在一个深巷中，一个叫秋津正人的少年被黑衣人追杀，最终被抓住，软禁在监牢里。而当他看到自己的父母来到监狱的时候，以为自己有救了，不料父母竟然是来冲这里取抚养正人这十数年来的报酬！这个消息对于正人来说犹如晴天霹雳！他在监牢中大哭不止，最终爆发了杀意。另一方面，在秘密结社铁甲龙的要塞中，幽罗帝正与八卦众商议如何将地面变为冥土，而首先要夺回15年前被叛徒木原正树抢走的天之志雷马，也就是幽罗帝的座机。耐爬为了向爱人证明自己才是八卦众中的最强者，向天之志雷马发起了挑战，而正人则被告知自己和神秘少女美久是志雷马命中注定的操纵者，并半强迫地与耐爬作战……因为木原已死而认为志雷马不堪一击的耐爬很轻松地打倒了志雷马，但这时正人体内的邪恶人格觉醒，并操纵志雷马发出了最强一击。耐爬与风之兰斯达消失在光中……

对自己体内的另一人格感到恐惧的正人出外散步，却被铁甲龙劫持走，并遭到幽罗帝的严刑拷打。幽罗帝道出了15年前的那件事——铁甲龙的科学家木原夺走了志雷马，并把自己的克隆胎儿登陆为志雷马的操纵者，逃亡到了政府，而那个胎儿就是正人。美久冲入救出了正人，逃回了志雷马，而八卦众中的素姐妹驾驶他们的八卦机器人水与火追赶，最终在城市附近开战。两姐妹的合体攻击TWINLOAD，正人再次不敌，此时邪恶人格再次觉醒，将素姐妹打得毫无还手之力。而妹妹因为一直嫉妒姐姐的才能而一人与志雷马决斗，姐姐为妹妹挡下了致命一击，两姐妹终于冰释前嫌。但太晚了，水与火在正人的狂笑中被打得粉碎……

冲察觉到正人体内的另一人格就是已被他杀死的木原正树。此时美久被抓走，同时八卦众中的面具男——律驾驶月突袭志雷马，因为欠缺了美久而无法发挥威力的志雷马被打得毫无还手之力。然而就在律准备发动最后一击的时候，正人喊道：“你为什么那么恨木原正树？”律道出了一个秘密：八卦众全部是木原的克隆体，并且都被木原灌输了性格缺点——耐爬是过激的爱情，素姐妹是爱恨交加的姐妹情，而他自己则是…律摘下了面具，想不到面具下竟是一张女人的脸！突然木原再次觉醒，并用次元连接系统把美久召唤回了志雷马，并发动最后一击……

正人已经完全被木原侵占了意识，而此时幽罗帝则命令余下的三名八卦众发动“冥王计划”，日本很快被破坏地体无完肤。而“雷”之塞卧却似乎在密谋着反叛……“你为什么不出击？那样我们都会死啊！”在美久的质问下，一直不肯出击的正树道出了真相：原来当年他叛逃时便知道他会被政府杀死，所以提前在铁甲龙和政府各安插了两名自己的克隆，正人便是政府这边的，而铁甲龙那边的是……在八卦众的猛烈攻击下，正树终于出击，而塞卧也露出了反叛者的面目，并想和正树联手征服世界。但正树却对他们发动了猛烈的进攻，很快最后的三名八卦众便被消灭。回到基地后，正人再次恢复意识，并决心自杀。最终，在美久的劝说下，正人决心驾驶志雷马与幽罗帝决战。冲以及所有基地成员向志雷马敬礼，并目送正人与美久去开展那最后的决战。