สไปเดอร์-แมนต้องจับมือกับไอรอนฮาร์ตเพื่อถอดรหัสข้อความจากต่างดาว พร้อมกับป้องกันไม่ให้กรู้ทตกไปอยู่ในเงื้อมมือของพวกเอมผู้ชั่วร้าย

ซิมบีโอตจากนอกโลกส่งทีมล่าสุดล้ำมายังโลกเพื่อกำจัดซูเปอร์ฮีโร่ทุกคน สไปเดอร์-แมนต้องหาทางหยุดยั้งพวกมันให้ได้

อเล็กซี่เพื่อนของสไปเดอร์-แมนถูกทำให้กลายร่างเป็นไรโน่อีกครั้ง จากนั้น สไปดี้พบว่าตัวเองต้องเข้าไปพัวพันกับการทดลองใต้ดินซึ่งนำโดยวายร้ายชื่อสวอร์ม

สไปเดอร์-แมนพบเซรุ่มแจ็กคัลหนึ่งหลอดที่ฮอไรซอนไฮ เขาและโกสต์-สไปเดอร์ต้องตามหาห้องวิจัยลับของแจ็กคัลเพื่อทำลายแผนชั่วร้ายของเขา

สไปเดอร์-แมนและพันธมิตรตามหาตัวลิซาร์ดที่หายตัวไป ไม่นานพวกเขาก็ค้นพบว่าเวน่อมผู้ชั่วร้ายได้กลับมาเพื่อชำระแค้นดาวโลกแล้ว