安迪在挖洞时发掘出迷之古文书，那是记载“禁断的Aquarion”自由操纵方式的“创世之书”？还是...有将古代文字流利地解读出来的Mix的能力带着期待的目光所得出的答案是？

另一方面，上次的战斗完全败北的Jin准备好万全之策，搭乘重装甲型Radius Gunis。之后再一次向Vega发起进攻。

在Jin逐渐熟悉学园生活的时候，迎来了圣天使学园的创立12周年。阿马塔未能向御子乃告白后露出失落的样子。安迪则借“创立纪念日”的企划会议为名实行心跳脸红的计划，其名为将女生招待进男生宿舍的“睡衣派对”。　　之后安迪提议在把柏林墙当成巨大屏幕上映“Aquaria舞动于空”。

由于婕希卡的的表白的缘故，阿马塔、御子乃、婕希卡3人的关系出现了让人尴尬的状况。在这个状况下不动发出了「极秘任务」给Element他们执行。在连任务目的都尚未明确下乘坐着Vector三机来到山间的湖畔上。但是，即便如此还是未能弄懂任务内容就被指示穿着泳装自由行动的待机指示。在生死一线的战斗的紧张感中Element们得到了解放。

然后，在与MIX两人共处一室之下安迪鼓起勇气想向其表达出自己的想法

虽然从Altair安全回归，但是却以救出MIX的任务失败而告终。特别是修雷特的消耗过大只能变成静养的状态。而安迪则对无法救出MIX一事的悔恨却始终无法释怀...

NEO DEAVA黑夜降临的那个夜晚，阿马塔做了个“不可思议的梦”。是一个围绕阿马塔、神乐、御子乃的恶梦。埋藏于心里的不安不仅不消去，反而越发膨胀，阿马塔决定寻找一直未回，寻找不动而去的御子乃。

SPADA苦战于强敌神话兵·Vellzeva（前作头翅操纵的神话兵）。但是修雷特为了演奏最终乐章展开了舍身的战斗。

另一边的激战中，暗地里隐藏的对西尔维的追求的神乐和对御子乃的追求的阿马塔，对她（御子乃）的争夺而展开了激烈的斗争。看见眼见打斗的两人御子乃呐喊「住手！」。这时，呼应于她的眼泪神殿开始崩溃，太阳之翼开始复活了。终于传说的「神话型Aquarion」展现出来。