בפתיחת העונה התשיעית, טוני נורה ולא זוכר דבר. הוא עובד עם גיבס וד"ר קרנסטון בנסיון לזהות את התוקף שלו.

חייל מארינס בשם תומאס היל מתמוטט במסיבת חזרתו הביתה, לאחר שסומם ונדקר טרם הגעתו. הצוות חוקר מי אחראי לעניין.

הצוות נקרא לחקור את המקרה של פול בות' - קצין בחיל הים שנורה למוות בפארק לאחר ששוחח עם אשתו ההרה.

חברי הצוות חייבים להגן על מפקד בצי כשהם מגלים שמישהו מנסה להרוג אותו.

אביגיל בורין חוזרת לצוות בעת שקצין של חיל הים נורה למוות בעודו בודק ספינת מטען שהגיעה לנמל.

מותו של קצין בצי מתברר כרצח כאשר מתגלים נתונים חדשים על המקרה.

מטוס תובלה ב-130 המוביל גופות של חיילים שנהרגו באפגניסטן מתרסק, והצוות חייב לזהות במהירות את הגופות.

גיבס וזיוה נוסעים לאפגניסטן בחיפוש אחר גבריאלה פלורס, שם הם מגלים כי גבריאלה נמצאת בצרות.

אביו של טוני מואשם ברצח וטוני מושעה במהלך החקירה כשנאסר עליו להתערב בה.

כשקפטן בחיל הים נרצח בבית מלון, הצוות חוקר ומגיע ליעד האמיתי של הרוצחים, אישה בהיריון שמשרתת בחיל הנחתים ואשר התינוק שלה הוא היורש היחיד של אדמה במיקום אסטרטגי.

חקירת רציחתו של קצין בצי מוביל את הצוות אל איי-ג'יי בארט שמוביל אותם לפתיחת התיק של הסוכן סטראטון.

הצוות חוקר את מותו של קצין בכיר בצי שגופתו נמצאה באתר בנייה.

גיבס נורה במהלך עצירה שגרתית במעדנייה, והדבר גורם לו לראות דברים מזווית קצת אחרת.

כאשר קצין בצי נמצא מת עם תחפושת יוצאת דופן מתחת למדיו, טוני נאלץ לעבוד עם ארוסתו לשעבר כדי לאתר את הרוצח.

ד"ר רוברט בנקס, פסיכולוג של הצי, נמצא מת. נדמה שמדובר בהתאבדות אך הצוות פותח בחקירה.

כאשר הקצין וויילי נרצח לפני שהספיק לאסוף מידע אודות סוכן הנשק המושמץ אגה באייאר, גיבס משתלט מייד על התיק.

גיבס חייב לעבוד עם מזכיר הצי מאט קרייבן ועם ד"ר סמנתה ראיין (ג'יימי לי קרטיס בתפקיד אורח) כדי לגלות מי הדליף מידע מסווג.

במהלך חקירת רצח של קצין בצי, הצוות מובל אל גיסו של המפקח ואנס.

לאחר שגופתו של קצין בצי נופלת מהשמיים, טוני מסייע לזיוה והמנטורית שלה, מוניק, בחקירת המקרה.

הצוות מתמודד עם פירומן סדרתי, בעוד טוני מתאחד עם "הילד מבולטימור".

לאחר ההצתה על הספינה, חקירתו של הצוות מגלה כי מדובר באותו מצית סדרתי בו נתקלו בעבר.

כאשר מכשיר ציטוט נמצא בשן של נד דורנגט, הצוות עושה הכל כדי לעצור את הארפר דירינג.

בפרק סיום העונה, חברי הצוות מאויימים על ידי ארגון טרור, בעוד חתונתו של ג'ימי פאלמר ממשיכה כרגיל.