海马濑人抢得了武藤游戏的爷爷武藤双六所持有的罕贵卡“青眼白龙”，并将其撕烂。游戏向海马发起决斗。面对海马所拥有的三只青眼白龙、游戏被逼得走投无路，最终凭借着五张意义不明的卡召唤出最强的艾克佐迪亚。

决斗：武藤游戏VS海马濑人

游戏收到了一个录像带，这是决斗怪兽之父贝卡斯·J·克罗佛多所寄来的。当游戏打开录像带观看时，一场游戏和贝卡斯之间的黑暗游戏开始了！

决斗：武藤游戏VS贝卡斯

为了救出爷爷，游戏和他的朋友们接受了贝卡斯的决斗王国大赛的邀请，乘坐着豪华游轮前往贝卡斯的举办大赛的小岛。在船上，游戏遇到了假意接近他们的日本冠军昆虫羽蛾。羽蛾的目的便是把对他有威胁的游戏所持有的最强卡——艾克佐迪亚处理掉！

终于到达了决斗王国小岛，第一场决斗游戏向全日冠军羽蛾发起了挑战！羽蛾熟练了运用场地的规则，操控着昆虫大军向游戏步步逼近。决斗：武藤游戏VS昆虫羽蛾

游戏使用陷阱卡“神圣防护罩-反射镜力- ”把羽蛾的昆虫大军全灭了，羽蛾宣传将要召唤出最强的怪兽——究极完全态大飞蛾。虽然游戏阻止了最终形态的的孵化，不过大飞蛾还是出现了。

决斗：武藤游戏VS昆虫羽蛾

游戏的好朋友城之内克也也开始了第一场决斗，他的对方是女性决斗者孔雀舞。孔雀舞操控着神鹰女郎向城之内袭来。城之内获胜的希望寄托在游戏赠予的“时间魔术师”上。 决斗：城之内VS孔雀舞

武藤游戏的第二场决斗开始了，其对方是擅长利用海洋场地的梶木渔太。渔太操作的海产怪兽们在水中使得游戏的怪兽无法攻击，让游戏陷入苦战。决斗：武藤游戏VS梶木渔太

海马濑人的弟弟海马圭平向游戏发起挑战。同时，贝卡斯的手下向海马逼近······

贝卡斯的刺客物腹语师(ものまねし)扮成海马濑人的模样、使用盗取的海马的卡组向游戏发起挑战。面对强大的青眼白龙，游戏只能坚固防守。决斗：武藤游戏VS死者的腹语师

游戏使用魔术礼帽来防御和陷阱卡弱化青眼白龙的组合，总算击倒了第一只青眼白龙，也因为海马的入侵贝卡斯的电脑使得第二只青眼白龙也消失，然后对方亮出了第三只青眼白龙。游戏使用死者苏生使之前被打倒的青眼白龙复活，让青眼白龙对抗青眼白龙。

孔雀舞派遣硬汉龙崎去挑战城之内克也。面对龙崎的强大的龙族怪兽，城之内克也使用野蛮人1号和野蛮人2号开始反击。

龙崎得知城之内曾击败过孔雀舞，赌下自己的稀有卡“真红眼黑龙”和诚之内的“时间魔术师”。

本田、杏子、城之内和游戏的灵魂被暗貘良封印在各自喜欢的卡片。为了夺回大家的灵魂，暗游戏和暗貘良的决斗开始了。

决斗：暗游戏VS暗貘良

夜间，幻影企业派来的狩猎决斗者打败了孔雀舞并夺取她的所有星星了。然后杀手挑战武藤游戏。决斗：武藤游戏VS黑暗决斗杀手

游戏使出“光之护封剑”把对方藏在暗处的怪兽全部暴露。

决斗：武藤游戏VS黑暗决斗杀手

消失的海马归来了，带着新开发的决斗盘前往决斗王国岛挑战贝卡斯，到达时遇到了游戏等人。决斗：海马濑人VS城之内克也

城之内被基斯等人拐到了某个洞穴里的墓场场地进行决斗。没有游戏等人帮助下，城之内开始决斗。

决斗：城之内克也VS鬼骨冢

面对骨冢的不死身的僵尸怪兽，即使时间魔术师、真红眼黑龙也被打倒。决斗：城之内克也VS鬼骨冢

洞穴的出口被基斯等人封住了。游戏等人寻找着其他出口，这时遇到了迷宫兄弟。决斗：武藤游戏&城之内克也VS迷宫兄弟

迷宫兄弟使用“迷宫的变化”使得城之内和游戏的怪兽被分开。迷宫兄弟瞄准了城之内！决斗：武藤游戏&城之内克也VS迷宫兄弟

迷宫兄弟召唤出最强的怪兽风、雷、水魔神。决斗：武藤游戏&城之内克也VS迷宫兄弟

离开迷宫的游戏等人开到了贝卡斯的城堡前方。这时海马濑人阻挡在他们歼面前。　　决斗：武藤游戏VS海马濑人

海马使用破坏卡组的战术，把游戏卡组中的强力怪兽全部破坏掉。另外，海马把3只青眼白龙融合，召唤出攻击力高达4500的青眼究极龙。决斗：武藤游戏VS海马濑人

游戏使用“栗子球”和“增殖”的战术封锁了海马的青眼究极龙的攻击，使用“猛犸的墓场”弱化青眼究极龙。眼看要被反败为胜，海马开始了轻生的举动。　　决斗：武藤游戏VS海马濑人

游戏败给了海马，星星全被取走了。这时孔雀舞出现在他们面前。　　决斗：真崎杏子VS孔雀舞

打败游戏的海马进入贝卡斯的城堡，使用新开发的决斗盘挑战贝卡斯，贝卡斯却要木马代替他决斗。　　决斗：海马濑人VS贝卡斯

拥有千年眼力量的贝卡斯能够读取海马心中所想，并夺取了海马的一只青眼白龙。这时贝卡斯打出了“卡通世界”。　　　　　　决斗：海马濑人VS贝卡斯

决战前夜，为了爷爷双六和海马兄弟，游戏发誓要打倒贝卡斯。本田为了探寻贝卡斯的秘密而在城中探索。夜间，城之内的参加决赛的卡被基斯被偷走了。

决胜淘汰赛开始了，第一战是游戏对战孔雀舞。面对孔雀舞的战术，游戏似乎走投无路。

决斗：武藤游戏VS孔雀舞

游戏终于破解了孔雀舞的战术，但面对孔雀舞场上的强力怪兽，只有召唤出混沌战士才能逆转。　　决斗：武藤游戏VS孔雀舞

淘汰赛第二轮，由城之内对战基斯，但是城之内的参赛资格卡片怎么都找不到。这时孔雀舞出现在城之内面前。决斗：城之内VS基斯·霍华德

城之内和基斯的决斗火热的进行着，贝卡斯洞察着二人代表着希望和绝望的两颗心。决斗：城之内VS基斯·霍华德

淘汰赛决赛。

淘汰赛决赛。

游戏终于迎来和贝卡斯决战的时刻，只要赢了贝卡斯，爷爷双六和海马兄弟的灵魂就会得到解放。本田不太相信贝卡斯会守诺言，决斗一个人去寻找海马兄弟。决斗：武藤游戏VS贝卡斯

游戏的策略全被贝卡斯识破，这时贝卡斯终于使出了“卡通世界”进一步打击游戏。本田在营救海马兄弟时遇到了阻拦，这时来帮助本田的是暗貘良。

决斗：武藤游戏VS贝卡斯

两个游戏不断地使出心灵交替破解贝卡斯的用千年眼洞察人心的战术。决斗：武藤游戏VS贝卡斯

破解了贝卡斯的卡通世界后，贝卡斯开启了“黑暗游戏”模式，意图以此磨损另一个游戏的体力。决斗：武藤游戏VS贝卡斯

游戏终于倒下了，只剩下暗游戏一人奋战。这时，杏子、本田、城之内然后游戏……4人的友情的纽带对抗黑暗的力量！

决斗：武藤游戏VS贝卡斯

败北后的贝卡斯在房间里遇到了暗貘良。暗貘良的目标是贝卡斯所拥有的千年眼。

决斗者王国的战斗结束了，城之内把奖金拿到手，海马兄弟也平安重逢，住院的贝卡斯把一张名为“友情的羁绊（友情の绊）”卡寄给了游戏。恢复了意识的双六迎接游戏等人的回来。可是出现在双六面前的是仅12岁的全美冠军蕾贝卡……！武藤游戏VS蕾贝卡

决斗：武藤游戏VS蕾贝卡

海马公司的五巨头开发的这个决斗怪兽为基础的冒险游戏向海马发起挑战。海马的意识被数据化关在电脑世界里，只要游戏尚未通关，海马就一直在电脑世界徘徊。

为了营救海马，游戏、城之内、圭平也进入了“DM冒险游戏”的电脑世界。这时他们竟然遇到了孔雀舞。

游戏、城之内、孔雀舞、圭平乘飞机前往暗黑浮游城。迎击他们的是无数的怪物群。

双六的游戏店前新开张了一家游戏店，为此双六十分沮丧。同时，游戏班上来了一名神秘转学生——御伽龙儿。

新卡店的地下游戏场，为了帮助城之内，游戏接受了御伽的“怪兽龙门骰”挑战。御伽召唤出了大量怪兽；然而游戏召唤出来的怪兽只有1个，怪兽召唤变得困难成为劣势……。

御伽深信游戏使诈才会在决斗中赢了贝卡斯，为了守护那个名誉，只有在“怪兽龙门骰”打败游戏。游戏开始掌握““怪兽龙门骰””的诀窍，并且迅速理解其中深奥的妙趣。

游戏的场上已经没有可以召唤怪兽的场地。

决斗：武藤游戏VS基斯·霍华德

决斗：武藤游戏VS基斯·霍华德

童实野町古代埃及展。海马濑人得到了“欧贝利斯克的巨神兵”。

游戏和杏子约会。

暗游戏为了知道自己是谁，和杏子一起去了埃及展。另一方面，海马为了测试刚得到的神之卡的力量，和使用着自己原本卡组的机器人开始决斗。

海马要举办“战斗城市”的决斗大会，城之内却因等级过低而无法报名。这时古鲁斯罕贵卡猎人看中了城之内的“真红眼黑龙”，于是把城之内的等级上调。那夜，古鲁斯罕贵卡猎人埋伏着城之内的到来。决斗：城之内VS蕾雅卡猎人

“战斗城市”开幕式，出现了羽蛾、龙崎、渔汰等人的身影，海马发表演说，解说了比赛规则。于是大会开始了，游戏的第一个对方就是夺走城之内的“真红眼黑龙”的古鲁斯罕贵卡猎人！决斗：武藤游戏VS蕾雅卡猎人

游戏察觉到了对方是使用“艾克佐迪亚”特殊胜利的战术，游戏使出口胡战术与之对抗。决斗：武藤游戏VS蕾雅卡猎人

为了成为真正的决斗者，城之内离开游戏独自寻找决斗者挑战。城之内的第一个对手是打败了龙崎的絽场，此货自称拥有超能力。决斗：城之内克也VS超能絽场

城之内识破了絽场的诡计，还是处于下风。这时，城之内孤注一掷，采用自己最强的赌博战术。决斗：城之内克也VS超能絽场

游戏在某马戏团遇到了一名同样使用“黑魔术师”的决斗者，同时也是古鲁斯猎人的潘多拉。二人开始了决斗。决斗：武藤游戏VS潘多拉

游戏和潘多拉都召唤出了各自的黑魔术师，开始了黑魔术师之间的一场世纪较量。决斗：武藤游戏VS潘多拉

决斗：武藤游戏VS潘多拉。游戏的黑魔术师擅自灵魂脱壳保护了游戏，这时潘多拉召唤出第二只黑魔术师，而游戏召唤出了黑魔术少女反击。

城之内的决斗盘被某少年抢走了，虽然夺回来了但这一切全是阴谋。昆虫羽蛾出现向城之内发起挑战，决斗中城之内的卡组中出现了原本就没有的“寄生虫帕拉赛德”。城之内克也VS昆虫羽蛾。

城之内的怪兽全部因为“寄生虫帕拉赛德”而变成了昆虫族，被羽蛾使用“除虫网”封锁了攻击。虽然依靠天使之骰和恶魔之骰击倒了羽蛾的“究极完全态大飞蛾”，但而后羽蛾召唤出更加强大的“昆虫女王”。城之内克也VS昆虫羽蛾。

在前往战斗城市的船上的马利克利用千年杖的力量，操控着某人偶去挑战游戏。决斗：武藤游戏VS沉默的娃娃（马利克）

马利克利用“噩梦之铁栏”封锁了两个回合的攻击从而集齐了3只祭品，得以召唤出神之卡——“欧西里斯的天空龙”，使用“再生史莱姆”+“防御史莱姆”封锁游戏的一切攻击，使用“生还的宝札”+“无限的手札”使得神的攻击里无限上升，把游戏逼入绝境。决斗：武藤游戏VS沉默的娃娃（马利克）

被马利克的神之组合逼入绝境的游戏，在他面前出现的是海马濑人，因海马的话游戏召唤到了突破口。神的攻击力绝对不是无限，游戏反利用对方的卡片来获得胜利！决斗：武藤游戏VS沉默的娃娃（马利克）

游戏担心城之内而去寻找他，遇到了2名古鲁斯猎人的阻拦，和海马一起加入决斗。海马使出神之卡独自把二人击倒。与此同时，城之内在水族馆遇到了渔汰。

决斗：城之内克也VS梶木渔太

城之内终于获得了决赛的出赛权。这时，住院的城之内的妹妹静香打来电话，说自己眼上的绷带可以取下了，想要观看哥哥的决赛表现。然后，城之内遇到了马利克扶着的受伤的貘良了。游戏在寻找城之内，遇到了古鲁斯的猎人——光之假面、暗之假面。

古鲁斯（グールズ）的光之假面·暗之面具的双打决斗者和游戏·海马战斗着，他们使出陷阱卡“遗言之假面”封锁了对神之卡的召唤。

古鲁斯（グールズ）的光之假面·暗之面具的双打决斗者和游戏·海马战斗着。游戏的使出“手卡抹杀”、海马使出“死者苏生”，“青眼白龙”得以召唤成功！

对团结的力量所有理解的海马，为了游戏召唤出王牌而把青眼白龙作为炮灰，然后游戏的“磁石战士电磁武神”但是，光之假面・暗之假面豪不害怕？察觉到敌人的策略的游戏，想海马说要冷静判断。然后，和预想的一样，敌人使用“遗言之假面”的力量游戏的磁体战神夺去了！但是，这也是游戏和海马的作战策略。两个人团结的力量，终于召唤了神的卡…!?

游戏和海马打倒了光/暗之假面后，为了搭救杏子而坐只直升机前往童实野码头。

在童实野码头，等待着游戏的是被马利克洗脑的城之内。为了救回城之内，游戏不得不答应和城之内决斗。

暗游戏和被马利克洗脑的城之内的决斗持续着，城之内使用禁卡“火球”给予游戏直接伤害。暗游戏苦恼着怎么才能夺回城之内的心，这时原本人格的武藤游戏站出来了！

和城之内在决斗者王国一起奋战的“真红眼黑龙”，游戏把他召唤出来，用它来攻击被洗脑的城之内。

游戏和被马利克洗脑的城之内的决定终于迎来了最后的阶段。游戏和城之内都剩下一点基本分，游戏不忍城之内落败，仍然使用“精灵之镜”把“死亡流星”的效果给了自己。

为了参加战斗城市决赛，受伤的貘良从医院逃出来，此时遇上了鬼骨冢等人。貘良的超自然卡组对抗着鬼骨冢的幽灵卡组。

在前往战斗城市决赛会场的游戏、城之内、孔雀舞等人途中，好莱坞明星约翰・克劳德・梦龙出现在他们面前。梦龙为了完成“只要我赢了你，你就要和我结婚”的约定向孔雀舞发起挑战。

通过预选赛的决斗者们相继到达了将在战斗城市进行决胜淘汰赛的童实野体育场。这时获得淘汰赛资格的有7名决斗者：海马濑人、武藤游戏、城之内克也、孔雀舞、隐藏身份的马利克、伪装成马利克的利希德和与马利克有暗中交易的暗貘良。真正的决赛舞台——飞行船“战斗船”出现在大家面前。

战斗城市决赛的会场是在童实野市上空飞翔者的“战斗船”。第一轮淘汰赛终于开始了，通过抽签决斗各自的对手。第一轮比赛由貘良了对战武藤游戏，决斗中貘良却是使用消极防御战术 ？

貘良召唤的“暗黑人偶妮可罗菲娅”被游戏打倒了，貘良得以发动场地“暗黑圣域”，并配合“威加盘”的特殊胜利战术。

貘良破解了游戏的策略，走头无路的游戏不得不使用神之卡——“奥西里斯的天空龙”。这时暗貘良却听从马利克的建议，把原本人格的貘良了放出来···

战斗城市淘汰赛中，游戏击败了貘良，但貘良因此身受重伤并陷入昏迷。静香的“人的生命应该比决斗更重要”的话打动了海马，决斗派遣医疗队伍到“战斗船”上来为貘良治疗。

战斗城市淘汰赛第二轮，由城之内对战伪装成马利克的利希德。因为曾被马利克洗脑的城之内，誓要将要将马利克打倒。利希德采取不断布下陷阱的战术，而城之内不断地召唤出怪兽，意图把对方的陷阱卡一次性清除后发起总攻击。

城之内和利希德的决斗持续着，利希德召唤出3只陷阱怪兽“阿匹卜之化神”向城之内发起攻击使得城之内的LP降至200。准备投降的城之内因孔雀舞和静香的鼓舞，回想起在决斗城市遇到的对手们，找出了继续战斗的勇气，召唤出了在战斗城市预赛中获得的“人造人索加”打破僵局。

被城之内紧逼着的利希德终于召唤出了最后的王牌“圣兽塞勒凯特”，不断把城之内的怪兽击倒，城之内无计可施。城之内决定承受对方的攻击而败北，因为确认对手是一个堂堂正正的真正的决斗者，而不是奸恶的马利克。

为了证明自己是马利克，利希德决斗召唤“太阳神之翼神龙”。然而召唤出复制卡确激怒了真正的太阳神，太阳神的一击使得利希德和马利克同时晕倒。这时谁最先醒过来谁就能获得比赛胜利！

战斗城市淘汰赛第三轮，由孔雀舞对战马利克。此时因为利希德的昏迷使得对马利克体内黑暗人格的抑制减弱，，熊抱化的暗马利克觉醒。孔雀舞拒绝游戏、城之内等人的声援，打算独自应战。

黑暗游戏逐渐使得孔雀舞陷入“孤独”的世界，因游戏的话语而重新振作起来。孔雀舞熟练着操纵着亚马逊卡组，成功地把马利克手里的“太阳神之翼神龙”夺取。

孔雀舞召唤出了“太阳神之翼神龙”，但因读不出召唤台词，“太阳神”只能维持球体形态而无法作出攻击。这时，暗马利克读出了写在“太阳神”卡上的古代神官文字（召唤台词），使得“太阳神”站到了暗马利克的场上

战斗城市淘汰赛第三轮，由海马濑人对战从未露面的第八名决斗者。出现在海马面前的是马利克的姐姐、也是把“欧贝利斯克之巨神兵”交给海马的人——伊西丝·伊修达尔。

海马的行动完全如伊西丝所预测的那样。海马的卡组被伊西丝的破坏了，但还是召唤出了“欧贝利斯克之巨神兵”。准备作出最后一击时，海马作出把神献祭的举动。

到此为止，进入半决赛的4名决斗者全选出了——武藤游戏、城之内克也、马利克和海马濑人。海马在监控室分析着“太阳神之翼神龙”卡上的文字；另一方面，游戏、城之内去病房探望孔雀舞蹈，这时伊西丝·伊修达尔出现在他们面前，开始讲述了守墓一族的惨剧。

为了夺回身体，原本人格的马利克向暗貘良提出合作。为了得到千年杖，暗貘良向暗马利克发起挑战。暗貘良成功地把暗马利克的“太阳神之翼神龙”夺到手里，意图召唤出来。

暗貘良成功地召唤出了“太阳神之翼神龙”，但攻击力竟只有0。暗马利克使用“死者苏生”把“太阳神之翼神龙”复活到自己场上，并使出了“太阳神”的最后形态——决斗者和神融合的形态，向暗貘良发起最后一击。

游戏他们乘坐的“战斗船”正前往着决赛的舞台——阿尔卡特拉斯岛（アルカトラズ岛）。但是到达之前，“战斗船”偏离的航线，因为系统被一名名为乃亚的少年控制住。大伙不得不登陆海上漂浮的巨大要塞。“统领卡规则”的战斗在等待着他们。

游戏他们接受海马公司五巨头的挑战，进入了虚拟世界。在沼泽地带，游戏遇到了“深海战士”装扮的五巨头之一的敌人大下幸之助。游戏的“栗子球”擅自跳出来作为统领怪兽，游戏和“深海战士”的决斗就此开始。

“深海战士”的统领卡能力，通过把2只怪兽献祭把游戏的攻击反弹，而且这货深谙卡差的道理而不断地补充消耗了的怪兽，使得一味亏卡的游戏陷入苦战。

不再采取防御反击战术的“深海战士”开始亏卡了，召唤出了怪兽对游戏最后一击时却被游戏的统领怪兽“栗子球”挡下了攻击。然后，游戏开始反击了。

一个人在荒野行走着的杏子遇到了企鹅，并被带到了冰原地域，这里等着她的是装扮成“梦魇企鹅”的五巨头之一的敌人大泷修三。杏子选择“黑魔术少女”作为自己的统领怪兽，然而她的卡组没投入黑魔术师···

杏子和“梦魇企鹅”的决斗持续着，杏子使出了“摩诃毗卢”+“魔术咒文书”开始了反击，不过很快又被对方压制住，这时“黑魔术少女”站出来。

在虚拟世界徘徊的城之内，装扮成孔雀舞的五巨头之一的海马公司法律顾问大冈筑前。大门化身成“审判者”在法庭场地和城之内开始了决斗，城之内选择了“炎之剑士”作为统领卡。在决斗之初，城之内就不断使用“炎之剑士”的统领效果而向对方发起强攻。

因为“审判者”的统领效果，城之内的怪兽全灭。有因为对方的作弊机制，使得城之内的赌博战士屡次失败，以为胜利女神离自己远去。这时乃亚出现道出了大冈的卑鄙行为。得知真相的城之内又开始赌博了( ╯□╰ )

在虚拟世界徘徊的本田、静香、御伽3人来到了一间工厂，这时化身成“机械军曹”的五巨头之一的敌人大田宗一郎出现在他们面前想他们3人发起挑战，然而3人在打牌方面全是新手，静香更是第一次接触，完全不懂规则。“机械军曹”盯上了静香发起攻击，这时本田站出来舍身相救。

本田为了救静香、承受对方的攻击而落败，然后就消失了；受到打击的静香无法继续，御伽决定反击，使出自己擅长的“骰子迷宫”战术，然而这在打牌里行不通。对方召唤出“完美的机械王”进一步追击，连御伽也奄奄一息。受到鼓舞的静香重新站起来决斗。

海马和圭平受到了获得本田身体的大田宗一郎的袭击，这时一只机器猴子出来保护海马。这时猴子便是本田失去身体后的姿态。圭平被拐走，海马前去追击。这时，堵在海马面前的化身“人造人索加”的五巨头之一的敌人大门小五郎。 “人造人索加”拥有破坏陷阱的能力，使得海马陷入苦战。

大门小五郎召唤出了“卫星加农炮”——这个以海马养父海马刚三郎制造的离地面3万6千公里的上空的军事卫星为原型的机械族决斗怪兽。

海马乃亚催眠了海马濑人的弟弟圭平，让圭平成为自己的弟弟。

占据本田身体的五巨头出现在游戏和城之内面前，向他们发起挑战。

（被攻击的城之内 迈向胜利的关键决斗）游戏&城之内VS五巨头的决斗持续进行着，五巨头打算集中火力对付最弱的城之内。

五巨头终于召唤出了王牌怪兽——五帝龙，但马上就被游戏的幻影之骑士秒杀。打不死的五巨头召唤出另一只“狂暴死龙”向游戏发起猛攻，这时城之内用自己的“炎之剑士”保护游戏，并为此打开胜利之门。

为了救回弟弟圭平，海马和乃亚的决斗开始了。乃亚不断使用魔法·陷阱卡破坏海马的怪兽，但海马的“吸血鬼总督”拥有不断复活的能力。

乃亚的统领卡“奇迹方舟”的特殊能力终于起动了，把送去墓地的卡全部收容。海马发起强攻时，乃亚使用“奇迹方舟”召唤出怪兽抵抗攻击。面对乃亚的消极防御战术，海马使用“龙之逆鳞”赋予贯穿伤害决定胜负！

将要落败的乃亚终于使诈了，让圭平抵挡海马的攻击，使得海马无法出手。为了唤醒圭平，海马召唤出了充满二人回忆的“青眼白龙”，并使用“最终一战！”让双方指定2只怪兽单挑来决定胜负；乃亚派出的“奇迹方舟”露出真身。

乃亚赢了海马后，把海马兄弟变成了石像。愤怒的游戏捡起了海马的卡组和自己和卡组混在一起，继承海马的基本分以及空场空手卡的状态向乃亚发起挑战。乃亚使出了灵魂怪兽向游戏发起攻击，而游戏使用“电子壶”发起反击。

熬过了乃亚的攻击，游戏召唤出了“黑魔术三剑客”——黑魔术师、黑魔术少女、黑混沌之魔术师发起总攻击，但被乃亚瞬间瓦解，最终双方LP达成一万比一百的差距。这时，因同伴的力量，游戏使出了青眼究极龙！

游戏使用3只“青眼白龙”直接攻击击倒了乃亚，变成石像的众人也恢复了原样。这时海马公司的创建者海马刚三郎突然出现在大家面前。原来刚三郎在死前把自己的意识移植到了虚拟世界。

海马要和刚三郎作个了解，于是独自和刚三郎进行决斗。决斗中，刚三郎使出了曾经打败过海马的艾克佐迪亚——的亡灵。

海马打败了刚三郎，和众人一起成功地离开了虚拟世界，脱离的海上要塞。