Enquanto o Conselho do Caos procura pelo Fragmento do Prisma de Boscage, Sonic percebe que somente uma batalha poderá impedir os robôs de destruírem a floresta.

Para salvar a tripulação do Capitão Terrível e recuperar o Fragmento, Sonic precisará ser rápido. Por sorte, uma aliada inesperada surge para ajudá-lo.

A tripulação do Capitão Terrível questiona a lealdade de Sonic, transformando amigos em inimigos bem no meio da batalha em alto-mar pela posse do Fragmento.

O Conselho do Caos retorna à Cidade de Nova Yoke, e está mais poderoso do que nunca. Agora, é hora de os rebeldes saírem das sombras e encararem a batalha.

Sonic encontra um adversário à altura: Sonic do Caos, uma versão robô de si mesmo. Enquanto isso, o Conselho do Caos decide expandir seu império.

Para montar o Prisma do Paradoxo, Nine e Sonic precisam encontrar um portal seguro. Será que eles vão conseguir?

Enquanto Nine monta o Prisma do Paradoxo, Shadow e Sonic travam uma batalha feroz contra o Conselho para ganhar tempo. Mal sabem eles que uma grande surpresa está vindo.