在零号分部这个虚拟世界中，博格个体不必成为博格集合体的一部分，不会遭受生物力学的影响，也无需经历皮层植入。珍妮薇、贝拉娜与杜沃克渗透进一艘博格方块中，解救出能感受到自己个性的博格个体。

送几个从博格集合体中解救出来的小孩回家后，九之七博格植入物中的节点发生故障，医生无法治愈，需要进行移植，伊琪布因为自己年轻，可以适应而自愿捐献节点，但医生认为这么做伊琪布自己可能会小命不保，于是否定了这个方案。大家决定冒险接近博格飞船，从博格人身上偷一个节点下来，但不料因为节点离体时间过长，九之七无法使用，时间一点一滴地流逝，伊琪布开始做出大胆的决定……

派瑞斯驾驶着德尔塔飞艇参加了一次低曲速的飞船竞赛，并终于赢得了贝拉娜的芳心。

在收到一条来自星际舰队的数据流后，马奇游击队的船员开始遭到袭击。

一个外星小偷把医生的程序偷走并卖给了一家外星医院，迫于压力和希波拉底誓言，医生只好留下来救治病患。很快，他发现这里的社会受到一台计算机的控制，根据人们的地位、可能的社会贡献进行评估，把人们被分为不同的阶级，发明人——也是这里的实际控制者声称是为了节约社会资源。这里的很多人都患有疾病，需要一种特殊药物治疗，大多数人因为等级不够，无法获得足够的治疗而死去，而等级高的人他们可以享受挥霍不完的药物，医生受到良心的谴责，决心改变这里的一切……

航海家号收到了一个雷金纳德·巴克利的全息程序，然而这背后隐藏着佛瑞吉人的阴谋。

医生被迫将自己的程序存放在了九之七的博格植入物中，这让他第一次体验到了真正的知觉。

一艘外星飞船在一次袭击中失去了指挥官，哈里·金开始指挥这艘船。

希罗吉恩人改进了航海家号送给的全息技术，并导致了一场全息人物的叛乱。

全息人物首领唆使医生帮助他们“独立”。

航海家号突然遭受猛烈撞击，致使曲速核过载。查克泰回到舰桥意外地发现船上的时间轴断裂，不同区域的时间各不相同。

汤姆·派里斯与贝拉娜·朵芮丝准备要一个女孩，但贝拉娜儿童时期的不好经历让她下定决心要拿掉小孩的克林贡DNA。

航海家号从一艘受损的外星飞船中救出了一群罪犯。

航海家号被拖进了一片死寂的空间，困在里面的船靠打劫其他船只为生。

航海家号的船员被洗脑，并在一颗工业行星上开始了新的工作。只有查可泰、金、尼利克斯与医生可以救他们。

查可泰等人去营救那些丧失记忆的船员。

九之七在全息甲板上训练自己的社交能力。

Q把他的儿子（Q2）留在了航海家号，让他向船员们学习。

医生以船员为原型，创造了一部全息小说，并联系出版商，打算在第一象限发表。

几年来船员们第一次接到了来自星际舰队的任务：寻找失踪的探测器。

九之七与查可泰被困在了一颗有原始人的行星上。

航海家号发现了一处塔莱克斯人的殖民地，他在帮助殖民地建立护盾的同时，和一名塔莱克斯女性相爱了。他难以在留下与离开之间做出选择。最终，尼利克斯选择留下。

一群外星人强迫医生帮助他们盗取航海家号的曲速核心。

来自未来的凯瑟琳·珍妮薇中将带来了25世纪的先进技术，带领航海家号进入了一个星云，欲借博格超曲速枢纽返回地球。珍妮薇舰长否决了这一计划，并想给博格一个重重的打击。

珍妮薇中将决定牺牲自己，来做到一举两得。航海家号终于与博格人摊牌，两位珍妮薇执行了一项冒险的计划，珍妮薇中将被同化后释放了病毒，在瘫痪掉博格人的同时利用他们的超曲速通道重返地球。