Sur New Caprica, la résistance s'est bien organisée avec comme chef de troupe Tyrol, Anders et Tigh. Alors qu'ils tentent d'affaiblir l'ennemi avec lequel Baltar collabore, Kara découvre qu'elle est prisonnière de Leoben dans une imitation de vie à deux. Sur le Galactica, Adama pense à une façon de libérer New Caprica.

Adama cherche à prendre contact avec la résistance sur New Caprica pour se mettre d'accord sur un date d'extraction. Dans les rangs de la résistance, certains sont contre les méthodes utilisées par Tigh qui consistent à faire exploser un résistant pour faire le plus de morts possibles parmi les Cylons. Leoben présente une enfant à Kara qu'il dit être sa fille. Sur le Pegasus, Lee, empâté a perdu tout intérêt pour le combat.

Ça y est, l'heure de la libération a sonné! Le Battlestar s'apprête à faire un bon PRL tout près de New Caprica pour permettre à la résistance d'organiser le départ des troupes coloniales. Lee, toujours aux commandes du Pégasus, doit partir avec le reste de la flotte à la recherche de la Terre. Tigh comprend que sa femme a vendu des informations aux Cylons pour libérer son mari. Anders sauve Kara mais celle-ci refuse de partir sans sa fille.

Lee constate que plusieurs personnes disparaissent dans la flotte. Des disparitions que l'on doit à un conseil de 5 personnes désignées pour juger les collaborateurs dans un tribunal exceptionnel. Parmi eux, Tigh, Anders, Tyrol et même Kara. Après avoir jugé les collaborateurs sans avocats, ils les condamnent à mort. Felix Gaeta a beaucoup de mal à se réintégrer à l'équipage. Baltar se retrouve sur un vaisseau cylon en compagnie de Six et D'Anna.

L'ambiance est lourde sur le Galactica, les personnes présentent sur New Caprica (Tigh et Kara en tête) dénigrent le sauvetage des pilotes restés sur le Galactica. Pour eux ils n'ont rien fait d'exceptionnel et n'ont pas vécu l'enfer de New Caprica. Les Cylons veulent trouver la Terre et demande à Gaius de les aider. Celui-ci s'exécute mais le vaisseau envoyé au point indiqué par Baltar ne répond plus. Baltar découvre que le vaisseau en question contient des Cylons malades qui se meurent.

Le Galactica envoie des troupes de reconnaissance dans le vaisseau mère cylon découvert. Athéna et Apollo commandent l'expédition. Ils découvrent à l'intérieur du vaisseau, des Cylons morts et certains très mal en point. On décide d'en ramener plusieurs sur le Galactica pour savoir quelle maladie ils ont contractée et si les soldats de l'expédition sont infectés. À terme, ils espère pouvoir utiliser ce virus contre les Cylons. Numéro 6 et D'Anna savent que Gaius a menti sur les origines de l'épidémie et le croient responsable de cette épidémie.

Le passé se rappelle à Adama quand un ancien ami pilote que l'on pensait disparu depuis bien avant la guerre refait son apparition et demande l'assistance du Galactica. Alors que Kara semble être rentrée dans le rang, Saul boit de plus en plus. Roslin décide de décerner une médaille du mérite à Adama.

Adama organise un tournoi de boxe sur le Galactica pour défouler ses troupes. C'est l'occasion pour chacun de revenir sur le passé : Tyrol affronte Adama et se rappelle que l'amiral l'a laissé s'installer avec Cally sur New Caprica, Adama se souvient d'une nuit passée à discuter avec Laura de leur possible futur. Kara affronte Lee et l'on découvre enfin le pourquoi de leur brouille avant l'occupation de New Caprica par les Cylons. Saul se rappelle des temps heureux avec Ellen, sa femme.

La flotte doit faire face à un problème de taille : la nourriture est contaminée et ils doivent trouver une nouvelle source d'alimentation. Kat replonge dans son passé douloureux, ce qui a un effet désastreux sur son boulot de pilote.

Tyrol découvre un temple sur une planète qui pourrait bien renfermer l'Œil il de Jupiter qui selon la mythologique a été laissé là pour conduire les voyageurs vers la Terre. Athéna apprend que Héra est sans doute en vie alors que les Cylons cherchent aussi à s'emparer du temple. Un bras de fer s'engage entre les deux camps alors que Tyrol essaie de trouver une réponse sur le site. Kara et Lee entretiennent une liaison qui se complique quand celle-ci refuse de divorcer.

Kara s'est écrasée sur la planète et il n'y a que Dualla qui puisse lui venir en aide alors que Sam et Lee défendent le temple contre les Cylons. Athéna demande à Helo de la tuer pour pouvoir se projeter sur le vaisseau cylon et récupérer Héra. Elle trouve une alliée en Six. Dans le temple, D'Anna fait une expérience spirituelle qui lui montre le visage des Cinq Derniers Cylons.

Prisonnier sur le Galactica, Baltar doit rendre des comptes. Il est torturé et reçoit l'aide de Head Six pour le soulager. Il commence à penser à se suicider. Lee ne sait que faire de sa relation avec Kara et encore moins de son mariage. Il fréquente un bar sur le Galactica et trouve en Tyrol qui a des problème avec Cally, un allié et une oreille attentive.

Les Sagittarons de Dogville entassés dans les cales du Galactica se plaignent auprès d'Helo que le médecin responsable, le Dr Roberts essaie de les décimer. Helo commence à enquêter et découvre bientôt que les accusations ne semblent pas infondées. Pourtant Athéna décide de faire vacciner Héra qui est malade.

Adama est perturbé par l'anniversaire de la mort de sa femme. Son fantôme le suit et l'habite dans tous ce qu'il fait. Ce faisant, il se remémore le passé avec Lee et se rapproche de Laura. Cally et Tyrol font face à une crise dans leur couple qui se traduit dans les faits lorsqu'ils se retrouvent enfermés dans l'un des hangars à Viper. Le seul moyen de les en sortir est de les balancer dans l'espace un très court moment. Athéna doit les récupérer avec un Raptor.

Il y a de la grogne dans l'air sur le Galactica entre les différentes castes de travailleurs qui constituent la flotte. Un peu malgré lui, Tyrol se retrouve porte parole syndical des ouvriers comme il l'était sur New Caprica. Alors que les ouvriers refusent de reprendre le travail, Adama emprisonne Tyrol. Celui-ci demande conseille à Baltar qui, du fond de sa cellule, a rédigé un livre qui met le feu aux poudres.

Kara fait des rêves sur Leoben, son enfance et sa relation avec sa mère. Elle dort peu et mal et son comportement finit par inquiéter Lee et Adama. les choses prennent une tournure tragique quand elle prend en chasse un Raider cylon qu'elle est la seule à voir.

Lee et Adama n'arrivent pas à se remettre du décès soudain de Kara. Très fragilisé, Lee a ordre de protéger le nouvel avocat de Baltar, un homme étrange qui manipule le pilote et parvient presque à le rallier à la cause de Baltar. Des attentats ont lieu sur le Galactica à l'approche du procès. Le nouvel avocat demande à voir certains dossiers...

Laura Roslin est hantée par un rêve concernant Hera, Caprica et Numéro 6 alors que les Cylons suivent la flotte à distance. Et alors que certains membres de l'équipage semblent subrepticement percevoir une musique indéfinissable, s'entame le procès de Gaïus Baltar. Saul Tigh et la présidente Roslin sont amenés à témoigner.

La lancinante impression de percevoir une musique lointaine se fait de plus en plus présente chez certains membres de l'équipage alors que le procès de Gaïus Baltar touche à sa fin. Laura Roslin, à nouveau traitée pour son cancer à l'infirmerie, découvre que le rêve qui la hante est plus qu'un simple songe, alors se révèlent les derniers Cylons infiltrés dans l'équipage.