1938年11月，日军攻占湖南北部，长沙岌岌可危，国民党制定了焚烧长沙的计划，日军则在占领区掠夺各种矿产资源，以提供充足的物资保障。武泽县位于湘鄂赣边区，因为有着丰富的铁矿而成了入侵者觊觎的目标。日军为了实施“武藏计划”，与汉奸勾结，暗杀了武泽县几任县长。

　　李三枪临行前，父亲担心他的安全，暗地里给了他一把枪，李三枪的轿子到达青羊镇一家客栈落脚。晚上，阿九的人潜入客栈准备刺杀李三枪，却被一路追着姐夫而来的王铁锤撞破了暗杀计划，刺杀行动失败。随后，阿九亲自带人再度追杀李三枪，也没能成功，只拿到了装有李三枪委任状的行李去孔金彪处交差。

　　裱画店老板在王铁锤的枪口下被迫给李三枪伪造了一张委任状。巧姑接到省工委命令，要求她将新当了县长的李三枪争取到革命的队伍中来，巧姑和地下党老魏及石娃子，立刻赶到了武泽县城。在县城与他们接头的是正是宋家戏班班主宋之焕，他的真实身份是湖南省直工委机关负责人。

　　在新县长的就职典礼上，秋月所在的宋家班为典礼唱堂会，幕后的宋之焕一眼看出了典礼的气氛不一般。就职典礼上，李三枪上台宣读委任状后押出了韩老六，在场的人一致要求杀了韩老六，这时阿九一身正装拿着委任状走上台自称是新任县长李三枪，并指出李三枪手中的委任状是假的。

　　孔金彪怂恿阿九重建保安团，将日军安排的人编入团中，阿九装模作样地要文绣起草保安团的征兵告示，没想到却引起了文绣的一丝怀疑。阿九在路上打死了两个跟踪监视自己的人，他向文绣解释为那两个人是李三枪派来报复自己的。文绣去看尸体，发现其中有些蹊跷，便在晚上冒充刺客试探阿九的反应。接着，文绣又以头疼为借口打探阿九对药品的了解。接连的试探，让文绣加深了对阿九的怀疑，同样阿九也注意到文绣在不断地试探自己。

　　阿九发现县政府里的工作人员有逃跑的想法，有些紧张。然而孔金彪却巴不得政府办公室里的职员早点离开县城，并预测工作人员的逃跑会带动百姓人心不稳，等到百姓也开始往城外逃跑，武泽县城不费吹灰之力就成了自己的天下。文绣看到县里工作人员准备集体开保安团的车逃跑，便拿出枪阻止大家离开，却误中了奸计，反被逃跑的职员们当成了人质带出了城。孔金彪得知女儿被带走，反而放下心来。

　　鬼子炮楼被毁，李三枪收缴了很多的日军武器，侯大贵为自己即将能升迁而开心不已，李三枪则在炮楼外贴上打胜仗的告示向宫本示威。秋月因为女人味十足赚足了大家的眼球，巧姑因此吃了醋，然而李三枪对她的不开心并不以为然。李三枪找到了被鬼子俘虏的青羊镇守备队队长梁锦程，对鬼子恨之入骨的梁锦程带着手下的弟兄铁了心接受李三枪的领导。因为梁锦程能证明自己的身份，李三枪便决定带着他们一起杀回武泽，要将假冒自己的汉奸拉下马。然而，回程的路上，李三枪得知武泽县政府官员全部逃跑，县里也出了乱子。

　　李三枪的人与日军发生了枪战，巧姑以一当十，掩护大家逃离，自己却落了单。大家逃离后，李三枪惦记着巧姑要回去救她，文绣怕李三枪出意外，便将他打晕。但经过此事，铁锤误会李三枪是故意不救巧姑，当场与他翻脸。鬼子围剿李三枪再失手，连武泽县城都没进就折返，宫本只能让阿九也先离开县政府。李三枪算到假县长会逃跑，便让人借快马进城给侯大贵报信。侯大贵接到信后，将阿九包围在县政府里并打伤了他，阿九负伤逃到了戏班，劫持了秋月。

　　一直暗恋秋月的侯大贵一直安慰着秋月，并劝告不要暴露她与阿九的关系。孔金彪的人将阿九安全送到城外的宝通寺中，孔金彪给了他一份委任状，让他做日军便衣队队长。李三枪回到县城，得到了全县上下的热烈欢迎。孔金彪端酒为李三枪洗尘，李三枪打鬼子的行为得到了省政府的嘉奖令，消息传回了李家，李父终于放下了心。

　　李三枪打鬼子的事情在武泽县城里传开，李三枪成了能呼风唤雨的神话级人物。李三枪正在为保安团经费和武器的事情犯愁，便听说板桥村的魏财主死前定的一百多条枪还在卖家哥老会的手上，但板桥村的全村人已经被日本人杀害了。李三枪开始打起了这些枪的主意。他为老魏伪造了假身份，让他冒充魏财主唯一一个活着的儿子去哥老会要枪。巧姑带着石娃子回城，在半路上遇到了出城找她的铁锤和梁锦程。

　　巧姑回到家，李三枪闻到她身上浓重的咸鱼味，便建议他们将咸鱼店关闭，以防被查。李三枪向巧姑透露，自己只要给谭五爷打个招呼，老魏就能顺利拿到魏财主家订的枪，但条件是老魏必须在事成之后离开武泽，以防魏财主家的真儿子回来拆穿骗局。石娃子带伤电台调试好并收发了电报，他去医院治枪伤，却被医院的肖院长举报给孔家。

　　李三枪带着侯大贵的警备队以抓奸细的名义打到咸鱼店，文绣和梁锦程见不得煮熟的鸭子飞掉，便也现身。大家找到了箱子，但里面只有一只广播，侯大贵称广播是证物，李三枪只能眼睁睁地看着他将广播带回警局。到了警局后，大家发现广播并没有什么问题，老魏拿出李三枪为他伪造的身份证件，自称自己是板桥村魏财主唯一活着的儿子，因为要取回父亲买的枪，所以有求于李三枪。

　　李三枪找秋月帮自己找侯大贵，要他将石娃子从孔家提出来收押到警察局，秋月答应下来。李三枪又带着铁锤去石娃子中枪的地方找弹壳，却意外地发现和鬼子一起进城的阿九。他们立刻回城，要求城门对进出城的人严加盘查，并要求侯大贵带人出城搜捕阿九。阿九在城外，看到城门戒严，无法入城。石娃子被关在孔家的地牢里，孔金彪带着武藤和冈田审讯他。石娃子一句话也没招，反而大骂孔金彪是汉奸。

　　孔金彪拿出伪造的石娃子的口供，却被李三枪巧妙地推翻。孔金彪口口声声称石娃子已经逃跑，但铁锤将截到的装有石娃子尸体的车带上公堂。孔金彪又把害死石娃子的罪推到了孔家的家丁身上，并想赔钱了事。但李三枪不依不饶，拿出弹壳和弹头作物证，证明石娃子不是偷马贼。孔金彪又故伎重演，将偷马的罪过推到了家丁身上，并当场刺死家丁。对面心狠手辣的孔金彪，李三枪死无对证，只能退堂，将这笔血账暂且记下。

　　阿九得到了日军后援队的接应，躲到了宝通寺。阿九要直接杀李三枪，但被宫本阻止，他收到老魏和巧姑要回长沙的消息，便要阿九进城在闹市区杀老魏，以灭李三枪的锐气，同时动摇县城百姓对县长的信任。侯大贵的警备队对阿九穷追不舍，找到了宝通寺，宝通寺和尚以寺内正在做法事为名，将侯大贵等人拦在门外。侯大贵抓不到阿九，只能回城，但他万万没想到，阿九身穿警备队的服装佯装成伤员混进了城。

　　侯大贵带人包围杂货店，阿九抱出杂货店掌柜的儿子当人质，李三枪自愿替换当人质。文绣自告奋勇开摩托车送阿九和李三枪出城。秋月得知阿九回来刺杀老魏，立刻骑马追出城去。出了城，阿九要杀李三枪，秋月和侯大贵及时赶到，阿九寡不敌众，在日本人的接应下逃走。

　　文绣发现自己被父亲带到石牛寨是为了跟寨主的儿子马立水结婚，当场离席，却被文虎打晕。等她醒来已经被关在了贴满喜字的新房里，她女扮男装设计逃出石牛寨，而在回县城的路上被阿九的人当成壮丁抓走。马立水连夜赶回石牛寨，行走夜路被狼吃掉。李三枪用杀鬼子杀仇人的方式教政府职员和保安团队员打枪，大家很快掌握要领。

　　阿九涉险在武泽县城抓了很多壮丁，得到了宫本的赏识。文绣在壮丁营里装成哑巴，却没有办法逃脱。孔金彪找不到女儿，想到文绣逃走时是女扮男装，生怕是被日本人误抓做壮丁，因此向宫本求助，宫本命阿九在壮丁营里找文绣。半夜，秋月发现窗台上面的天线，便连同房顶上的旗子一起扯了下来，正在发报的李三枪信号中断。

　　文绣借着帮日本人修汽车的机会得到了日本兵的赏识，而被送到了运输队做事。壮丁营中有一个人名叫大勺子，他看出了文绣是女人。当查找文绣下落的阿九询问被送到运输队做事的人的身份时，大勺子机智地称那个哑巴是自己的侄子。李三枪按照老魏的行程安排，准备带人去夹树沟接应军火，而同时，宫本也指示孔文虎借着打土匪的名义去夹树沟。

　　侯大贵着手调查烟土的事情，枪支封存，老魏被羁押，李三枪和铁锤也被禁足在县政府内。李三枪猜测哥老会有鬼子的奸细，因此才能在军火出发前做手脚，而慈恩堂的掌柜也难逃干系。文虎的人到慈恩堂指使掌柜改账本后，借着侯大贵到慈恩堂调查的机会将掌柜杀死，并造成掌柜准备出逃的假象。

　　当梁锦程和侯大贵追到邓春生的队伍时，邓春生称自己不能跟着李三枪这样私贩烟土的人打鬼子，所以带着队伍去投奔国民党部队。侯大贵为让他们回去，承诺不会因为李三枪的事牵连三营，并将哥老会带回的枪发给三营。秋月将李三枪写下的欠条复印很多张并到处张贴，宋之焕阻止不成，只能悄悄派人跟着她，撕掉她贴上的欠条复印件。笔迹鉴定结果显示，字条为谭五爷所写，谭五爷被抓。

　　谭五爷被抓，冯小龙升为哥老会大当家，武藤则借此机会将哥老会收来为日军所用。押解当天，李三枪喝下政府职员的饯行酒，拿上老胡送的烧鸡上了侯大贵的押解车。秋月看到押解车上的李三枪，心里不是滋味。宋之焕得不到乌鸦的指示，只能不等指示制定营救方案。他们在押解的路上设下茶水铺;同时，化装成新四军的鬼子也提前埋伏在押解的路上。

　　李三枪发现老胡给自己包的烧鸡里面有一把手枪，这把枪就是孔金彪托文绣带给李三枪的那把日本人的枪。李三枪和铁锤都猜不透老胡的身份，同样，李三枪也猜不出那支号称是新四军的队伍到底是何来历，但他认定，那支队伍不是共产党的队伍。李大嘴为儿子办丧事，悲痛欲绝。

　　文绣跟车去粮食库，她在汽车上看到了跟在壮丁队伍中的李三枪和铁锤，惊喜万分。李三枪看到阿九出现在壮丁营中，他和铁锤只能躲开阿九的视线干活。搬运粮食这样的重体力活让李三枪和铁锤都是筋疲力尽，但李三枪还是暗中将粮食库的情况摸了个大概，并开始想办法准备解救壮丁营的人。

　　大勺子将李三枪杀死的卫兵放在泔水桶里与内线一起运出营中，并带回了少量武器。李三枪得知巧姑为卡车的事犯难，便计划分批逃离。李三枪最担心的是秋月回到武泽县，将自己没有死的事情传扬出去，让鬼子得到这个消息。因此，他提出，如果出现状况，自己和铁锤便去自首，由老魏和宝明实施营救计划。他的这个计划，让一边的大勺子十分感动。秋月找到阿九，假称无路可走，所以来投奔阿九。

　　宫本等人终于知道运输营的修理工就是女扮男装的文绣，而且文绣偷走了武藤因陷害李三枪成功而得到的上级嘉奖令。如果文绣以此作为证据，李三枪私贩烟土的谣言将不攻自破。虽然宫本非常生气，但是他对李三枪的号召力很是佩服。孔金彪收到宫本电报，告知文绣和秋月救出了李三枪，不由又喜又忧。

　　谭五爷被释放，他回到哥老会，绞杀内奸冯小龙。李三枪带着文绣去保安团，李三枪的回归给保安团上下振奋了士气，三个营的训练热情空前高涨。心灰意冷的秋月离开宋家班，侯大贵心中不舍，却只一个人喝闷酒。无论牛队长和李三枪怎么劝，侯大贵都不敢去见秋月最后一面。文绣从家里的钱庄拿出五千大洋的银票给李三枪，让他补足给死去壮丁遗属的抚恤金。此举让孔金彪大发雷霆，气急之下打了文绣一个耳光。

　　李三枪从省里调不到血清针，保安团的人也被传染。三个营的营长都争着要去鬼子的地盘抢药。然而，李三枪早有准备，李大嘴接到儿子的求助后四处筹集，准备了五千盒血清针，将由谭五爷亲自押送到武泽县。巧姑训练女兵，遭到李三枪的阻止，但当他听到这些女人们不怕死的决心，终于答应她们成立妇女独立连，由巧姑担任连长。

　　李三枪带着梁锦程和铁锤一起去接药品，日军的飞机一直监视着他们和运送药品车辆的行踪。在确定了药品的运输车的路线后，武藤和冈田带人携带重型武器提前埋伏，劫击送药车，很快药品全部被炸毁，李大嘴也被日军抓走。壮丁营中壮丁和日军内部包括渡边本人都出现鼠疫症状。宫本一边调运药品，一边停止病菌实验。

　　梁锦程发现文绣脸色的变化，猜到此事与她有关。武泽县疫情不断加重，李三枪去医院，看到满地病重的百姓，他当场以自己的县长官位保证，会在两天之内拿到药回来给大家治病。在从医院回来的路上，李三枪当了自己的表给巧姑买了一只银镯子，这是他生平第一次给巧姑送礼物。

　　巧姑发现李三枪离开，误会他要当汉奸，带着县政府及保安团的人追到县城门口。李三枪将计就计，不顾众人阻拦，自称是共产党，坚持自己要去救父亲。孔金彪父子带着自卫队出现，大家才发现李三枪原来是个神枪手。双方正在僵持之际，赶到城门口的宋之焕突然出声，巧姑听明白是要她放李三枪走。原来，宋之焕得到了高级地下内线军刀的指令，放走李三枪。由此，宋之焕猜测李三枪就是一直与自己联系的乌鸦。

　　李三枪用喊话的方式，假称自己带了保安团的人前来围剿。电话线被掐，炮楼失去了与大本营的联系，造成炮楼里的内讧。几个日伪小兵绑住了鬼子军官，并向李三枪摇旗投降。炮楼不攻而破。李三枪带人换上日伪的衣服，截下了日军送的一车药，并将守炮楼的日伪军收为保安团成员。不费一兵一卒从日军手里得到药品，李三枪的智慧和能力深得大家佩服，但大家也担心李三枪以共产党的身份回到武泽，必然会被革职查办。

　　文绣在见了李三枪最后一面后死去。而此时，孔金彪到县政府当着巧姑和保安团的各营长的面表示要捐钱捐粮，他留下装着大洋的箱子后匆匆离开。细心的老胡却在箱子里发现了定时炸弹，守在县政府外的武藤见阴谋暴露，带人要攻入县政府。真实身份是交通员军刀的老胡顶着敌人的枪林弹雨将炸弹抛向敌人，孔金彪被炸死，自己也饮弹身亡。

　　马太太病情好转，李三枪邀请马寨主接替死去的孔金彪做武泽县商会会长。但谁也没想到，鬼子在石牛寨大肆屠杀百姓。侯大贵带着警备队赶到石牛寨与埋伏在那里的鬼子交火，但寡不敌众铩羽而归。侯大贵回来后悲愤交加，竟然举枪要自杀。李三枪带他去了文绣和老胡的墓前骂醒了他。

　　巧姑和铁锤找到关李大嘴的屋子，刚将他救出去，就被文虎发现，双方发生枪战。受伤的大嘴不愿拖累巧姑姐弟，便拿枪指着自己的脑袋威胁巧姑姐弟离开。在文虎追上来后，李大嘴开枪打死了文虎，自己也被枪杀。老谢按李三枪的计划带车在郊外转悠，迷惑鬼子。鬼子则被戏班的节目单吸引到了小靳庄，秋月因为总是破坏宫本的计划，让宫本对她恨之入骨，欲置她于死地。

　　鬼子连夜袭击武泽县的粮库和米行，看守粮库和米行的百姓和官兵都被杀，鬼子疯狂抢粮，抢不走的就地烧毁。宫本将抢到手的粮食全部囤到了宝通寺。粮食被抢，县城周边的村庄尽数被毁，使得县城的粮食告急，这让李三枪很是烦恼。无奈之下，马寨主提出建议，通过出钱的方式让城里的百姓尽可能出城投靠外地的亲戚，以减少城里粮食的需求。

　　谭五爷带着人匆匆赶往武泽县要助李三枪一臂之力。在郊外，他们发现并跟踪鬼子的运粮车，获悉了粮食藏匿的地点在宝通寺。同时，在鬼子瞄准的武泽县城门外北马庄阵地，铁锤和桃香正在举行战地婚礼，李三枪别出心裁地搬出机枪，让新人当成祖宗拜。鬼子全面向北马庄阵地发动猛烈的炮火攻击。

　　铁锤与桃香双双牺牲，北马庄阵地的驻守官兵伤亡惨重。正当宫本得意洋洋之时，准备进而攻陷阵地时，鬼子的炮兵阵地被偷袭，同时三营趁机上阵地增援，谭五爷带着人也赶到北马庄。宫本眼睁睁地看着煮熟的鸭子飞了，只能暂时撤军。夜晚，宫本集结突击队准备连夜攻城，鬼子打出毒气弹，守城门的自卫队队员尽数中毒身亡。

　　宫本请求空军支援，鬼子的飞机在城楼上空扔下炸弹，同时武藤开着装甲车也向城门进攻。武泽百姓齐心合力将一辆卡车推到城门口，迎上装甲车，春生和黑子抱着炸药从城楼上跳到卡车上，用生命挡住了鬼子的又一次进攻。宫本见李三枪不愿投降，便喊话要李三枪于次日清晨前打开城门，否则将对县城进行摧毁式轰炸。李三枪自知自己的装备不是敌人飞机大炮的对手，便放弃阵地，让鬼子进城。