Malcolm es un chico muy inteligente que tiene una familia muy peculiar compuesta por un excéntrico padre, su dura y rabiosa madre Lois y sus tres hermanos. Reese, Dewey y Francis, que tras el último incidente ingresó en una academia militar.

Es el aniversario de Hal y Lois y han previsto una gran cena para celebrarlo. Pero Lois descubre su perfecto vestido rojo quemado en la taza del retrete lo que le hace enfurecer y tomar medidas drásticas para saber cuál de sus hijos lo estropeó.

Lois y Hal tienen que ir a una boda y dejan solos a sus hijos, bajo el mando de Francis, que pasa unos días en casa. Mientras, en la boda, Lois es humillada aunque la cosa no terminará así.

Malcolm se pelea con un matón llamado Kevin y logra vencerlo hasta que descubre que solo tiene siete años y decide hacer obras de caridad para compensar su culpa. Hal corta su árbol pero despierta las quejas de los vecinos, que además pueden ver ahora su casa.

Malcolm consigue trabajo de canguro con una familia aparentemente perfecta y que le trata muy bien. Por otra parte, Lois y Hal tienen que enfrentarse a las ratas y bichos que hay en su casa y deciden fumigarla, por lo que tienen que acampar en su propio jardín.

Malcolm duerme en casa de Stevie y, viendo su vida tranquila y apacible le incita a hacer gamberradas, le saca de casa a escondidas y Stevie pierde su silla de ruedas. Francis sufre una novatada en la escuela militar.

Francis, el hermano de Malcolm se escapa de la academia militar para volver a casa y poder ver a su novia aunque su madre no le acepte. Por otro lado, Malcolm asusta a su hermano pequeño, Dewey, contándole la historia de un monstruo que vive detrás del patio.

Se celebra un festival a cargo de los chicos superdotados del colegio, con la ayuda de la profesora Caroline. Nada más llegar los padres y hermanos de Malcolm al recinto, comienzan los desastres.

Hal lleva a los chicos a una carrera de coches a escondidas en vez de llevarlos al colegio. Mientras tanto, Lois pierde el cheque de su sueldo y organiza una limpieza general para encontrarlo.

La tía de Lois ha muerto y la familia tiene que ir al funeral, pero eso estropea los planes de Malcolm que tiene su primera cita de amor. Tras una serie de discusiones, deciden no ir y cada uno hace lo que le da la gana.

Reese se enamora de una animadora y decide hacerse animador con la ayuda de Malcolm y Dewey quiere le compren un juguete de moda e intenta convencer desesperadamente a Hal y Lois. Por otra parte, Francis tiene una conversación sincera con Spangler.

Malcolm se cae jugando a hockey y decide aceptar las clases de patinaje de su padre, antes les pregunta a sus hermanos que no quieren decirle nada, finalmente Malcolm acabará sufriendo con las clases de Hal. Mientras, su madre está de suplente por una lesión de espalda.

Hal vuelve a ser el hombre alocado que un día fue y ayuda a Malcolm y sus amigos superdotados a construir un robot asesino. Mientras, Lois visita la academia militar después de la operación de Francis.

Cuando Lois enferma, Malcolm y sus hermanos le convencen de que es domingo para poder quedarse en casa y no ir a clase. Mientras, Hal hace sonar la alarma de seguridad de un negocio de venta de Porsche.

Ha llegado el verano y la familia decide ir a pasar el día a un parque acuático, aunque dejan a Dewey en casa con una extraña canguro. En el parque Malcolm y Reese tienen más de una pelea.