六月十八日，武警战士宁檬陪母亲来延州人民医院检查身体，正当二人讨论病情时，一群恐怖分子冲入医院，对人民群众进行施暴。在简单安顿好母亲后，宁檬立刻加入到紧急救援当中。此时，中国武警延州支队反恐特战大队队长秦观和陈浩哲正好途经医院，看到了被歹徒追杀的人民群众，秦观在冷静指挥陈浩哲报警后就加入到救援当中。

在严苛的考核中，被淘汰的战士们都忍着泪水与蓝色闪电突击队告别。在3分钟搏斗逃生的考核中，宁檬突然被打晕，在千钧一发之际，她战胜了自己的心理压力，以最后一名的成绩留了下来。在战士们努力训练的同时，恐怖分子也在暗中密谋着计划。他们要找到詹姆斯博士留下的新能源方程式，进而垄断新能源市场。休息时宁檬向李思思讲述了自己一定要进入蓝电的原因。

宁檬立誓要成为一名军人，继承哥哥的遗志。考核训练升级，这次队员们要在半夜进入丛林，在规定时间内找到属于自己的徽章。整个丛林中险象环生，队员们决定结伴前行，突然有人炸伤了胳膊大腿，恐惧指数升级。越过重重困难，战士们终于找到了自己的徽章，但依然有人被淘汰。

秦观不得不接受了组织的安排，将宁檬留下来。藏在暗处的恐怖组织首脑吴梅再三催促吴杰，要不惜一切代价找到新能源方程式。除此之外，他们还准备破坏新能源大会以保住他们的利益。恐怖分子找上了詹姆斯博士的合伙人，仍未找到博士留下的数据，残忍地将人杀害。秦观带领队员户外训练时，突然一辆车违规冲出检查岗。秦观当即下令让战士们原地展开救援，他则跃上汽车一路追击歹徒。宁檬放心不下，于是跟了上去。

宁檬替李思思解了围，在蓝电选拔阶段与李思思的友情升级。蓝电男兵也秦观的带领下越来越团结。看到宁檬的表现，精通心理学的文静不禁想到牺牲的宁磊，原来文静与宁磊曾经是一对恋人。严酷的选拔考核进行到最后一轮，这次每名队员都需要从三名“绑匪”手中解救人质。淘汰赛中，由于敌我比例悬殊，单独执行任务的队员纷纷被淘汰。指挥室里秦观道出了这场比赛的用意，原来这场比赛的核心就是要培养队员的团队意识。

秦观通知“绑匪”将最后一名人质转移到三号车间，他指挥在场所有人在有限时间内抢夺最后一个名额。所有人都追击“绑匪”和人质来到天台，宁檬与高小伟配合，抢夺最后一个名额。童梦瑶此时秦观下令实行B方案，匪徒突然向众人开枪，慌乱之余，郭小伟被队友梁伟丽“爆头”，患有“斯德哥尔摩”的“人质”一边扫射一边从天台跃下，宁檬不顾自身安全，抓起地上的绳子毫不犹豫的跟随“人质”跃下，拿到最后晋级名额。

在饭局上，秦观被曹总的合作伙伴丁总为难，却偶然发现丁总是之前被捕毒贩的哥哥。曹总当即决定不再与丁总合作，并且秦观和严大民之间浓浓的战友情谊令曹总感动不已，决定让严大民进自己的公司工作。“闪电行动”日期越来越近，蓝电突击队训练升级。在配合训练中，宁檬因之前伤痛服用过量止痛片产生副作用，在“两两”协作的配合训练中开了小差，梦到临时处突任务，在即将击毙犯罪分子的时候突然出现死去哥哥的影子。

熟悉黑客技术的恐怖组织S集团成员李丽利用网络攻击武警的指挥系统，却被童梦瑶借机锁定位置。秦观立刻指挥宁檬等人去追击李丽，陈浩哲带队去追击 逃跑的马明。出租屋内指挥的李丽和吴杰发现位置暴露，立即准备逃跑，马亮担心哥哥马明决定留下边应对武警指挥马明逃生。陈浩哲等男兵在通风管道内失去匪徒的踪迹。宁檬与徐冬冬等人来到出租屋内与留守的马亮正面交火，马亮将指挥电脑砸坏后逃跑，徐冬冬和李思思随机追击。

恐怖组织s集团抢夺新能源资料的任务失败，还提前泄漏了要在新能源大会召开之间制造恐怖爆炸的信息，吴杰大发雷霆，但当看到秦观的信息时计上心头，准备从秦观父亲处下手，原来秦父是此次新能源大会召开会展中心的总承建商。吴杰利用资源找到做灯饰生意的刘羽希，扶持她参与会展中心的招标，企图通过灯光运输及安装将炸弹带入会场。

林奕父亲得知了林奕被处分的事，立即打电话过来怒斥林奕。林奕向徐冬冬吐露心声，原来林奕出身于军人家庭。虽然从小受到他人的羡慕，但同样也承受着家里带来的心理压力。徐冬冬了解情况后，耐心劝导林奕，二人决定要共同进步。蓝色闪电突击队授徽章仪式举行，14名蓝电成员在秦观的带领下在国旗下完成宣誓。蓝色闪电突击队正式成立，秦观带领战士们集体庆祝。

“炼炉”的训练男兵们已经经历过，但对于刚加入蓝电的女兵们却苦不堪言，残酷的训练让女兵们身上都挂了彩，教导员心疼不已，女兵们也相互鼓励着坚持。超负荷的宁檬再次出现幻觉，宁檬把自己内心的恐惧告诉了教导员，教导员指出这是心理上的问题。宁檬很受挫败，秦观得知宁檬的情况后，在雨中开导宁檬。

徐冬冬在宁檬等人的帮助下顺利通过索降科目。残酷的“炼炉”训练还在继续，下一个项目是抗眩晕训练，看似简单，实则难度非常大。几天训练下来，一向永争第一的杨姝还是没能克服生理障碍，没有通过抗眩晕科目的考核。热心宁檬找到教导员和队医庄茜，想寻找能够帮助杨姝的方法，却被“孤傲”的杨姝拒绝。

秦观看到女兵们拼命训练很欣慰，此时支队长打电话询问女兵们的训练情况，同时透露相关部门刚刚截获恐怖组织秘密囤货的一批新型能源材料—GHR3。这女兵们的拼搏精神也感染了男兵，大家纷纷加入训练中。为了打败男兵们，宁檬、童梦瑶等人在宿舍讨论接下来的男女对决战术，而男兵们因体型和力量优势根本不把女兵们放在眼里。最终的对决在野外山岭中进行，女兵们按照商量好的策略，采用逐个击破的方式，一时间打得男兵们措手不及，女兵们取胜。

蓝电突击队要竞选突击组长，宁檬、陈浩哲、杨姝三人都是正在考察的候选人。在做引体向上时宁檬和杨姝暗地较劲谁也不服谁，两人的较量吸引了大批围观的士兵，但二人最终因体力不支同时掉下单杠。男兵们在宿舍讨论竞选突击组长的事情，大家纷纷给男兵选手陈浩哲打气。宁、杨，陈三人还在为竞选突击组长暗自较劲的时候，大家迎来了更严酷的魔鬼周比拼。

在接下来紧张的急行军过程中，杨姝却突然晕倒。此时杨姝嗓子发炎又泡了水，发了高烧。蓝电本着不抛弃不放弃的精神，简单制作了担架，抬着杨姝冲向终点。蓝电突击队和特训队几乎同时到达了指定地点，面对这两支表现突出的队伍，支队长提议改变演习规则。两支队伍可以对抗，哪队先到达终点哪队算赢。最终蓝电成员率先到达终点，大家激动地抱在了一起。

一番努力后大家都取得了补给。顾不上身体的不适，大家纷纷狼吞虎咽地吃起来，但还没吃两口又开始了急行军。新的挑战开始，特训队和蓝电狭路相逢，这次的比拼是生吃牛肉。面对特训队的轻视，蓝电喊起口号给自己加油助威，最终蓝电获胜。蓝电在野外扎营休整，秦观趁机拿白天生吃牛肉的事刺激大家，让大家做好心理准备，随时应对挑战。

蓝电突击队又迎来了新的挑战，将与特训队抢夺勋章。陈浩哲带领男兵绕后去特训队偷袭，宁檬等女兵在营地留守引诱伏击。支队长决定给演习增加难度，派出暴风队加入，前去偷袭的陈浩哲等人被暴风队包围。埋伏在周围的特训队决定前去偷袭只剩女兵的蓝电营地，不想反被女兵们设计。女兵们利用自身的优势，分散引诱，设下陷阱，逐个击破，顺利拿到徽章。

童梦瑶受不住沙漠的恶劣气候，轻度中暑。大家齐心协力，挖了个沙坑给童梦瑶做物理降温。正在整休的突击队偶遇驼队，宁檬心起疑意，无人区怎么会出现驼队。宁檬决定利用女兵的优势，以看骆驼为由侦查他们运送的物资。虽然发现了端倪，但也惊扰了驼队，驼队趁机匆忙离开。

荆轲取完水，刚想离开，但水壶相互碰撞的声音引起了恐怖分子的怀疑。眼看行踪就要被发现，荆轲躲进水源才躲过一劫。驼队意识到此地不宜久留，匆匆离去。秦观让徐冬冬留在水源地照顾童梦瑶，自己带着队伍继续追赶驼队。林奕艰难地抵达营地，体力透支加上蝎子毒让林奕晕倒在营地门口。被救醒的林奕立刻跟部队汇报了情况，请求支援。

事件很快就在支队中传开，这也直接影响了宁檬竞选突击组长。晚上教导员把女兵们都叫到了办公室，唯独留下了宁檬和李思思。正当宁檬以为大家故意回避自己时，突然被叫到食堂。原来秦观发现今天正好是宁檬的生日，特意和大家精心准备了生日惊喜。恐怖分子李丽来到吴杰办公室，告知吴杰自己写匿名信诬陷宁檬的事情。

杨姝试图融入整个大队伍，给男女兵们带了水果为自己之前的行为道歉。突击组长之战终于来临，宁檬输掉了第一场无规则格斗。但一个合格的突击组组长看中的不仅仅是力量，宁檬凭借敏锐的观察力获得了第二场比赛的胜利。目前陈浩哲与宁檬各胜一局，势均力敌。最后的演讲比赛中，两人从不同角度对身上这身军装及肩上的使命做了诠释，双双博得喝彩。

最后在林奕的一再追问下，陈浩哲才说出了实情。原来陈母在家出了意外，浩哲想回到母亲身边去尽孝。秦观来到浩哲的家里，慰问了陈浩哲的母亲。秦观不想让浩哲离开特战队，所以想办法将自己的住房名额给了陈浩哲，让浩哲把母亲接到延州方便照顾。陈子晗以网络主编身份来酒店采访吴教授，想让吴教授考虑将自己的新能源技术武器化，并拿出5000万来利诱，但是被吴教授无情拒绝了。

童梦瑶利用信号追踪李丽，最终成功锁定了目标。陈浩哲立即开展抓捕李丽的行动，而秦观这时也带队到达砂石场进行解救吴教授。正要破门解救时，行动却被匆忙赶来的吴杰所干扰。恐怖分子挟持吴教授打算驾车逃跑，却被秦观识破。狡猾的南琪引爆了燃料桶来脱身，意识到危险的秦观飞身扑倒宁檬，两人都被热浪炸飞出去。

为了不拖累队长和其他队员，宁檬主动提出要调离蓝电。但是蓝电队员们却堵在门口跟政委求情，要宁檬调整好状态再回去，政委同意了大家的请求。李丽从广德能源逃走后就躲了起来，吴杰设计引出李丽，狠心将其除掉。为加快备战闪电行动，总队安排了指导组来蓝电指导新型武器装备的使用。这次特训秦观主动申请加入，得到了支队长的支持。

秦观来到秦父工作的地方看望秦父，却偶然得知刘羽希是会展中心灯光的承包商，秦观不禁怀疑起她接近秦父的目的。离开时，秦观借机提醒父亲别被有心人利用。但秦父已经完全信任了刘羽希，两人就这一点又展开了激烈的争吵。很快就到了宁檬回原部队的日子，宁檬仍然无法战胜心魔，只能准备离开。秦观送了一枚蓝电突击队的纪念章给宁檬当作离别礼物，宁檬小心地戴在胸前。

蓝电突击队要选出一名主狙击手，而这个人选将在林弈和杨姝当中产生。徐冬冬看到林弈身上被虫子咬出了很多红点，就去医务室帮林弈开了药顺便还给自己开了点泻药。徐冬冬想帮助林弈完成梦想，于是找到杨姝，想让杨姝退出比赛。但杨姝告诉徐冬冬自己会全力以赴，绝不退出。

林奕与徐冬冬经过交谈之后，化解了心结，林弈还送了徐冬冬一个自己用弹壳做的五角星项链。在战术交流会上，宁檬与秦观分别为自己的观点辩论。两个人从会上讨论到会下，依然没有向对方的观念妥协，最后不欢而散。李思思劝解宁檬，虽然坚持自己的想法是正确的，但也要注意自己的方式方法。宁檬觉得有道理，但在观点上宁檬还是和秦观意见不合。

秦观帮宁檬要回了被没收的小花，没想到小黄花已经枯萎了。为此，秦观特意采了一样的小花送给柠檬，宁檬很是感动。经过争取，童梦瑶也破格参加了干部战术交流会。童梦瑶提出了新的观点，新时代的反恐必须利用高科技手段才能打击犯罪。参会领导当即决定，以“瓦西伦人质事件”为蓝本开展模拟对抗。

通过双方的追博与逃脱，林弈与徐冬冬最终控制了王莎莎。但是王莎莎鱼死网破，想在自杀的同时炸死二人。危急关头，林弈用自己的身躯挡住了徐冬冬，自己却身受重伤。徐冬冬哭喊着让林奕不要离开自己，但林奕还是闭上了眼睛，英勇就义。最终，林弈被葬在了烈士陵园。武警领导在林弈的墓前宣读文件，林弈被追授烈士。

“闪电行动”即将展开，但目前蓝电因林弈牺牲，缺少一名狙击手，秦观与支队长商量后决定从特训队借调曲波来接替林奕的位置。赵云对秦观要调走曲波非常生气，因为曲波是他亲手培养了八年的战士，也是特训队唯一的狙击手。赵云回到队中，要求曲波称病休假，不想遭到了曲波的拒绝。特训队对曲波的选择很不解，但曲波有自己的想法。

蓝电与特训队要进行比赛，曲波主动申请要替蓝电出战。经过比拼，曲波以微弱的优势取得了胜利。他不仅赢得了比赛，同时也赢得了蓝电队员的认可，也让特训队员们放下了成见。蓝电突击队迎来大考核，这次考核以模拟实战的形式进行。特战队员们被缴械后，需要逃出监管并且救出人质到达指定地点。

陈子晗等人扮成维修摄像头的工作人员混入酒店，将事先装在摄像头里的炸弹取出安在了配电室。郭小伟在地下室排查时，利用探测器找到配电器的炸弹，紧急进行排爆。秦观和宁檬推测出了恐怖分子的意图，立即上楼前去营救欧奇夫妇。秦观和宁檬合力将杀手们制服，成功解除危机。欧奇夫妇来参加奠基仪式，秦观等人随行保护。

前去侦查的杨姝和曲波被老三控制住，杨姝在被迫与指挥车联系时，故意提到林奕，秦观等人立即意识到情况不对。杨姝和曲波被控制后，秦观带人来到屠宰场伺机营救。很快吴梅这边察觉到有武警后援赶到，对于武警这么迅速的反应感到很不解。吴杰看准时机，在吴梅面前诬陷朱老三，成功说动吴梅让自己去天台执行暗杀欧奇的任务。

很快郭小伟等人控制住了刘羽希，并立刻开展排爆工作。秦观、宁檬一路来到吴梅的办公室。宁檬率先进入，却被吴梅手握炸弹遥控器威胁，腿部中枪。秦观立即现身，和宁檬联手与吴梅进行打斗。吴梅受过专业的格斗训练，一时间秦、宁二人处在弱势，被吴梅趁机用碎酒瓶打伤。但吴梅也没有占到便宜，最终三人都因失血过多昏死过去。昏死过去的吴梅率先醒过来，四处寻找炸弹遥控器，妄图引爆炸弹。