外星机器被摧毁，擎天圣也随之消失，但爆炸引发了一股量子涌现，改变了这颗行星以及其中的几个机器人。威震天以他新的更强大的金属生物体形态，希望在巨无霸有机会重新集结和恢复之前将他们消灭。

一个新的变形金刚品种，这些机器人在野兽模式时融合了两种动物的特征。

在数量和火力上明显劣势的情况下，精灵鼠、黄豹和恐龙勇士努力阻止原始兽接近基地，而擎天圣则深入探索着矩阵，追寻着微弱的希望……

威震天派出狼蛛勇士、毒蜘蛛和快刀勇士去建造一个能量补给站，然而这些蜘蛛的阴谋使得连最简单的任务也变得复杂起来。

恐龙勇士在一次侦察任务中被捕，出人意料地请求威震天允许他重新加入原始兽队伍，并提供金色圆盘作为诚意的证明。

在勘察这颗行星时，飞箭勇士和白虎勇士触发了一个残留的外星遗址。在巨无霸们急忙赶往营救他们时，狼蛛勇士已经在路上，决心阻止外星人的计划。

在他们新的金属生物体的帮助下幸存了能量浪涌后，狼蛛勇士为外星建筑物设置了一个屏障，并与威震天和快刀勇士一起进入其中。在外面，擎天圣和精灵鼠试图找到进入的方法，而另外两个金属生物体化的巨无霸将受伤的擎天圣和恐龙勇士送回了再生舱。

黄豹发现了一个巨大的静止舱，里面装着原生体X——一个失败的巨无霸实验，它的火种虽然无法被摧毁，但在过程中却导致了它的疯狂。当原始兽到达时，他们为此展开了一场激战，引发了一场能量风暴，导致毒蜘蛛和银箭一起受损，不得不独自应对——与此同时，原生体X苏醒了，正在寻找一个受害者……

恐龙勇士看到了一个机会，他发现威震天试图利用剩下的金色圆盘上的知识来改变历史，这让他有机会重振失去的荣誉。

一连串的地震使一个严重受损的静止舱暴露了出来。从中出来的是一个怪异的机器人——几乎没有智慧，但却拥有极其强大的武器。尽管被其他人嘲笑，银箭和狂暴都以自己的方式感受到了一种同类的精神。

随着爆炸产生的跨时空波逐渐接近塞伯坦，巨无霸们欣喜若狂，以为救援即将到来。但他们并不知道，这个波被塞伯坦原始兽联盟的领导拦截并改变了方向，他们认为威震天是一个不稳定因素，想要悄悄地处理他，派遣他们的一名秘密特工前往执行任务。

威震天被捕，但战斗消耗了太多巡洋舰的能源供应，以至于没有足够的能量供他们返回塞伯坦。在拉瓦基审问威震天关于他们可能找到更多能源的地方时，擎天圣质问银箭与毒蜘蛛之间的关系，导致银箭独自一人去找她。

巨无霸们成功摧毁了跨时空巡洋舰并击退了原始兽的进攻。但战斗远未结束，因为威震天正朝着现在暴露出来的方舟进发——这艘船里装载着将塑造原始兽和巨无霸所来自的塞伯坦的英雄和反派。

意识到如果没有巨无霸，她将永远不存在，毒蜘蛛激活了方舟的防御系统，并将威震天赶出了船舱。巨无霸们开始进行初步修复工作，时间风暴稍微减弱了一些，但擎天圣的生命仍然岌岌可危——情况可能随时改变。威震天鼓舞他的部队，确保局势朝着他的有利方向发展。

巨无霸深海先锋在搜索原生体X时飞入了一个时间扰动，被送回到野兽战争时期。他和狂暴之间有一些未了的事情，两者都不在乎是否有任何东西阻挡他们。

无法使用方舟的零件临时修复防御系统，巨无霸们派遣精灵鼠携带一个小型舱子潜入水下，从基地的残骸中取回哨兵。但威震天也想要它，而狂暴和深海先锋在该地区激烈交战，没有人是安全的。

两个年幼的穴居人在威震天新的金属生物体强化的迅猛龙克隆体的袭击中与父母分开了。擎天圣赶走了迅猛龙，命令毒蜘蛛和黄豹护送孩子们回到他们的家中。

威震天利用新发现的空白原型体和他从狂暴身上得到的一部分火种，创造了一个包含增强型金属生物体2技术的恐龙勇士克隆体。黄豹和深海先锋发现了这个实验，试图摧毁设备，但在战斗中设备被激活并爆炸了——黄豹被卷入了爆炸中。

因为害怕自己正在变成什么，并且无法控制它，黄豹试图隐藏自己暂时的金属生物体2转变，导致其他人误以为一个突变兽已经摧毁了他。

毒蜘蛛厌倦了这种不信任的气氛，当她无意间听到擎天圣和擎天圣讨论移除她原始兽程序的事情，并且可能会让她变得无知时，她独自冲了出去……直接进入了等待着她的恐龙勇士的爪子之中。

威震天正在建造一个干扰射线装置来扰乱巨无霸的电路，但他需要一个不会受到影响的有机生物来完成屏蔽装置的安装。他绑架了一个穴居人孩子，而精灵鼠和深海先锋则负责营救她。

毒蜘蛛试图使用金属生物体驱动器对自己进行操作，但它只是打乱了她的原始兽程序，使得它迅速恶化到了将使她变得无知的地步，除非将其移除。

擎天圣被植入了狼蛛勇士的一个微型间谍虫，这个间谍虫可以让快刀勇士远程控制他。在确保了巨无霸基地的安全后，威震天开始追求原始威震天的火种，希望它能给予他与擎天圣同等的力量。

外星人，沃克，派遣虎鹰勇士前往地球阻止威震天对时间的干预。他坠毁在原始兽基地，但原始兽没有打算就此罢手……尤其是狼蛛勇士。

在魔鬼勇士、快刀勇士和黄蜂勇士去寻找一个新的“殖民地”时，威震天发现了狼蛛勇士的一个秘密项目——重新启动巨大的报应号战舰，它曾击落方舟号并坠入海中。

威震天释放了毁灭性的攻击，让巨无霸们备受打击，因为他动用了报应号的武器。擎天圣下令进行一次拼死的尝试，让方舟号重新升空。