Спустя три года после победы над Красной чумой США наконец полностью восстанавливает флот, на торжественное мероприятие по случаю чего приглашаются многие ушедшие в отставку и сменившие деятельность члены легендарного корабля, в том числе и Том Чандлер. Тем временем в Панаме Купер с отрядом безуспешно пытаются склонить к сотрудничеству президента страны, когда стараниями неизвестного на последнего совершается успешное покушение. Обвинив в его гибели американских военных, неизвестные немедленно приступают к «отмщению», осуществляя заранее спланированную атаку на обезоруженные корабли ВМФ.

Том отправляется на «Нэйтан Джеймс», чтобы защитить нефтехранилище, а также заручиться поддержкой южноамериканских союзников Штатов, однако совместные переговоры с кубинскими и мексиканскими военными лишь приводят к напряжению и ставят успешность объединения под вопрос. Купер с командой тем временем находят способ остановить продвижение людей Густаво на север, в то время как президент высказывает озабоченность возвращением капитана Чанлера к службе.

Гектор пытается уговорить Густаво использовать тактику противника и заручиться поддержкой союзников, однако упорство Барроса ставит под вопрос сохранность части его флота, в то время как США, объединившись с Кубой и Мексикой, готовят кораблям Великой Колумбии ловушку. Тем временем у команды Купер появляется реальный шанс выбраться, когда одного из ее членов серьезно ранят. Суэйн между тем наконец узнает, как именно вирус попал в систему охраны, что становится неприятным открытием для Алиши, вычислившей виновника происшествия.

Спустя три месяца после происшествия с Алишей команда «Морских котиков» отправляется на Ямайку для захвата особо важной цели — главного стратега Густаво по имени Мануэль Монтана, который, по сведениям разведки, начал разработку нового военного плана, направленного против Штатов. Мейлан тем временем бросает все силы на поиск шпионки. Дэнни по просьбе Кары решает увидеться с сыном, а Чандлер осознает, что, в то время как он с головой окунулся в новую борьбу с врагом, проблемы с его собственными детьми перешли на новый уровень.

С согласия президента командование ВМС отправляет отряд с вооружением на подмогу повстанческому движению на Кубе, однако операция оказывается под угрозой провала после того, как их прикрытие раскрывают. Тем временем отношения между Гектором и Густаво накаляются, когда последний решает поставить друга на место весьма кардинальным способом. Келси же навещает сестру, что не ускользает от внимания отслеживающего террористку Суэйна.

Команда Чандлера отправляется на захват стихийно возникшего лагеря Салазара, параллельно пытаясь понять, что такого важного может быть скрыто на его территории. Тем временем Келси встречается с любимым, который просит девушку помочь ему с еще одним заданием, в котором кроме нее оказывается задействован целый отряд. Слэттери же, побеседовав с сестрой террористки, получает от той информацию, которая позволяет Суэйну узнать о следующем шаге неприятеля, однако успеет ли он предупредить руководство и предотвратить нападение?

Чандлеру и команде корабля «Натан Джеймс» нужно быстро разработать новый план. Густаво захватывает южное командование вооруженных сил. Слэттери, Мейлан и президент оказываются в заложниках.

Начинается захват Колумбии. Команда корабля «Натан Джеймс» должна избежать кораблей противника и найти идеальной место для высадки. Генералы Густаво готовят план переворота.

Объединенные силы морского флота и спецназа высаживаются на берегу Колумбии для серьезной битвы. Удастся ли им пробиться к базе? Сражение на воде оказывается кровопролитным, а опасения Чандлера наконец-то подтверждаются. Сможет ли капитан «Джеймса» быстро принять важное решение? А главное — выживет ли герой?