“北部帕特里亚同盟”与“南部帕特里亚联合”。为了终结这常年持续的内战，“北部”用上了禁忌的力量。“拟神兵”，在这被誉为神的力量之下，战局一下子就得以逆转。“拟神兵”作为带来战争上的胜利的英雄而被人们所尊敬着，但这股非人的力量也是一把双刃剑，在辉煌的战果背后，“拟神兵”们的命运逐渐变得疯狂。于是，“拟神兵部队”队长的“汉克”立下了一个誓言。

在利夫雷特村的尽头，少女夏尔和经营孤儿院的父亲威廉和孤儿们过着朴实的生活。但是由于内战，物资价格高涨，夏尔等人不得不自给自足。有一天，军方情报部探访了威廉。被告知有“特别的适应性”的威廉，为了夏尔她们的未来，决心前往战场。不久内战结束了，威廉回到了村子里。他变成了拟神兵“尼德霍格”。

蒸汽都市白丘奇。汉克等人为了寻找将拟神兵释放到世间的男人凯因・麦德豪斯，来到了这里。根据莱萨的情报，他在贫民街的一角，每晚都要杀街上的居民。为了调查其中的目的，开始调查的汉克等人收到了出现了更多牺牲者的情报。从尸体上留下的爪痕中汉克断定不是凯因干的。就在这时出现了目击者并提供证言，说是“石像鬼做的”。汉克通过这句话知道了敌人的真面目。

终于现身的宿敌男子凯因・麦德豪斯。汉克被突然袭击，动弹不得，而夏尔也被抓住了。为了救回被掳走的夏尔，汉克应凯因的邀请，做好中圈套的觉悟只身前往夜会。那里是穿着正装的人聚集的上级阶级的派对。不久，在热烈的掌声中出现了宿敌凯因。凯因认出了在台下的汉克，朝他露出不怀好意的笑容。凯因真正的意图是什么？

在凯因·麦德豪斯策划的白丘奇事件后，汉克就消失了。并且，在夜会上凯因发表的宣言，不久就变成了震动帕特里亚全境的大动乱，战争的脚步声再次接近帕特里亚。在那之后约一个月后，夏尔回到了自己的故乡利夫雷特村。

为即将到来的战争做好准备，急于扫荡拟神兵的“北部帕特里亚同盟”。在港口城市波特加尔夫，有等待补给船的拟神兵讨伐部队“库德格莱斯”队长·克劳德的身姿。随着时间的推移，一个人在岸边漫步的夏尔，听到了虚幻而美丽的歌声。在被这首歌所吸引来到的海边神庙里，夏尔遇到了拟神兵塞壬和查尔斯。

在内战时代一起并肩战斗的汉克和罗伊，现在却因为意志的不同而敌对了。两人作为拟神兵“银狼”和“加尔姆”展开了激烈的肉搏战，然而由于拟神兵讨伐部队“库德格莱斯”的闯入，汉克从悬崖落入了深谷。为了让曾经的伙伴得以解脱而苦恼的汉克，在混浊的意识中遇到的人是……

在重地·波尔德克里克建造的“新帕特里亚”的巨大要塞。为了集中力量攻克要塞而编成的“北军”攻略部队。在那里会合的克劳德率领的拟神兵讨伐部队·库德格莱斯。其中包括有穿着制服的汉克。根据攻略部队指挥官马丁・沃尔上校的话语，汉克知道了敌人是拟神兵肯陶洛斯。在战场上看到的和以前完全一样的“迈尔斯”，汉克会采取怎样的行动……

对峙的两个拟神兵汉克和迈尔斯。如同聊家常般的话语，交相互的力量碰撞在一起。然而……展开了激烈的攻防战的两人，以意想不到的形式迎来转点。那就是在汉克面前出现了仇人凯因。杀害了艾琳，释放出拟神兵的这个男子对汉克说出了自己的野心……