1年级的暑假学校举办活动，带学生们到南方的岛屿渡假。带他们前往岛上搭的也是超级豪华邮轮，船内餐厅的菜色一应俱全，所有的休闲设施都可以免费使用。D班的学生第一学期在不及格就要退学的严格规定下，被迫过着没有任何点数的超穷生活，现在终于可以松一口气，享受假期。然而，A班的葛城康平用冷淡的视看着这样他们，葛城与坂柳有栖同样都是受到A班学生支持的领导人物，现在坂柳因为身体不适而无法参加活动，因此A班完全由葛城统率。另一方面，C班的少女伊吹为了反抗龙园的独裁而引起的骚动，也将为这假期带来一场风波……？

堀北铃音判断偷走钥匙卡的人是伊吹，而冒雨追赶逃走的伊吹，两人大打一架，但铃音也因为病况更严重，不得不面临淘汰出局，回船上休养的情况。而考试的最后一天终于到来，葛城已经算好A班和其他班最后能得到的点数，准备迎接最终的胜利，然而考试的结果公布之后，真的能他所预料吗？

无人岛的考试结束后，绫小路清隆他们1年D班的学生在豪华客轮上享受着暑假。然而这只是短暂的休息，新的考试很快就展开。绫小路和轻井泽惠等人被叫到同一个居室，接受考试说明。没想到这次考试完全跳脱班级框架。

「思考」考试的第一天结束。就在绫小路和平田等人为了打破胶着状况而聚在一起讨论时，他们的手机收到一封邮件。堀北看到邮件内容后，深感不悦。另一方面，绫小路觉得轻井泽的行动有异，向堀北打探她的情报…

时间来到第三学期，绫小路等人从D班升上C班，准备开始面对全学年共同进行的特别考试「混合合宿」。这场特别考试要和以前彼此敌对的其他班级组队，可以预料一定会有摩擦。但这场考试又有一条规定，要是分数低于标准，有人就必须退学⋯⋯

石崎不肯配合，总爱唱反调，高圆寺又我行我素，绫小路他们这组有这些人，担任负责人的幸村无法顺利整合大家，小组气氛始终很差。另一方面，绫小路开始行动，想从特定学生口中获得情报。这时候，小组因为A班的桥本所说的话，开始产生变化──

在布告栏放出谣言的人，是受到坂柳命令的桥本──石崎和伊吹认定是他，但没有证据，无法继续深究。此时，绫小路他们听说坂柳带着A班的人，闯入B班。坂柳宣称握有一之濑那些谣言的证据，面对她，始终对谣言保持消极态度的一之濑会……

堀北与哥哥学谈过后，提出山内必须在这次特别考试被退学。因为山内至今不只对班级的贡献度极低，还集中批评票，要让绫小路退学。更有甚者，在他背后操控的人，还是A班的领袖坂柳。但平田不认同有人要被退学，反对堀北的意见，使得情况混乱到极点。

基于「班级投票」的结果，C班出现首名退学者。坂柳表示，这次的特别考试是为了让绫小路退学的舞台。这时候，自称是代理理事长的月城出现在绫小路和坂柳面前。月城是绫小路的父亲送进校园的人。知道此人的存在后，绫小路向坂柳提出要在下次考试决胜负。

最终特别考试的结果，绫小路他们可惜输给了A班，又被降到D班。但是同学们经过这一年，已经确实成长。尤其堀北学会倾听其他同学的意见，而且基于总有一天必须打败B班的理由，要求一之濑解除合作关系，展现出身为领袖的成长。