在棺木中醒來的楊凌喪失了記憶，幼娘執意要嫁給楊凌遭到阻攔。楊凌去當鋪為幼娘買嫁衣意外成為命案的目擊者，馬憐兒找到楊凌希望他能協助破案還自己的哥哥清白。楊凌機智斷案受到縣令賞識成為了縣衙的師爺，馬憐兒送給楊凌一顆珍珠表謝意卻引幼娘誤會，楊凌發誓表明真心，兩人重歸於好之時陌生士兵闖進院門告知楊凌韃靼大軍集結即將對雞鳴驛發動進攻。

太子喬裝打扮成為白民國使臣，為的是祝賀皇祖母的壽誕，想着馴獸可以使得皇祖母開心：誰曾想到老虎不受管教，居然撲向御前，皇上與太后雙雙被嚇得暈過去。王公公打着皇后娘娘的旗號捉拿飛禽猛獸，隨意欺壓太子隨從，被遲遲趕來的太子趕到看到這一幕後，與王公公大起爭執，怒扇王公公耳光，與公公就此結下樑子。韃靼集合五萬士兵攻打雞鳴驛，太子請願率領大軍，上陣殺敵，只為一舉蕩平敵寇。

雞鳴驛被韃靼軍圍襲，楊凌出其不意推出大炮，暫時將韃靼軍擋在門外，不料楊凌被暗襲，幼娘捨身相救，幸得箭矢未射中幼娘有驚無險，楊凌與幼娘慢慢互通情愫。但當韃靼軍再次襲來時，因援軍遲遲未到，雞鳴驛城門被破，馬驛丞意外戰死，他死前將憐兒託付給楊凌。楊凌與剩下的戰士繼續苦守雞鳴驛，終於等來援兵，但楊凌和憐兒卻被韃靼軍逼到懸崖邊，不得已雙雙跳崖，幼娘回來時得知楊凌跳崖傷心不已。

楊凌與馬憐兒遇到了狼羣，楊凌讓憐兒先走，自己拖住狼羣。憐兒主動獻吻願意同生共死，所幸兩人獲救，隨後得知韓武與韓滿倉是幼孃的兄弟。寧王意圖讓大臣聯名廢太子，太子將雞鳴驛捷報告訴皇上，皇上醒來力保太子。畢春上門提親，憐兒拒絕並坦白傾心楊凌，畢春因愛生恨造謠楊凌與憐兒有夫妻之實。馬昂逼楊凌娶憐兒，楊凌拒絕納妾。楊凌隱瞞病情將幼娘當做妹妹，馬憐兒決定嫁給畢春。

畢參將要納馬家小姐為妾，楊凌不忍看到馬小姐如此選擇便去搶婚。在縣令的保護下楊凌與馬小姐定下三年之期限，但這一幕被趕來的幼娘看到，幼娘心裏難受留下書信離開了楊凌，楊凌和幼娘兩人都痛苦不堪。楊凌因解雞鳴驛之圍被皇上宣見，縣令高升與楊凌把酒言歡。此時的皇帝卻因為病重，大限之日不遠，於是開始給皇子鋪路。

幼娘夜闖鎮撫司救楊凌，千户危急時刻伸援手。兩人在大牢重歸於好，就在想辦法如何逃出去時，皇上傳來一道聖旨。楊凌奏摺終被採納還被封官。此時好友閔文建被人算計，楊凌連夜覲見皇上為其求情。楊凌與太子初相識，兩人成為冤家。後楊凌成為太子伴讀，用其學識征服太子，兩人竟成師徒。

太子攜楊凌遊蒔花館，楊凌代太子三步作成打油詩意欲挖苦王景隆，反因文采不佳被嘲笑，不想被花魁相中篡改詩句贏得滿堂彩，惡霸嚴寬仗勢欺人，引出靠山延壽侯，辱沒百姓為非作歹，楊凌親率錦衣衞搜查國舅府，救出民女，押解延壽侯與嚴寬遊街，百姓夾道喝彩。

民心所向，楊凌帶人私抄延壽侯府，民眾感謝跪拜齊喊“青天大老爺”。太子撼動心存仁心，不懼壓力接下國舅爺的案子。皇后聽聞國舅被懲，責怪太子不顧親情。太子為楊凌爭辯遭皇后鞭打，幸得皇上解救，楊凌被杖責三十以儆效尤。幼娘病重，楊凌求助太醫卻被告知無力迴天。求醫途中楊凌當街抗旨使得龍顏大怒，太子急求李太傅幫忙説情。

李東陽為救楊凌故意指責楊凌妻管嚴，反而使得皇后求情赦免楊凌。楊凌悉心照料幼娘，二人感情再度升温。太子讓楊凌到蒔花館贖回唐一仙和玉堂春，一秤金坐地起價，楊凌巧舌贖回二人，並將她們帶回府中。幼娘因玉堂春的到來傷心，奪門而出，楊凌尋回幼娘向她表明心意，兩人深情相擁。太子思念唐一仙無心讀書，謊稱肚子疼想出宮，路上卻被李東陽攔住。

楊凌一行人在夜市逛街，楊凌想要給幼娘一個驚喜，於是甩掉了唐一仙和玉堂春。太子為了再見唐一仙而騙太傅而於皇后壽宴之日自己偷偷溜出了宮。唐一仙在夜市貪玩而走丟，不想被越獄出來的嚴寬打暈帶走，嚴寬想要報復唐一仙，被偷偷溜出宮的太子撞見英雄救美。太子在煙花下想要表白唐一仙，卻被一仙錯過沒有聽到。寧清公主在皇后壽宴因玉鐲被誣陷，皇上派樣楊凌徹查此案。楊凌扮做公公去詐涉事的女官，女官不經詐立馬給出了證據。

王嶽貪贓的證據被楊凌交到了皇上手中，皇上藉機革了王嶽的職，王嶽非常生氣決定報復楊凌。寧清公主的案子水落石出了，寧清公主攜駙馬前來道謝，太子也偷偷和兩位公主要楊凌府上道謝。於是眾人決定一同賞月飲酒，太子借醉酒想拉幼娘結拜姐弟，不想讓幼娘意外知道了太子身份。皇上為了給太子登基鋪路，想要從王嶽手中奪回兵權，於是將楊凌任為參將派去神機營，楊凌也想順便查查火銃一事。但神機營的鮑盡忠、鮑盡沈兄弟是王嶽的手下，想要在神機營立威就要先對付他們。這時幼娘也跟來軍營，女扮男裝打算混進軍營。

楊凌一面要查神機營火銃一案，一面答應了劉大棒槌的賭約。他訓練一些羸弱的灶台兵強身健體，並激勵他們贏了就可以有肉吃。而劉大棒槌自負於自己有強兵就輕視怠慢，楊凌使用絞兵陣法贏得了賭約，劉大棒槌不服提出繼續比試火銃，楊凌為了查案答應了比試。幼娘女扮男裝混在營中偷偷給楊凌做飯，不想聽到了楊凌説要把玉堂春姐妹接來營中，於是吃醋做了黑暗料理。

唐一仙在營中被發現，被太子所救，兩人躲到了廚房。一仙為太子做了一碗炒米，想起過往傷心事，太子向一仙保證許一個大明太平盛世，而一仙因不知道太子的身份説他吹牛。不想這時有人來到廚房，一仙不得已躲在廚案下面，太子在廚案下不小心吻了一仙，順勢向一仙表白，並約在後山相見。幼娘借喝醉勸説劉大棒槌認輸交出兵權，劉大棒槌同意了並與楊凌和好一同練兵。楊凌與玉堂春姐妹商量賬目的事卻被鮑盡忠偷聽到，於是殺了楊凌的兵邀楊凌赴鴻門宴，玉堂春姐妹也因此被追殺。

皇上大限將至，太子回宮侍疾。因擔心朱厚照皇位不保，皇帝寫下密旨為除王嶽，不料被王嶽發現。王嶽聯合寧王意圖謀反，二人假傳聖旨，急召神機營入宮，反被楊凌識破陰謀詭計。寧王假借侍疾藉口欲入宮，在宮門外遭李大人阻撓，兩方人馬兵戎相見，危急時刻，楊凌及時趕到，救下李將軍。明孝宗駕崩，朱厚照順利繼承帝位。

一仙的去世對楊凌或是對皇上來説都是個難以承受的現實，玉堂春跪在一仙墳前，回想起曾經兩人之間的種種往事，不免悲傷起來。楊凌見狀起了惻隱之心。遂與玉堂春結為異性兄妹，並做保證護她一世安全。皇上因為楊姑娘的離去與楊凌心生隔閡，楊凌來到御前面見皇上卻不曾想被拒，只可跪在大殿外等候覲見。 禮部尚書王瓊因想要勸説皇上為先皇守靈，不惜大鬧書房，被押入天牢...

楊凌和幼娘救下高文心後，高文心就在楊府住了下來。王景隆攀附權貴在王公公身邊阿諛奉承，任王公公作了義父，只為聯合報復楊凌。王公公得到密報，先帝的泰陵漏水了，於是心生詭計找到太后推薦楊凌去督建泰陵，楊凌一到泰陵就得到了漏水的消息，本想立馬上報，王公公讓王景隆以百姓安危去勸阻楊凌，又找到楊凌漏水的目擊證人誣陷楊凌。楊凌在太后面前被參了一本，太后命徹查此事，並將楊凌下了獄。因王公公安排的罪證俱在，楊凌被判了死刑，幼娘得知後發誓同生共死。

皇上搬出先皇為楊凌求情，太后終於妥協暫緩執刑。朝堂之上兩方各執己見，李大人提出可遷陵，但需先驗陵。李大人提出可遷陵，但需先驗陵。為各方考慮，太后派翰林、朝臣、勳親各一人前去查探。為保楊凌性命，幼娘四處奔波求情，卻在駙馬門外被拒，幸而遇見永淳公主破門而入。前有王嶽威逼利誘，後有幼娘苦苦相求，駙馬左右為難，不知如何是好。

皇帝大婚，楊凌藉着皇帝大婚的由頭跟幼娘再辦成親禮。王景隆不堪折磨殺掉看守出逃。綁架了滿倉決定騙玉堂春出來見面。玉堂春想也沒想就帶着錢財隻身赴會，還好楊凌及時趕到，救了她一命。楊凌本打算放過王景隆，但是在大牢中王景隆言語刺激下楊凌直接刺死了他，偽裝成打鬥的場面。楊凌被皇帝升為內廠總督，三個女人為他捏了一把汗……

幼娘想要和相公一起衣錦還鄉，可楊凌卻因內廠事務無暇分身，只得先答應，待事情了結後完成她的心願。而內廠事務在王嶽的阻攔下，無法順利施展。金殿上，皇上和楊凌唱雙簧對付王嶽，為徹查災民事件，楊凌立下軍令狀，徹查江南三司追討糧食。而在江南一行，楊凌遇見了美豔動人的江南第一名妓黛樓兒。

楊凌樓兒各懷心機，曖昧交談中互相試探。楊凌欲查賬目，樓兒暗示袁雄先下手為強，袁雄火燒書房毀滅證據，令楊凌查案受阻。楊凌雙管齊下，一邊命於永扮色目商人與糧商購買糧食，一邊讓高文心施美人計設計李貴。可處處被黛樓兒施計妨礙，兩人在查案中你來我往，鬥智鬥勇。

楊凌知道是李貴私藏了糧食，但卻沒有證據，於是他想了一個計謀就是拿私藏金磚陷害他從而先抓住他再審問糧食的去處。他們抓住李貴後，莫清河立馬知道了消息，小樓以與楊凌有事相商為由潛入楊凌住的府邸，殺了李貴。楊凌再生一計騙過莫清河，但卻被小樓識破，讓伍漢超順藤摸瓜以為糧食在龍山衞。皇上在街市看到有難民在表演雜技，細看時竟發現表演的姑娘與一仙長得一模一樣，於是天天都來此看雜耍，原來這位姑娘名叫花解語，皇上將花解語接進了宮中，不想讓解語知道了自己只是一仙替身的事實。

花解語到了皇上書房偶然看到了一仙的畫像，知道了自己只是替身的事實，她不能忍受自己活在他人的影子裏，於是向皇上提出出宮，但皇上生氣地拒絕了她然後甩袖離開。皇后嫉妒解語可以得到聖寵，於是將解語罰去浣衣局，解語在那裏受盡虐待，等皇上發現時，解語還未來得及再提出離開就暈倒在皇上懷裏。馬憐兒偷聽到了畢春要暗害楊凌的計劃，深夜偷偷找到馬昂，讓他馬消息帶出去。楊凌遇內憂外患，糧食還未找到在那裏，不料倭寇又來突襲，楊凌不得不集中兵力對抗倭寇。

小樓因為被楊凌所救而對楊凌心生敬佩，再見莫清河時就想起他獨自逃跑的事，進而兩人心生嫌隙。憐兒借假裝與畢春結婚讓馬昂在參加婚禮的官兵飯菜裏下了蒙汗藥，不料畢春卻沒有暈倒，反倒憐兒被畢春下了藥挾持。楊凌帶着將士們突襲龍山衞，畢春以憐兒為人質，楊凌怕傷了憐兒而讓畢春跑了，楊凌為追回憐兒卻中了畢春圈套被火襲，之後楊凌憑藉自己的科學知識救了大家。

皇上命解語所在的馬戲班準備賑災義演，當天很多富商都到場支持捐糧，幼娘從中幫忙張羅，皇上也藉機出宮看望解語。就在一切安然進行時，馬戲班的班主卻突然行刺幼娘，一批死侍也將皇上一行包圍，在混亂的打鬥中，馬戲班班主放了一枚暗箭直向皇上，解語以身相擋救了皇上，但自己卻死了，皇上痛哭着命人追查此事。楊凌利用莫清河的嫉妒心成功離間莫清河和小樓，並將莫清河才是害死她弟弟的真兇一事告訴了她，小樓倒戈楊凌後兩人一同殺死了莫清河。

莫清河伏法，卻始終未説出糧食的所在。楊凌正為查不到證據而煩心，黛樓兒傳信給楊凌，奉上莫清河與內廠勾結的證據表達投誠之意。楊凌欣然接受，樓兒為與過去告別，改名成綺韻，以軍師的身份待在楊凌身邊。王瓊因兒子之死對楊凌懷恨在心，設下宴會欲對其下手，成綺韻以獻藝助興之名陪楊凌赴約。

王瓊被人一箭穿喉，楊凌被懷疑，金鑾殿上百官請求嚴懲楊凌，皇上頂壓力保楊凌，而三司的證據在路上遭遇重重攔截，最終還是沒能走到皇上面前，皇上在百官的逼迫下，為保楊凌迫於無奈下令貶其為宣州知府，解散內廠。消息傳出，楊凌決定背水一戰進京面聖。

楊凌回京路上危險重重，高文心和成綺韻一路追隨，高文心和成綺韻遇到追殺，楊凌及時趕到救出二人，成綺韻提出分頭行動掩護楊凌回京，楊凌雖然認同這樣的方法，但是心中對成綺韻還是有着懷疑，回京路上讓高文心監視她，若有異動便出手殺了她。但是在落入驛站陷阱之後，成綺韻卻為了保護高文心，身受重傷。

楊凌千辛萬苦的提前回京，終於見到皇上，皇上卻被下了迷香，昏睡在大殿之內，喚醒皇上之後，楊凌把司禮監和東廠所犯的罪行一五一十的呈現給皇上，皇上聽後大怒，命楊凌捉拿王嶽範亭等人，徹查司禮監。三司罪行證據確鑿，徹底倒台。幼娘也被救出，但是成綺韻卻為幫楊凌拖延時間，身受重傷，命懸一線。

決意抗倭的楊凌得知王公公持有當年鄭和下西洋的海圖，便派人快馬去追，流放路上的王公公以沐浴為由交換海圖，卻在客棧自盡，留下遺言相告；楊凌費心尋來的番薯種子被幼娘無心分食。成綺韻藉機顯露才智解圍，一邊話裏有話譏諷幼娘，對此幼娘該如何應對。

福建一干貪官為自保太平度日賄賂倭人，漲其氣焰，百姓因此苦不堪言。皇上聞之大怒，下旨楊凌肅清貪官剿除倭寇，不想遠在福建的貪官正在謀劃借刀殺人，被蒙鼓裏的閔將軍和楊凌故人相逢識破詭計，楊凌依律處決貪官。聞風的倭寇卻蠢蠢欲動，一場大戰在即。

明軍與倭寇對壘福州，城內兵士卻暗通倭寇引狼入室，不想楊凌早有籌謀攻其不備，士氣大振的明軍大獲全勝。倭寇慘敗懷恨便詭計假意歸順，海狗子企圖用美人計迷惑楊凌。楊凌的三哥轉而投靠倭寇，此時倭寇進獻的美人卻找上成綺韻交易，意外答應的成綺韻目的何在。

番薯培育大獲成功被運往前線補給，思夫心切的幼娘進宮求旨要同去前線見楊凌。成綺韻在楊凌身上留下吻痕試探阿德妮，阿德妮不退反進，這讓成綺韻不得其解。楊凌將計就計指示海狗子殺掉王美人以示其歸順誠意，海狗子帶着投名狀前去表忠，楊凌仍然心有防備。

楊凌欲率兵奇襲敵營，臨行前身體抱恙墜馬，抱病之軀只能運籌觀戰，交鋒關頭海狗子倒戈倭寇，大明水師難以支撐。不忍坐視的楊凌決定以身犯險誘敵深入，果然誓取楊凌人頭的倭寇如願上鈎，明軍趁機將其一舉擊破，大獲全勝。自此，橫行大明海上已久的倭寇被掃除，百姓拍手稱快。

滿都海皇后暴斃，草原部落執意認為是大明過錯，斬殺來使、發兵大同。得此消息的大明王朝上下震動，皇帝在朝堂上表示要御駕親征，卻遭老臣李東陽以死相諫，正欲施計偷跑，卻在如廁時被楊凌部屬擄走，使得他能夠如願奔赴前線。軍營中皇帝聽聞將士講述韃靼暴行，內心百感。

皇帝喬裝跟隨楊凌去赴代王婚宴，偶遇失散已久的唐一仙，情緒甚是激動，此時彌勒門女刺客闖入刺殺皇上，被趕來救駕的成大檔頭攔下，爭鬥之後女賊逃走。韃靼來犯鎮羌關，早有防備的楊凌使出離間計將其擊破，草原部落分頭潰逃，心繫唐一仙的皇上讓楊凌開口向代王府索要一仙，他能否如願？

代王得知唐一仙系楊凌表妹之後爽快放人，皇上一旁暗自高興。杳無音訊的幼娘竟是為了去給楊凌尋找救命的寒草，攀上雪峯才發現花期已過，寒草揚灰，傷心欲絕的她誤入草原部落，卻被當成明朝奸細遭到圍攻。楊凌派人暗中調查刺客事件，王龍浮出水面，楊凌便投其所好誘敵，好色的王龍會上鈎嗎？

王龍男女通吃，竟對皇上一見鍾情，欲買下皇上，楊凌及時暴露身份，將王龍收押。楊凌對王龍進行恐嚇，王龍終於袒露彌勒門的罪行，楊凌正欲更深入的審問，不料刺客現身，直接射殺王龍。韓幼娘身處險境，成綺韻及時趕到出手相救。綺韻將老嫗關押，幼娘不知其何意，與綺韻發生爭執，綺韻告訴她老嫗正是滿都海皇后，幼娘十分震驚。

為躲避韃靼鐵騎追捕，綺韻幼娘決定兵分兩路出發。因不願綺韻身處險境，幼娘打暈綺韻，並假扮成滿都海。大明欲與朵顏三衞聯盟，為彰顯大明的誠意，皇帝提出御駕親征，遭楊凌反對。不料皇帝心意已決，楊凌勸説無果只好同意。伯顏見機行事，欲趁大明與朵顏三衞聯盟引起混亂，起兵攻打大明。大明、韃靼兩軍兵戎相見，戰爭一觸即發。

兩軍愈戰愈烈，危急時刻，滿都海皇后及時趕到，伯顏陰謀敗露欲逃走，李福達見伯顏已無利用價值，一箭射向伯顏。伯顏身中毒箭，命懸一線之際，他看見滿都海皇后温柔地走向他、擁抱他，他們一起回憶過往，伯顏後悔自己野心太大，請求滿都海皇后原諒他，卻遭到滿都海皇后拒絕。滿都海皇后突然消失，伯顏才發現一起都是他的幻覺，伯顏含恨而終。

一仙昏迷不醒，一名叫羞花的女子出現，自稱可以救治一仙。羞花使用內功治好了一仙，卻並未就此停手，反而用秘術將一仙催眠，蠱惑一仙刺殺皇上。被催眠的一仙對皇上痛下毒手，危急時刻，一仙恢復神智。楊凌身體每況愈下，幼娘暖心陪伴左右。楊凌不幸離世，幼娘正欲跟隨楊凌，幸得高文心及時救下。文心告訴幼娘，自己找到了救活楊凌的辦法。