有理惠变成了神，与朋友们在天台上尝试着想要显示神迹，遇到暗恋的二宫健儿正在专心练字，因为听说在风大的时候在天台告白可以成功，所以有理惠祈祷能够出现大风，结果晚上真的出现了名叫“有理惠”的台风，为了挽回错误，有理惠和朋友们赶到天台想要阻止台风不成，健儿却被卷入台风，有理惠情急下发挥了神力，变成长发的形象飞入台风救下健儿并对他告白，两人一起掉入泳池，但是迟钝的健儿却没能认出恢复成短发的有理惠。

成为神的有理惠的学生生活并没有很大改变，与朋友们到三枝家的神社去玩，却发现神社的神明八岛大人已经离家出走三个月了，有理惠和朋友们四处寻找八岛大人的下落，有理惠在山上进入神明专用的休息空间，在里面找到了八岛大人，原来他想要组乐团巡回演出，在有理惠的劝说下，八岛大人回心转意回到了神社。

有理惠家的猫小玉失踪很久，虽然家人不在意但是有理惠很担心。正在此时，八岛处传来了有贫穷神正在接近镇上的消息，有理惠和朋友们为了抵抗穷神的侵袭小镇努力备战，但是小镇仍然迅速萧条下来，最后终于发现贫穷神附在小玉身上，隐匿在神社角落里。由于贫穷神救了小玉，有理惠答应小玉收留贫穷神，有理惠的神力消除了贫穷神给小镇的负面影响。

有理惠加入神明协会，完成指定的愿望即可提升神力，但是接到的第一个愿望来自总理大臣。火星人乘坐飞碟降落，由于无法沟通被关了起来，总理请有理惠来弄清楚火星人来意。有理惠经过沟通，得知火星人是来还NASA落在火星上的探测器，总理欺骗有理惠会放回火星人与飞碟，但是暗地里想将他们送到美国提升外交，有理惠发现后带着火星人逃脱追捕并送她乘飞碟离开。

有理惠感冒了，在家发起了高烧，弟弟替她在神社求了护身符，有理惠病情转好，因为一个人躺着的时候很寂寞，意识便离开身体飞到空中，飞到学校的时候遇见健儿在练字，结果被对方注视时吓了一跳，意识又回到身上了。朋友们来探病，带来了礼物，还带来了健儿手写的字。

暑假前有理惠继续作为神明替人解答疑惑，一名学妹向她咨询恋爱烦恼，她喜欢的却正是有理惠暗恋的健儿。有理惠和她一起加入健儿的书法部，三人努力锻炼书法，最后学妹向健儿告白被拒绝，鼓励有理惠后离开书法部，有理惠因为动机不纯而心怀愧疚也离开了书法部。

天气太热，有理惠和朋友们来到海边玩耍，发现了被荒废的“滨风”餐馆，回家后有理惠应邀请去参加神明的聚会。聚会是为了新加入的有理惠举办的，有理惠在聚会上发现了滨风里的神明，并且回应他们的愿望将父母和人们又聚集到滨风餐馆里度过了快乐的假日。

听说健儿去约会，有理惠和朋友偷跟过去原来是帮源先生工作，源先生曾经是大和号的船员，对大和号非常怀念。有理惠后来接到委托，帮忙把大和号灵魂送回故乡，为了把大和号灵魂送回故乡，有理惠到处收集资料，甚至向总理大臣要了机密文件。终于成功把大和号送回故乡，临行时还让健儿和源先生和大和号见面，圆了源先生想再次见到大和号的梦。

前辈们就要毕业，学生会长的职务空缺出来。除了一班的西村受，就是被祀坚决推出的有理惠酱，两人竞争学生会长。祀同学指出，学生会控管社团，健儿在书画社……于是，我们的有理惠酱再一次为了爱情决定努力一把！有理惠滴卖点就是“神”。于是穿上神服，开免费烦恼资讯室。西村明着找到有理惠说自己的烦恼是“绊脚神”，逼有理惠推出选举，下场：直接被祀同学空手道劈脑。在竞选现场，光惠朴实简单的演讲感人肺腑，最后有理惠当选。不过，我们滴萌神才一天就把学校弄成游乐园了……，一个星期后，还是换成了西村当会长，消耗太多神力改造的有理惠酱进入长期睡眠中……

神明每年的十月都要在出云举行集会，为了参加集会，有理惠在八岛大人的建议下转学到了出云。出云人对神明非常尊敬，让有理惠感觉到了疏离感。因为要参加神明集会和学习进度不一样的原因，有理惠的其中成绩很不理想，有理惠一个人跑到天台上哭。后来神明中的明星牟天大人的一番话打开了她的心结。离开学校的时候，有理惠交到了很多朋友。

新年，大家都给有理惠寄来了贺卡，只有健儿没有，有理惠十分沮丧。爸爸给了有理惠5千元的压岁钱，有理惠给小贫看，小贫却下意识地把钱变成了1千元。这时，小章回来了，带给有理惠健儿的贺卡，说是因为健儿的字写得超脏，邮局寄错了所以重发。作为感谢有理惠把小章抽的小吉的签改成了超吉，小章不领情，妈妈说巫子给他的签放在冰箱里，小章打开看，结果发现是大凶……