海马濑人抢得了武藤游戏的爷爷武藤双六所持有的罕贵卡“青眼白龙”，并将其撕烂。游戏向海马发起决斗。面对海马所拥有的三只青眼白龙、游戏被逼得走投无路，最终凭借着五张意义不明的卡召唤出最强的艾克佐迪亚。

决斗：武藤游戏VS海马濑人

游戏收到了一个录像带，这是决斗怪兽之父贝卡斯·J·克罗佛多所寄来的。当游戏打开录像带观看时，一场游戏和贝卡斯之间的黑暗游戏开始了！

决斗：武藤游戏VS贝卡斯

游戏的好朋友城之内克也也开始了第一场决斗，他的对方是女性决斗者孔雀舞。孔雀舞操控着神鹰女郎向城之内袭来。城之内获胜的希望寄托在游戏赠予的“时间魔术师”上。 决斗：城之内VS孔雀舞

海马濑人的弟弟海马圭平向游戏发起挑战。同时，贝卡斯的手下向海马逼近······

本田、杏子、城之内和游戏的灵魂被暗貘良封印在各自喜欢的卡片。为了夺回大家的灵魂，暗游戏和暗貘良的决斗开始了。

决斗：暗游戏VS暗貘良

游戏终于迎来和贝卡斯决战的时刻，只要赢了贝卡斯，爷爷双六和海马兄弟的灵魂就会得到解放。本田不太相信贝卡斯会守诺言，决斗一个人去寻找海马兄弟。决斗：武藤游戏VS贝卡斯

游戏的策略全被贝卡斯识破，这时贝卡斯终于使出了“卡通世界”进一步打击游戏。本田在营救海马兄弟时遇到了阻拦，这时来帮助本田的是暗貘良。

决斗：武藤游戏VS贝卡斯

两个游戏不断地使出心灵交替破解贝卡斯的用千年眼洞察人心的战术。决斗：武藤游戏VS贝卡斯

破解了贝卡斯的卡通世界后，贝卡斯开启了“黑暗游戏”模式，意图以此磨损另一个游戏的体力。决斗：武藤游戏VS贝卡斯

游戏终于倒下了，只剩下暗游戏一人奋战。这时，杏子、本田、城之内然后游戏……4人的友情的纽带对抗黑暗的力量！

决斗：武藤游戏VS贝卡斯

新卡店的地下游戏场，为了帮助城之内，游戏接受了御伽的“怪兽龙门骰”挑战。御伽召唤出了大量怪兽；然而游戏召唤出来的怪兽只有1个，怪兽召唤变得困难成为劣势……。

决斗：武藤游戏VS基斯·霍华德

决斗：武藤游戏VS基斯·霍华德

游戏和杏子约会。

游戏在某马戏团遇到了一名同样使用“黑魔术师”的决斗者，同时也是古鲁斯猎人的潘多拉。二人开始了决斗。决斗：武藤游戏VS潘多拉

游戏和潘多拉都召唤出了各自的黑魔术师，开始了黑魔术师之间的一场世纪较量。决斗：武藤游戏VS潘多拉

决斗：武藤游戏VS潘多拉。游戏的黑魔术师擅自灵魂脱壳保护了游戏，这时潘多拉召唤出第二只黑魔术师，而游戏召唤出了黑魔术少女反击。

城之内终于获得了决赛的出赛权。这时，住院的城之内的妹妹静香打来电话，说自己眼上的绷带可以取下了，想要观看哥哥的决赛表现。然后，城之内遇到了马利克扶着的受伤的貘良了。游戏在寻找城之内，遇到了古鲁斯的猎人——光之假面、暗之假面。

古鲁斯（グールズ）的光之假面·暗之面具的双打决斗者和游戏·海马战斗着，他们使出陷阱卡“遗言之假面”封锁了对神之卡的召唤。

古鲁斯（グールズ）的光之假面·暗之面具的双打决斗者和游戏·海马战斗着。游戏的使出“手卡抹杀”、海马使出“死者苏生”，“青眼白龙”得以召唤成功！

对团结的力量所有理解的海马，为了游戏召唤出王牌而把青眼白龙作为炮灰，然后游戏的“磁石战士电磁武神”但是，光之假面・暗之假面豪不害怕？察觉到敌人的策略的游戏，想海马说要冷静判断。然后，和预想的一样，敌人使用“遗言之假面”的力量游戏的磁体战神夺去了！但是，这也是游戏和海马的作战策略。两个人团结的力量，终于召唤了神的卡…!?

游戏和海马打倒了光/暗之假面后，为了搭救杏子而坐只直升机前往童实野码头。

在前往战斗城市决赛会场的游戏、城之内、孔雀舞等人途中，好莱坞明星约翰・克劳德・梦龙出现在他们面前。梦龙为了完成“只要我赢了你，你就要和我结婚”的约定向孔雀舞发起挑战。

通过预选赛的决斗者们相继到达了将在战斗城市进行决胜淘汰赛的童实野体育场。这时获得淘汰赛资格的有7名决斗者：海马濑人、武藤游戏、城之内克也、孔雀舞、隐藏身份的马利克、伪装成马利克的利希德和与马利克有暗中交易的暗貘良。真正的决赛舞台——飞行船“战斗船”出现在大家面前。

战斗城市淘汰赛中，游戏击败了貘良，但貘良因此身受重伤并陷入昏迷。静香的“人的生命应该比决斗更重要”的话打动了海马，决斗派遣医疗队伍到“战斗船”上来为貘良治疗。

游戏他们乘坐的“战斗船”正前往着决赛的舞台——阿尔卡特拉斯岛（アルカトラズ岛）。但是到达之前，“战斗船”偏离的航线，因为系统被一名名为乃亚的少年控制住。大伙不得不登陆海上漂浮的巨大要塞。“统领卡规则”的战斗在等待着他们。

游戏他们接受海马公司五巨头的挑战，进入了虚拟世界。在沼泽地带，游戏遇到了“深海战士”装扮的五巨头之一的敌人大下幸之助。游戏的“栗子球”擅自跳出来作为统领怪兽，游戏和“深海战士”的决斗就此开始。

海马乃亚催眠了海马濑人的弟弟圭平，让圭平成为自己的弟弟。