小智從當地人口耳相傳中得知,漩渦列島的海底潛藏有神秘神奇寶貝的蹤影,而興奮的搭船往該島前進.可是,那艘船又被火箭隊找上了.皮卡丘為瞭解決火箭隊,發出攻擊,不小心破壞了船身的一部份.海上的漩渦渦流激烈,小智等人就這麼被拋入海中.這樣下去,大家都會被渦流給吞沒的!小智等人將會如何呢?

以漩渦列島大賽為目標,展開漩渦列島之旅的小智一行人,途中遇到叫做飛太的青年…知道大波波島的事情.這個島名奇特的島嶼,據説住在那裏的寵物小精靈並不尋常.原來那個寵物小精靈是波波啊.外形看起來很普通,可是…體型卻是普通波波的三倍以上,而且不會飛.在這不可思議的島上,到底發生什麼事了呢?小智一行人在飛太帶領下,踏入了大波波島.

小智等人來到漩渦列島的青巖島,向下一個城鎮前進的途中,來到了青湖所在的山頂.途中,眼前突然出現魚夫神奇寶貝燈籠魚與叫做阿義的少年.為什麼山中會有燈籠魚呢?尋問之下得知,青湖是燈籠魚卵孵化長大的故鄉.然後,如同小智等人要踏上旅行一樣,燈籠魚們也要離開故鄉,踏上前往大海的旅行.

為了參加漩渦列島大賽而持續旅行的小智一行人來到了黃巖島.黃巖島是名符其實的,岩石呈黃的顏色,生長許多太陽珊瑚的島嶼.小霞為了可以收服垂涎已久的太陽珊瑚而興奮極了.這時候一幕驚人畫面出現了,海面上居然漂來一棟房子.屋頂上是一個活潑的太陽珊瑚跟一個少女.為什麼會發生這種令人難以想象的事呢?

為了搭船去舉辦漩渦列島大賽的赤巖島,小智等人來到了歐奇市的港口.可是沒有趕上一天一班的船班,一夥人都不知如何是好.這時候,一個女人向一夥人打招呼,她的名字叫露佳.於是大家就決定搭她的船到赤巖島去.小智等人在老舊的船上,發現古老的海圖.這是什麼海圖呢?難道那地方藏有寶物嗎?

小智一行人終於來到漩渦列島大賽的舉辦地--赤巖島.這地方爆滿了像小智等人一樣過來挑戰的神奇寶貝訓練家.明天大賽的預賽就要開始了,鬥志高昂的小智等人,不知背後有可疑的黑影在追蹤他們..後來才曉得,這出現在小智等人面前的可疑人物,原來是神奇寶貝訓練家八郎.大夥在猜測他的來意時,他卻提出拜託小智等人陪他打一場的要求.八郎的挑戰,好像內情並不簡單....

小智與小霞都漂亮地贏得了漩渦列島大賽的預賽,接下來就是正式比賽了.開會典禮在運動場響徹雲宵的歡呼中開始.一位穿著華麗服裝的美麗女性出現了.她是守護漩渦列島的文化與傳統的海神官麻亞.據她説,將贈送禮物給大會的優勝者.那個只有優勝者才能得到的禮物,到底是什麼東西呢?為了得到冠軍,小智等人燃起了熊熊鬥志

漩渦列島大賽的下一場比賽竟然就是小智對小霞.可以使用的神奇寶貝只有二隻,當二隻神奇寶貝都失去戰鬥能力的時候,勝負就分出了.為了水系神奇寶貝大師的面子,這一戰決對要贏,小霞這樣發下豪語.另一方面,小智也表現出自己不管在什麼樣的戰鬥中都要獲勝的決心.雙方互不相讓的決鬥即將展開..到底結果會是如何呢?

漩渦列島大賽結束,小智等人決定返回淺葱市,而搭乘定期船班去鯧魚鎮.可是在小智等人不知情的地方,又有可疑的黑影在秘密進行某種陰謀.火箭隊這時又在挖地洞陷阱了,這時代誰會那麼傻,誤入這種單純的陷阱呢?想是這麼想,小智等人真的就掉進陷阱裏面了.可是,聯火箭隊也掉入自己挖的洞穴裏面.小智等人和火箭隊就在洞中無路可走的情況下,遭遇到最出乎意料的事件.

小智等人之前在海底的沉船中發現了銀色之翼,後來到了鎮上,看見林立街頭的土產店都在販賣小島的特產,銀色之翼商品.途中,小智等人遇到了飾品店老闆百合子,而到她的店裏參觀.店中排列的許多美麗裝飾品都是用只有銀巖島才能採集得到的銀岩石做的.據説用這種石頭做出的裝飾品有護身符的作用.島民們深信的銀色之翼,到底隱藏著什麼樣的力量..

小智等人在衝島與阿弘重逢了,他們跟阿弘馬上決定一起尋找神秘神奇寶貝,這個時候遇到的是被火箭隊追逐的少年修一....有人要把修一的神秘神奇寶貝搶走!那到底是甚麼神奇寶貝呢?

洛奇亞的小孩--小銀,被火箭隊抓走了.小智他們拼命的尋找,可是都找不到小銀,最後,洛奇亞憤怒起來,開始攻擊人類住的地方,小智他們有辦法把小銀救出,平息洛奇亞的憤怒嗎?

洛奇亞媽媽被抓走了,而小智一行人也被火箭隊抓起來了,他們的神奇寶貝球也被搶走了.小智他們面臨了空前危機.小智他們是否能夠逃出,並且阻止南波博士的計劃,把洛奇亞母子從火箭隊手中救出來呢?

小智一行人準備要回淺黃市進行道館比賽,他們搭上了飛鷹爺爺的咕咕號,可是這個咕咕號是個古董老飛機,而且路上又出現了暴風雨和火箭隊……到底小智他們能平安的抵達淺葱市嗎?

小智在淺黃市的道館比賽開始了.道館訓練家阿蜜小姐的寵物小精靈是很難纏的鐵蛇寵物小精靈--大鋼蛇.小智雖然盡全力比賽,但是大鋼蛇的強力絕招鋼鐵尾巴把比卡超擊敗了.最後剩火球鼠上場了,到底小智能反敗為勝嗎?

真新鎮的大木研究所的草系神奇寶貝們開始爭起地盤了,大木博士和小健拼命的想阻止,但是騷動卻越來越大.小智便把妙蛙種子送回大木研究所,到底它有辦法解決嗎?

小智一行人回到了圓朱市並且和櫻花重逢了,櫻花的伊布已經進化成太陽精靈了,這時,火箭隊出現並且把櫻花的姐姐們的神奇寶貝都奪走了.小智他們和櫻花能把神奇寶貝搶回來嗎

火箭隊把圓朱市鈴鈴塔的透明鈴鐺弄壞了,傳説透明鈴鐺是人類與鳳凰連繫的重要寶物,結果造成憤怒的神奇寶貝在圓朱市大鬧特鬧,小智一行人能阻止這場騷動嗎?

小智參加了神奇寶貝與訓練家合為一體奔跑的神奇寶貝勁速賽,大會中小茂也會參加,小智使用月桂葉向小茂挑戰,可是,小茂與風速狗合作無間一直搶佔第一名,小智和月桂葉會贏嗎?

小智一行人到寵物小精靈中心避雨,在他們睡覺的時候蛋竟然消失不見了.小智等人非常地著急,這時君莎小姐出現了,到底他們能否解決這件懸案呢?

小智的蛋終於快孵化了,小智非常的興奮,可是這時火箭隊又出現想把蛋奪走,在這時候蛋忽然發光了,到底即將出生的神奇寶貝是什麼呢?

火箭隊碰到小智他們,結果又和以前一樣失敗了.在火箭隊想再收服神奇寶貝時,火箭隊的挖角人員出現,並借給他們信使鳥去對付小智他們,火箭隊會成功嗎?

小智一行人在霧中遇到了洛珂小姐和九尾,洛珂小姐帶著他們到一間大房子休息,但是小智他們發現鏡子竟然照不出洛珂小姐的身影.突然,小智和小霞被一股奇怪的力量擋住在外頭,到底小岡會有危險嗎?而洛珂小姐的真實身份是什麼呢?

小智一行人在斯里巴吉山遇到了空手道王信彥與巴爾郎,巴爾郎特別喜歡惡做劇,村子裏的人都很討厭他.信彥用沙古拉想要讓巴爾郎打破定心,可是巴爾郎的實力太堅強了,到底信彥的熱誠能不能打動巴爾郎呢?

小智一行人來到山間的一座村落,聽説這裏有預測未來的天然鳥,受到村民們的珍愛.可是,火箭隊又冒出來想要抓走天然鳥,到底小智能不能守住天然鳥呢?

憤怒之湖出現紅色的鯉魚龍,鯉魚龍因為火箭隊的陰謀而被強迫進化,披著斗篷對抗火箭隊的男子,原來是龍使者,渡.到底小智和渡能不能把紅色鯉魚龍救出來呢?

火箭隊的人想把紅色鯉魚龍用直升機載回總部,結果沒想到鯉魚龍自己掙脱並且開始發狂了起來.眼看它就要逼近卡吉鎮了,到底小智一行人能阻止這場危機嗎?

小智一行人來到卡吉道館準備挑戰,可是被拒絕了.道館訓練家柳伯説跟小智交手沒意義,小智拼命的拜託,可是柳伯的心就像被冰封起來一樣.到底小智的毅力之火能不能打動他呢?

小智在卡吉道館的戰鬥開始了,雖然小智拼命地想要擅長的速度絕招一決勝負,但是在冰的戰鬥場地根本就無法使用.這時小智受到了猛烈的攻擊,讓道館訓練家柳伯給逼入了絕地,到底小智和皮卡丘有辦法打贏這場戰鬥嗎?

小智一行人來到寵物小精靈研究所,在這裏的美麗花和霸王花因為地盤的關係,只要風向改變,就會因數量多少而爭吵.到底小智能不能用月桂葉來阻止他們呢?

小智一行人以下一個目的地--煙墨市為目標旅行，途中天氣熱得要命，大家都熱暈了，原來他們好像誤入火山地帶,為了早點離開，一夥人加快了腳步，但在途中遇到呼嚕大睡的熔岩寵物小精靈、熔岩蝸牛.由於路被堵住無法通過，只好叫醒熔岩蝸牛，卻因而激怒了熔岩蝸牛發狂攻擊.小霞拿出擅長的水系寵物小精靈想加以阻止，可是卻被心情惡劣的熔岩蝸牛給一一打敗.在旁看到事情始末的開朗少年亞克西忍不住出聲大笑.但是以小霞的個性是不會默不吭聲的.......

一個少女突然大喊「比卡超～」，跑過來抱住比卡超！小智一行人目瞪口呆，旁邊帶著黑暗鴉的小孩，自稱是寵物小精靈魔法師小璃.據説小璃擁有的魔法秘傳書，上面寫著代代相傳的魔法用法.她正在蒐集書中迄今為止尚未有人成功使出來的「瞭解寵物小精靈的心的魔法」所需的材料.秘傳書上寫著需要比卡超的十萬伏特.小智一行人對這件事很感興趣，為了讓魔法成功，決定與小璃一起去尋找其餘的材料，但是……！

以煙墨道館為目標而持續旅行的小智一行人，因為想抄近路，反而在森林中迷路了.這時出現在他們面前的，是拿出強大吸電器、企圖捕捉比卡超的火箭隊.比卡超的電力被完全吸光，使得小智等人陷入大危機之中，就在這時候，叫做羽莎的女性出手搭救了.羽莎看比卡超情況危急，告訴一行人：「我可以讓比卡超復原，但是你們要保證之後看到的事絕不洩露出去.」在嚴肅的要求下，小智一行人保證保密.然後，在緊張的氣氛中，一行人踏入禁忌之地.他們所看到的是……!?

以煙墨道館為目標而旅行的小智等人，來到一個小城鎮時，小刺蛋突然跑進路旁民宅的庭院，小智等人緊追在後，進入庭院，一行人面前突然出現兩隻小波球.接著是一個手拿 CD 夾，跑出屋子的女孩叫做綺菲洛.原來這兩隻小波球是在電視台與演唱會唱歌跳舞的雙胞胎偶像寵物小精靈.小智等人參觀小波球演唱會前練習表演.看著小波球配合節奏的歌舞表演，眾人不禁陶醉其中，讚歎「太可愛了！」.這時，突然出現一隻波波球，不服氣小波球雙胞胎大受歡迎，也踏上舞台開始唱歌……

為了得到最後的徽章，小智一行人以煙墨市為目標，繼續旅行.這次來到了叫做開悟之湖的「小呆獸湖」.這時火箭隊又冒出來了.緊繃的氣氛中，雙方眼看就是一場決鬥.然而，突然一隻咬著黃旗子的憨憨寵物小精靈小呆獸悠哉悠哉的過來了.這隻小呆獸什麼也沒幹，只是一直髮呆.旁觀的小智等人不禁看傻了眼.據尼姑雅子説，小呆獸一直在思索自己是什麼人，這個很深奧的問題.小智一行人、火箭隊突然被問到自己是什麼人時，也不知如何作答了.於是雅子帶領眾人到幫人開悟的小呆獸寺院修行…

小智一行人在神奇寶貝中心休息.這次，聽説大木博士主持的廣播節目要辦公開錄音了.一行人期待與睽違已久的博士重逢.當天趕到舉辦地點，一進入會場就撞見了大事件.自稱大木博士的竟然有兩個人！雖然其中必有一然是假的，可是兩個人都宣稱自己是真的大木博士.由於博士一定很瞭解神奇寶貝，最後就變成舉辦猜謎大會來判斷真偽了.會場因這場意外一陣譁然.這難得一見的決鬥，到底會如何發展呢...!?

小智一行人在旅行途中暫時停下來賞月.可是唯有小智一人不顧美麗的月亮，自顧自的拼命吃東西.忽一抬頭，看見天空有幸運的流星劃過.眾人忙著許願，但是，很快就發現流星的異樣.漸漸接近地面的流星並不是星星，是巨大的飛行物體.「難道是飛碟嗎!?」一行人對著這夢一般的光景看呆了.不只這樣，神秘飛行物體之中還有東西掉到小智等人附近.小小象跑出來很漂亮的接住那個物體，原來，那個物體是星型寵物小精靈"皮寶寶".皮寶寶從飛碟裏面掉下來，難道它是宇宙人嗎？

以下一個目的地煙墨市為目標而持續旅行的小智一行人，看到一羣人不知在喧譁什麼.靠近一看，原來是有人在做寵物小精靈對戰.聽説一個叫做安治的人的水系寵物小精靈,「蝌蚪寵物小精靈」大力蛙很厲害，已經打倒許多人，從來沒有吃過敗仗.小霞一聽對手是水系寵物小精靈，自然不會放過機會.她用自己的蚊香蛙挑戰，可是對手是進化後的大力蛙，實力差太多了.小霞被打敗之後，深深體會到寵物小精靈的等級的差距.在不甘願的同時，也對大力蛙投以尊敬眼光…

以下一個目的地煙墨市為目標而旅行的小智等人，途中遇到一位女子，得知了競技公園的存在.聽説各種寵物小精靈那裏幾乎都有，還可以自由選擇想要對戰的寵物小精靈.喜歡寵物小精靈對戰的小智等人聽到這消息，自然興奮得不得了.在那裏迎接小智等人的神秘工作人員，特別推薦挑選最強寵物小精靈的特殊戰鬥套餐.小智聽到最強兩字，眼睛為之一亮.到底，他要面對的是什麼樣的對手呢？

旅行途中，小智等人在湖岸邊睡午覺.醒著沒睡的牛蛙君找到小岡親手做的飯糰，想拿來吃的時候，卻不小心讓飯糰滾了下去.慌慌張張追著飯糰的牛蛙君身邊，突然有個拉拉隊女郎打扮的女人靠近了.她把牛蛙君與別的牛蛙君搞混，硬是把牛蛙君帶走了.等著牛蛙君的，竟然是以為了參加全國大賽而天天練習的寵物小精靈拉拉隊.....

冰之洞窟是通往煙墨市的近路，小智他們通過冰之洞窟時發現這裏有很多冰系的寵物小精靈，就在此時，火箭隊為了想把冰之洞窟的寵物小精靈捉起來，於是將洞裏的温度升高，想融化冰之洞窟來捕捉冰系寵物小精靈，到底小智他們能阻止火箭隊的計劃嗎？

小智一行人終於來到目的地煙墨市，發現睡在湖泊附近的龍寵物小精靈迷你龍。因為難得一見，一行人就湊過去想更靠近一點，湖中突然冒了只鯉魚龍出來，對他們發動猛烈攻擊。此時，平息爆怒的鯉魚龍的，是叫做小樁的女性。原來鯉魚龍是受她命令保護寶貴的迷你龍的。然後，一個老人不知懷裏抱著什麼東西跑到小樁身邊，這個老人還是小智等人想去的煙墨道館裏面工作的人。

為了得到第八個徽章，小智等人敲上了最後的堡壘─煙墨道館的大門了。小智與道館訓練家的戰爭序幕拉開。小樁第一戰就拿出刺龍王，小智也很快拿出比卡超來決鬥。在火熱的戰況中，保管煙墨道館的寶物「龍之牙」的寶物庫竟然遭到火箭隊潛入。小智等人聽到消息，不得已暫時停止戰鬥，趕快趕往寶物庫的地點。可是火箭隊早就把龍之牙偷跑了，一行人拼命追逐火箭隊，龍之牙最後究竟會是如何呢？

煙墨道館代代相傳的龍之牙被火箭隊給搶走了，小智等人拼命追趕，上空突然飛來在噴火龍山谷的紀珂，與在她手下修行的小智噴火龍。得力幫手出現，而且加入小智等人繼續追趕火箭隊。另一方面，火箭隊得到被本地當龍寵物小精靈守護神啟暴龍的支持，還食髓知味的把和平象徵「祈禱的火焰」也偷走。然而祈禱火焰發出的火把附近一帶都燒起來，麻煩越鬧越大。然後啟暴龍突然產生變化。啟暴龍身上發生的異變到底是什麼呢？

龍之牙遭竊騷動中，煙墨道館的道館訓練家小樁的道館戰一時中斷。這次小智又重頭再來，與小樁展開激烈戰鬥。小智經由上次道館戰，察覺只靠手上的寵物小精靈戰鬥，對自己不利，於是在寵物小精靈中心交換寵物小精靈。決鬥開始，小樁跟上次一樣，拿出了刺龍王來應戰。小智則改變戰略拿出卡比獸應戰。刺龍王猛烈的破壞死光壓倒了卡比獸，但卡比獸以過人的體力為武器，絲毫不退讓。小智為了得到最後的徽章堅忍不拔的戰鬥著。這場決鬥到底會誰輸誰贏呢？

小智等人得到最後的徽章，展開以城都連盟為目標而旅行。火箭隊得知情報趕來，企圖從一行人手中偷走徽章。他們以巧妙的偽裝欺騙小智等人，成功奪走徽章。高興自己立下大功的火箭隊，將奪來的徽章拿給果然翁保管。果然翁將徽章放在盒內，開心的裝水果。可是當他察覺樹叢後面有東西，一不分神，盒子就瞬間消失了！莫名奇妙受到火箭隊責怪，背上莫虛有罪名的果然翁，這下子面臨大危機了!

為了參加比賽，以若葉鎮為目標而持續旅行的小智等人，途中來到了可以參觀海邊神奇寶貝同步水中芭蕾秀的會場。眾人看那合作無間的水系神奇寶貝的華麗表演看到正精采時，卻驚訝看到指揮這些神奇寶貝的，居然是叫做龍司的少年。他是熱愛水系神奇寶貝的龍宮道館的訓練家。一行人在龍司帶領下，到了聳立在海中的戰鬥場地。小霞知道龍司很憧憬華藍道館的姐姐們，決定把對神奇寶貝的愛意投注在戰鬥中。

以若葉鎮為目標持續旅行的小智等人，途中被空木博士託付一個重大任務。內容是要小智等人到寵物小精靈海洋研究所拿一個寵物小精靈的蛋過來。小智等人前往的地方，叫做成美的女性正在操作觀測機器操作，不知在海中做什麼實驗。然後突然的，海中發生強大能源，大羣背背龍陸陸續續的跑出來。裏面還有在橘子羣島告別的小智的背背龍！據成美説，背背龍可以在海中探測到至今仍無法解讀出來的旅行方法。聽説秘密就在背背龍發出的聲音之中。

為了讓寵物小精靈蛋孵出的由基拉返回故鄉，小智等人以白銀山為目標持續趕路。途中在山區找到了一個温泉。在那裏認識了一直夢想捉到傳説寵物小精靈炎帝的旅行少年尚也。聽到温泉有治療寵物小精靈，消解寵物小精靈之間的敵意的效能，一行人馬上決定讓無法跟大夥打成一片的由基拉泡温泉。可是岩石系的由基拉喜歡埋砂澡更甚於泡温泉的樣子。這時候死對頭的火箭隊又冒出來了。小智等人拼命的想保護由基拉，但是…

小智一行人到了一個湖泊,但是因為這個湖泊傳説河水要乾枯之前，河馬王會出現，帶領大家到一個地方，而這時火箭隊看上了這點，想要把河馬王搶走，到底小智他們一行人有辦法解決火箭隊的計劃嗎？

小智一行人與奈奈碰面了,奈奈一直追逐著電擊怪想要收服.這時火箭隊又出現了,他們把電擊怪和由基拉給擄走了,大家拼命的尋找,可是都找不到.到底小智一行人可以把他們救出來嗎?

小智一行人來到了白銀山山麓的寵物小精靈中心附近，並且在那裏做一些參加白銀大會之前的訓練，可是這個時候火箭隊這個時候出現，把小智他們的寵物小精靈抓走了，現在能用的，就只有由基拉了，到底小智是否能帶領由基拉，把大家救出來嗎？

小智一行人遇到一隻迷路的未知圖騰,而且與火箭對發生戰鬥,使的他們跑進了未知圖騰的世界裏面.在那裏看到由基拉的秘密是什麼呢?到底小智能平安回去原來的世界嗎?

小智一行人來到了白銀山的神奇寶貝保護區,而由基拉也與母親班吉拉重逢了,可是班吉拉卻被兇惡的盜獵集團抓走了.小智等人拼命的想救回來,可是盜獵集團實在太難纏了,到底小智一行人能夠救出由基拉的母親嗎?

小智一行人來到白銀大會,得知鳳凰院裏聖火的種火被扭拉佔據為巢,還亂攻擊所有接近的人,導致白銀大會的聖火儀式不能舉行.到底小智能把聖火給接出來嗎?

小智等人期待的城都聯盟白銀大會終於開幕了，小智他也在選考會上順利的進入預賽，而小茂也在參加選手的行列之中,小智和小茂也再度的見面了，到底他們會如何的較量呢？

白銀大會小智的第一場預賽，對手是使用火焰神奇寶貝的高手小萌，雖然小智拿出全力來應戰，但是小萌的神奇寶貝實在是太厲害了，小小象和小鋸鱷都被一一打倒，而小智最後派出了傑尼龜，到底小智是否能打贏第一場預賽呢？

小智在預賽聯盟的第二個對手是純一,但是因為意想不到的事情,純一的大菊花跟小智的妙蛙種子吵起來了.比賽開始後,他們又在對戰中槓上了,到底妙蛙種子能展現他的志氣給大菊花看嗎?

白銀大會的決勝錦標賽第一回戰中,小智跟勁敵小茂發生了激烈的戰鬥.面對小茂一手鍛煉出來的寵物小精靈,小智也拿出最強的陣容挑戰,到底小智能打敗小茂並拿到大會的冠軍嗎?

小智與勁敵小茂的全面作戰終於開始了,雖然雙方都以最佳的陣容來應戰;可是小茂最強的神奇寶貝水箭龜的力量,還是讓小智陷入了苦戰.到底小智的噴火龍能展現出威力來嗎?

決勝錦標賽的第二回戰,小智面臨的對手是來自方緣地方的葉越,但是葉越充滿特性的神奇寶貝使小智陷入了危機.到底小智會為了小茂贏得這場比賽嗎?

決勝錦標賽的第二回戰,最後一戰是小智的噴火龍和葉越的火焰雞的大對決.小智使出全力挑戰,可是火焰雞使出小智從來都沒有見過的決招,讓小智陷入了苦戰.到底小智的噴火龍能夠使出龍之怒而打贏葉越嗎?

小智一行人在白銀大會結束後往真新鎮的方向前進,途中小霞的姊姊要小霞回家,這個時候火箭對又跑出來搗亂引起一陣騷動.到底小霞和牛蛙君能打敗火箭隊嗎?

小智告別了小霞與小剛又和皮卡丘踏上了旅行,可是在路上受到火箭隊的幹擾使的小智和皮卡丘分散了,後來好不容易找到皮卡丘的時候,皮卡丘卻受到港口的神奇寶貝懇求當老大.到底皮卡丘該怎麼辦呢?