개학을 맞이한 앨런 튜링 고등학교. 코딩에 푹 빠진 10대 청소년 오스틴, 파커, 타미라, 트레이는 아무도 모르는 교실로 비밀스러운 초대를 받는다.

베라가 현실 속 10대 소녀의 삶에 적응하는 동안 쏘서는 과거의 악명 높은 바이러스를 소생시켜 세계를 파괴하려는 계획을 앞당긴다.

파커는 친구들 몰래 승인받지 않은 업그레이드를 시도한다. 메가바이트는 디지털 요새를 세우고, 자기만의 군단을 만들기 시작한다.

야옹! 메가바이트가 풀어놓은 캣 바이러스. 이 때문에 사이버 공간이 혼란에 빠진다. 이 틈을 타 쏘서는 대규모 공격을 감행할 준비를 마친다.

캣 바이러스가 토해낸 신기한 털 뭉치에서 드러난 놀라운 진실. 오스틴과 파커는 진실의 조각들을 찾아 새로운 탐사 임무에 나선다.

인간 감정을 느낄 통제 불능 상태에 빠진 베라. 그리고 제멋대로 작동하는 코덱. 과연 위기에 처한 가디언즈가 임무를 완수할 수 있을까?

메가바이트 군단이 바이러스 감옥을 습격한다. 트레이는 농구팀 리더와 가디언즈로서 임무 사이에서 힘든 결정을 내린다.

베라는 기술이 더 나은 삶을 만든다고 오스틴의 엄마를 설득하지만, 인공 지능 알릭스가 바이러스의 공격을 받고 심술쟁이로 돌변하고 만다.

도난당한 기상 위성이 서해안을 초토화하려는 순간, 가디언즈가 쏘서를 막기 위해 출동한다. 한편, 오스틴의 엄마는 데이트를 하러 간다.

자신의 사악한 여동생 헥사데시멀을 군단에 합류시키기 위해 메인스트림으로 들어간 메가바이트. 한편, 가디언즈는 애니메이션 《리부트》의 옛 주인공들과 만난다.