巨无霸们终于如愿以偿重新回到电子星。可是当擎天圣醒来后发现自己正被无数的坦克追击。而当擎天圣决定变身与之对抗时，发觉不知何时被病毒感染无法启动变身，只能被迫逃离。逃跑的过程中遇到了失散的部下黄豹、精灵鼠、毒蜘蛛。大家都遭到了未知病毒的入侵，无法变形，并且病毒正在破坏大家的身体。在危机时刻，擎天圣在命运的指引下找到了圣贤，并在圣贤的帮助下重新格式化程序，获得了新的身体和能力。

擎天圣帮助队员们训练新身体的变身。黄豹与毒蜘蛛先后掌握了变身能力，而精灵鼠不能做到真正的平衡导致变身失败。随后巨无霸们兵分两路寻找新的基地。 在寻找的过程中黄豹和毒蜘蛛发现整个星球的人都消失了。汇合后擎天圣决定去市政厅了解情况。在市政厅里擎天圣遇到了宿敌威震天，并得知了整个星球的巨变都是由他一手造成。最后在精灵鼠的帮助下逃出了市政厅。

毒蜘蛛一心以为银箭的火种被困在冲锋体内，她试图用有机溶液作为催化剂唤醒银箭。但令她失望的是，冲锋体内的火种竟然是过去的原始兽——黄蜂的，而银箭的火种则被困在利剑飞船的体内。毒蜘蛛暗下决心，一定要救出银箭。坦克已经做好了大决战的准备。

经过一番激烈的战斗，巨无霸与武装兽两败俱伤，并且双方都损失了各自的领导人。黄豹让所有人停下，他告诉对方战争已经结束了，但被武装兽拒绝。擎天圣在领导模块中经过激烈的心理斗争，从根本上理解了这场战争的实质，通过了巨大考验，又回到了战友们身边，为使电子星重现生机继续努力。

决战的时刻终于到来了，威震天成功地收集所有变形金刚的火种并纯化自己，变得异常强大，企图利用魔力神球之钥将电子星完全机械化。为了解救电子星，挽救领导模块，擎天圣与威震天展开英勇搏斗。战斗中，擎天圣身负重伤。擎天圣向威震天说明了保持电子星上有机和无机平衡的重要性，但威震天仍一意孤行。最后，擎天圣为阻止威震天而与其同归于尽。电子星迎来了曙光，获得重生。电子星转变为充满绿色的有机星球，擎天圣用生命换来了电子星有机与无机的和谐统一。