El arco del tren infinito y el arco del distrito rojo están añadidos como temporadas diferentes porque la numeración de los episodios volvió a empezar desde 1.

Si vas a los websites oficiales de cada arco, aquí para el tren infinito y aquí para el distrito rojo, puedes ver que el primer episodio de cada arco es 第一話, que se traduce al español como "episodio 1".

Lo que puedes hacer es crear un grupo de episodios y colocar los dos arcos en una sola temporada.