Naoto es un muchacho que vive en un mundo posapocalíptico en el que la Tierra fue destruida y posteriormente reconstruida. Un día, una autómata cae del cielo y le dice a Naoto que va a ser su sirvienta.

La aparición de RyuZU ha supuesto un gran cambio en la vida de Naoto. Por otra parte, Marie está intentando resolver un problema gravísimo para evitar que se haga una purga y mueran 20 millones de personas.

Por pura casualidad, Naoto y RyuZU se encuentran con Marie, quien la reconoce y le pide a Naoto que se la devuelva para reparar lo que falta y así evitar la purga de Grid Kioto.

Si quieren salvar las vidas de 20 millones de personas, Marie y compañía necesitarán la fabulosa capacidad auditiva de la que dispone Naoto. Una vez en la Core Tower comienzan las reparaciones a toda prisa.

En Grid Kioto todo ha vuelto a la normalidad gracias a nuestros protagonistas. No obstante, Marie ha recibido un mensaje realmente ofensivo, así que decide ir a Grid Mie para saber quién ha podido ser.

Tras una pelea en Mie contra AnchoR, Marie y Naoto por fin descubren cuál es el objetivo de haberlos llevado hasta allí, así que tendrán que cambiar sus planes nuevamente para hacer frente a la nueva amenaza.

Es hora de salvar a AnchoR como sea. Naoto, Marie y RyuZU van a salvar a la autómata con un plan que ha ideado el propio Naoto, aunque no está garantizado que salga con éxito.

Ahora que AnchoR está a salvo parece que todo iba a volver a la normalidad, pero un pulso electromagnético que lanza un arma de destrucción masiva lo asola todo.

El grupo está desconcertado debido a que Halter y RyuZU han caído por salvarlos. Así que Naoto y Marie tendrán que encontrar un modo de hacer que vuelvan a la normalidad.

Ahora que RyuZU está recuperada, solo queda encontrar un nuevo cuerpo para el cerebro de Halter. Una vez hecho eso, comenzará el ataque final para acabar con Yatsukahagi.

La situación empeora por momentos porque Gennai Hirayama está dispuesto a todo para acabar de una vez con Y. Pese a todo, Marie y Naoto harán lo imposible por revertir la situación.

El cañón de riel de Gennai está prácticamente listo para disparar y acabar con todo, pero nuestros protagonistas lucharán contrarreloj para evitar una catástrofe inmensa.