뱅크로프트 사건이 발생한 지 30년 후. 누군가 코바치에게 첨단 기능의 육체를 제공하며 새로운 일자리를 제안한다. 퀠크리스트 팔코너를 만나게 해준다는 조건으로.

살인 사건 수사를 전담하려는 카레라 대령. 다니카와 대립각을 세운다. 신경망 오류로 제 기능을 발휘하지 못하는 포. 궁지에 몰린 코바치는 현상금 사냥꾼을 추적한다.

어둠에 갇힐 것인가, 영원히 고통받을 것인가. 모진 고문 속에서 과거의 유령과 싸우는 코바치. 포는 그를 구하고자 다른 AI와 접촉하고, 트렙은 아닐의 단서를 잡는다.

이대로는 모두가 위험하다. 위태로운 포를 밀어내고 탈출을 계획하는 코바치, 기억의 조각을 더듬는 퀠. 두 사람이 함께 떠나려면 분주한 할란스 데이가 적기다.

카레라의 비밀 병기가 할란스 월드에 도착한다. 그의 치명적인 임무는 무엇일까. 퀠을 도우려고 가상 환경에 접속하는 포. 코바치와 트렙은 퀠을 데리고 도시를 벗어난다.

시작도 끝도 스트롱홀드에서였다. 수많은 기억이 서린 장소에 도착한 퀠. 지하에 묻힌 비밀은 그녀의 기억을 되살려줄까. 카레라는 퀠을 잡기 위해 함정을 판다.

퀠의 육체와 저장소가 전부 위태롭다. 그녀를 괴롭히는 근원을 제거하려는 포와 디그. 엄청난 위험이 따르는 여정을 함께하던 코바치는 치명적인 비밀을 알게 된다.

행성 전체의 운명이 걸렸다. 대량 살상을 저지하려고 힘을 모으는 퀠과 코바치. 이 일에서 손을 떼려는 트렙을 설득하는 한 사람. 이들은 무사히 재앙을 막을 수 있을까.