在突然出现的人类之敌——魔甲虫的威胁下被驱逐到空中的人类，其间诞生了以魔力与之对抗的“空战魔导士”。在空战魔导士的育成机关、学园浮游都市“密斯特岗”就读的彼方·英司，曾经是S128特务小队的前王牌，却也是被刻上“背叛者”烙印的学园中最不受欢迎的人。他所接到的任务是，担任美空、蕾克蒂、莉子她们所属的连战连败学园最弱“吊车尾小队”的指导教官！

吊车尾E601小队在学内排位战的胜率为0。即使在最下位的E级中也有着绝对最低战绩的她们，有一个极不光彩的别号，那就是本不存在的“F级小队”。为了将她们的实力发挥到极致，彼方提议进行某种训练——那就是，彼方·英司以一支飞镖应战，实行魔装炼金武装的三人的攻击，以击落教官为目的，不必留情的“捉鬼游戏”！“那么，训练开始了！”“给我做好觉悟吧！背叛者！”

彼方·英司认为美空不适合魔炮剑士的位置，要美空换到更适合的位置，但却遭到了美空的强烈反对，甚至第二天也不来学校了。“为什么她对魔炮剑士那么执着呢？”带着疑问，彼方来到了美空的家，在那里，从美空父亲的口中，得知了她所爱着的家的故事。

排位战即将到来，E601小队的对手是非常有望升到D级的E571小队。美空和蕾克蒂为排位战而努力训练中，但是，莉子依旧没有参加训练，甚至不想参加比赛···“我要交给你胜利的关键！”彼方所说的胜利的关键是什么呢？

终于到了排位战，轮到新生的E601小队出场的时候，结果这是响起了魔甲虫来袭的警报，有超过一万的魔甲虫大军。不仅上位小队投入作战，下位小队也不得闲着。而魔甲虫的司令塔——变异奇美拉在哪？···“什么？是你们打倒的变异种？”新生的E601小队第一次实战，首次的胜利吗？

E601小队与变异种奇美拉展开了激烈的战斗，并打败了它，但是，却在之后的排位战中草草败北。然而，空战魔导士科长为了增强战力，而展开一场没有等级限制的淘汰赛，而美空无意中听到了，科长和彼方的，在淘汰赛中，E601小队如果败北，将会被解散的赌约。

担任了A227小队的教官，还要忙碌特务小队对伤人事件的警戒和对策的优莉，一边想着吊车尾小队不可能有胜算，一边回忆着当年彼方·英司三人以D小队打赢A小队的情形。另一方面，彼方展开了前卫、中卫、后卫全部随机抽签的特训？

对于特训的安排有着自己的领悟的蕾克蒂，对现在的特训是否有效抱有疑问，认为是否应该终止特训。“呐，蕾克蒂，给你一个提示吧。”开始对蕾克蒂进行特殊指导——再次进行女仆服务生工作的蕾克蒂能否得到答案？

袭击优莉的黑袍男子，被认为就是连续伤人事件的犯人。而受伤的优莉，被彼方带回了E601小队的合宿房间。和E601小队成员初次见面的优莉，临走时，留下了“就算你们万一真的晋级到了决赛，那你们E601小队也就走到了头”的宣言。然而，美空此时却陷入了迷茫中，带着迷茫，淘汰赛的帷幕拉开了。

获得首胜的E601小队势如破竹，连战连捷，最终杀入淘汰赛总决赛。美空、蕾克蒂、莉子三人，各自带着自己对彼方的感谢之情，与A227小队在赛场相遇。然而，看穿了彼方的战术的优莉，作为冠军候补的A227小队，会赢得胜利，E601小队会面临解散而落幕吗？

使用魔甲虫力量的雷亚尔，身体也变成了奇怪的样子，对优莉有着狂热的心的雷亚尔，将为了保护优莉的彼方刺伤了，而就在优莉将要放弃的此时···“空战魔导士所必须的第一条件是什么？”“无论何时，绝对都不要放弃！”——教官和候补生，空战魔导士所骄傲的战斗开始了！