アテム（ファラオ）と遊戯たちは、現実世界のエジプトにやって来た。アテムは、積年の邪念がやどった７つの千年アイテムを、自らとともに封印しようと考える。そのためにはだれかがアテムにデュエルで勝たなければならない。城之内と海馬が名乗りを上げるが、「もうひとりのボクに伝えたいことがある」という遊戯が戦うことになる。戦いを明日にひかえて、遊戯とアテムはそれぞれの思いを胸に、ベストのデッキを組むのだった。