自从马丽娜成为奇迹宝盒的新一任守护者，她的生活发生了天翻地覆的变化。她没有办法再像以前那样随时跟朋友们聚会，和好朋友卢凯的每次见面也都以失约告终。因为有任务在身，她不得不经常找借口临时开溜，久而久之，卢凯察觉到马丽娜肯定有所隐瞒，他鼓起勇气询问真相，但马丽娜却不能向他坦白作为奇迹少女的特殊身份。卢凯觉得自己的坦诚没有换来马丽娜的信任，心里非常受伤，影魔蝶趁机挑拨离间，把卢凯黑化变成了“真相”。

艾俊和加贺美都过着被严格规划好的生活，却有不同的应对方式。艾俊遵从父亲的安排，只有在变成超级英雄后，才能做回自己。而加贺美却一直暗中反抗母亲，坚持自己的爱好。艾俊和加贺美在一起时，加贺美总有办法让两人秘密逃离大人的控制，获得短暂的自由。可是当艾俊需要变成黑猫罗尔时，为了守住身份的秘密，不得不欺骗加贺美。识破了艾俊谎言的加贺美非常伤心，她认为艾俊不珍惜自己这个朋友。

马丽娜最近情绪低落，为了守住超级英雄的秘密，她常常需要对朋友们甚至家人撒谎。 渐渐地，她开始怀疑自己，也无法相信他人。阿雅、鹿丝、艾莉、麦琳和朱莉发现马丽娜心事重重，都很担心她。她们决定想办法让马丽娜对她们敞开心扉，这样她们才能开导她，让她好起来。热心的几人来到马丽娜家里，阴差阳错之下差点发现米可幻奇的存在。马丽娜担心秘密暴露，催促朋友们离开，着急下甚至和她们吵了起来。朋友们认为马丽娜不信任她们，辜负了她们的好意，非常伤心失望。

自从马丽娜成为了米可幻奇守护者，她就几乎把所有心思都花在了守护巴黎的事情上。马丽娜一方面急切关心着周围人们的心情，另一方面专注于如何防止影魔蝶再次将黑化过的人黑化。当阿雅告诉她艾俊和加贺美两人因为闹矛盾而关系破裂时，她极度紧张，使出浑身解数说服加贺美，想要创造机会让他们重新和好。马丽娜得知艾俊要在游泳馆拍广告，于是拉着加贺美潜入馆内，吸引艾俊的注意。鲍勃为了讨好贾百立，用拉米尔的家鸽冒充和平鸽。艾俊对鸽子过敏，也因为马丽娜的捣乱而分心，广告拍砸了。

马丽娜遇见了米可幻奇的超凡守卫韩苏。韩苏找马丽娜是为了拿回宝盒。他知道马丽娜是奇迹少女，却不知道宝盒为何会在她这里，甚至怀疑宝盒是马丽娜偷来的。奇迹少女告诉韩苏宝盒是付大师交给自己的，韩苏认为付大师做事不靠谱，根本没有当守护者的资格，所以决定收回奇迹宝盒还有付大师的守护者手仗以示惩戒。可是付大师失忆了，当韩苏找到他的时候，付大师没有认出韩苏是超凡守卫，还把他当成了小偷。

马丽娜遇见了周怡，两人一见如故，但一开始马丽娜并不知道这位新朋友是寇伊同母异父的妹妹。周怡刚来到巴黎，非常迫切想要融入这个新的家庭。为了讨得寇伊的欢心，她被迫做了很多不想做的事，甚至要像寇伊一样傲慢。寇伊不喜欢马丽娜，要求周怡也要跟马丽娜划清界限。周怡一方面想要和马丽娜成为朋友，另一方面又想满足寇伊的期望，被寇伊接纳。她总是试图讨好所有人，却唯独无法做自己。因为不被朋友和家人接纳，她的内心十分苦闷，影魔蝶趁机将她黑化成踩踏者。

同学们筹划一起拍一部电影，马丽娜为这部电影设计了服装，寇伊同母异父的姐姐周怡也在其中担任了主演。寇伊一开始完全瞧不上这部电影，但在知道周怡当了主角后心生嫉妒，于是动用爸爸的关系说服了电影制片人，强行抢走周怡的角色，自己担当主角。为了让电影顺利拍摄，众人无奈妥协，但拍摄期间寇伊又为了满足自己的私欲，胡乱修改电影剧情。马丽娜忍无可忍，联合剧组其他成员反抗寇伊，并把她踢出了剧组，按照原剧本完成了电影拍摄。

马丽娜发现朱莉一直在帮鹿丝保守一个秘密，这让她变得心事重重。马丽娜有点担心朱莉，为了替她分担，马丽娜说服她把秘密告诉自己，并保证不会让鹿丝知道此事。朱莉于是告诉同学们鹿丝的身体不太好，但她是个积极乐观的人，所以她不打算把病情告诉大家。大家表面上装作不知道鹿丝的秘密，但是心里都很担心鹿丝，想尽办法“照顾”鹿丝。朋友们的反常举动让鹿丝很快意识到朱莉的泄密，从而让朱莉陷入了自责。

奇迹少女一些队友的身份已经被影魔蝶知道了，他打算利用这点揭开奇迹少女的真面目，于是暗中策划了一个新的阴谋。马丽娜和朋友们正在参加一场时尚派对，奥黛丽将在派对上为艾俊颁发时尚达人奖。影魔蝶制造出主持人亚力克的情绪怪兽，并利用他嘲讽和羞辱奥黛丽，导致奥黛丽被黑化成时尚女王。时尚女王解决了一个又一个奇迹少女的队友，最后只剩下阿雅、李诺和艾俊三人。影魔蝶制造出李诺的情绪怪兽，但不知情的阿雅把乌龟米可幻奇交给了他，李诺变身成龟甲佩斯。

马丽娜做了个噩梦，梦中影魔蝶发现了阿雅就是红狐蕾娜，这个梦让马丽娜惊慌失措。她虽然将狐狸米可幻奇长期托付给阿雅，但还是担心阿雅是否能够保管好狐狸米可幻奇。马丽娜匆忙去找阿雅说出自己的顾虑，这时影魔蝶创造出的情绪怪兽泡泡乐将阿雅的家人都困在了半空中的泡泡里，马丽娜也不幸中招，被困在半空中束手无策。泡泡乐让阿雅背叛奇迹少女和黑猫罗尔，只有这样才能救出大家。红狐蕾娜想了一个计划，创造出一个奇迹少女的幻象去诓骗泡泡乐和影魔蝶，不理解计划的黑猫罗尔差点坏事，好在最后有惊无险。

作为米可幻奇守护者，奇迹少女有时必须做出一些重要且艰难的决定，例如要让所有人都认为红狐蕾娜被逐出了超级英雄的队伍，这么做其实是为了瞒过反派，让拥有更强能力的隐狐蕾娜在暗中保护大家。为了完全保密，阿雅答应马丽娜绝对不会让其他人知道这个秘密，因此她不得不对最好的朋友李诺撒谎。之前他们两人无话不谈，彼此没有任何秘密，现在因为自己的特殊身份，阿雅时不时就要找借口搪塞李诺，还经常独自开溜。李诺觉得阿雅不再把自己当做最要好的朋友，他跟踪搜集证据却闹出了更大的误会。

过着双面生活的马丽娜很少关注生态环保的事，她的好友麦琳却一直在为环保做努力。近日，寇德市长提出了的孚日广场改造计划，把城市中的树木砍了，建造高塔来过滤空气，然后把过滤后的新鲜空气卖给市民们。麦琳等环保人士对此发起抵制，他们举动引起了更多市民对此事的关注，马丽娜和朋友们纷纷加入到麦琳的拯救孚日广场树木的行动中。寇德无法应对愤怒的市民，只能眼睁睁看着计划付诸东流。影魔蝶出现并表示可以帮他控制这些市民。

老师们要求学生在周末规划一下自己的未来职业，马丽娜发现她想做的事情实在是太多了，反而不知道自己真正想从事什么工作。艾俊也很迷茫，一直以来都是他的爸爸帮他安排好一切，但是他不知道自己想要做什么。两人在职业展会上遇见了卢凯，并从他那里得到了启发。与此同时，主持人亚力克很后悔自己曾经做出的职业选择，影魔蝶趁机将亚力克黑化成许愿者，赋予他实现他人童年梦想的能力。许愿者利用这个能力对付超级英雄，黑猫罗尔和奇迹少女不幸先后被许愿者击中，被迫暴露了自己的真实身份。

奇迹少女肩负巨大的责任，必须随时准备好拯救巴黎，但即便身为最伟大的超级英雄，马丽娜依然有一些无法逃避的事情，例如和家里人一起去伦敦拜访淑茵姨妈。可是巴黎不能没有奇迹少女，马丽娜灵机一动，把自己的米可幻奇托付给绝对值得信赖的伙伴阿雅，由她暂时替代自己作为守护巴黎的奇迹少女。在马丽娜离开巴黎这天，影魔蝶用病毒入侵了马格石的机器人马可夫，马可夫变成黑客怪，获得了通过电话控制接听人的能力。阿雅变身奇迹少女，被黑猫罗尔当成了反派一方的冒牌货，两人不打不相识，好不容易解开了误会。

马丽娜不太懂得如何拒绝他人的求助，这让她常常忙得焦头烂额。比如这次，马丽娜答应同时帮朋友照顾四个小孩。如何让孩子们共处一室已经很棘手，而艾俊在此时打来的求助电话更是火上浇油。去帮助艾俊之前，马丽娜将孩子们送到了爷爷家，拜托爷爷帮忙看孩子。爷爷难以适应复杂的现代世界，很多孩子都懂的事情他却不明白，所以感到十分焦虑和沮丧，他也因此成为了影魔蝶的目标。影魔蝶将他黑化成简单人，让他拥有简化一切的能力。被简单人的能力击中的人行为和思维都会简化，这让巴黎一度陷入混乱。

关于奇迹少女和黑猫罗尔的谣言越来越多，各种商家也趁机借这个话题炒作营销。雪糕商人安德烈又一次被黑化成了冰冻人，他同样坚信奇迹少女和黑猫罗尔两人是天生一对。贪玩的黑猫罗尔拿谣言打趣，但奇迹少女却很反感，她极力否认谣言，并斥责了黑猫罗尔。等他们击败敌人后，黑猫罗尔开始反思自己平时的行为，他因为惹奇迹少女发火而感到十分难过。他外出宣泄情绪，竟偶遇了马丽娜。马丽娜正在寻找一个练习对象，帮助自己练习在艾俊面前正常说话，这样她才能向艾俊发出合作邀请。

一年一度的国王饼日来了，吉娜送给孙女马丽娜一辆摩托，这个礼物在在家族中引起了争议。家人们纷纷对礼物发表意见，都认为自己才是最了解马丽娜的人，却没有人想过要问问马丽娜自己对这个礼物的看法。争吵中，影魔蝶趁此机会黑化了他们所有人，让烘焙狂人、狼爸、麒麟和贝法娜女巫同时出现在巴黎。奇迹少女和黑猫罗尔同时应付四人本来就有些吃力，雪上加霜的是，宝奇突然胃口大增，并且举止非常怪异，不仅偷吃他人的国王饼，甚至决私自使用创造的力量，制作出世界上最大的国王饼。

奇迹少女召来了9位超级英雄去对付一个坏蛋，而实际上她只要有黑猫罗尔和他的金刚利爪就够了。因为奇迹少女联系不上他，所以才选择下策。在韩苏大师看来，将黑猫米可幻奇交付给一个身份不明者的风险巨大。如果奇迹少女想继续当守护者，她必须想办法告诉韩苏大师黑猫罗尔的真实身份。可奇迹少女和黑猫罗尔不能知道对方的身份，所以她决定带响尾卢恩一同前去，在她问完黑猫罗尔身份之后，响尾卢恩将使用重来一次的超能力，这样奇迹少女就不知道了黑猫的身份了，而响尾卢恩也可以把黑猫的身份告诉韩苏大师。

那森和马克想要帮助马丽娜，让胆怯的她向艾俊发出合作邀请。他们制定了一系列计划，把执行地点定在了学校，那里能让艾俊暂时脱离他爸爸的掌控。然而寇伊躲在暗处用手机偷偷录下了他们的全部计划，并威胁要把一切都告诉贾百立，这样他就不会让艾俊再回来上学了。当晚，寇伊要去贾百立的宅邸参加宴会，她打算借这个机会去打小报告。马丽娜想要阻止寇伊，可是她没有受到邀请，好在那森和马克鬼点子多，他们让马丽娜乔装打扮成侍者混了进去。

马丽娜误认为艾俊是知名喜剧演员哈利的粉丝，在哈利的帮助下，她模仿小丑，试图逗笑艾俊。但马丽娜演得不好，不仅没有逗笑艾俊，还让场面一度变得很尴尬。马丽娜去找哈利寻求安慰，却不知道哈利也刚刚经历了职业生涯的挫败。原来哈利不仅仅只想当喜剧演员，他想要出演更多不同类型的角色，用新的方式和观众交流。然而制片人却没有把他当回事，只想让他演喜剧为自己赚钱。挫败的哈利被影魔蝶黑化成疯狂喜剧人，拥有了支配他人情绪的能力。

奇迹少女组建的英雄连队通过完美的配合作战，击败了敌人，但这次的连队里却不包括黑猫罗尔，这让黑猫罗尔觉得自己被排除在了团队之外。在拥有了这么多队友之后，或许他对于奇迹少女来说已经没那么重要了。抱着这种想法，黑猫罗尔试探着前去询问奇迹少女的心思，但只赶时间的奇迹少女却没有把这当一回事，草草打发了他。生气的黑猫罗尔把米可幻奇还给奇迹少女。奇迹少女也后悔自己没有留住黑猫罗尔，但守护者的职责要求她只能继续向前看。

为了让同学们明白体育竞技的意义，并体验团队合作的乐趣，狄乐老师花费许多心思组织了一场足球比赛。同学们都兴致盎然，唯独寇伊讨厌足球，被迫上场后她直接采取了消极的方式应付比赛，想要以此终止比赛。然而热爱足球的马丽娜还是想出了让比赛继续的办法，她提议让拖累队伍的寇伊轮流换队，这样对两个队伍来说就相对公平了。寇伊因计谋失败而气急败坏，于是故意让影魔蝶把自己黑化，成立了一支判罚之团。

马丽娜有一位了不起的妈妈——程夏冰。她的性情温和，总能为自己和周围的人营造和谐的氛围。马丽娜因为双重身份总是忙于奔波，连母亲节的时候都忘了给妈妈送礼物，于是她打算趁着和妈妈一起出行的这天买份礼物补上，以此表达自己的心意。然而这一次出行，马丽娜依旧改不了粗心大意的习惯，她为了买礼物拿走了妈妈的钱包，却没能及时赶回到站停靠的公交车。独自坐车的程夏冰恰好遇到检票员查票，由于车票在钱包里，她既拿不出车票，又没办法花钱补票，因此被指控违反了法律，甚至还闹到了警察介入的局面。

一直以来，奇迹少女都是凭借着她的谨慎取胜，因此影魔蝶想出了一个计划来让他的对手们变得鲁莽。贾百立安排艾俊将和凌拉一起离开巴黎去拍广告，艾俊不愿意去，但是却没有勇气反抗。马丽娜受到险童影响，决定要不惜一切代价留下艾俊。朋友们都不理解马丽娜的冒失举动，也不愿意帮助马丽娜干涉艾俊的生活，马丽娜却很固执，不救下艾俊誓不罢休。菲力克也来到艾俊家中，提议跟艾俊互换身份，代替他去拒绝爸爸的安排。

艾俊不想听从爸爸的安排去旅游，于是让菲力克假扮成自己出行，他变身黑猫罗尔继续留在巴黎和奇迹少女对抗敌人。然而这一次影魔蝶使用了计中计，他命令情绪怪兽制造混乱，又暗中让反派险童利用能力把所有人都变得冲动冒进。为了打败敌人，奇迹少女本想让艾俊使用猎犬米可幻奇，却错把它交给了菲力克。菲力克变身成威犬达乐，表面上帮助奇迹少女解决危机，背地里却打着其它算盘。奇迹少女协同英雄伙伴击败了敌人，当回收米可幻奇时却在艾俊这里碰了壁，两人这才发现米可幻奇误给了菲力克。