从小就憧憬着魔法师的可露米·未来立志进入雷特朗魔法学校的“魔法师”培养班──俗称“魔组”。虽然她在模拟考试中一直名列前茅，但在入学考试时却落选了。可露米迎来了人生中第一次同时也是最大的挫折。最后她只能进入“普通科一组”。然而，出现在一组教师位置上的，竟是“国家魔法师”美奈海·铃树

“既然我是你们的导师，那大家就得成为魔法师啦~！”在这样的宣言中，一组的新学期开始了。得知班上的同学们都有自己的目标后，可露米为自己除了成为魔法师之外没有其他梦想而烦恼。接着，美奈海老师的魔法课程也正式开始了。据说这是一种不使用魔法手册，而是用“手绘魔法阵”来施展的魔法……

社团活动介绍会上，一组的学生们被各种社团和兴趣小组热情招揽。正准备加入魔法研究部的可露米却被无情地拒绝了，原因是只有魔组的学生才能加入。就在这时，在图书馆角落活动的魔研部部长和副部长向她搭话。原来，他们正在秘密调查学园的谜团。

在魔研的活动中，可露米了解到“雷特朗七大奇迹”以及导致这些现象的自然能量“魔素”。得知美奈海教授的手绘魔法阵是“古代魔法”，她对魔法的兴趣愈加浓厚。在课外教学烤红薯时，想要使用自然能量的可露米，尝试了小时候从奶奶那里学到的咒语。结果，魔法阵突然闪耀起光芒──

美奈海老师离开雷特朗后，三大活动之一的班级对抗竞走大会即将举行。虽然一年魔组和二年魔组为了争夺冠军而激烈竞争，但一组的学生们依然保持著自己的节奏。然而，在飞鸟觉醒后，他们开始认真起来。在争夺第一名的激烈比赛中，“雷特朗七大奇迹”之一突然袭来......

可露米和柚子第一次向彼此坦白了对“魔法师”的想法，关系稍微拉近了一些。期末考试结束后，一班成员们开心地享受派对，从“魔组”降级到“一组”的阿尼克也加入了他们。学生们都陆续踏上回家的路，只有可露米、柚子、飞鸟、京、阿尼克留在宿舍一起度过寒假。

在寒假期间，魔术研究会的成员们在进行魔素巡逻时遭遇了《黑雾》的袭击。情急之下，柚子画出了一个魔法阵，激发了古代魔法化解了危机。柚子对自己的力量感到惊讶，而可露米则因自己什么都没能做到而感到苦恼。在跨年派对进行到一半时，黑雾再次来袭......

新年伊始，可露米决心彻底放弃成为魔法师的梦想。眼看新学期即将开始，返乡的学生们也该陆续回到学校，却因一场大寒潮引发的大雪，使得学园变成了与外界隔绝的孤岛。借着寒假延长的机会，魔法研究会的成员们在湖畔搭建了帐篷桑拿，尽情享受着欢乐时光。然而，就在这时，结冰的湖面突然随着一阵地鸣声裂开──

魔组的班主任诺桑鼓励可露米和柚子参加可以编入“魔组”的考试。两人却很苦恼，她们的班主任美奈海还没回归，今后是要继续留在一组学习古代魔法、还是要试著抓住成为“魔组”一员的机遇，心情一直摇摆不定。在这段日子里，校园三大活动之一的另一项——“雷特朗传统节庆”的准备活动逐渐步入正轨。

诺桑出于某种久远的矛盾，将美奈海囚禁在了雷特朗的地底。参加“魔组”编入考试的可露米和柚子感觉第一天发挥良好，正要做第二天的冲刺，为传统节庆做准备的莎莉却倒在了眼前。两人急忙救助莎莉，古怪的情况却在校园中蔓延开了。

美奈海道破了这个学校的秘密──支撑现代魔法的能量需求日益渐增，这个无底洞是以牺牲普通科学生为代价填补的。“魔素”的管理装置进入了暴走，事态的恶化就连诺桑都已无法阻止，古代魔法是最后的拯救手段。可露米、柚子、部长追逐着最后一个“雷特朗七大奇迹”谜团，寻找将“魔素”封印的线索。

在那个下着流星雨的夜晚，年幼的可露米与“魔法师”立下的约定。仿佛重现那个夜晚般，由可露米和柚子施展的古代魔法释放出的魔素，化作璀璨的流星雨洒落在整个学院。成功化解危机后，雷特朗传统节庆如期举办，而可露米和柚子也分别决定了各自想走的道路。