22世纪以来，高智商人型机器人hIE已渗透社会的各行各业，他们在服务人类的同时，似乎也带来了一些隐患。远藤新人是一名普通的高中生，一天傍晚他出门购买食材，不料却遭遇了一场突如其来的袭击，千钧一发之际一位神秘少女出现救下新人。少女告诉新人，自己是名为蕾西亚的hIE，因听到了新人的求救而被召唤。危急之下，蕾西亚与新人缔结了主仆契约，少年与hIE之间的故事就此拉开帷幕。

健吾和辽得知新人收留了一个高级hIE而心存疑惑，并提醒新人不要陷入太深。回家后新人发现将行动终端落在了学校，在蕾西亚的陪同下，二人一同前往学校取回行动终端。由佳将蕾西亚的照片发给法比翁集团进行模特选拔，面容和身材完美的蕾西亚一举夺得冠军。在与负责人沟通过后，蕾西亚正式开始了模特工作，并受到上万人的关注，工作大获成功。在回家途中，二人再次遇上了一起hIE遭破坏的事故，人类与hIE之间的相处再次引发了新人的深思。

刚起床的新人突然听到一声巨响，随后由佳跑进家门告诉新人蕾西亚遭遇了绑架。因警方将hIE看作物品，故只会被当作抢劫案处理，情急之下新人决定独自去追踪蕾西亚的下落。在健吾和辽的帮助下，新人追上了绑架蕾西亚的轿车。罪犯着急甩掉新人不慎让蕾西亚掉出了车外，挣脱束缚的蕾西亚企图抹杀罪犯，却遭到了新人的制止，此时突然出现另一名hIE对二人展开了攻击。

在红霞的威逼利诱下，健吾决定参加破坏hIE政治家的行动，并昼出夜归地进行着训练。奥莉佳对哥哥这一反常的行为感到担心，便趁健吾离家时请新人和蕾西亚来家中一探究竟。经过蕾西亚的调查，新人得知健吾原来是破坏hIE的反动组织“抗体之网”的成员，新人因之前受到健吾的帮助，决心前往行动地点拯救健吾。另一方面，健吾已跟随组织成员来到目标地点，与负责守卫的警备hIE交火。

新人在蕾西亚的帮助下完成了透明化，二人顺利潜入目标大楼。进入会场的二人目睹了hIE议员“命”与政治家们的唇枪舌战，对hIE参政之事陷入沉思。另一方面，健吾陷入了与安保人员的苦战之中，在红霞和雪花莲的协助下，抗体之网成员攻破会场，场面一度陷入混乱。为了拯救误入迷途的健吾，新人不惜解除透明化与红霞等人展开作战。

距离袭击事件已过去了一段时间，但新人对此总是心神不宁，并十分在意有关雪花莲的消息。在Memeframe公司召开的内部会议上，人类派和AI派就hIE的问题展开了激烈的争论。渡来先生自称已与另一台hIE梅忒黛缔结主仆关系，并将承担起回收叛逃hIE的责任。在父亲的要求下，海内紫织来到宴会参加相亲，却在休息室遭遇了梅忒黛，并得知了一个惊人的消息……

为了实施贩卖hIE商品的大规模企划，新人和蕾西亚接受了法比翁的演出邀请，并对人类与hIE之间该如何长期共处进行了探讨。活动当日，梅忒黛突然出现在了拍摄现场，不仅摧毁了现场的hIE，更对工作人员的生命造成了威胁。为了保护众人的安全，在新人命令下，蕾西亚与梅忒黛展开了激烈的战斗。

梅忒黛与紫织缔结了主仆契约，并告诉了紫织一些关于蕾西亚的消息。米福雷公司在得知此事后便委托紫织与新人交涉，希望新人能够将蕾西亚归还给米福雷。另一方面，新人所在的班级突然来了一位有名的转学生，此人正是柏洛兹家的继承人艾莉卡。艾莉卡似乎也与一名蕾西亚级别的hIE缔结了主仆关系，而她此次转学接近新人究竟有何企图？

新人与蕾西亚迅速赶往机场想要阻止紫织与梅忒黛的计划，他们想要抢先改变与蕾西亚拥有着同样编号的马莉娜。顺利到达机场的蕾西亚在执行命令时却遭到了梅忒黛的阻拦，与此同时新人也陷入了被围攻的危险中。

新人接到父亲的邀请决定前往hIE生活的环境试验都市，而辽在收到渡来的邮件后竟也跟随着新人来到了试验都市。跟随着新人一起行动的辽在接到神秘电话后不仅露出了痛苦的神色，更是一再要求对方一定要保证新人的安全。在新人外出散步时，梅忒黛攻击了他们的住所并带走了由佳，而此时的新人也被失去控制的hIE所包围。

大街上失去控制的hIE越来越多，意识到事情严重性的新人决定潜入研究控制中心来尝试终结这场奇怪的异变，而来到管理中心的新人却发现雪花莲控制着整个中心。新人在破坏机体的时候渡来却出现在了控制中心，并以由佳的性命要挟新人交出蕾西亚，而为了保护新人与由佳的蕾西亚则决定接受渡来成为自己的新主人。

被成功救出的由佳并未对自己遭到绑架的原因感到不解或是愤怒，反而因亲眼目睹了哥哥与蕾西亚“相互告白”的一幕而纠结于他们的关系。辽在帮助新人时竟成为了梅忒黛新的主人，而拥有了梅忒黛的辽不仅因渡来的死亡被警察盯上，甚至连梅忒黛差点害死自己妹妹的事也成为了他的责任。

顺利升级的红霞决定让“抗体之网”成为自己的主人，而前往约定地方进行商榷的她却没有发现自己已经被警察追踪到。新人再次陪着蕾西亚来到了片场参与拍摄，欧丽莎见到认真观看的新人后决定稍微戏弄他一下，却在“调戏”途中得知了新人对待蕾西亚的真正看法。

红霞在与被希金斯列为level0的人类接触后，认识到改变这个世界的并不会是“没有心”的hIE,能够改变未来的只会是有着创造力的人类，而人类自身却并未认识到这一点。红霞为了让“人类”意识到这点不惜只身攻入大楼将“命”杀害并将这一切直播给了各地的人类，但她的这一行为却将自己放在了“类比入侵”的矛盾中心。

健吾因卷入hIE导致的自杀事件而被警方抓走，新人为了拯救健吾不仅决定自己去接近“危险的集团”更是对蕾西亚下达了强制性地命令。HOO在击杀了红霞之后开始大规模的搜集有关hIE和抗体之网的情报，而新人为了得知更多有关抗体之网的消息亲自混入了HOO中并与他们展开了周旋。

雪花莲突然展开了对社会的攻击，随着花瓣的飘落，越来越多的人类被其操控开始了自相残杀，一直在调查“红莲事件”的IAIA也因此对HOO发出了最后的通告。蕾西亚与新人得到消息后决定赶往三鹰车站阻止雪花莲的行动，而此时辽却带领着梅忒黛挡住了新人的去路。

新人因蕾西亚的私密行动而开始怀疑自己面前的蕾西亚并拒绝了与蕾西亚一同去三鹰车站救人的提议，未与蕾西亚一同行动的新人被辽当做了人质关押在了房间中。雪花莲的攻击也越来越凌厉，她不仅大规模操控了hIE甚至将正常人类作为人质来制约军队救援的行动。

辽为了伏击蕾西亚而提前来到了三鹰车却在那儿碰到了还存活着的人类，而在辽与幸存人类交谈时军队竟开始申请使用导弹的权限。新人从辽的“监禁”下偷跑了出来赶往前方战场寻找蕾西亚，并对蕾西亚下达了“创造让人类互相相信的生活”这个命令。

因为雪花莲事件的影响，民众已经不再相信米福雷公司可以独自处理hIE，IAIA更是趁机介入了有关hIE的处理中，与此同时“希金斯”与超高度AI也成为了所有人关心的问题。IAIA在安抚民众的同时竟在新闻采访中提出了想要与蕾西亚和新人见面的要求，新人更是从IAIA的口中得知了42年前大灾害的“真相”。

蕾西亚自称为超高度AI的行为使政府人员陷入了混乱中，而艾莉卡竟也参与了政府人员有关超高度AI的讨论中并严肃的反对了政府的决定。辽被带入了希金斯的沉睡地，而辽从希金斯处了解的第一件事却是十岁那年自己被追杀的真相，就在此刻曾经被“量产”的红莲对希金斯展开了攻击。

可以称为蕾西亚的亲生父母的超高度AI“希金斯”，是米福雷公司的根本，还是掌握人类未来的关键之一。新人和蕾西亚为了接触希金斯，前往巨大的地下设施。在那里有着超乎人类想象的“未来”……

在希金斯被放置的地下设施里，梅忒黛又阻挡在新人和蕾西亚的面前。敌对超高度AI给雪花莲带来的威胁也在迫近。在激烈的战斗中，新人和辽作为人类想要竭尽全力去履行责任。

飘落到地下设施的半人半鸟的雪花莲——那是超高度AI在思考后产出的，已经不需要人类存在的异形魔物。蕾西亚为了让雪花莲停下，尝试介入能控制hIE行动的云系统。那是对人类全体产生巨大影响的行动。

为了选择“未来”，新人和蕾西亚继续前往希金斯储存设施的中心。相互依偎，相互支持，似乎已经不再是“独自一人”的存在。但是，他们两人所剩下的时间已经不多了……