אייקו כמעט למדה שוב ללכת בחלוף שנתיים מאז שהברסט המסתורי הרג את משפחתה, אבל הגעתו של תלמיד מבית ספר אחר מעמידה את חייה על הקצה.

קנזאקי לוקח את אייקו לעיר ושם היא שומעת מפי עמיתו לשעבר של אביה, קורוסה, דברים שלא ייאמנו: מוחה הושתל בתוך גוף מלאכותי.

סוכנות הבקרה עוצרת את אייקו ואת יויה, אבל הצוללים מצליחים לחלץ אותם מהכלא. הקבוצה מתכננת לצאת לעבר פריימרי פוינט למרות שהמאטר פעיל שוב.

הקבוצה עוברת את השער בדיוק כשהממשלה מכריזה על פינוי. המטרה הראשונה היא סגר הגיליוטינה בקיי-אחת, אבל המאטר פעיל.

הקבוצה נחה ואוספת אספקה במחנה שבתוך האזור. קורוסה נותן טרמפ לנאנברה, אבל נראה שלה ולאיסזו יש תוכניות משלהם.

ההתרברבות של קאאדה מעכבת את התקדמות הקבוצה אל נקודה קיי-שתיים, שעליהם להגיע אליה לפני הזריחה כדי להיכנס לאזור שלוש. איסזו מספר לקורוסה על מעשיו.

הכוחות המיוחדים של סוכנות הבקרה בולמים את הקבוצה כדי לנסות לקחת בחזרה את אייקו. קורוסה מבין שבתו של איסזו, יוזוהא, קשורה למאטר.

הצוללנים מתעמתים עם אייקו וקנזאקי, אבל מסכימים להמשיך במשימתם. איסזו מתמנה למנהל המעבדה ולומד על מספר אחת.

הצוות מגיע למתקן מחקר הביוטק בפריימרי פוינט, אבל איסזו מצליח להתחבר לשידור וידאו כדי להתעמת עם קנזאקי בנוגע לכוונותיו.

אייקו מקבלת הזדמנות לדבר עם בת דמותה האחרת בתוך האזור הממאיר. צורת האנוש של המאטר מטביעה את יורה וחושפת את יוזוהא.

איסזו יוצר חיבור עם המאטר כדי שיוכל לחקור את יורה. כוחות ההגנה של יפן מתכוננים להעלות באש את כל האזור למרות התנגדותה של נאנברה.

יורה מודה באתר הניתוח שכוונותיו השתנו עם החלטתה של אייקו. קורוסה מנסה לקטוע את הקשר בין יוזוהא לבין הגופים המשוכפלים שלה.