ゲンドウの独断先行を憂慮するゼーレは、冬月を誘拐し詰問する。軟禁状態の中、冬月の脳裏にすべての始まりとも言える1999年のユイやゲンドウとの出会い、そして、2000年のセカンドインパクト、さらにネルフ誕生等、現在に至る出来事が走馬灯のように甦る。

欠けたヒトの心を埋める。それが人類補完計画の真実なのか。シンジは自己の内宇宙を漂い、己の不安と向き合う。全ての世界は一人の少年の心が産み出した幻影なのか。自己の安息を願う少年は、可能性の世界の存在を知る。心の旅の果てにシンジが見たモノとは。