在二百四十三年前的聖戰中被雅典娜封印的冥王哈迪斯率領 108 魔星同時從黑暗的深淵中復活。在剛從與海皇波塞冬結束戰鬥，暫時恢復平靜的聖域，聖鬥士的墓穴被挖開，新的危機已迫在眉睫。 在穆守護的白羊宮出現了一個謎一樣的男子。他命令穆在十二小時內取下雅典娜的首級。知道這名男子真實身份的穆不能違抗他的命令，但同時也不能去殺雅典娜。在他苦惱之際，眼前出現了兩個身影，原來是曾經身為守護聖域的巨蟹座的迪斯馬斯克和雙魚座的阿布羅迪。兩人被冥界之王哈迪斯賜豫了短暫的生命。穆因為那個神秘男子的命令而不得反擊，只 衹能曝露在成為冥鬥士的兩人攻擊之下。正在這時，天馬流星拳在周圍炸裂，原來是察覺聖域異變的星矢來支援穆。但是，穆卻向星矢發動了攻擊！

在師傅剛離開的五老峯上，出現了曾經的白銀聖鬥士：英仙座的亞魯哥路、禦夫座的卡佩拉、地獄犬座的達狄。他們也是借哈迪斯之手作為冥鬥士復活。紫龍為了保護春麗而與他們展開始戰鬥，最終打倒了白銀聖鬥士。隨後，紫龍緊追老師而去。另一方面，穆再次把阿布羅迪和迪斯馬斯克打回冥界。但是，復活的黃金聖鬥士並不止兩個人。山羊座的修羅、水明座的卡妙和雙子座的撒加這三個黃金聖鬥士出現在穆的面前。他們向穆發起了攻擊，但是穆卻感覺到了他們的心正在留著血淚。正在那時，那個神秘男子封印了穆的行動。無法施展的穆眼睜睜的看著神秘男子催促三人進入十二宮去取雅典娜的首級。正當那個神秘人準備奮力一擊時，五老峯老師童虎出現了。被認出的神秘男子脱下黑色的披風，露出了真實面目。

冥界三巨頭之一的天猛星拉達曼提斯向潘多拉提出要親自去聖域。但是潘多拉最希望的是自己不折一兵一將就能打倒雅典娜，所以不同意拉達曼提斯的請求。但拉達曼提斯不相信復活的聖鬥士，所以私下派密使潛入聖域。追蹤撒加一行的穆，發現了站在金牛宮的阿魯迪巴。在那裏出現地暗星聶普尼奧。穆錯愕的發現除了撒加等聖鬥士外，正規的冥鬥士也潛入了聖域。原來聶普尼奧是受拉達曼提斯之命監視聖鬥士並殺死了阿魯迪巴。穆打退了聶普尼奧的攻擊，像雙子宮奔去。另一方面，城戶家的瞬，不顧辰巳德丸的阻止，向聖域進發，這時在他面前出現了白銀聖鬥士。瞬穿上了聖衣，用星雲鎖鏈打敗了他們。

到達巨蟹宮的撒加一行人，卻被巨蟹宮內的黃泉比良坡困住了，幾經周折之後撒加終於明白了製造這些幻象的人就是遠在處女宮的沙加，於是對其發動了攻擊，但把撒加等人玩弄於股掌之中的沙加卻絲毫沒有受到影響，在殘垣斷壁中同樣進行了反擊。 同時在白羊宮前，前任教皇史昂和天秤座童虎在 243 年前是並肩作戰的戰友，如今卻反目成仇，一場慘烈的戰鬥即將爆發。

史昂和童虎的戰鬥終於開始了。在重回 18 歲的史昂面前，年老的童虎慢慢顯出疲憊之態，危機之時紫龍趕來，但是童虎卻命令紫龍回五老峯。然後，再史昂攻擊的時候出現了好像是要保護主人的天秤座聖衣。史昂嘲笑童虎衰老的身軀已經無法穿上聖衣了，但是童虎的體卻開始燃燒一股年輕的小宇宙，並且他衰老的身軀開始剝落，18 歲年輕的肉體重新出現了。原來在 243 年前，雅典娜施與了童虎神的假死之法——MSOPETHAMENOS。對童虎而言，243 年至相當不過 243 天，身穿天秤座聖衣的童虎，與前次聖戰中存活下來的黃金聖鬥士同伴之間，展開了巔峯小宇宙的作戰。

趕到巨蟹宮的穆面前出現了哈迪斯的真正的冥鬥士，他們追問撒加一行人的去向。原來撒加他們在與沙加的小宇宙直接衝突時產生的爆炸中不知所蹤了。在地暴星獨眼人準備向穆發起進攻時，星矢出現了。但是，突然有人將二人的行動封住了，這人正是地妖星繆。他認為撒加一定先去雅典娜所在之處，所以命令獨眼人先去前面的獅子宮。巴比隆在星矢面前現身，竟然是人類無法想象的一堆不定形物。穆對他發出攻擊後突然變成了一條毒蟲，並且從嘴裏噴出了蠶絲，把穆赫星矢封進了繭中。然後繆把自己也包在了繭中，完成了最後的進化，穆讓星矢先去獅子宮，自己一個人對付繆。面對冥界之蝶的繆，穆使用星光滅絕取得了勝利。

在獅子宮前倒下的星矢，被隨後趕來的紫龍、瞬、冰河叫醒。在去獅子宮的途中，他們發現了被剝去冥衣倒下的冥鬥士。 到達獅子宮的冥鬥士面前站的是被稱為“黃金獅子”的艾歐利亞。感覺到冥鬥士中有令人懷唸的小宇宙而一時不知所措的艾歐利亞，被地伏星的萊米用蟲足帶捆住了。冥鬥士順利透過 通過他身邊向前進發。憤怒的艾歐利亞用強大的小宇宙葬送了萊米。透過 通過獅子宮的冥鬥士們來帶了處女宮。但是他們被沙加強大的小宇宙玩弄於股掌之間。然而丘布等三名冥鬥士卻抵擋了沙加對冥鬥士們毀滅性的攻擊，後來明白原委的沙加將他們的冥衣打爛，露出了他們的本來面目。

剩下的冥鬥士成了沙加的對手，獨眼人以為在冥想中的沙加是在躲避戰鬥，全力攻擊之餘卻被沙加的“天魔降服”輕鬆擊敗。 把冥鬥士們全部打倒後，沙加想問清楚撒加他們的真正心意，但是他們只 衹是宣稱要奪取雅典娜的首級。面對這三位黃金聖鬥士覺悟到要死的沙加把他們帶入了傳説中的沙羅雙樹園，展開最後的戰鬥。沙加用最大奧義“天舞寶輪”將他們五感逐一剝奪。走投無路的三人只 衹能使用神話時代以來就被雅典娜禁止使用的終極影之鬥法——雅典娜之驚歎。為了不使復活併為哈迪斯的走狗失去意義，他們寧願承受汙名使出了雅典娜之驚歎。

為了向雅典娜傳達一切，留在園中的沙加用自己的血在沙羅雙樹的花瓣上寫了什麼，並把他們送到雅典娜所在的地方，然後他的靈魂就完全消失了。 返回處女宮的撒加等人面前所站的，是震怒的艾歐利亞。為了替沙加報仇，艾歐利亞發起了致命攻擊。但是穆在一旁冷靜的思考沙加“死”去的真正意義。這時，米羅也離開天蠍宮出現在這裏。米羅知道沙加的“死訊”後，也憤怒得向撒加等人發起了攻擊。撒加一行人必須趕到雅典娜身邊，所以準備再次使用雅典娜之驚歎。但是，穆、艾歐利亞和米羅也使出了雅典娜之驚歎。不相上下的雅典娜之驚歎如果有哪一方失去平衡的話，聖域就會毀滅。

雅典娜之驚歎的激戰，因為力量平衡而進入僵持階段，強大的小宇宙在處女宮不斷膨脹。星矢等青銅聖鬥士為了阻止一切的大爆發把自己的小宇宙上升到了最高極限。終於有雅典娜之驚歎推向天空。 雅典娜知道了沙加“死去”的意義之後下定了決心，她命令穆等人將三人帶來雅典娜神殿。並且，雅典娜把黃金短劍遞給了撒加，讓他殺了自己。撒加雖然知道雅典娜的心意，但始終無法對她下手，這時，雅典娜從撒加手中取過短劍，刺向自己的喉嚨。 星矢為雅典娜之死而悲傷之時，史昂出現了，他告訴他們，真正的戰鬥真正開始了。

史昂向星矢他們説出了沙加和雅典娜之死的意義，並且道明瞭全部真相。史昂手上沾滿了神血，朝向雅典娜神像發出了召喚，因為這些血，雅典娜神像變成了女神的聖衣。 為了女神的聖衣的復活，必須要女神自己的血，知道這一切的只 衹有當時是教皇的史昂一人。為了這個目的，史昂藉著哈迪斯的誘惑，趁機進入了十二宮。因為一直處在哈迪斯的監視之下，撒加他們只 衹能隱瞞真相，甚至不惜使用雅典娜之驚歎。史昂用雅典娜的血使青銅聖衣復活，他以教皇的名義命令青銅聖鬥士深入哈迪斯城，打倒哈迪斯。 比星矢他們早一步到達哈迪斯城的穆等人受到了拉達曼提斯的攻擊，無法前進。這時，穿著全新聖衣的青銅聖鬥士們出現了。

青銅聖鬥士們勇敢地面對拉達曼提斯，但是穆卻讓他們去幫助撒加，自己來對付拉達曼提斯。 得知雅典娜不顧生死前往冥界的訊息 消息，潘多拉放棄了哈迪斯城，趕回冥界。並將後事託付給地奇星的富羅格。對於居然趕踩自己師傅的富洛格，後來趕到這裏的冰河用“曙光女神之寬恕”將其打下冥界。青銅聖鬥士們在追趕前往冥界的潘多拉時發現了拉達曼提斯，而後者打敗了穆等人。在擁有壓倒性實力優勢的拉達曼提斯面前，星矢等人也毫無辦法。但是為了報答黃金聖鬥士們的期望，為了把女神的聖衣送到冥界中等待的雅典娜手中，在這裏絕對不可以失敗。星矢釋放出了自己最強的小宇宙，與拉達曼提斯一同掉進了冥界。