某一天，醒来的裕太发现自己失去了记忆。他看着镜子中的自己，因想不起自己究竟是谁而陷入了混乱。这时候，上了年头中的古旧电脑中传出了呼唤裕太的声音，而裕太朝着声音引导着的方向前进。那台旧电脑的屏幕烁着光芒，声音的主人出现了。那是从HyperWorld携带着使命而来的Hyper Agent 古立特！

下课后，为了探寻谜团，裕太他们再次询问古立特。听到为完成使命的古立特告诉他们的话语，裕太他们开始调查昨晚发生的事件后那哪些发生了变化。

六花在这样一个忧郁的雨天不知为何早退了一个小时，并在公园内与一个少年相遇了。虽然交谈了几句，转眼间少年却离开了。另一方面，和裕太讨论着怪兽真面目的内海有了一个恐怖的想法……

裕太他们要进行校外学习而来到城市外的地方。因为失忆所以第一次经历这种事情的裕太感到格外的浮躁。在山河之间，裕太和同学们进行水上漂流的活动的时候，他们遭遇了....？

裕太对校外学习时茜的发问耿耿于怀，想要和内海、六花商量，却一直找到合适的时机，因此只能自己心怀疑问。这时，裕太遇见了一个奇怪的少女————

裕太知道了这座城市的真相，他将一切告诉了内海和六花，但他们二人却都没当回事儿。裕太想要和茜好好谈谈却……就在此时，城市的上空浮现出了一个巨大的UFO。

杜鹃太高中已经有许多年没举办校园文化节了，这次终于又迎来了文化节，大家都在有条不地紊准备着。裕太等人觉得新条茜可能是被亚历克西斯利用了，他们试图说服她。

城市力出现的怪兽什么也没做，就那样漂浮在空中。小茜为了让城市变回自己想象的样子，干涉了裕太他们的时间。裕太他们与古立特失去联系，迎来了至今为止最大的危机。

茜有段时间没去学校了，怪兽也没有出现，每一天都风平浪静。茜造出的最后一只怪兽被古立特轻松击败，但它却一直没有倒下，令人毛骨悚然。

城市被天花板所覆盖，大家迎来一个与以往不同的早晨。失去了古立特，城市里涌现出大量的怪兽。小茜静静的俯视着整座城市。

裕太与古立特合为一体，以其真正的姿态觉醒了。大家的心连接在一起，发起了最终挑战。