...

บนดาดฟ้าของเรือ "เรนโงคุ" การต่อสู้ระหว่าง เคนชินกับอาโอชิ เริ่มทวีความดุเดือดขึ้นเรื่อยๆ ในขณะเดียวกัน ซาโนสุเกะมุ่งหน้าไปยังห้องเครื่องยนต์พร้อมกับระเบิดที่ได้รับมาจากสึนัน เพื่อจะทำลายเรือให้ได้ ทว่า โฮจิ, ชูโซ, โทชิโระ และเหล่าลูกน้องของชิชิโอก็พยายามขัดขวางซาโนสุเกะเอาไว้ ขณะเดียวกันที่เกียวโต อาราโตะตัดสินใจเผชิญหน้ากับคามาทาริและเฮนยะเพียงลำพัง เพื่อซื้อเวลาให้พวกพ้องหนีรอดไปได้…

ในห้องเครื่องของเรือ ระเบิดที่ซาโนสุเกะขว้างถูกโฮจิหยุดเอาไว้ได้ เขาจึงใช้สองกระแทกสุดยอดอัดเข้าที่วาล์ว ทำให้น้ำทะลักเข้าเรือ ที่เกียวโต อุซุยปรากฏตัวขึ้นต่อหน้าคาโอรุ ยาฮิโกะ และมิซาโอะ ขณะที่อาราโตะเข้าต่อสู้กับคามาทาริและเฮนยะเพื่อถ่วงเวลา และโกอิจิไปที่สถานพยาบาลของเมกุมิเพื่อขอร้องให้ช่วยรักษาโทคุจิ ความรู้สึกนึกคิดของแต่ละคนต่างปะทะกัน แต่แล้วเปลวเพลิงเล็ก ๆ ที่ถูกมองข้ามไป ก็เริ่มลุกโชน

ในเมืองเกียวโต คาโอรุสังเกตเห็นความผิดปกติของมิซาโอะหลังจากกลับมาจากภารกิจดับไฟ ที่สถานพยาบาลของเมกุมิ ในที่สุดโอมิฟื้นขึ้นมา ทำให้จูโร่ร้องไห้ออกมาด้วยความโล่งใจ อีกด้านหนึ่ง ที่เท้าของโทคุจิมีป้ายดำที่หมายถึงเสียชีวิตถูกผูกติดไว้... ขณะเดียวกัน ที่อาโอยยะ เคนชินและพวกพ้องได้รับแจ้งจากโอมาสุว่าโอคินะได้สติแล้ว

ชิชิโอส่งสาส์นท้าดวลถึงเคนชิน, ไซโต้ และซาโนสุเกะ กำหนดการวันคือพรุ่งนี้ สถานที่คือศาลเจ้าร้างที่มีเสาโทริอิหกเสาที่อยู่ทางตะวันออกเฉียงเหนือของภูเขาฮิเอย์ ที่ฐานของชิชิโอ โฮจิเสนอแผนการเพื่อให้ได้ "ชัยชนะอันสมบูรณ์" แก่ชิชิโอ ขณะที่ที่จุปปงกาตานะต่างมารวมตัวกัน... ในคืนก่อนการต่อสู้ คาโอรุเข้ามาหาเคนชินที่กำลังเฝ้ามองท้องฟ้ายามค่ำคืน