בפתח העונה השנייה, אחד הניצולים נבחר לבדוק את הצוהר המיסתורי. שאנון מזדעזעת, כשבעמקי הג'ונגל מתגלה בפניה דמות מוכרת מן העבר.

מה אירע בצוהר המסתורי, מנקודת מבטם של קייט ולוק, לפני הצטרפותו של ג'ק? במקביל, סוייר ומייקל מנסים להתמודד עם מה שאירע להם על הרפסודה, כשבמהלך הויכוח ביניהם הם כמעט ונטרפים ע"י כריש.

לוק, ג'ק וקייט מגלים עובדות חדשות על הצוהר המסתורי. במקביל, לאחר שהוכו ונלקחו בשבי, מנסים סוייר, ג'ין ומייקל לעמוד על טיבם של שוביהם. האם הם, כמותם בדיוק, מנסים לשרוד באי, או שמא מדובר ב-"אחרים"?

זכרונות מביכים מעברו מובילים את הארלי להתמודד עם משימה הקשורה בצוהר המסתורי. הוא חושש שכעת ינודה על-ידי חבריו לאי. במקביל, סוייר, מייקל וג'ין מגלים את זהות שוביהם, וקלייר מגלה בקבוק מלא במכתבים.

מייקל יוצא לבדו אל הג'ונגל, נחוש בדעתו למצוא את וולט, אך מגלה שהוא לא באמת לבד. על האי, סאן מחפשת בטירוף את טבעת הנישואין האבודה שלה, מה שמוביל לפלאשבק אל עברה הרחוק ואל סיפור היכרותה עם ג'ין.

פצעיו של סוייר מתחילים להזדהם, וחייו בסכנה. החבורה נאלצת להגביר את הקצב ולהסתכן בחציית הג'ונגל, באזור בו הותקפו כבר בעבר. במקביל, שאנון נתקפת פעם נוספת באותו חזיון של וולט, ותוהה האם מה שהיא רואה אכן אמיתי.

מה אירע לשורדים מזנב המטוס עד שפגשו ביתר הניצולים? פלאשבק אל יום ההתרסקות. השורדים נאלצים להגן על חייהם מפני תקיפות חוזרות של גורמים מסתוריים על האי, ואנה לוסיה הופכת באופן טבעי למנהיגת הקבוצה.

לאחר האירועים הטרגיים בג'ונגל, אנה לוסיה נתפסת לבהלה, ושמה את ביטחון כולם בסכנה. בינתיים, מר אקו לוקח את סוייר איתו כדי למצוא את הרופא, מה שמוביל לאיחוד דרמתי בין כל הניצולים של טיסת אושיאניק 815.

קייט הטרוטה מחוסר שינה שומרת על סוייר הקודח. היא בטוחה שנטרפה עליה דעתה כשהיא רואה סוס שחור שכבר ראתה בעבר, ובנוסף שומעת את אביה מדבר מגופו של סוייר. מר אקו מפתיע את לוק בפרט מעניין אודות הצוהר.

קלייר מספרת למר אקו על הפסל שצ'רלי מצא, והוא דורש שיקחו אותו במיידית אל מקום המציאה. מייקל מתקשר דרך המחשב מבלי שחבריו מודעים לכך, ומאמין שהוא משוחח עם וולט. קלייר אינה חפצה עוד בקרבתו של צ'רלי.

ג'ק, לוק וסוייר יוצאים בעקבותיו של מייקל, לאחר שמתברר כי יצא לחפש את בנו כשהוא חמוש ברובה ציד. בדרכם הם נתקלים ב-"אחרים". במקביל, מתגלים פרטים נוספים מעברו של ג'ק.

בעקבות חלום סוריאליסטי, צ'רלי מאמין שתינוקה של קלייר נמצא בסכנה, ויש לפעול להצלתו. לוק חושד בעקבות כך שצ'רלי חזר להשתמש בסמים. פרטים חדשים מעברו של צ'רלי מתגלים. במקביל, סוייר מעודד את הארלי להתקרב לליבי.

סן נפצעת במהלך ניסיון חטיפה, והניצולים חושבים שה"אחרים" הם האחראים לכך. סוייר וקייט חושדים כי מדובר בתכנית גדולה יותר. במקביל, סוייר מתבונן משועשע במתח ההולך ומחריף בין ג'ון, קיית', לוק, ואנה לוסיה.

דניאל רוסו, האשה המיסתורית, מובילה את סעיד אל שבוי שנתפס אצלה באחת המלכודות. לדבריו הוא התרסק על האי בדיוק כמותם. במקביל מבקש סוייר מהארלי שיסייע לו בסילוקה של חיה שמטרידה אותו: צפרדע עצים רעשנית במיוחד.

בעקבות מחלתו של אהרון, קלייר נחושה לגלות מה עבר עליה בזמן ששהתה בשבי בידי "האחרים". ניסיונותיה מובילים לפלאשבקים לאירועים שחוותה. במקביל, מר אקו מגלה עניין בשבוי, ומבקש מג'ק ולוק לאפשר לו פגישה עמו.

סאן חושדת שהרתה, ומתלבטת האם לשתף בכך את ג'ין. לאור כשלונם של ג'ק וסעיד, מגוייסת אנה לוסיה לחקור את האסיר הקשה לפיצוח. לאחר מכן יוצאים סעיד, צ'רלי ואנה לוסיה אל הג'ונגל, בנסיון למצוא סימוכין לדברי השבוי.

סוייר, הארלי וקייט משחקים פוקר, וג'ק מצטרף ומפגין ידע מרשים במשחק. לוק נלכד בתחנת הברבור, ונאלץ לסמוך על עזרת האסיר הלא סימפטי שמטפל בפצעיו, עד שמשלחת החיפוש נכנסת אל הצוהר.

הארלי מתחיל להרגיש שהאי משפיע עליו באופן מאד מוזר, כאשר הוא מתחיל להזות. ליבי מציעה לו את תמיכתה. במקביל, האסיר המכנה עצמו הנרי גייל חושף מידע אודות הצוהר, המצליח לזעזע את לוק.

ברנרד מנסה לשכנע את הניצולים לייצר מבנה שיהווה "אות מצוקה", ויגדיל את הסיכוי להצלתם. רוז מתנגדת בטענה שהוא נוטע בהם תקוות שווא. במקביל ג'ק וקייט יוצאים יחד לאזור של ה"אחרים", במטרה לבצע עמם עסקת חליפין.

מר אקו מנסה לגייס את לוק לעזרה בחיפושיו אחר מפה שראה בחלומו, שלדעתו מהווה פתח להבנת האי. במקביל, ג'ק, סוייר וקייט מנסים להתמודד עם המצב הנוראי השורר בצוהר, בעקבות ההתרחשויות הדרמטיות שאירעו בו.

מייקל מנסה לשכנע את סוייר, קייט וג'ק לסייע לו בשחרורו של וולט, שעדיין שבוי בידי "האחרים". במקביל, לוק נמצא במאבק פנימי בנוגע לפעולותיו הקשורות בצוהר.

מייקל מוביל את חבריו לעבר מחנה "האחרים". ג'ק וסעיד מחליטים לתקוף את העניין מכיוון אחר. במקביל, אקו ולוק רבים בעקבות נחישותו של לוק לבדוק מה יקרה כשהשעון בברבור באמת יגיע ל-0.

פרק אחרון לעונה. מייקל מוביל את חבריו לעבר מחנה "האחרים". ג'ק וסעיד מחליטים לתקוף את העניין מכיוון אחר. במקביל, אקו ולוק רבים בעקבות החלטתו של לוק לבדוק מה יקרה כשהשעון בברבור יגיע ל-0.