劫法场后几人飞奔至林中，柳青柳红去追金琐就此分道。原来傅恒本受命带去免死金牌，斩首并非定数。皇后借机先说福伦定知内情，又结合历次事件称紫薇等是图谋江山的乱党。皇上下令活捉众人回来亲审。曾受箫剑救命之恩的老欧将众人带至家中，含香竟然在此。小燕子帮欧嫂洗碗意外打碎了所有盘子，她与永琪班杰明上北京郊外买盘子却遇官兵，班杰明掩护另二人逃脱。

柳青柳红带着金琐成功归队。皇上质问令妃是否知情，令妃阐明不知又加劝说。皇后却决定趁机斩草除根。众人告别老欧出发，前往六河沟时，箫剑、柳青、柳红垫后打败追兵，柳青却挨了一刀。来至城中，班杰明随小燕子独自跑开去斗鸡。永琪小发醋意，班杰明小有失落。皇上来至漱芳斋，回忆起小燕子的点滴，此时大臣回报六河沟的线索，皇上要求追捕中毫发无伤。

小燕子抱着赢来的斗鸡“斑点”同行，与班杰明共乘一骑，永琪小有不悦。众人路上与一群官差交手，却发现是个误会。此间斑点不见了，小燕子十分伤心，联想起自己儿时的苦难。箫剑给小燕子传授武功，永琪看在眼中内心复杂。小燕子方便时被埋伏的追兵捕获，马车里的晴儿、紫薇被劫持。晴儿被掠走，箫剑紧追。紫薇摔下马车受伤严重，金琐跌落悬崖。几路人相继被分散。

晴儿箫剑水上遇袭，箫剑竭力相救气息奄奄的晴儿，并毅然用针线为其缝合伤口。金琐伤重难行，柳青柳红伴随照料。尔康在客栈悉心照料紫薇，并请了大夫。小燕子被黎大人看管，百般闹喊也无济于事。箫剑照顾晴儿，谈及小燕子欲言又止。紫薇噩梦惊醒，尔康安慰之间却发现残酷现实：紫薇失明，内心恐惧而崩溃，尔康见此更是伤痛。永琪和班杰明策划调虎离山之计，准备营救小燕子。

班杰明永琪成功救出了小燕子。柳青在与柳红的对话中流露了对金琐的情意，躺在床上的金琐暗暗听到。大夫对紫薇的眼睛束手无策，紫薇得知自己可能永久失明大受刺激，不让尔康接近，甚至提出要与他分手。小燕子三人再与官兵相遇，又是一番缠斗，班杰明还扮作了稻草人。尔康费尽心思开解紫薇，可紫薇却将自己封闭。小燕子等找到紫薇，众人决定前往洛阳寻找高明的大夫。

柳青照顾金琐期间，两人产生微妙情愫，彼此明白了对方心意。箫剑、晴儿也决定离开客栈寻找失散的同伴。皇上、太后闻听追捕中有人受伤，大为关切，皇上重新要求只暗访不追捕。箫剑让晴儿扮作孕妇，躲过了一次盘查。走出药店的晴儿箫剑恰遇正为紫薇寻大夫的小燕子永琪，几人相会。小燕子等去买马，引出不少波折和笑话。尔康的诚意终于打动紫薇，令她感动不已。

紫薇恢复信心，不再拒绝尔康。三个姑娘用自己头发为班杰明做了新的假辫子。箫剑郑重问永琪是否还认为乾隆是仁君，得到肯定的答复。到达洛阳，箫剑问朋友要来名医名单，并借了一个四合院。小燕子永琪班杰明上街购置用品，却花钱给紫薇买了一把琴，紫薇为尔康和大家弹唱一曲。箫剑询问琴的价钱，三人说的各不同。箫剑假装对花钱超额生气一番，让他们自己赚钱。

尔康带紫薇遍访洛阳名医，未有成效。众人去往均县途中又遇黑衣人，这些人手持长刀，声称奉旨格杀勿论，交斗中尔康、永琪都被砍伤。箫剑尔康等人随即拿出全力抵抗，亦开杀戒，终把黑衣人群打退。众人折回洛阳，尔康重伤流血不止，紫薇无比着急，箫剑又为其缝合。皇上与郎世宁交谈后，表示出对几个孩子的想念与原谅。众人突然发现紫薇行动自如，眼睛已复明。

小燕子为庆祝紫薇复明，亲手做了红烧肉，口味让大家很“震撼”。小燕子永琪班杰明到箫剑朋友的牧场挤奶挣钱，箫剑手把手教小燕子，永琪看不下去。将奶送至卖油纸伞的白员外，小燕子又决定帮他卖伞。暗访的黎大人见众人这般落魄十分惊讶。此时有人前来砸场伤人，黎大人派人上前保护，尔康等见后却立即逃跑。途中小燕子发现落了鞭子，永琪与箫剑为此又发冲突。

箫剑带晴儿离开，但经晴儿劝说又复归队。黎大人回京报告几人伤势，呈上在四合院发现的药方和诗，并询问皇上派有几路人马。箫剑带众人来到贺家，永琪见正在练武的箫剑和小燕子亲密接触，醋意引发冲突升级。箫剑情急之下，竟坦白小燕子是其亲生妹妹，并述说他们本姓萧，父亲被人追杀，母亲殉情。皇上将紫薇舅公舅婆带至慈宁宫，他们当面招认曾受蒲公公指使作伪。

原来十二阿哥曾称有人向皇后报告小燕子等的情况，皇上认为是皇后在派人追杀他们。皇后默口难辩，皇上声称将会算账，太后亦后悔伤心。小燕子问起仇人之事，箫剑淡然回避。班杰明借用白鹅展开别样表演，庆祝兄妹团圆。晴儿认为“杀父仇人”和大家有关，并猜到了一个答案。众人为生计又开起面馆，小燕子正为食客表演，柳青柳红金琐突然在人群中捧场。“十全十美”全员到齐。

班杰明对众人出双入对感到失落，小燕子见状，编造事由安排班杰明和柳红在山上谋面，竟想要撮合他们。二人在山头发觉被骗，揪出了躲在一旁的小燕子。小燕子却误以为班杰明害羞，继续谋划，又将二人关进一间屋中，这次惹怒了二人。班杰明冲小燕子浇了一桶水，阐明当前心声。柳红发表了一场“不靠男人”的演说，一位食客闻听大声叫好。原来此人是高亮双胞胎弟弟高明。

福伦带人赶到南阳，在面馆外看到了卖艺的小燕子等。尔康发觉正欲逃跑，突见父亲，惊讶异常。福伦表达了皇帝的原谅，众人明白了被追杀原是中计，但决定不再回宫。太后表示盼望众人归来，并会成全晴儿婚事。皇上亲至南阳，以化名包下面馆，看到不知情的小燕子为客人准备的欢迎表演，不禁动容而落泪。皇上出面，阐明诸多误会。众人虽释重负，但并未答应回宫之请。

四大才子和两大美女竟也来至面馆，正当漱芳斋众人相拥之际，常寿和郎世宁也突然出现。此情此景着实感动了众人，紫薇和小燕子哭着投入了皇上的怀抱。此刻箫剑却在院中吹箫，称对此并不甘心，晴儿、小燕子则都表示绝不动摇。皇上劝说大家回宫，但众人为避免再度受伤，依旧婉拒。郎世宁给班杰明送来热巧克力和西洋剑，并和常寿拌起了嘴。皇上向永琪送来了愉妃的信。

永琪看过信后矛盾不已，小燕子很想帮他分担。小燕子带箫剑见皇上，箫剑却冷眼以对，并拒绝受官和回京结婚。皇上安排才子美女倾情献唱劝几人回宫，箫剑十分气愤，并和永琪在相互不解中又发冲突。临别前皇上赠予紫薇小燕子“金牌令箭”，紫薇终于决定暂时放弃南下而回宫。箫剑冲上前将小燕子带至郊外，宣称乾隆即是杀父仇人，并称当年抄家前夜母亲曾告诉他妹妹的胎记。

紫薇证实了小燕子的胎记。小燕子在重创之下推开永琪紫薇，称是仇家。她飞马奔回，竟挥着鞭子攻击皇上，箫剑出面阻拦。箫剑直言父亲系被诬为青龙帮而斩首，皇上与福伦均不记得此事。皇上要查明真相，刑部、大理寺却均无当年“乱党”事件记录。小燕子整日不言不语却不停地干活，终于倒下。皇上来看望小燕子，表示无论案情如何也绝不会牵连于她，并又喂她喝药。

皇上的诚意打动了小燕子，她终于恢复正常。福伦、傅恒调查案件获得突破，原来当年的浙江巡抚玛钰为报私仇，以虚名擅自处决了萧之航。皇上在南阳提审玛钰，将其就地正法。大仇得报，箫剑前嫌尽释。永琪提出要小燕子与他一同回宫，但小燕子却仍在考虑，她怕面对欣荣、愉妃和太后。晴儿坚持去往大理，而柳青决定回京。众人在行前为金琐、柳青举行了婚礼，皇上等均出席。

小燕子对是否回宫十分矛盾。柳红留恋面馆之际，高明突然进门，称柳红前次的语出惊人令其难忘，并询问了柳红的姓名。永琪反复回想信中内容，小燕子也希望他承担责任，二人在痛苦的两难抉择中定下两年之约，暂时分离。班杰明愿意赴大理，永琪托付其照顾小燕子。小燕子与皇上泛舟游湖，作以告别。夜晚的“十全十美”面宴上，小燕子给面条起了各式名字，众人感叹难聚首。

永琪写出七百三十封信，让小燕子每天打开一封。两路人马相别，小燕子却不肯出现，躲着泪送众人离去。突然，她骑马奔至山头，远望离去的车马。而行进中的柳红突闻身后呼叫，原是高明飞马而来，二人并进。皇上等人回宫，太后表示将尽快定下紫薇名分并完婚。永琪欲留孩子给愉妃欣荣，但想到小燕子便无法实现。他来至漱芳斋睹物思人，并将燕子钟、“出气球”带回永和宫。

小燕子等终于来至大理，并见过了萧家叔婶。当地众人载歌载舞，小燕子却始终抱着永琪留下的信篮子。尔康、永琪突遇曾追杀自己的太监，当即将其拿下。此人供称追杀正是奉皇后之命，皇上震怒下欲斩皇后和容嬷嬷。紫薇在关键时刻拿出金牌求免二人死罪，并用一首“不打诗”中止了对容嬷嬷的杖刑。皇上令皇后不得跨出景仁宫一步。小燕子决定看完所有的信，乐得她合不拢嘴。

晴儿和箫剑在洱海以白族风俗举行了婚礼，小燕子班杰明现场献唱。桂嬷嬷给欣荣出主意，让永琪睡前喝下药酒。永琪在意识迷乱中，将欣荣当作小燕子，欣荣接受。小燕子开始练字，给永琪写信。皇上封紫薇为“明珠格格”，并指婚予尔康；太后送来新衣，并送回了福家玉佩。小燕子在放羊时想念永琪，班杰明教她拉小提琴曲“四季”。紫薇跪拜告别皇上、太后等，行将出嫁。

紫薇向令妃磕头，感谢她多年的照顾。才子美女再次“气儿力顶”，送别紫薇。洞房中，紫薇与尔康以身上的疤痕为引，展开一番追忆与告白。一只山羊离群，小燕子追至山林而迷路。突降大雨，小燕子躲至山洞，又冷又饿又怕。班杰明冒雨赶来，二人顿时相拥。班杰明脱下衣服给小燕子穿，自己着了凉，回家后咳嗽一夜并发烧，小燕子尽心照顾他。欣荣有喜，愉妃十分高兴。

永琪认为任务已完成一半，孩子将是他留给额娘的希望。班杰明醒来，将趴在床边睡着的小燕子画下。欣荣生下儿子，永琪即向皇上辞行。皇上尊重其选择，并称若他三年未归，将宣告其去世。永琪带着新写的信和燕子钟，在孩子满月之时孤身骑马出宫，尔康和已有身孕的紫薇在半路等候相送。小燕子和永琪在早已超过约定期限的某日终于再相会。班杰明告别箫剑一人，策马离去。