在时代广场发现了一名美丽的裸体健忘症患者，身上布满了神秘的纹身，其中一个纹身的名字是联邦调查局特工库尔特·韦勒。特工威勒和他的联邦调查局小组必须解码Jane Doe尸体上的线索地图，以挫败致命的恐怖袭击。谁是无名氏？她是资产还是敌人？谁抹去了她的记忆？纹身的背后是谁？

该团队解开了一个神秘的纹身，指向空军飞行员亚瑟·吉布森少校，他有着痛苦的过去和致命的议程。简继续寻找自己身份的线索，当一段令人不安的记忆迫使她质疑自己的过去时，她感到很困扰。与此同时，威勒认为他可能知道简的真实身份。

帕特森和她的益智专家男友大卫解码了一条纹身线索，并将团队送往美国疾病控制中心。在美国疾病控制与预防中心期间，研究小组在简身上发现了一条隐藏的信息，揭示了一个可能会造成灾难性全球后果的阴谋。与此同时，简和韦勒越来越亲密。

在一场看似简单的人质事件被证明具有更深的国际影响后，中央情报局和联邦调查局发现自己正在相互竞争，以逮捕同一名有着黑暗历史的罪犯。卡特对简的可信度表示担忧，这引起了与梅菲尔的摩擦，也考验了里德对球队的忠诚度。当简努力寻找自己的身份时，与韦勒的家人见面对她来说是压倒性的。

当暗杀事件导致团队找到一款危险的应用程序，该应用程序允许犯罪分子追踪政府车辆时，他们必须与该应用程序令人惊讶的创建者合作，才能将其删除。简和韦勒试图保持他们的关系专业。萨帕塔正在与一个道德问题作斗争。

简的一个纹身把团队送到了一个偏远的地方，在那里他们发现自己与一名危险的罪犯面对面，这起案件考验了简和韦勒紧张的关系，并威胁要揭露梅菲尔的秘密。与此同时，帕特森打破规则解决了一个纹身难题。

一名警察被谋杀后，帕特森解开了一个令人不安的纹身，这个纹身似乎预示着他会被杀，团队追踪暴力线索以阻止进一步的袭击。梅菲尔向韦勒透露了她过去的秘密，认真地考验着他们的关系。

Jane和Weller作为一对世界级的暗杀情侣卧底，以防止致命信息落入坏人之手。亲密的任务使他们比以往任何时候都更亲密。与此同时，大卫开始了一项单独的任务，夺回帕特森，卡特与梅菲尔就如何处理一个危险的人发生了冲突。

在激动人心的季中大结局中，团队追捕一群刚刚被激活的潜伏间谍，并竞相阻止一系列暗杀行动。

简从一系列关于她纹身的大量爆料中解脱出来，并纠结于是否应该信任奥斯卡。与此同时，一个纹身带领团队在黑海发现了一个令人震惊的发现。

在一名伊拉克战争老兵射杀了一个军事基地后，该小组揭露了一个险恶的阴谋。当简和韦勒争相阻止一位专一的科学家时，简回忆起自己神秘的军事过去，并考虑与奥斯卡建立新的关系。

在一条线索显示联邦调查局纽约办公室内有内奸后，该小组必须在面临菲舍尔探长的严格审查的同时追捕这名特工。该团队最深层的秘密有可能被揭露，每个人都是潜在的嫌疑人，但有些人，尤其是无名氏，还有更多要隐瞒的。

一条匿名举报导致该小组调查一起紧急死囚案件，最终派出萨帕塔卧底。在追捕内奸的过程中差点被抓住后，简考虑离开联邦调查局。

在一幅简纹身的画作从画廊被盗后，小组发现简才是真正的目标。为了保护她的团队，简擅离职守。

在一辆装甲卡车被抢后，小组发现赃物是化学武器，他们必须争分夺秒挫败恐怖阴谋。与此同时，简努力克服对韦勒的困惑记忆，同时离奥斯卡越来越近。与此同时，帕特森接到了一个过去的人打来的电话。

帕特森在《纽约时报》的填字游戏中发现了一条隐藏的信息后，她开始了一场纹身寻宝活动，这让她陷入了危险。奥斯卡终于告诉简更多关于她是谁的事情，威勒就谁绑架了泰勒·肖征求了他父亲的意见。

为了抓捕一名危险的国际罪犯，Jane和Weller被迫与他唯一会遇到的人合作：他们的前目标Rich DotCom。简必须决定是否冒着伤害韦勒的风险执行奥斯卡的一项道德上有问题的命令。

在调查纹身的过程中，当学校发生枪击案时，小组会分头将枪手击毙。梅菲尔处理过去的一些问题。

当一个与纹身有关的神秘年轻女孩落入波登的照顾时，波登将她的案件提交给联邦调查局，但事实证明，她与恐怖组织的关系对他们所有人来说都是危险的。与此同时，矛盾的简开始再次与韦勒亲近，波登和帕特森之间的友谊开花结果。

当犯罪黑客潜入大楼，将小组困在SIOC内时，联邦调查局被封锁。当他们奋力摆脱困境时，近距离的冲突迫使梅菲尔、萨帕塔、里德和莎拉直面个人冲突。

在发现一名被遗弃的婴儿身上有与简一模一样的纹身后，该团队竞相拼凑出孩子的身份，拯救了数十名婴儿。愤怒的简质问奥斯卡秘密任务的结果。

韦勒在一个令人心碎和困惑的断言中寻找真相。简向一名前嫌疑犯寻求帮助，帮助他对付奥斯卡。与此同时，团队的其他成员努力帮助一位朋友。。。