「The World R:2」に初めてログインしたハセヲは、PK（プレイヤーキラー）に殺されてしまう。そんな彼を左腕に異形のデザインを持つPC（プレイヤーキャラ）オーヴァンが助ける。そして、ハセヲに「キミには資質がある」と言うオーヴァン。その瞬間から多くのプレイヤーがハセヲに接触を始めて…。

オーヴァンからギルド＜黄昏の旅団＞へ入らないかと誘われるハセヲ。だが、彼が何者なのか、＜黄昏の旅団＞が何をしようとしている集まりなのかを掴みきれないハセヲは、それを拒む。その後、ハセヲは以前、＜黄昏の旅団＞にいたプレイヤーたちと出会い、オーヴァンがギルドを結成した目的ともいうあるモノを知り…。

出所不明の噂がハセヲを困らせていた。見知らぬプレイヤーたちが次々と現れ、「伝説の黒いマルチウェポン」や「レアキャラの進化系」ではないかと尋ね囃し立てられるハセヲ。その時、巨大ギルド＜TaN＞の俵屋が現れ、ハセヲを助ける。そして、＜TaN＞と＜黄昏の旅団＞の思惑の狭間で、ハセヲが固めた決意とは…？

ハセヲが＜黄昏の旅団＞に入ったという情報は、「The World」中に広まっていた。それと同時に、＜TaN＞に幻のアイテム「キー・オブ・ザ・トワイライト」のオーダーが入り出す。その頃、オーヴァンから謎のアイテムを手渡されたハセヲは、志乃と共に管理者さえ手が出せないエリアへと向かい…。

次々と＜黄昏の旅団＞に関わりのあるプレイヤーたちがPK（プレイヤーキル）された。一方、＜TaN＞の直毘の元に不思議なアイテムが持ち込まれる。それは、以前の「The World」には溢れるほどあったが、今では誰もが持て余す仕様にはないモノ。＜黄昏の旅団＞の切り崩しを狙う直毘は、それを俵屋に預けて…。

＜TaN＞のメンバーと接触したハセヲ。それはハセヲを孤立させただけでなく、＜黄昏の旅団＞内部に不信感をまき散らした。そして、現実世界の空を流星群が流れるという日、「The World」では、志乃に指定された洞窟を調査し始めた匂坂とタビーの元に、天井から見たことのない光の粒が降り注ぎ…。

＜黄昏の旅団＞のメンバーを狙うPK。ゲームデータを乱す仕様外の光の粒。それらの存在でハセヲたちの警戒心は、高まっていた。そんな中、＜黄昏の旅団＞のメンバー・匂坂は、秘密裏に渡されていたウィルスコアを俵屋に返す。だが、元＜黄昏の旅団＞のメンバーであるゴードの元に、ウィルスコアの新たな情報が届き…。

ゲーム管理者も手が出せない異質なエリア・ロストグラウンドでウィルスコアを探索中、突然転送されてしまったハセヲ。そして、エリア内で発見された巨大な3本の傷跡。ゲームのグラフィックをも改ざんするその“力”は何を示しているのか？ 一方、独自に情報を集めていたゴードは、新たなウィルスコアの存在を知り…。

ロストグラウンド“コシュタ・バウア”で見た5つの塔。そこに異なる5つの光を見たハセヲは、志乃と自分の持つウィルスコアの色が違うことを知り、1つの仮説を立てる。 それを聞いたオーヴァンは「動く…」と決断する。だが、全てのウィルスコアが揃っているわけではなく、欠けた1つを取り戻すため、匂坂が走る！

コシュタ・バウアにある神殿の上層部へと駆け上がるオーヴァン。その眼下では、＜TaN＞の裏側を担う“暗部”のPCたちと＜黄昏の旅団＞との戦いが繰り広げられていた。ゴードやBセットたち元＜黄昏の旅団＞のメンバーも加わり、意気上がるハセヲたち。だが、そんな彼らを見て、エンダーは謎の微笑みを浮かべて…。

コシュタ・バウアでの戦い後、ギルドの裏の存在が露見した＜TaN＞は、解体処置がとられた。そして、＜TaN＞を倒した＜黄昏の旅団＞が「キー・オブ・ザ・トワイライト」を手に入れたという噂がゲーム内で流れ出す。一方、＜黄昏の旅団＞では、オーヴァンを巡り、再びメンバーたちの疑心が広まっていて…。

オーヴァンの目的であり、＜黄昏の旅団＞の存在意義でもあった「キー・オブ・ザ・トワイライト」の探索。それを巡る攻防を経て、オーヴァンが何者なのか、その真実を知らなかったことを改めて思い知るハセヲたち。次第に＜黄昏の旅団＞のメンバーそれぞれの疑心が絶望に変わっていく。志乃は、その流れを止められるのか？

＜黄昏の旅団＞は解散した。やることもなく、ただフィールドに座るハセヲと志乃。あるかどうか分からないものを探し回っていた日々。その思い出を忘れるため、匂坂はタビーと新しいギルドを作る。だがその直後、匂坂は突然「The World」から去ることを決意する。その時、タウン内にノイズが走った！

大聖堂で志乃を救うことができなかったハセヲ。回復や蘇生のアイテムも効かずに消えた志乃のグラフィックデータ。唯一の手掛かりは、台座に刻まれた3本の傷跡だけだった。一方、フィロから「あれがトライエッジだとしたら、どうにもならん」と言われるタビー。そして、ハセヲは志乃のリアルに起こっている事実を知り…。

オーヴァンが消え、匂坂は去り、志乃が倒れた。「The World」で得たほとんどであり、そこにいる理由を失っていたタビー。彼女が仲の良いふたりのPC・カシミアとウールに出会ったのは、そんな時だった。ちょっと前の自分と同じゲーム初心者であるふたりに、タビーは装備や戦い方を教え始めて…。

リアルで意識不明に陥った志乃を助けるため、唯一の手掛かりであり、犯人かもしれないトライエッジに会いたいと思ったハセヲ。彼はトライエッジと出会い、唯一、生還したフィロに迫る。「今のお前では、無理だ！」と拒んでもなお詰め寄るハセヲに、呪杖を振るうフィロ。しかし、ハセヲは幾度となく立ち上がり…。

ハンパないモンスターが休みなく現れ、クリアすると飛び級で強くなれるという噂の期間限定イベントに、ハセヲは足を踏み入れていた。噂に違わぬモンスターに苦戦するハセヲ。その時、回復系のエフェクトがハセヲを包む。それは、三郎と名乗る撃剣士からの援護だった。一方、フィロたちにも見知らぬPCが近づいていて…。

クリアしなければ得られない何かを求め、ハセヲは期間限定イベントを戦っていた。中に入らなければショートメールさえ通じない“痛みの森”。そのフィールドの外で、戦っているハセヲを見つめる目があった。そして、ハセヲに再び近づくPC…。イベントの終了時間が迫る中、遂にイベントをクリアするPCが現れる！

裏の存在が暴露され、＜TaN＞を中傷する声は多い。だが、＜TaN＞によって「The World」内のトレードに誰もが納得できる基準があったことも間違いない。そんな＜TaN＞の解散は、その基準の崩壊＝アイテム価格の高騰と同時に、アイテムをリアルマネーで売買する業者の台頭を引き起こしていた…。

未帰還者になった志乃を救う唯一の手掛かりであるトライエッジを探すため、ハセヲは最も可能性があると思われるPKたちを襲い始める。だが、「The World」では、トライエッジ失踪の噂が流れていた。高ぶる気を抑えないハセヲに、情報をちらつかせ近づくPCたち。彼らの狙いは？ そしてハセヲの決断とは!?

ロストグラウンドで誰かと戦うトライエッジを目撃したPCがいる。それまでの噂とは違い、PCの具体的な容姿が確定されたその噂を信じ、ハセヲは殴られ屋の碧に迫る。全てを力で、ひとりで押し進めようとするハセヲ。そんな彼に何をしてあげられるのか悩むタビー。だがそれは、藤太の一言で新たな動きに変わっていく…。

トライエッジがあるPCに撃退されたと聞き、リアルの志乃は病院に任せようというフィロ。だが、ハセヲはトライエッジに会うため、PKを続けると譲らず、フィロに背を向けてしまう。その頃、PCの区別なく支援するギルド＜肉球団＞を作ったタビーは、初心者支援を目的としたギルド＜カナード＞のメンバーと出会い…。

ハセヲの監視を続けていたギルド＜レイブン＞に、クーンが加わった。彼に特別な力を見た＜レイブン＞のギルドマスター・八咫は、彼に＜レイブン＞の目的を話す。その頃、強大な罠に足を踏み入れようとしていたハセヲ。その情報を掴んだタビーは、＜肉球団＞のメンバーを引きつれ、罠が仕掛けられたフィールドへ向かう。

仕掛けられた罠を切り抜けたハセヲ。だが、その行為からつけられた字“死の恐怖”の話題が、ゲーム内に広まっていく。その頃、しばらく姿を消していたオーヴァンがハセヲの眼前に現れる。その姿を追いかけ、アルケケルン大瀑布でオーヴァンと再会するハセヲ。今までの経緯を問いつめるハセヲに、オーヴァンは…。

グレーマ・レーヴ大聖堂でハセヲが消えて以来、彼を見た者はいなかった。未帰還者にはなってないはずだが、何故？ ハセヲを知るPCたちが彼を心配する中、フィロはタビーや藤太にあるメッセージを告げる。一方、＜肉球団＞のメンバーとの確執を感じ始めたタビーは、自分が本当にしたいことは何なのかと自問して…。

大聖堂での戦いから数日後。「The World」にログインするハセヲ。だが、そこはハセヲにとって、初めてログインした「The World」とは違っていた。たった数ヶ月の間に起きた様々な事柄が「The World」の感じ方を変え、ハセヲ自身を変えていたのだ。そして今、ハセヲは新たな一歩を踏み出す。

The characters from previous .hack//G.U. Games and .hack//Roots receive an email from Ovan. He is requesting them to go to Hidden Forbidden Festival where is set up a mysterious summer festival. There they find an AIDA Chim Chim who wishes to peacefully co-exist with the other players of The World. It then transforms into the word "Returner", so they assume it to mean that Ovan will return to The World.