在二百四十三年前的圣战中被雅典娜封印的冥王哈迪斯率领108魔星同时从黑暗的深渊中复活。在刚从与海皇波塞冬结束战斗，暂时恢复平静的圣域，圣斗士的墓穴被挖开，新的危机已迫在眉睫。 在穆守护的白羊宫出现了一个谜一样的男子。他命令穆在十二小时内取下雅典娜的首级。知道这名男子真实身份的穆不能违抗他的命令，但同时也不能去杀雅典娜。在他苦恼之际，眼前出现了两个身影，原来是曾经身为守护圣域的巨蟹座的迪斯马斯克和双鱼座的阿布罗迪。两人被冥界之王哈迪斯赐予了短暂的生命。穆因为那个神秘男子的命令而不得反击，只能暴露在成为冥斗士的两人攻击之下。正在这时，天马流星拳在周围炸裂，原来是察觉圣域异变的星矢来支援穆。但是，穆却向星矢发动了攻击！

在师傅刚离开的五老峰上，出现了曾经的白银圣斗士：英仙座的亚鲁哥路、御夫座的卡佩拉、地狱犬座的达狄。他们也是借哈迪斯之手作为冥斗士复活。紫龙为了保护春丽而与他们展开始战斗，最终打倒了白银圣斗士。随后，紫龙紧追老师而去。另一方面，穆再次把阿布罗迪和迪斯马斯克打回冥界。但是，复活的黄金圣斗士并不止两个人。山羊座的修罗、水明座的卡妙和双子座的撒加这三个黄金圣斗士出现在穆的面前。他们向穆发起了攻击，但是穆却感觉到了他们的心正在留着血泪。正在那时，那个神秘男子封印了穆的行动。无法施展的穆眼睁睁的看着神秘男子催促三人进入十二宫去取雅典娜的首级。正当那个神秘人准备奋力一击时，五老峰老师童虎出现了。被认出的神秘男子脱下黑色的披风，露出了真实面目。

冥界三巨头之一的天猛星拉达曼提斯向潘多拉提出要亲自去圣域。但是潘多拉最希望的是自己不折一兵一将就能打倒雅典娜，所以不同意拉达曼提斯的请求。但拉达曼提斯不相信复活的圣斗士，所以私下派密使潜入圣域。追踪撒加一行的穆，发现了站在金牛宫的阿鲁迪巴。在那里出现地暗星聂普尼奥。穆错愕的发现除了撒加等圣斗士外，正规的冥斗士也潜入了圣域。原来聂普尼奥是受拉达曼提斯之命监视圣斗士并杀死了阿鲁迪巴。穆打退了聂普尼奥的攻击，像双子宫奔去。另一方面，城户家的瞬，不顾辰巳德丸的阻止，向圣域进发，这时在他面前出现了白银圣斗士。瞬穿上了圣衣，用星云锁链打败了他们。

到达双子宫的撒加面前出现了双子座黄金圣斗士，但是撒加识破了这是加隆在远方操纵圣衣，直接向加隆攻击。击破加隆幻觉的撒加等人向下一宫进发。 天蝎座米罗因为感觉到了异样的小宇宙，来到雅典娜处探寻。由于撒加的攻击，他发现了教皇密室的加隆，于是不顾雅典娜的阻止，向加隆释放猩红毒针。加隆受到攻击后也完全没有反击，米罗虽然感觉到加隆的忏悔，但是为了让他谢罪仍继续释放猩红毒针。最后他原谅了一直忍耐到最后的加隆，承认他是双子座的黄金圣斗士，然后自己返回天蝎宫。 另一方面，在东西伯利亚怀念妈妈的冰河面前出现了成为冥斗士的白银圣斗士。被冰河的小宇宙打飞出去的白银圣斗士们，看到了青铜圣斗士们的成长，脸上露出了欣慰的微笑。

到达巨蟹宫的撒加一行人，却被巨蟹宫内的黄泉比良坡困住了，几经周折之后撒加终于明白了制造这些幻象的人就是远在处女宫的沙加，于是对其发动了攻击，但把撒加等人玩弄于股掌之中的沙加却丝毫没有受到影响，在残垣断壁中同样进行了反击。 同时在白羊宫前，前任教皇史昂和天秤座童虎在243年前是并肩作战的战友，如今却反目成仇，一场惨烈的战斗即将爆发。

史昂和童虎的战斗终于开始了。在重回18岁的史昂面前，年老的童虎慢慢显出疲惫之态，危机之时紫龙赶来，但是童虎却命令紫龙回五老峰。然后，再史昂攻击的时候出现了好像是要保护主人的天秤座圣衣。史昂嘲笑童虎衰老的身躯已经无法穿上圣衣了，但是童虎的体却开始燃烧一股年轻的小宇宙，并且他衰老的身躯开始剥落，18岁年轻的肉体重新出现了。原来在243年前，雅典娜施与了童虎神的假死之法——MSOPETHAMENOS。对童虎而言，243年至相当不过243天，身穿天秤座圣衣的童虎，与前次圣战中存活下来的黄金圣斗士同伴之间，展开了巅峰小宇宙的作战。

赶到巨蟹宫的穆面前出现了哈迪斯的真正的冥斗士，他们追问撒加一行人的去向。原来撒加他们在与沙加的小宇宙直接冲突时产生的爆炸中不知所踪了。在地暴星独眼人准备向穆发起进攻时，星矢出现了。但是，突然有人将二人的行动封住了，这人正是地妖星缪。他认为撒加一定先去雅典娜所在之处，所以命令独眼人先去前面的狮子宫。巴比隆在星矢面前现身，竟然是人类无法想象的一堆不定形物。穆对他发出攻击后突然变成了一条毒虫，并且从嘴里喷出了蚕丝，把穆赫星矢封进了茧中。然后缪把自己也包在了茧中，完成了最后的进化，穆让星矢先去狮子宫，自己一个人对付缪。面对冥界之蝶的缪，穆使用星光灭绝取得了胜利。

在狮子宫前倒下的星矢，被随后赶来的紫龙、瞬、冰河叫醒。在去狮子宫的途中，他们发现了被剥去冥衣倒下的冥斗士。 到达狮子宫的冥斗士面前站的是被称为“黄金狮子”的艾欧利亚。感觉到冥斗士中有令人怀念的小宇宙而一时不知所措的艾欧利亚，被地伏星的莱米用虫足带捆住了。冥斗士顺利通过他身边向前进发。愤怒的艾欧利亚用强大的小宇宙葬送了莱米。通过狮子宫的冥斗士们来带了处女宫。但是他们被沙加强大的小宇宙玩弄于股掌之间。然而丘布等三名冥斗士却抵挡了沙加对冥斗士们毁灭性的攻击，后来明白原委的沙加将他们的冥衣打烂，露出了他们的本来面目。

剩下的冥斗士成了沙加的对手，独眼人以为在冥想中的沙加是在躲避战斗，全力攻击之余却被沙加的“天魔降服”轻松击败。 把冥斗士们全部打倒后，沙加想问清楚撒加他们的真正心意，但是他们只是宣称要夺取雅典娜的首级。面对这三位黄金圣斗士觉悟到要死的沙加把他们带入了传说中的沙罗双树园，展开最后的战斗。沙加用最大奥义“天舞宝轮”将他们五感逐一剥夺。走投无路的三人只能使用神话时代以来就被雅典娜禁止使用的终极影之斗法——雅典娜之惊叹。为了不使复活并为哈迪斯的走狗失去意义，他们宁愿承受污名使出了雅典娜之惊叹。

为了向雅典娜传达一切，留在园中的沙加用自己的血在沙罗双树的花瓣上写了什么，并把他们送到雅典娜所在的地方，然后他的灵魂就完全消失了。 返回处女宫的撒加等人面前所站的，是震怒的艾欧利亚。为了替沙加报仇，艾欧利亚发起了致命攻击。但是穆在一旁冷静的思考沙加“死”去的真正意义。这时，米罗也离开天蝎宫出现在这里。米罗知道沙加的“死讯”后，也愤怒得向撒加等人发起了攻击。撒加一行人必须赶到雅典娜身边，所以准备再次使用雅典娜之惊叹。但是，穆、艾欧利亚和米罗也使出了雅典娜之惊叹。不相上下的雅典娜之惊叹如果有哪一方失去平衡的话，圣域就会毁灭。

雅典娜之惊叹的激战，因为力量平衡而进入僵持阶段，强大的小宇宙在处女宫不断膨胀。星矢等青铜圣斗士为了阻止一切的大爆发把自己的小宇宙上升到了最高极限。终于有雅典娜之惊叹推向天空。 雅典娜知道了沙加“死去”的意义之后下定了决心，她命令穆等人将三人带来雅典娜神殿。并且，雅典娜把黄金短剑递给了撒加，让他杀了自己。撒加虽然知道雅典娜的心意，但始终无法对她下手，这时，雅典娜从撒加手中取过短剑，刺向自己的喉咙。 星矢为雅典娜之死而悲伤之时，史昂出现了，他告诉他们，真正的战斗真正开始了。

史昂向星矢他们说出了沙加和雅典娜之死的意义，并且道明了全部真相。史昂手上沾满了神血，朝向雅典娜神像发出了召唤，因为这些血，雅典娜神像变成了女神的圣衣。 为了女神的圣衣的复活，必须要女神自己的血，知道这一切的只有当时是教皇的史昂一人。为了这个目的，史昂借着哈迪斯的诱惑，趁机进入了十二宫。因为一直处在哈迪斯的监视之下，撒加他们只能隐瞒真相，甚至不惜使用雅典娜之惊叹。史昂用雅典娜的血使青铜圣衣复活，他以教皇的名义命令青铜圣斗士深入哈迪斯城，打倒哈迪斯。 比星矢他们早一步到达哈迪斯城的穆等人受到了拉达曼提斯的攻击，无法前进。这时，穿着全新圣衣的青铜圣斗士们出现了。

青铜圣斗士们勇敢地面对拉达曼提斯，但是穆却让他们去帮助撒加，自己来对付拉达曼提斯。 得知雅典娜不顾生死前往冥界的消息，潘多拉放弃了哈迪斯城，赶回冥界。并将后事托付给地奇星的富罗格。对于居然赶踩自己师傅的富洛格，后来赶到这里的冰河用“曙光女神之宽恕”将其打下冥界。青铜圣斗士们在追赶前往冥界的潘多拉时发现了拉达曼提斯，而后者打败了穆等人。在拥有压倒性实力优势的拉达曼提斯面前，星矢等人也毫无办法。但是为了报答黄金圣斗士们的期望，为了把女神的圣衣送到冥界中等待的雅典娜手中，在这里绝对不可以失败。星矢释放出了自己最强的小宇宙，与拉达曼提斯一同掉进了冥界。

紫龙，冰河，瞬三个人为了保卫正受着冥王哈迪斯威胁的世界，从崩塌的哈迪斯城，前往雅典娜所在的冥界。经过紫龙的老师，天秤座童虎的指引，超越第七感的第八感“阿赖耶识”觉醒了。他们终于成功地活着来到了冥界。由于哈迪斯的力量，他们几个在途中分散了，瞬先到达了通向冥界的入口，遇到了星矢，最后，来到地狱的三途川（阿格龙河）跟前的两人，要乘坐地狱的船夫天间形卡隆的船渡过阿格龙河。自然，卡隆不会让这两个入侵者轻易地过去。

制服了卡隆渡过了阿格龙河的星矢和瞬，来到了冥界的第一狱“プリズン”。他们走进了名为“审判大厅”的建筑，阻挡他们 去路的是冥界的审判官，天英星巴路隆的路尼。路尼裁决了星矢与瞬现世的罪，使用让对手所犯下的罪恶成为攻击他的力量的能力“リーインカーネーション（= =我英文白LINCANATION？|||||）”和“巴路隆之鞭”攻击两人。就在星矢和瞬以为就要败北的时候，突然出现的黄金圣斗士双子座的加隆救了他们一命。代替两人瞬间打倒路尼的加隆，让他们快些离开这个地方，自己则和追赶过来的冥界三巨头之一的天猛星Wyvern的拉达曼提斯对持。然后，加隆和拉达曼提斯出拳的瞬间，拉达曼提斯本人却离开了……

星矢和瞬把与拉达曼蒂斯的战斗托付给卡农，来到第二狱。与凶猛的地狱看门狗——克鲁贝洛斯一起出现的是守护第二狱的冥斗士——天兽星斯芬克斯的法老。法老操纵魔琴对星矢下诅咒。被折磨的星矢和瞬间。但是，仿佛要遮住魔琴的声音一般，琴的音色响彻四方。音之主是据说拥有黄金圣斗士也能战胜的力量的白银圣斗士，琴座的奥尔菲。

因为对恋人尤莉丝的爱，奥尔菲来到了冥界。由于潘多拉的阴谋，他在冥界继续为哈迪斯弹琴。奥尔菲知道真相，发誓作为雅典娜的圣斗士与哈迪斯战斗。法老的魔琴和奥尔菲的琴声回响。在彼此的力量对抗中，作为奥尔菲的琴的生命的G线断了。

在冥界三巨头面前，奥尔菲开始弹琴。三巨头和潘多拉似乎在那个音色之前，睡着了。但是，拉达曼蒂斯没有入睡，向奥尔菲发起攻击。奥尔菲一边受到拉达曼蒂斯的攻击，一边向哈迪斯进发。在决死的行动中，星矢从花箱中飞出，与拉达曼蒂斯战斗。在这场战斗中，冥界之王哈迪斯终于现身！

第五狱。与加农汇合的紫龙和冰河。在他们面前出现了拉达曼蒂斯。指示紫龙他们前进，加农对拉达曼蒂斯一对一作战。当卡农的力量想要压倒拉达曼蒂斯的时候，米诺斯、艾亚哥斯出现，冥界三巨头会见了大家。卡农在一对三的压倒性战力差之前陷入了危机。在那里出现了，有攻击性的小宇宙的男人，凤凰的一辉！

在第五狱与冥界三巨头之一的艾亚哥斯对阵的一辉，遭到艾亚哥斯凶猛的攻击。但无论一辉被击倒多少次，都会像不死鸟般顽强的站起来，并最终挥拳将艾亚哥斯击倒。就在震惊的冥界三巨头打算向一辉发起最后攻击之时，感受到一辉小宇宙的冥王哈迪斯派潘多拉出现，用瞬间移动将一辉带到了冥界的尽头朱狄卡。就这样，一辉和阿瞬这对兄弟终于在冥界重逢了……

痛不欲生的阿瞬打算牺牲自己，与冥王同归于尽，于是请求一辉将自己击碎。听到阿瞬泪之心声的一辉终于举起踌躇的拳头挥向哈迪斯，伴随着潘多拉尖叫的冥王宝座上，鲜血飞溅……同时，感受到一辉悲壮的小宇宙的星矢，也终于在冰地狱中苏醒过来!

在朱狄卡对峙的两位神，雅典娜和哈迪斯。雅典娜恳求他停止“伟大的日蚀”，哈迪斯告诉她要以她的生命为代价。哈迪斯使用潘多拉之枪，想要取雅典娜性命的瞬间，接触到雅典娜的鲜血，哈迪斯开始痛苦起来！

打倒了敌人，星矢再次来到朱狄卡。在那里与逃离哈迪斯咒缚的瞬再会。瞬说哈迪斯消失在哈迪斯王座后面遥远的阶梯尽头。然后，挡在向深处前进的两人眼前的，是被称为“叹息之壁”的地狱的最终地！

聚集在叹息之墙前的5位黄金圣斗士——穆，沙加，艾奥里亚，米罗和童虎。各自拿着天秤黄金圣衣的武器，向叹息之墙发射，却被无情地反弹回来。正当最强圣斗士的力量也无法破坏叹息之墙时，星矢等人面前飞来数道黄金光芒！

童虎和沙加得知雅典娜去了极乐净土，决意打破叹息墙壁。穆、艾欧里亚和米罗借助大爆炸时结界的消退，奋力摆脱冥斗士的纠缠赶到第八狱。接着其他黄金战士也纷纷复活，12黄金击破叹息墙壁。

星矢他们刚要突破叹息之墙，却发现前面是可怕的超次元风暴，三位冥斗士拦住了他们，紫龙却舍身以一人抵挡三名冥斗士，此时，潘多拉说出了真相，一辉大惊；紫龙虽然拼命奋战，仍然被西路费都等三人打倒……

星矢和瞬冲入了超次元风暴中，冰河遭到未死的米诺斯拦阻，冰河不敌，米诺斯在追击冰河时被卷入超次元风暴中死亡；纵使三人发挥全力，紫龙也没有倒下，凭着意志燃烧了最后的小宇宙，终于使用庐山百龙霸将西路费都等三个冥斗士全部打倒……

在冥界战争接近尾声时，星矢等人长出翅膀，星矢呼唤着沙织、飞向超次元风暴的尽头；一辉答应帮助潘多拉报仇，死神达拿都斯的远程威力夺取了潘多拉的生命，其余的冥斗士阻止一辉，一辉使出凤翼天翔将全部冥斗士击败，108颗佛珠也全部变色，冥界也开始崩溃……

经过了超次元风暴，星矢他们终于到达最后的目的地—极乐净土，却被死神塔纳托斯所拦阻，星矢等五人合力也不敌塔纳托斯，在命悬一刻的时候，在冥界的12件黄金圣衣发出了共鸣，在海王的神力下抵达极乐净土，但穿上黄金的星矢等人也相继被塔纳托斯击倒……

连同黄金圣衣也被达拿都斯打碎，就在众人绝望之时，星矢呼唤沙织后站了起来，身上的圣衣复活，变成了传说中的神衣；塔纳托斯大怒，被星矢瞬间打败，睡神休普诺斯打败了瞬，聪明的紫龙、冰河联合打败了休普诺斯，当星矢冲到宫殿时，发现雅典娜被装在一个血瓶里……

无论星矢他们用全部力量，也无法打破封印雅典娜的血瓶；正当他们想破坏哈迪斯的真身时，冥王哈迪斯破棺而出，与五人组展开惨烈的激战，雅典娜复活，穿上神圣衣击败了哈迪斯，但星矢为了救雅典娜挨了哈迪斯一剑死去，世界又恢复了和平的生机。