Mientras la flota huye de los Cylons, Roslin y Adama descubren que sus enemigos se han podido infiltrar en alguna de las naves.

En un sabotaje, la Battlestar Galactica pierde sus reservas de agua, y todo parece apuntar a que Sharon es culpable.

Lee Adama es tomado como rehén en una nave presidiaria por un grupo de convictos dirigidos por Tom Zarek, un activista político condenado por terrorismo.

Kara es destinada a entrenar un grupo de pilotos novatos, lo que la lleva a admitir ante Adama su papel en la muerte de su hijo Zak.

Kara desaparece durante una batalla con un grupo de Cylons y Adama y Lee detienen la huida de la Flota para buscarla. Finalmente es capaz de volver por su cuenta, secuestrando un raider enemigo dañado.

Un grupo de Cylons se infiltra en la nave Galactica, y Adama se ve obligado a revelar ante el resto de la flota que los Cylons pueden tener apariencia humana.

Número Seis aparece en persona en la Galactica bajo una falsa identidad humana ("Shelly Godfrey") y acusa de traición a Baltar.

De forma inesperada aparece Ellen, la esposa de Saul Tigh. Su presencia y su actitud provocadora desencadenan recelos y tensiones con Adama y otros miembros de la flota.

Debido a la fuerte disminución de combustible, el mando de la Galactica decide realizar un arriesgado ataque a una mina de mineral de tilio de los Cylon.

Intrigas políticas ponen en cuestión el liderazgo de la Presidente Roslin.

Una patrulla encuentra un planeta habitable desconocido, que resulta ser Kobol, el mitológico origen de los humanos, y hogar de sus dioses.

La flota se prepara para luchar para mantener el control de Kobol, mientras que aumenta la separación entre Adama y Roslin. Al final del capítulo, Sharon se revela como agente Cylon, disparando a Adama.