高速インターネットが普及した近未来。ネットワークゲーム「The World」で、司と呼ばれる「呪紋使い」を操作していたプレイヤーがログアウトできなくなってしまう。精巧に作られたバーチャルワールドで、司は「痛み」を感じると同時に、他のキャラクターにはない絶対的な力「ガーディアン」を手に入れる。

司を守るガーディアンの攻撃は、対戦したキャラクターのプレイヤーにも現実世界での傷を負わせてしまっていた。そのニュースは現実世界と「The World」のプレイヤーの耳に入り、ゲーム世界の秩序を守る「紅衣の騎士団」は、その原因となった司を追い求める。一方、司は猫の姿のキャラクター・マハに導かれて…。

司の存在は、不審と疑惑を多くの者に抱かせることになった。異なったルールを認められない銀漢、司というキャラクターを動かすプレイヤーに興味を抱くベア。そして、「The World」にはなかったガーディアンの出現が、噂の域から出なかった隠しアイテムの存在を、再び浮かび上がらせる。

個人データが照会され、司が10日間ログアウトしていないことが判明した。唯一の守護者＝ガーディアンを連れて歩き、「The World」に居る誰もが知るキャラクターとなった司。その真実を知るためベアが、隠しアイテムとの関連を知るため楚良が、紅衣の騎士団に対し司との対話を提言する。

司に出会うまで、そこはゲームであり遊び場だった。だが、虚構として作られた世界はミミルの前で少しずつリアルを含んでゆく。異なる立場、相入れない考えを抱く者たちの共有する目的が、ひとりのキャラクターを捕らえるための大きな罠を生み出す。

プレイヤーの拘束。その異常事態は多くの困惑を生み出していた。 BTに疑念をぶつけるミミル。司に起きた異変を目の当たりにする昴。 好奇心という名の欲望に忠実に動く楚良。そして、紅衣の騎士団にガーディアン出現の報告が入る。

司のことが気になって仕方のないミミルの前に、ひとりのプレイヤーが現れた。 まだ「The World」に入って間もない初心者・A-20。 ミミルは、彼女の行動と言動に振り回されながら、そこで1つの答えを見つけ出す。

中途半端だから気になる。だったら、 好きか嫌いか判るまで、トコトンまで付き合ってみればいい。 誰もその行方を知らない司へ「待っている」とメールを出し、 ミミルは高山都市の広場でひとり待つことを決めた。 司が来てくれることを信じて。

「Key of the Twilight」と司の謎を解くため、ミミルやベアたちは、新たなキャラ・ヘルバとのアクセスを試みる。 そして浮び上がる新たな謎。その頃、司は、温かな「生」と、冷たい「死」を体験する。

楽しむためにアクセスした『The World』内で、 人はリアルでの責任と行為を引きずり続ける。リアルで成し得なかった人としての責務、 その代償をベアは司へ関わることで逃れようというのか。 人と関わり続ける行為とは…。

司を友達と言い切れるようになったミミルは、戦いのない知識をメインにしたサブイベントに司を誘う。人との関わりを避けてきた司にとって、それは初めてのパーティー。多くの謎と不安の中だけに存在していた司が、 ミミルやベアに初めて笑顔を見せる。

リアルでの司を追うベアは、ついに確証とも言える何かを得る。確証は不安を生み、不安は伝説のアイテムの探究へとベアを動かして行く。司を監視下に置こうとするBT。司との会話に不安を抱く昴。 海の底に沈んだ司の心を捕らえているモノとは…。

次第にその謎が解かれていく『Key of the Twilight』。司は、伝説のアイテムの所有を条件に、その探究への参加を決意する。クリムを利用し、楚良と共謀するBT。謎のハッカーから情報を手に入れるベア。漆黒の雲が消える時、天空に黄昏の眼が現れた。

天上から建ち並ぶ数多の塔。伝説のアイテム『Key of the Twilight』を手に入れるため、3つの思惑が異質なfieldを走る。その中心で待つものとは何か。残滓と化した思念がループする場所で、司が得たものとは。

“黄昏の眼が開く時、キー・オブ・ザ・トワイライトが姿を成す。”昴は、幻のアイテムを求めた今までを振り返りながら、司のことを考える。出会いと、触れ合いと、そして・・・。逆城都市へ赴いた司を思っていたその時、昴の目に涙が伝った。

忘れられたfield、その中心部に存在した謎の男の意思。ミミルたちは、確かにその場所へ行き、帰還した。だが、クリムは強制終了を余儀なくされたという。では、司は…。『死』から再生された司は、自我の問題につきあたる。

コンセントさえ抜けば、消える世界。その中だけの人間関係に、何故こうも熱くなれるのか。煩わしさを理由に、人との関わりから1歩離れていたBTは、いつしか自分が利害関係と、孤独に染まっていたことを知る。

システムを超越した能力と、秩序を乱す行動を起こす司。その存在は、秩序を重んじる紅衣の騎士団にとって、無視はできない。だが、騎士団の長であり拠り所である昴は、司を擁護し続ける。その矛盾への反発と、騎士団の強化を望む銀漢は、ついにあってはならないはずの行動を起こす。

「ここに居たい」。昴の一途な想いが結実した紅衣の騎士団。その存在が無に帰る時、自らの想いもまた否定されるのか。集団から個へ、守られる者から一介のPCへ。昴は知らぬ間に、司の元へと歩いていた。

言葉だけではないコミュニケーションを通し、昴は司の心を徐々に解かし、ついに『僕だけの場所』を目にする。眠れる少女だけが居るはずの部屋。これが全て謎の核心なのか…。だがその一方、BTと楚良は、自分たちの計画に銀漢を巻き込もうとしていた。

昴に『僕だけの場所』を見せて以来、司の姿は消えた。と、同時に倒せないモンスターの出現という形で表出し始めた『変異』。『Key of the Twilight』との決着を付けるべく、ベアはヘルバに会うことを決意する。

ベアたちは再び『ハロルドの残滓』に会い、問いかける。彼が希望を託した少女とは？少女の覚醒を歪めようとする存在とは？――The Worldの有り様を決定づける少女――その行く末を決める唯一の担い手、それが司なのか。

司に関わった全ての者たちに1通のメールが届く。司を利用してきた『意志』との戦いの場が決まったのだ。各々の決意を胸に集うベア、ミミル、昴たち。だが、そこに司の姿は…。

今、過去の事象が重なり会い、1つの絵を描き、成すべき対策と獲得目標が明確になっていく。全ての元凶は『偏在する意志』。司の心を繋ぎ止める唯一の存在＝昴を狙い、ガーディアンの触手が伸びる！

様々なfieldを越え、執拗に司を狙う『偏在する意志』。「回復役は僕が引き受けるよ」戦いの中、いつしか司は『本当の仲間（パーティ）』の一員になっていく。際限なく繰り返されるガーディアンの攻撃。その時、司たちの前にマハが現れた。

「あなたに関わるべきではなかった」「僕に構わないで」「あんたなんか大嫌い！」『偏在する意志』が作り出した最後の罠『絶望』。だが、信頼を確実なものにした司は怯まない。そして、ついに眠れるアウラの目が開かれる。

Two years before Tsukasa's arrival in The World, Mimiru encounters a mysterious character that helps her learn an important lesson about the game.

Extra episode included on the 9th DVD volume.