SGC被一群眼睛发亮的外星人袭击后，Jack O’Neill被招回来领导到Abydos的第二次出征，他的任务是找到Daniel Jackson博士。Daniel发现了一间刻满涡形文字的古殿堂，而Carter认为这个是一张上百万星门地址的地图。   Sha’re和Skaara被敌人虏走，Jack和Daniel回到地球组成一个探险小组—SG1。他们去到Apophis的星球Chulak，发现Sha’re和Skaara已经变成宿主了，他们自己也被关了起来，后来被一个Jaffa所救：Apophis第一精锐Teal’c。

奥尼尔上校带领新的 SG-1 追踪阿波菲斯回到楚拉克星球，营救沙雷和斯卡拉，并与阿波菲斯的一名雅法守卫成为朋友。

   正当SGC被Apophis轰击时，Kawalsky少校在一场战役中被一只Goa’uld幼虫寄生。Daniel和Jack试图和它沟通但失败了，它控制了Kavalsky的心智。最后他企图逃跑时被Teal’c制服。

在Simarka星球SG1遇到一个类似于蒙古族的Shavadai族，这里女性是没有地位的。Carter被卖给一个族长，她逃跑失败后对这种制度发出了挑战，最后她打败了族长。

   从一个分为文明和原始两边的星球回来后，SG3和两个SG1队员感染了一种病毒并且迅速蔓延到整个SGC，被感染的人都会变得粗鲁、野蛮。剩下的未被感染的Teal’c和Daniel最终找到了疗法。

 SG1被派往调查SG9的失踪事件。他们发现SG9领队Jonas Hansen，Sam Carter的前任未婚夫把自己当成了神，残酷奴役着当地居民建造庙宇。Carter和她的队员们帮助当地的居民了解Hanson只是利用了科技而不是神的事实。

 一个奇怪的蓝色水晶袭击了O’Neill并复制了他跟随SG1回到地球。他去见O’Neill的前妻Sara并试图找到他们几年前意外死亡的儿子Charlie，然而Sara对他的行为迷惑不已并且地球的磁场会伤害这个水晶生命。最后他变成Charlie的形象和真Jack和Sara说再见。

SG1在一次埋伏Apophis的行动中反被Apophis所伤濒临死亡，一群和平的Nox人救活了他们，但他们是否对付得了Apophis和他的Jaffa？SG1试图帮助他们却似乎弄巧成拙。最后Nox用他们特有的方式解决了这个问题。

SG-1 发现了一群有魅力的人，他们衰老得非常快。当奥尼尔开始遭受同样的加速衰老，并且必须在这个星球上度过余生时，情况就变得个人化了。

Teal'c 和 O'Neill 被运送到 Asgard 设计的地下笼子，以保护外星世界免受 Goa'uld 的侵害。

SG-1 追踪了凯瑟琳·兰福德 （Catherine Langford） 的未婚妻，她于 1945 年进行了第一次星际之门之旅，并发现了一个古老的会议厅，其中可能隐藏着宇宙本身的秘密。

Teal'c 回到 Chulak 阻止他的人民给他的儿子植入幼虫 Goa'uld。

丹尼尔被一个有着隐藏目的的外星人俘虏，而 SG-1 则被说服相信他已经死了。

被放逐的 Goa'uld Hathor 在古老的石棺地球中被发现，并接管了 S.G.C.，希望组建一支新的军队来对抗星系领主。

一种神秘的痛苦消灭了一个星球上的所有人口，外加一个 SG 团队——除了一个年轻女孩。卡特与她成为朋友，但得知她被果阿乌尔德人利用。

Teal'c 必须为他在担任 Apophis 第一任首相期间犯下的罪行接受审判，当时外星世界的一位村民指认他是杀死他父亲的 Jaffa。

SG-1 团队从一个濒临毁灭的星球中拯救了一群先进的人类，必须在五角大楼抓住他们之前为难民找到新的家。

SG-1 的成员乘坐 P3X-989 到达并被打昏。他们醒来并返回地球，却发现他们并不完全是自己。

一个外星神器将丹尼尔传送到另一个现实，在那里他不是星际之门计划的一部分，而由 Teal'c 领导的 Goa'uld 正在入侵地球。

参议员金赛 （Kinsey） 来到 SGC 调查该计划，并确定美国预算的巨大消耗是否值得，这促使该团队回顾了过去一年的任务。

SG-1 在星际之门被关闭之前通过星门逃脱，并得知丹尼尔的替代现实幻象是真的：阿波菲斯正准备从上方攻击地球。该团队必须阻止 Apophis 和他的儿子 Klorel，后者居住在他们的朋友 Skaara 的身体中。