בכפר הנסתר בין העלים והעצים, מקום שגרות בו נינג'ות, יש ילד ששמו נארוטו אשר גורם לצרות בכל מקום שהוא הולך אליו. כשהוא גונב את מגילת החותם, הוא משחרר כוח נדיר שלא רואים אצל ילדים בני 12.

נארוטו סוף סוף מצליח לסיים את לימודיו באקדמיה לנינג'ות. לאחר זמן לא רב משסיים את לימודיו בעצמו, נארוטו לוקח תחתיו תלמיד חדש שהוא לא אחר מהנכד של ההוקאגה.

על מנת להפוך לנינג'ה, נארוטו צריך להצטוות לחבריו לכיתה: סאקורה היפה וסאסקה הרציני. לשני אלה יש דבר אחד במשותף – הם שונאים את נארוטו. כתוצאה מכך, נארוטו מנסה גישות אחרת.

צוות 7 החדש פוגש את הסנסיי שלהם, קאקאשי האטאקה. לאחר היכרות קצרה, הם יוצאים לאימון שיבחן האם הם באמת מתאימים להיות נינג'ות. במסגרת האימון, הם צריכים לעשות כל שביכולתם כדי לקחת שני פעמונים מקאקאשי.

צוות 7 מתחיל את משימות הנינג'ה הראשונות שלו עם משימות משעממות למדי. נארוטו מוציא את התסכול שלו על ההוקאגה, והוא מסכים לתת להם משימה אחרת – להגן על אדם מבוגר וממורמר בדרכו הביתה.

צוות 7 מגיע לארץ הגלים ומגלים שאיש עסקים רשע ששמו 'גאטו' השתלט על הארץ הזו. זאבוזה מומוצ'י, שנשכר על ידי גאטו כדי לחסל את טזונה, מופיע בפניהם. נארוטו מתרגש ומוכן להתקיף, אך כנראה שהאתגר הזה גדול מדי.

ידו של קאקאשי בקרב נגד זאבוזה על העליונה, אבל הקלפים נטרפים מחדש כאשר הוא נתפס במלכודת של זאבוזה. קאקאשי מפציר בצוות לברוח, אבל נארוטו נזכר בשבועה שנשבע.

תודות לתוכנית המבריקה של נארוטו, קאקאשי שוחרר כלא המים, והוא מוכן להשתמש בשארינגאן שלו כדי להביס את זאבוזה.

בעודו מתאושש בביתו של טזונה, קאקאשי לא מרוצה מתוצאת הקרב. זאבוזה לא מת ונינג'ת המעקב הצעיר עזר לא לברוח. קאקאשי מחליט להכניס את נארוטו, סאסקה וסאקורה לסדרת אימונים שמטרתה לדעת לשלוט טוב יותר בצ'אקרה.

סאקורה הולכת העירה יחד עם טזונה ורואה את הקשיים של אנשי ארץ הגלים תחת שלטונו של גאטו. בעקבות כך, היא מבינה מדוע בניית הגשר כל כך חשובה. במקביל, נארוטו וסאסקה ממשיכים להתאמן על טיפוס עץ בעזרת הצ'אקרה שלהם.

אישה מסתורית מופיעה מול נארוטו במהלך אימוניו הקשים לשליטה בצ'אקרה שלו. אישה זו אומרת לנארוטו שכל עוד יש לו מישהו אהוב שהוא רוצה להגן עליו, אין גבול לכמה שהוא יוכל להתחזק.

הזמן להילחם בזאבוזה בפעם הנוספת הגיע, והפעם יש לו בן ברית. זאבוזה ובן בריתו מתפעלים מיכולותיו של סאסקה, וגם סאסקה מבחין בכמה חזק הנינג'ה שעוטה מסכה.

סאסקה מתקשה מאוד בקרב נגד האקו בתוך מערך המראות שלו, אבל נארוטו מגיע לעזור לו. סאסקה חושב על תוכנית למתקפת נגד לג'וטסו המראות של האקו, אבל נארוטו הורס לו אותה.

סאסקה מצליח לעלות על דרך לפגוע בהאקו. קאקאשי מבין שזמנם קצר. מתוך דאגה לנארוטו, לסאסקה, לסאקורה ולטזונה הוא מחליט להשתמש בשארינגאן פעם נוספת כדי להביס את זאבוזה אחת ולתמיד.

האקו ממשיך לפגוע בנארוטו ובסאסקה בתוך מערך המראות, עד שנארוטו כבר לא מסוגל לעמוד על רגליו. לפתע, סאסקה מעורר כוח חדש ופועל בצורה חסרת תקדים.

נארוטו מתפוצץ. כעסו כלפי האקו, שהביס את סאסקה, משחרר את הכוח של תשע הזנבות. הצ'אקרה של נארוטו נעשית כל כך עזה שאפילו קאקאשי וזאבוזה מבחינים בה.

האקו אומר לנארוטו המהוסס לגמור אותו. נארוטו מטיל ספק בדרך החיים של האקו. במקביל, הקרב בין קאקאשי לזאבוזה מגיע לשיאו.

זאבוזה הוא כבר לא האויב של קאקאשי, ובזכות מילותיו המרגשות של נארוטו, הוא פותח חזית מול אנשיו של גאטו. השד של הכפר הנסתר בערפל סוף סוף זוכה לנקום את נקמתו.

לאחר שהמשימה יוצאת הדופן שלהם הסתיימה, צוות 7 חוזר לבצע משימות פשוטות. קונוהאמארו וחבריו באים לבקר את נארוטו. בדרכם, הם פוגשים את סאקורה וסאסקה. ההוקאגה השלישי מכריז על תחילת בחינות הצ'ונין.

לאחר ששלושת הנינג'ות עוזבים, סאסקה מבין שיש לו יריב עוצמתי. קאקאשי מודיע לצוות 7 שהוא המליץ עליהם לבחינות הצ'ונין. נארוטו וסאסקה מרוצים, אך סאקורה מפחדת לאכזב את כולם.

רוק לי המשונה מאתגר את סאסקה לקרב, ממש לפני תחילת בחינות הצ'ונין.

תשעת הטירונים של כפר העלים נפגשים במרכז הבחינה. הם מושכים את כל תשומת הלב אליהם. אדם אחר בעל ניסיון רב בבחינות הצ'ונין שעומד להיבחן איתם מנסה לעזור להם להוריד פרופיל ולהבין כיצד הם צריכים להתנהל.

כל הגנינים מתרכזים ומתחילים את הבחינה בכתב, הלוא בחינת הצ'ונין הראשונה. אך הבחינה בעייתית, השאלות לא מותאמות לרמת הידע של הגנינים בכלל.

הגנינים מעתיקים אחד מהשני את התשובות למבחן, כל אחד בדרכו, בזמן שהדאגות מהשאלה העשירית מתחילות לצוף.

פרק ספיישל שמסכם את 25 הפרקים הראשונים ומכין את הקרקע לקראת בחינת הצ'ונין השניה.

לאחר שעברו בהצלחה, איכשהו, את המבחן הראשון, נארוטו והחבורה צריכים להתמודד עם סכנה חדשה! הגנינים נדרשים לחפש שתי מגילות שונות כדי שיוכלו להשלים את הבחינה בהצלחה.

צוותי הגנינים ממשיכים בחיפושם אחר שתי המגילות ביער המוות. בינתיים, צוות 7 סוטה ממסלולו המקורי בגלל אויב עוצמתי כשנארוטו נפרד מהקבוצה והעניינים מתחילים להסתבך.

נארוטו, סאסקה וסאקורה ממשיכים את הקרב שלהם נגד האויב חסר הרחמים שפגשו ביער המוות.

האם סאסקה יוכל להציל את הקבוצה שלו ממוות בטוח על ידי האדם המסתורי?

האם רוק לי יצליח להציל את סאקורה מהסכנה הממשמשת ובאה?

סאקורה מנסה לשמור על נארוטו וסאסקה מחוסרי ההכרה אך מוצאת את עצמה מותקפת על ידי הגנינים מהכפר הנסתר בצלילים. אחד מהגנינים של כפר העלים מגיע לעזרתה, וקרב של שלושה על אחד מתחיל.

סאקורה עומדת בפני סיטואציה שהיא מעולם לא עמדה בה כאשר היא נותרת לבדה להילחם נגד השלישייה מכפר הצלילים. על אף הפחד והחרדה, היא נעזרת בנחישותה הגדולה ונלחמת חזרה.

לאחר שסאקורה כמעט מאבדת את חייה בניסיון להגן על הצוות שלה ועל לי, צוות 10 יוצא מהמחבוא שלו לעזרתה. במקביל, צ'אקרה מרושעת מתפתחת אצל אחד ממחוסרי ההכרה.

צוותי הגנינים הפזורים ביער המוות ממשיכים בחיפושם אחר המגילה שחסרה להם. צוות 8 מביטים מרחוק על הצוות מהכפר הנסתר בחול, והם מקבלים הצצה מכוחו המפחיד של גארה.

נארוטו שוקל להציץ במגילה של הצוות שלו. צוות 7 פוגש בצוות של קאבוטו, ויחד הם מנסים למצוא את דרכם למגדל שבמרכז יער המוות.

צוות 7 הצליח להשיג את המגילה החסרה ועובר את הבחינה השניה. ההוקאגה מסביר לכל אלו שעברו את הבחינה מה המטרה האמיתית של בחינות הצ'ונין. האחראי על הבחינה השלישית מגיע, ובשורה מפתיע בפיו.

קאבוטו מקבל החלטה שנראת תמוהה בעיני כולם. סאקורה דואגת לסאסקה בגלל החותם המקולל. סאסקה נבחר להיות הראשון שיתחרה במוקדמות הבחינה השלישית.

סאסקה ממשיך בקרב שלו נגד יורו אקדו על אף הכאב הרב שהחותם המקולל גורם לו. לאחר הקרב, קאקאשי מחליט לעזור לסאסקה בעניין החותם המקולל.

קאקאשי מנסה לחתום את החותם המקולל אך אדם מסוים מפריע לו. במקביל, הקרב בין זאקו אבומי לשינו אבורמה מתחיל וכוחו המשונה של שינו נחשף.

הקרב של מיסומי צורוגי וקאנקורו מסתיים מהר. מיד לאחריו, שתי חברות ותיקות נקראות להילחם אחת בשניה.

הקרב מלא הרגש בין סאקורה לאינו צובר תאוצה. החברות והקשיים של השתיים מתגלים.

בחינת הצ'ונין השלישית נמשכת ומגיע תורן של טמארי וטנטן להילחם אחת בשניה. לאחר הקרב החד צדדי של שתיהן, שיקמארו נבחר להילחם בקין, הקונואיצ'ית מהכפר הנסתר בצלילים.

סוף סוף מגיע תורו של נארוטו להילחם, והוא משובץ נגד קיבה. על אף שהסיכויים לרעתו, נארוטו נחוש לנצח בכל מחיר.

הקרב של נארוטו וקיבה מגיע לשיאו. נארוטו חושף טכניקה חדשה שפיתח.

נג'י היוגה והינאטה היוגה, קרובי המשפחה, משובצים להילחם אחד נגד השניה. הם מתחילים את הקרב ונלחמים כדי להגן על הכבוד של עצמם ושל המשפחות שלהם.

הינאטה מחליטה להוכיח את עצמה ונלחמת בנג'י בכל כוחה. הקרב ביניהם מסתיים בתוצאה מפתיעה.

רוק לי בעל הרוח הצעירה משובץ להילחם נגד גארה של המדבר. גארה לא מגלה רחמים ומשחרר את כל עוצמתי הקטלנית.

רוק לי ממשיך בקרב נגד גארה האכזרי. על אף שהוא מוחלש לאחר השימוש בלוטוס הראשי, הוא רוצה לנצח בכל מחיר. לי מתחיל לפתוח את שמונת השערים הפנימיים.

לי חושף את הקלף המנצח שלו, פתיחת השער החמישי. גארה רוצה מעוניין בקרב עקוב מדם.

הקרב האחרון שנותר הוא צוג'י אקימיצ'י נגד דוסו קינותה. שלב המוקדמות של הבחינה השלישית מסתיים ונארוטו מגלה שסידרו לו מאמן חדש לקראת הבחינה השלישית.

נארוטו מתחיל את סדרת האימונים שלו לקראת הבחינה השלישית בליווי אביסו, אך העניינים משתלשלים בצורה בלתי צפויה.