一場迫在眉睫的流感疫情威脅著美國，聯邦特工布拉德·沃爾加斯特的任務是引進實驗最新選定的測試對象——十歲女孩艾米·貝拉方特。但是，在遇到艾米之後，布拉德對諾亞計劃的忠誠度受到了考驗。

艾米和受傷的布拉德繼續逃離理查茲，並試圖向布拉德的一位難以捉摸的前軍事教官尋求庇護，而莉拉則試圖從遠處提供幫助。同時，在《諾亞計畫》中，李爾博士反思了迫使他讓範甯參與研究的決定，並開始對安東尼·卡特進行病毒測試，因為中國的流行病正在蔓延，治癒方法的爭奪也愈演愈烈。

布拉德與賽克斯和理查茲達成協議，讓艾米留在諾亞計劃中，並開始在她身上測試病毒。在了解 4B 監獄囚犯狀況的殘酷真相後，布拉德結盟以獲取更多資訊。同時，巴布科克揭露了她的過去。

為了保護艾米，沃爾加斯特說服賽克斯和李爾讓他們到設施外面去運動。隨著情感閃回揭示了卡特在被判死刑之前的生活，範甯對諾亞計畫中那些人的控制越來越強。同時，病毒對設施的工作人員產生了影響，理查茲和沃爾加斯特重聚，擊落了一名流氓士兵。

隨著高級官員霍勒斯·吉爾德 (Horace Guilder) 突然來到諾亞計劃，布拉德和艾米在一位不太可能的共犯的幫助下開始製定可能的逃跑計劃。同時，賽克斯和理查茲開始質疑彼此的動機，李爾、伊莉莎白和範甯之間的不愉快的過去也被揭露。

諾亞計畫外的病毒蔓延，氣氛十分緊張，吉爾德和理查茲趕緊動員一支搜索隊。艾米以意想不到的方式自願提供幫助，導致她和布拉德之間產生摩擦。李爾試圖幫助清醒的伊莉莎白理解他在諾亞期間所做的艱難決定。賽克斯和巴布科克之間令人驚訝的聯繫被揭露。

布萊德和莉拉一起回憶起他們的歷史，並計劃拯救艾米。國防部長授予霍勒斯·吉爾德對諾亞計劃的全部權力，這讓賽克斯和理查茲對他的攻擊計劃可能帶來的後果感到恐懼。與此同時，艾米和卡特之間的聯繫比以往任何時候都更加牢固，因為他讓艾米為範甯的宏偉計劃做好準備，而李爾則在為時已晚之前奮力幫助伊麗莎白。

艾米出現了病毒症狀，表明她即將好轉，布拉德將所有人聚集在一起，莉拉和賽克斯競相完善抗病毒藥物，以將她從範甯手中拯救出來。與此同時，吉爾德做出了一個神秘的決定，解雇了大部分員工，同時也試圖阻止巴布科克對他的干擾，理查茲試圖控制諾亞計劃。

當阻止範甯和病毒逃離諾亞計劃的唯一方法涉及一次危險的爆炸，這可能會讓布拉德、賽克斯和病毒的治療方法陷入交火時，艾米必須是決定什麼對人類最好的人。在此之後，令人驚訝的聯盟形成，一位關鍵人物回歸灌輸信心，說服每個人為自己的生命而戰。

當阻止範甯和病毒逃離諾亞計劃的唯一方法涉及一次危險的爆炸，這可能會讓布拉德、賽克斯和病毒的治療方法陷入交火時，艾米必須是決定什麼對人類最好的人。在此之後，令人驚訝的聯盟形成，一位關鍵人物回歸灌輸信心，說服每個人為自己的生命而戰。