民国时期，一个雨夜，上海某大户人家病重的秦老爷在服了孟河医派翁泉海的药后，突然死亡。秦家人将翁泉海告上法庭，翁泉海坚称：诊断无误、用药无误。翁父携翁泉海的两个女儿和葆秀来上海投奔，得知翁泉海摊上官司，到狱中探望，见翁泉海正心无旁骛地给同监的人诊病，心下有数。葆秀温婉贤淑，悉心照顾翁家老小。为查明秦仲山死因，她乔装到秦家做了佣人，得知给秦老爷看病的还有赵闵堂。赵闵堂中西医兼修，却家有悍妇。他曾和精通刺血疗法的吴雪初一同给秦仲山看病。

翁父假装身体不适，分别找赵闵堂和吴雪初诊病，拿到二人字迹，连同药方一同交到警局，预作笔迹鉴定。赵闵堂和吴雪初得知后急想对策。法庭上，翁的辩护律师提出秦老爷有服用多人药方的可能，但证据被公安局离奇弄丢了。赵闵堂上门找葆秀，劝翁家退一步不再追究，保证让翁泉海出狱；又去找秦太太，让她向法庭承认秦仲山是生前患有心病，不是药物致死。两下斡旋后，法庭宣判，翁泉海无罪，翁泉海大声为逝者喊冤。

赵闵堂的诊所受官司的流言连累，门庭冷淡，他想出个限号医病的法子，受到病人嘲讽。高小朴多处拜师学医，因铃医身份和太爱卖弄，多次遭到拒绝。终被陆大夫收做学徒。翁泉海外出行医被冷雨浇病，幸遇好心人老沙救助，两人结下友情。提到孟河，老沙若有所思。上海滩出了一个疑难杂症----孕妇死胎不能排出，很多中医束手无策，专攻妇科的赵闵堂得知后技痒，被吴雪初劝阻。翁泉海主动上门医治，家属听说是沾了死人官司的翁泉海，将他撵走。

翁泉海看到报纸宣传，主动来到赵闵堂诊所，请教孕妇症状及赵闵堂开具的药方，被赵闵堂拒绝。孕妇死胎并未如期打下，赵闵堂找各种借口替自己开托。吴雪初让他拖到患妇找西医。翁泉海再次到赵家询问孕妇情况，赵闵堂顺势将这个缠人的病例甩给翁泉海。翁泉海上门诊治，孕妇家属仍无情拒绝。葆秀当着家属的面亲自试药，感动家属，但孕妇吃了药却出了危险，面临手术；翁泉海再次调整药方，死胎终于成功排出。

已拜陆大夫为师的高小朴，因为让他去抓一味急用的药却半天不归，惹怒陆大夫，被逐出师门。原来高小朴是回家给瘫痪的娘送水去了。高小朴娘俩继续铃医生涯，有人告诉他赵闵堂能医好他娘的腿病。小朴背着娘上门求医。小朴娘用药有效，小朴上门求药方不得，密约出赵闵堂的徒弟小龙，想套出给他娘治腿病的秘方，小龙被小朴的三寸不烂之舌说的心动，却被赵闵堂抓了个现形。

翁泉海被神秘人带着，蒙着眼坐车兜圈儿，来到守卫森严的深宅大院，给一个幔帐里伸出手的人切了脉。患者没什么大碍，旁边围观的一大群人表情各异。翁泉海被安全送了回来，家人松了口气。不久神秘人又来请翁泉海出诊，翁拒绝。神秘人竟然以民族大义为理由，恳请翁泉海再次出诊。此次脉象与上次大相径庭，一次生脉、一次死脉，非常蹊跷。翁泉海有些为自家人担忧，葆秀却一直宽慰他。

小朴给赵闵堂想了一出“神龟治病”的点子，一时患者盈门。小朴又提出卖神龟，赵闵堂认为自己是名门正派，拒绝了。神秘人送来一封信，又请翁泉海出诊。依信件指引，翁泉海被带到一片树林中，一伙黑衣人用金钱和家人诱逼翁泉海给高官看病时炸死他，被神秘人乱枪打跑。枪声惊动了泉海堂的人，葆秀心急如焚。翁泉海第三次到高官家，当场诊断患者已死，三个儿子闻听立刻争斗起来，各自原形毕露。

赵闵堂和患者强辞夺理，患者们找到翁泉海，希望他能给大家评评理。翁泉海来到赵闵堂诊所，提醒他应谨遵医理医道，不能旁门左道，赵闵堂气得扔了乌龟。高小朴怂恿赵闵堂去给一位温先生诊病，诊治不顺，遭到温先生掏枪威胁，小朴侥幸脱困，赵闵堂被关起来，晕了过去。翁泉海在面馆里偶遇一女子咳得厉害，随口开个食疗方子，女子道谢后离开。翁父来到上海，张罗翁泉海和葆秀成亲，好早日抱孙子。翁泉海被迫成亲，却无意圆房，葆秀有些失望。

温家人又重金请翁泉海出诊，翁不为所动。温先生亲自上泉海堂看病，翁泉海通过望诊判断温先生脖子后面长了东西，温不让看。因曾饱受庸医之苦，温先生怀疑大夫。翁大夫诊治温先生后脖子上长的肉包并不难治，外敷一服药即好。温先生放了其它中医。翁泉海要和葆秀分居，葆秀难过。过年了，全家人其乐融融，翁泉海给亡妻烧了封信，心中悲凉。患者范先生在翁大夫处开了药方后，图便宜在药贩手里买的药材，治疗效果不好，要翁泉海退诊费。

诊所里来了个狂症患者乔大川，曾是职业刽子手，总觉得鬼怪缠身，还在医治时突然发狂险些勒死赵闵堂。范先生病好后请翁泉海吃饭，同时邀了昆曲名角岳小婉，刚好是那天咳嗽的女子，用了翁泉海的方子已痊愈，她向翁泉海致谢，俩人一见如故。翁泉海酒后回家弹起多年不碰的古琴，葆秀心下疑惑。乔大川又来到赵闵堂的诊所，觉得只有在这里才心安，赵偷偷溜回了家，乔大川找到家里，声称病好，要表示感谢，结果没聊几句突然拎出刀又发起狂来，吓得赵闵堂两口子魂飞魄散，不得安生。

乔大川用药后无效，拿着刀找到翁泉海的诊所，斧子差点失手砍了他。乔大川屡次来到诊所闹事，老沙说坏人得罪不得。翁泉海让葆秀带着孩子走，葆秀不干。又一次还声称绑了翁泉海的女儿。老沙来了，三言两语解开了乔大川的心结，救了孩子。高小朴乔装来到彭老板的药店，计划空手套白狼。又使出三环连套的计策，六成成交。西药厂洋人突然翻脸不认账，说药不想卖了。原来是翻译搞的鬼。高小朴连蒙带吓，搞到100箱货，又跟洋人喝一顿大酒，使洋人终于折服，但赚来的钱却让师傅独吞。

翁泉海在公开讲堂中，讲了一些古医方中的谬误，翁父出来驳斥，称要尊崇圣贤。听讲堂的女学生小铜锣天生大嗓门，很崇拜翁泉海，跟着翁大夫到泉海堂观摩学习，现场唱方清晰响亮，翁泉海很满意。高小朴劝赵闵堂开个讲堂，赵闵堂的免费讲堂，内容哗众取宠。翁泉海的讲堂，更加实实在在，俩人像打擂台。斧子到赵的讲堂前磨斧子，弄得赵闵堂心神大乱、无法讲课。赵闵堂到翁泉海家兴师问罪，翁劝斧子以德服人，斧子不服，翁泉海要撵斧子走，葆秀、翁父都给他说情。

翁泉海请赵闵堂一起开讲堂，意在博采众长，取长补短。赵大夫坚持在自己的诊所讲，翁泉海并不介意。有人来诊所重金预约出诊，赵闵堂不在，小龙谨遵师训没有接诊。小朴打听是腿病，偷偷接了诊金。赵闵堂出了诊，发现治不了，患者 家属不依不饶。翁泉海接了封信，为救人急病，半夜出诊。患者原来是昆曲名角岳小婉，已遍体鳞伤。翁泉海只说病可医，不问事。煎了药让小铜锣送去，久久未归，来了去迎，也一去不回。

高小朴给小龙灌酒，套悬丝诊脉的绝技，知道是用托儿搞的骗局，有些失望。赵闵堂悬丝诊脉上了报纸，心里得意。患者家属上门，说赵闵堂的药方差点治死了人，赵狡辩，家属告到了中医学会。赵大夫托人请翁泉海在学会上为自己美言几句。药方论证会上，翁泉海的话很公道，齐会长保证会集各家中医之力救治患者。会后，翁泉海提醒赵闵堂要厚德精术，可赵闵堂还是不服气。

临近矿场发生霍乱疫情，翁泉海主动前去诊治。翁泉海看到矿工们死伤惨重，经调查发现是药量不足，但矿场的中医和管事都不理睬他。矿上每天都有人死亡，翁泉海心急如焚。为了救人，他自己支起大锅煎药，免费派送。但是在管事的淫威之下，除了濒死的矿工外无人敢服用。几个矿工吃了翁泉海的汤药后反倒病情加重，翁泉海发现矿上药房一味藿香梗是假的，老沙分析这是一群人在谋利，怕势单力薄斗不过。翁大夫让伙计从上海购进药材。

矿上的利益团伙担心翁泉海坏事，派人监视，偷走了真藿香梗，还向警察举报，结果矿上药房卖假药材的内幕反被揭开。翁泉海治好矿工的病，回程时被匪徒拦截，要砍翁大夫三根手指，危难之际矿工兄弟们赶来，大家转危为安。矿场利益团伙赔了钱，想要伺机报复。 来了、泉子、小铜锣、斧头正式拜翁泉海为师，翁泉海嘱咐他们要团结，为医者无愧天下真心。

1929年2月，国民政府卫生部发布《废止旧医议决案》讨论稿，中医传承发展到了最危险的时候，上海中医们一致推举有胆识的翁泉海振臂一呼，带领中医界团结抗争。翁泉海在抗议大会上慷慨陈词，响应热烈。上海中医界要派代表去国民政府请愿，翁泉海邀请赵闵堂同去，赵称病推辞，又心痒难耐。翁泉海写了请愿书，拟分别提交南京政府和卫生部。此去请愿前途未卜，代表们都交待好身后事，赵闵堂听了心里直打鼓。

赵闵堂心神不定，谎称眼病想逃回家去，还假装失声。翁泉海亲自看护他。半夜，翁泉海和他聊天说了不少感谢的话，又突然吓唬他，赵闵堂假装失声露馅了。国民政府同意保留中医中药，请愿活动成功了。请愿小组平安返回上海，葆秀和老沙也同车偷偷返回。在记者面前，赵闵堂口若悬河，回头报纸上却没怎么写他。回到家，赵夫人质问赵闵堂私藏药款的事儿，赵闵堂吓得爬上房顶，后又被五花大绑，一古脑交待了。赵闵堂气急败坏。

赵闵堂心神不定，谎称眼病想逃回家去，还假装失声。翁泉海亲自看护他。半夜，翁泉海和他聊天说了不少感谢的话，又突然吓唬他，赵闵堂假装失声露馅了。国民政府同意保留中医中药，请愿活动成功了。请愿小组平安返回上海，葆秀和老沙也同车偷偷返回。在记者面前，赵闵堂口若悬河，回头报纸上却没怎么写他。回到家，赵夫人质问赵闵堂私藏药款的事儿，赵闵堂吓得爬上房顶，后又被五花大绑，一古脑交待了。赵闵堂气急败坏。

岳小婉说想学中医，话题一转说感觉翁泉海和妻子间有隔阂，翁泉海若有所思。翁泉海约葆秀出来散步，提出让葆秀再走一步，不耽误她，葆秀说已经和这个家分不开了，如果有别人想插上一腿，就敲断它。葆秀赌气回了老家，翁父责怪翁泉海，翁说两个人不合适。小朴和母亲聊天，感叹翁泉海哪儿都强过自己师父。赵闵堂想争副会长的职务。

小朴坚持向赵闵堂要回自己的钱，不惜解除师徒关系，当知道赵闵堂把钱搞没了，小朴恨恨离开，师徒反目。小朴娘宽慰他，让他做顶天立地的人。小朴要自己开诊所，娘高兴。 葆秀要还小婉的人情，翁泉海坦率两个人关系是干净的，领了葆秀回家。高小朴开了间小诊所—朴诚堂，有拾荒的老人看病，小朴不收诊费。为了独立，葆秀自己也开间小诊所——秀春堂。

来了奉师父之命给师母送吃的，葆秀拒绝。晓杰晓嵘去求妈妈回家，发现葆秀晕倒了，翁泉海诊治葆秀是饿晕的，连忙给她下面条吃，倔强的葆秀没吃就走了。男患者连续领三个女人看病，小朴以为他是妓院的不给治，男人凶相毕露。原来男子是警察局的，自己干尽坏事，想要升官怕竞争对手抓住把柄，才找无名的小朴医治，威胁他如走漏风声就要命。

恶人上门，用枪威胁翁泉海，藏在一边的小朴和晓嵘紧张得不行。翁泉海说自己只是大夫，坏警察悻悻走了。翁泉海让高小朴和老娘远走高飞，小朴深深地给翁泉海叩了一个头。晓嵘一边深情地目送。小朴和娘商量等这阵邪风过去再回上海，拜翁泉海为师。坏警察倒台，高小朴趁着大雨天背起娘来到诊所，要当面感谢翁大夫，还要拜师，翁泉海说家里人手够了。

日本人在上海开了一家西医院，邀请上海医界代表吃饭。浦田医生瞧不起中医，向翁泉海发起挑战。赵闵堂说，这场比赛，翁泉海是把三山五岳都背在了肩上。中西医擂台赛如期举行，诊治伤寒病，浦田接诊日本人，翁泉海接诊英国人，期限20天。日本在上海秘密机构告诉浦田，为了赢可以不择手段。擂台诊开始，西医打着点滴，中药汤苦口难咽。治疗初期，英国患者的症状一直反复，而日本患者已能吃能喝。

翁泉海去探望伤了脚的赵闵堂，当面致谢，还送上骨伤方。翁泉海接葆秀回家。葆秀提示翁泉海，晓嵘和小朴的关系挺深。翁泉海告诉晓嵘，婚姻得讲门当户对翁泉海找岳小婉，邀请几个西医授课，博采中西医所长，为患者造福。翁泉海观摩西医手术，岳小婉当翻译，流利精准。两人吃饭，小婉在翁泉海脸上捡面包屑的镜头被人偷拍。有人拿着岳小婉和翁泉海亲密照片分别向两人敲诈，两人都说愿意自己一力承担，想办法筹钱。

葆秀心里不舒坦，在烟馆抽起了鸦片，翁泉海强制葆秀戒烟，不惜跪下求她，葆秀同意戒烟。泉海堂来了个貌似中毒的患者，可找不到毒源，无法施治。小朴机灵地刨根问底，找到毒源。吴雪初接治一个女患者，用刺血疗法施治后引起大出血，家属拿着鸡蛋砸招牌，吴用钱堵嘴。翁泉海临出门前收高小朴为徒。师父不在家，有患者上门，小朴自作主张坐到翁大夫的位置接诊。

翁泉海路遇一个晕倒的患者，背到诊所。患者得的是头痛病，痛起来自己撞墙。为求治头痛医方，翁泉海去了南京。晓嵘突发急病，葆秀治不了，高小朴说可以针刺治疗，但要晓嵘脱掉衣服。行针后，晓嵘脱离危险。吴雪初被患者告下狱，翁泉海联合中医会申诉，将他救出来。吴大夫摘掉墙上与权贵们的合影。在晓嵘逼问下，小朴说了给她治病的事儿，晓嵘羞臊得没脸见人。

对晓嵘的感情，小朴说自己不该有非份之想。赵闵堂替小朴上门说情，被翁泉海赶了出去。小朴和晓嵘商量私奔，答应一辈子照顾她。夜里，两人叩别家门，翁泉海走了出来。小朴承诺绝不贪图师父的名望和家业，自己闯出一片天。翁泉海让他戒酒，小朴痛快地答应。浦田先生来拜访翁泉海，提议要合作开医院，翁泉海婉言谢绝。

新开张的国医馆患者云集，常有人在门口叩头致谢、送匾。赵闵堂来看热闹，拿出本书讲了御皇医的神奇来历，翁泉海不太信。御皇医的诊所影响了泉海堂的患者数量，老沙建议换个大点儿的地方。翁泉海坚持不走，还要跟人家学本事。翁泉海在街上遇见范先生，气色大好，说是御皇医给治好的，用的宫廷秘方，不给开方，只能店内服药。翁父中风失语，翁泉海想用西医治，老爷子不愿意。

在晓嵘逼问下，小朴说了给她治病的事儿，晓嵘羞臊得没脸见人。葆秀问翁泉海这俩孩子怎么办，翁泉海说先放放。 翁泉海无意发现来了床下铺满了字迹漂亮的“从师集录”，逼问来了到底是谁，原来他是一个败落的中医名门之后，父亲临终前让他隐姓埋名、装愚扮拙投奔翁泉海，翁大夫知道真相还是留下了他。 对晓嵘的感情，小朴说自己不该有非份之想。晓嵘离家出走，小朴在雨夜里狂找。激情之下，晓嵘怀孕了。小朴请求师父成全，翁泉海不能要铃医的血脉。赵闵堂替小朴上门说情，被翁泉海赶了出去。 小朴和晓嵘商量私奔，答应一辈子照顾她。夜里，两人叩别家门，翁泉海走了出来。小朴承诺绝不贪图师父的名望和家业，自己闯出一片天。翁泉海让他戒酒，小朴痛快地答应。

浦田先生来拜访翁泉海，提议要合作开医院，翁泉海婉言谢绝。 泉海堂对面的店装修豪华，开张这日，贵客盈门，是家自称“御皇医”开的国医堂中医诊所。大家争着看热闹，翁泉海心静如水。 新开张的国医馆患者云集，常有人在门口叩头致谢、送匾。赵闵堂来看热闹，拿出本书讲了御皇医的神奇来历，翁泉海不太信。御皇医的诊所影响了泉海堂的患者数量，老沙建议换个大点儿的地方。翁泉海坚持不走，还要跟人家学本事。 翁泉海在街上遇见范先生，气色大好，说是御皇医给治好的，用的宫廷秘方，不给开方，只能店内服药。 翁父中风失语，翁泉海想用西医治，老爷子不愿意。

翁泉海见到了真正的御医武齐峰，实是“御皇医”的双胞胎弟弟，已瘫痪在床。他感谢翁泉海清除了中医败类，正本清源。御皇医国医馆被封，范先生终得以安葬。晓杰买香水，遇到一青年男子，风趣聪明还懂医学。翁泉海和高小朴著书立说，不断改进药方，和赵闵堂切磋祖传医方的纰漏，赵大夫怕欺师灭祖，翁泉海恳切希望他能助一臂之力，将秘方扬长避短。翁泉海回到孟河，与家族讨论祖传秘方的修正，3天后，翁泉海通过考验，在祠堂前一番陈词，祖方终被修订。

来了喜欢晓杰，愿意帮他做任何事，包括整治惹他生气的香水男。结果吓唬人的鞭炮一响，香水男反倒怕晓杰受伤，用身体护住了她，晓杰心动。翁泉海找老沙商量，看以后谁来接班，却并不倾向女婿高小朴。翁泉海六十大寿，请了个戏班子，大家正热闹的时候，葆秀一个人默默地离开了家。葆秀离家出走，翁泉海心里空落落的，老沙宽解。病好后的岳小婉上门道歉，说葆秀当是误会她了。翁大夫给她写了最后一剂药方和一封告别的信。翁泉海和老沙点评自己几个徒弟，看谁适合扛翁家的大旗，都不十分如意。

翁泉海暗访诊所，看到药箱中砒霜瓶子有点点洒落，生了猜忌，吃饭、喝水、喝药时都各种提防试探小朴，时不时还称砒霜的重量。翁泉海来到诊所，当着小朴面说，药箱锁吼有磨痕，砒霜七天内每天少三分，是小朴想要无声无息害他，贪图他的名望和财产。翁泉海列了小朴七条罪状，晓嵘说小朴被冤枉了，要化验药，小朴同意。化验结果药里真有砒霜，小朴要查。翁泉海因为小朴的铃医出身，坚信是小朴要害他，要赶走小朴，晓嵘说要和小朴一起走，翁泉海伤心。

晓杰带赵少博来拜见父亲，翁泉海看是个油头粉面的小伙子，得知小伙子学西医留洋的经历，还是赵闵堂的儿子，心里不大乐意。赵闵堂碍着面子，不想主动提亲。少博和晓杰一齐跪下，求两个爸爸成全，来了看见愣了。赵少博失踪了，赵闵堂和翁泉海都很焦急。警察将他们接到停尸房认尸，结果赵少博真的死了，身中十三刀。高小朴被两个便衣警察抓走，被怀疑是杀害赵少博的凶手，而且有证人证言。翁泉海认为高小朴是为了图翁家的财产，怕赵少搏娶了晓杰后接班而起的杀心。

赵闵堂拿钱让证人穆小六再做个伪证，穆小六见钱眼开。来了找翁泉海借钱，翁什么也没问就借给他了。穆小六被警察从大烟馆带走，翻出身上的钱都有记号。翁泉海深夜找到来了，告诉他原打算选他做翁家传人。但是医者德为先，杀人真凶、嫁祸于人，罪该万死。来了的黑底被揭开，露馅的是证人穆小六和做了记号的钱。来了承认杀了赵少博并嫁祸高小朴，目的是翁的家业和传人。

中国远征军缅甸战场很多军人腹泻，救治无方，慕名到上海请翁泉海给配药解燃眉之急，翁大夫答应。齐会长被害，浦田把中医协会的人圈到一起，逼大家马上选出会长，来了为虎作伥。吴雪初邀翁泉海单独说话，检讨自己追名逐利、为名所累的一生，羡慕翁泉海一身骨气，愤而自杀。翁泉海自请当会长，想要干出一件惊天动地的事儿来。浦田勒令三日内开具药方，并把中医们圈禁在日中汉方研究所，中医们但有反抗即被杀害。

被治愈的十名日本军人在大夫们面前炫耀他们杀害中国士兵的功迹，大家敢怒不敢言。翁泉海告诉赵闵堂给小鬼子制药的真相，让赵闵堂走地道出去报信，赵腿抖不敢去。翁泉海让小朴去给远征军报信。在放人前，浦田提出要处理私改药方的人，一辈子胆小的赵闵堂勇敢站了出来，说要死出个响动来。药被中国军方中途调包，中国远征军的病被治好，日本军方震怒。葆秀突然回家了，翁泉海口不对心的一通骂，关上门暗自掉泪。

浦田的军方上司要找到禅宁寺宝物，强壮大和民族的体魄。来了探查两寺有恩怨，不可能替仇人藏宝。浦田瞧不起他。葆秀隐身灵霞观，住持在临死前将宝物的秘密告诉了她，葆秀说愿以命去护。老沙的精神头儿越来越不好，翁泉海强行给把了脉，整个人呆了。老沙留了封信不辞而别。没多久，老沙的侄子来到上海，告诉翁泉海老沙已魂归故土，真实身份是东北名医骆北风，多年前被人陷害不能再行医。

浦田摆了一桌鸿门宴，宴上浦田逼翁泉海交出秘方，高小朴领悟师父意思，将小瓶中毒粉撒向酒菜，浦田中毒，为活命抓了他俩回城解毒。半路，苏北游击队来营救，炸死押送的日本兵，浦田畏罪自杀。翁泉海含泪埋葬葆秀，说，你是我心里的一个宝啊！1945年，日本投降，上海光复。翁泉海召来中医界的朋友，回顾从医生涯，百感交集，向大家宣布自己的接班人是高小朴。