2045 年的美国，少佐以及包括新成员准在内的团队作为雇佣兵执行任务，保护闸门镇免受不法之徒的侵袭。德古沙接到一个电话。

由一名慷慨的赞助者提供武器，突袭者用人工智能无人机袭击鬼魂。德古沙接受了寻求和平的日本总理下达的新任务。

德古沙潜入网络空间追踪他以前的团队成员，而一个神秘的美国组织绑架了少佐团队并想要雇佣他们。

德古沙调查团队的失踪和约翰·史密斯，同时他也承担着一定的风险。鬼魂成员质疑他们任务的真实本质。

荒卷出发，争分夺秒地追赶草薙。鬼魂开始执行他们的任务，但赫格的控制论安全系统迫使他们改变计划。

公安九课重聚后，草薙和她的同事们了解到对人类有着前所未知的威胁的“后人类”。

巴特在六年后回到日本，他决定休息一下，等待遭到延误的团队。但一些业余银行劫匪破坏了他的放松心情。

对于公安九课抓捕后人类的新任务，少佐和史密斯产生分歧。少佐命令德古沙调查总理身边的一名间谍嫌疑人。

三名后人类中的一人在日本谋杀了几名政治家，于是公安九课进行调查，总理岳父随后成为目标。

公安九课调查一名可能是后人类的黑客，此人利用网络对人发起身体攻击。调查追踪到一名中学生。

少佐和德古沙搜寻有关后人类中学生岛村孝的线索，而布丁则帮忙分析思想警察系统。

在分析从岛村那里获得的数据时，德古沙发生了奇怪的失控。恢复正常后，他与巴特一起外出进行调查。

公安九课成员搜寻一位名叫菲利浦·库库什金的俄罗斯男子，他对创造后人类一事知之甚多。

美国的特殊作战军联手公安九课，合力对战一个心狠手辣的后人类 — 水金铃鹿。

在拷问库库什金之时，公安九课发现了关于某一人工智能程序的惊人信息，而该程序的开发者是美国政府。

少佐担心普林可能是美方间谍，于是派一队塔奇克马去调查她神秘的过去。

德古沙终于意识到他一直困在自己的记忆中，清醒后的他突然发现 2045 年的东京竟是一片荒芜。

收到德古沙的消息后，巴特等人出发前往东京。在福岡，少佐得知某个后人类劫持了一艘核潜艇。

普林实现了全身义体化，起死回生的她试图搭便车去东京。美国的特殊作战军引得铃鹿大发雷霆。

巴特等人从标准处得知有关后人类形势的最新消息。在东京，少佐和普林与其余成员聚首。

为了夺回遭劫持的核潜艇，公安九课将矛头对准了铃鹿以及岛村孝。

苏醒后的岛村决定孤注一掷，使草薙及其队员陷入难以置信的处境。

为了结束与 N 的核对峙，美方准备启动一项残酷计划，草薙及其团队竭尽全力阻止该计划的执行。

公安九课的队员们开始回归正常生活，好似之前的事情从未发生过。然而，草薙却对这一切心生疑虑。