כ-20 חודשים לאחר שג'ק באוור נלכד על ידי סוכנים סינים, עונה ונעלם, סדרה של פיגועי טרור מכה את ארה"ב. כך מתחיל יומם מורט העצבים של הנשיא החדש ויין פאלמר, צוות יועציו וחבריו של ג'ק מלוט"ר.

ג'ק מנסה לאתר את אסד ולהזהיר אותו מפני המתקפה המתוכננת. אסד מסכים לעזוק לג'ק לאתר את פאייד, אבל ג'ק לא בטוח שהוא עוד מסוגל לבצע את תפקידו. אחמד מחליט לעשות צעד נואש כשחלקו בפיגועים מתגלה.

ג'ק וחאמרי אל-אסד עוקבים אחרי אחד מאנשיו של פאייד. בינתיים, בלוט"ר מוצאים תוכנית של מטען גרעיני במחשב של פעיל טרור ומגלים תוכנית מתוחכמת לשחרור מהנדס מומחה לנשק שכלוא במתקן צבאי.

ריי ממשיך בניסיונותיו לשחרור משפחתו לחופשי, אך אחמד מסכים לענות רק לחלק מדרישותיו. בעוד שלג'ק יש בעיות עם קרטיס, בלוט"ר מגלים על קיומו של איום גרעיני ופושטים על מחסן של פעילי טרור.

הנשיא מתכונן לנאום בפני האומה לאחר הפיגוע בלוס אנג'לס, אך בינתיים קיימות עוד ארבע מזוודות גרעיניות, וקצה החוט היחיד של ג'ק באוור מוביל אותו לביתו של אחיו...

ג'ק מתחקר את אחיו בתקווה למצוא את אביו ולהתעמת איתו. במקביל, מדיניות ביטחון חדשה מפעילה לחץ על החברים הערבים בלוט"ר, ומנהיג הטרוריסטים מחפש סיוע כדי להפעיל את ארבע המזוודות הגרעיניות הנוספות שנמצאות ברשותו.

נאמנותו של ג'ק למשפחתו מועמדת למבחן כשגרהאם חושף את מעורבותו בהתנקשות בדיוויד פאלמר. ויין דוחה את תוכניותיו של לנוקס להגבלת החירויות של אמריקאים מוסלמים, ומקארתי חוטף את מוריס אובריאן במטרה לחמש את המזוודות הגרעיניות.

ג'ק מנסה לאתר את מיקומו של מוריס, בזמן שפאייד מפציר בו לשתף איתו פעולה. בינתיים, פאלמר נפגש עם אסד, ואילו טום לנוקס צריך לקבל החלטה קשה.

מרילין מוסרת לג'ק מידע שיכול לעזור לו בחיפוש אחר אזרח רוסי שחשוד בשיתוף פעולה עם הטרוריסטים. בינתיים, אביו של ג'ק רוקם מזימות עם טיפוסים מפוקפקים, והנשיא נמצא בסכנה.

לנוקס מנסה לברוח מריד ו-ויין עושה את ההכנות האחרונות לקראת נאומו המשותף עם אסד. קלואי ממשיכה לחפות על מוריס בזמן שנדיה מתחילה לחשוד בה.

חיפושיו של ג'ק מובילים אותו לקונסוליה הרוסית. סגן הנשיא ממלא את מקומו של הנשיא הפצוע ובמקביל הפצצה חומקת לתוך הבית הלבן.

לוט"ר יוצאים לחלץ את ג'ק מהקונסוליה הרוסית, בזמן שגרדנקו מתכונן לתקוף מטרה נוספת. דניאלס מאיים על שגריר של מדינה מזרח תיכונית בתקיפה אם מזוודה גרעינית נוספת תופעל על אדמת ארה"ב.

ג'ק ודויל מגלים מה המטרה הבאה של הטרוריסטים ויוצאים לעצור את הפעלתה שהל המזוודה הגרעינית. בינתיים, סגן הנשיא דניאלס מכנס את המטה הכללי כדי לדון בדרכי פעולה, ובלוט"ר מגלים שמישהו חיבל במערכת המעקב של הסוכנות.

בזמן שדויל מוצא הוכחות לחפותה של נדיה, ג'ק נפגש עם שני אחים שיכולים להוביל אותו לגרדנקו. סנדרה פאלמר צריכה לקבל החלטה גורלית כדי לנסות לעצור את תוכניות התקיפה של סגן הנשיא דניאלס.

דויל כופה על נדיה לעזור לו להפליל את מילו. גרדנקו מסייע בחוסר רצון ללוט"ר ללכוד את פאייד, ופאלמר עובר טיפול רפואי מסוכן כדי להישאר בהכרה ולהיאבק על הנשיאות.

הנשיא ממשיך לסכן את בריאותו וכופה שיתוף פעולה עם המדינה המזרח תיכונית. בינתיים, ג'ק טומן מלכודת לפאייד ולאחר מכן מקבל שיחת טלפון מפתיעה.

הסינים רוצים שג'ק ימסור להם את המנגנון של המזוודות הגרעיניות בתמורה לשחרורה של אודרי ריינס. קלואי עוזרת לג'ק בחשאי, והנשיא מתמוטט במהלך מסיבת עיתונאים.

בזמן שדניאלס והעוזרת שלו מנהלים רומן, קארן צריכה לקחת החלטה חשובה. צ'אנג משיג את הרכיב ומצליח להתחמק מלוט"ר ומג'ק שמלגה במהלך מעצרו שאודרי נפצעה בזמן היותה בשבי.

נדיה מאשרת שיטת חקירה שעלולה לסכן את אודרי, ודויל מסייע לג'ק בחשאי בתקווה לעזור לה. בינתיים, דניאלס חושד שיש חפרפרת במשרדו לאחר שיחה קשה עם נשיא רוסיה.

טום לנוקס משתמש בליסה כדי להטעות את המודיעים הרוסי, ובזמן שג'ק עצור בלוט"ר, צ'אנג מתכנן התקפת פתע. בינתיים, הפרידה של מוריס מקלואי משפיעה על תפקודה המקצועית וג'וש מצר על חלקו של אביו בפיגועי הטרור.

ג'ק נאלץ לאפשר לצ'אנג להימלט כדי להציל את חייו של ג'וש, בזמן שלנוקס עוקב אחרי ליסה, אבל משהו בתוכניתו משתבש. במקביל, נשיא רוסיה מציב לדניאלס אולטימטום.

דויל לוקח את ג'וש לפיליפ בתקווה לקבל את הרכיב. קארן מסכנת את הקריירה שלה ונעזרת בביל כדי לשחרר את ג'ק, וקלואי סובלת מבעיה רפואית מסתורית ברגע הלא נכון.

בפרק סיום העונה, לוט"ר מאתרים את המחבוא של פיליפ, ודניאלס מורה על התקפה כדי לפייס את הרוסים. ג'ק וביל יוצאים לחלץ את ג'וש, כשבמקביל קלואי מבשרת למוריס בשורה מפתיעה.